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通过冷大气等离子体增强免疫细胞活化：通过分子动力学破坏 PD-1/PD-L1/PD-L2 免疫检查点
PD-1/PD-L1/PD-L2 免疫检查点在调节免疫反应中起着关键作用，其功能障碍与癌细胞的免疫逃避有关。冷大气等离子体 (CAP) 已成为一种有前途的癌症治疗方式，具有调节免疫检查点的潜力。本研究采用分子动力学 (MD) 模拟来研究 CAP 诱导的氧化对 PD-1 与其配体 PD-L1 和 PD-L2 之间相互作用的影响。我们模拟了不同氧化水平下的 PD-1/PD-L1 和 PD-1/PD-L2 复合物。使用 Vienna PTM 2.0 在线服务器修改配体相互作用位点内的关键残基。伞状采样和其他 MD 分析表明，增加氧化水平会导致 PD-1 与 PD-L1 和 PD-L2 之间的结合亲和力减弱。这些发现表明 CAP 可能为增强抗肿瘤免疫提供一种新策略。这项计算研究为 CAP 影响免疫调节的分子机制提供了宝贵的见解，并强调了其在癌症免疫治疗中的潜力。
迷幻介导的全身麻醉和脑动力学的逆转
1密歇根大学麻醉学系； Ann Arbor，美国48109，美国。2神经科学研究生课程，密歇根大学； Ann Arbor，美国48109，美国。 3密歇根大学意识科学中心； Ann Arbor，美国48109，美国。 密歇根大学密歇根州迷幻中心； Ann Arbor，美国48109，美国。 5密歇根大学药理学系； Ann Arbor，美国48109，美国。 6密歇根大学分子与综合生理系； Ann Arbor，美国48109，美国。2神经科学研究生课程，密歇根大学； Ann Arbor，美国48109，美国。3密歇根大学意识科学中心； Ann Arbor，美国48109，美国。密歇根大学密歇根州迷幻中心； Ann Arbor，美国48109，美国。 5密歇根大学药理学系； Ann Arbor，美国48109，美国。 6密歇根大学分子与综合生理系； Ann Arbor，美国48109，美国。密歇根大学密歇根州迷幻中心； Ann Arbor，美国48109，美国。5密歇根大学药理学系； Ann Arbor，美国48109，美国。 6密歇根大学分子与综合生理系； Ann Arbor，美国48109，美国。5密歇根大学药理学系； Ann Arbor，美国48109，美国。6密歇根大学分子与综合生理系； Ann Arbor，美国48109，美国。6密歇根大学分子与综合生理系； Ann Arbor，美国48109，美国。
表皮细胞动力学通过OSZHD1和OSZHD2调节调节水稻层关节形态发生和叶角形成
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.20.633825 doi：Biorxiv Preprint
表皮细胞动力学通过OSZHD1和OSZHD2调节调节水稻层关节形态发生和叶角形成
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.20.633825 doi：Biorxiv Preprint
宏观一致的反应性兰格文动力学模型
摘要。基于粒子的随机反应扩散（PBSRD）模型是一种流行的方法，用于捕获跨生物系统的反应和运输过程中的随机性。在某些情况下，此类模型固有的过度抑制近似值可能是不合适的，因此需要使用更多的显微镜Langevin Dynamics模型进行空间传输。在这项工作中，我们开发了一种新型的基于粒子的反应性Langevin动力学（RLD）模型，重点是得出与平衡时反应性通量详细平衡的物理约束的反应性相互作用核。我们证明，对于领先顺序，所得RLD模型的过度抑制限制对应于体积反应性PBSRD模型，其中众所周知的DOI模型是一个特定的实例。我们的工作提供了从更多的微观反应模型中系统地得出PBSRD模型的一步，并提出了对后者的可能约束，以确保两个物理尺度之间的一致性。
研究水对多尺度分子动力学模拟纤维素机械性能的影响
粗粒（CG）力场参数是使用真空中纤维素Iβ的原子分子动力学模拟得出的（0％的水分含量），并使用Gromacs软件[5]和CHARMM力场进行的水（95％水分含量）溶剂（95％的水分含量）[6]。72使用自下而上的粗粒方法将葡萄糖残基映射到一个CG位置：在存在水存在下，使用雨伞采样确定了100个纤维素表面之间的非键相互作用，以计算平均力的潜力（PMF）。势能被视为真空模拟中PMF的近似值，因为缺乏水减少了对自由能的熵贡献。使用Boltzmann倒置参数化键合的相互作用，以从与CG位点相对应的原子组之间的键长和角度的概率分布来计算PMF。使用LAMMPS软件进行了粗粒纳米纤维素组件的MD模拟[7]。进行了机械应力MD模拟，以确定具有强力场参数的CG纳米纤维素组件的拉伸模量，其水分含量为0％和95％。
乌干达基里尼亚西部湿地沉积物-水界面营养物动态及吸收/再动员
一维 HEC-RAS 在复杂河网中的洪水演算非稳定流中被广泛使用和熟知（Baldassarre 和 Montanari，2009），并且还有一个好处，就是它可以在互联网上免费获取。SOBEK-RURAL 在流体动力学计算中使用完整的圣维南方程，是一种在水力洪水演算中执行 1D 和 2D 非稳定流分析的有效软件（Deltares，2010）。此外，Deltares 免费为本研究工作提供 SOBEK-RURAL，即使它不是免费提供的。由于这些原因，1D HEC-RAS 和 1D2D SOBEK-RURAL 用于本研究工作，但是有许多可用的水力和水文建模软件程序。
使用新辅助多化学疗法的宫颈癌患者的心脏表现动力学
宫颈癌是全球第四大癌症。本研究旨在评估接受新辅助多化学疗法的局部晚期宫颈癌患者心血管系统的功能能力。总共包括192例患者，分为两组：第1组（n = 102）接受了标准的新辅助多化学疗法，而接受了抗氧化剂Neurox的Neo-Adjuvant多化化学疗法接受了新的辅助多化学疗法。心血管评估是在治疗的第一，第八和第十四天以及手术前进行的。心电图（ECG）和超声心动图用于测量弛豫期间，包括左心房和左心室尺寸在内的参数，左心室末端 - 节日和舒张末期量，弹性分数和心脏指数。结果表明，在术前多化化学疗法期间，神经毒性的添加显着改善了心血管功能，这可以通过统计学上显着的关键功能参数的显着改善证明（p <0.05）。Neurox组表现出降低的心血管系统功能障碍，这有助于为随后的手术切除和术后放射疗法做好更好的准备。这些发现表明，神经毒性是在宫颈癌患者新辅助治疗期间管理心血管风险的有效辅助手段。