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通过AAV6介导的供体递送在人诱导的多能干细胞中增强的内源基因标记
在人类诱导的多能干细胞（HIPSC）中，系统地对内源性蛋白进行了带有荧光标记的内源性蛋白，可以观察到不同细胞态中的活细胞动力学。然而，通过CRISPR/CAS9诱导的编辑将氟化蛋白的精确插入到活细胞中依赖于同源指导的修复（HDR）。非同源末端连接（NHEJ）DNA修复途径通常胜过HDR，导致不可逆的内部和缺失（Indels）和低敲门效率。识别成功的HDR介导的标记事件是当目标基因在干细胞中未表达并且成功的标记可能不会立即观察到的靶基因是一个额外的挑战。为了解决这些挑战，我们使用了：1）在优化的感染多重性（MOI）下，与腺相关的病毒血清型6（AAV6）介导的DNA供体以最大的效率提供标签有效载荷； 2）滴定的多重CAS9：GRNA核糖核蛋白（RNP）量确保条件之间的HDR/indel频率平衡； 3）长放大液滴数字PCR（DDPCR），以测量编辑池中HDR产生的等位基因的频率； 4）同时推断CRISPR编辑（ICE）以检测并避免与Indels明显饱和（> 50％）。这些方法使我们能够确定有效，准确的编辑条件并恢复带有标记的单元，包括在干细胞中未表达的位点标记的单元。这些步骤共同使我们能够开发出有效的方法和工作流程，直接从具有最佳HDR和最小化indel频率的理想细胞池的克隆分离。使用这种方法，我们同时实现了荧光标记物和双重插入到四个基因中的基因，这些基因在差异过程中被打开，但最初在HIPSC中未表达，在HIPSC中，基于荧光基于荧光的标记细胞的直接选择是不可能的：TBR2，TBR2，TBXT，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2（PROFEFFEREDIATION和MEGREDIATION和MEGREGRIATION和MEGRGIAL egratiation and Moggratial Genes and Cdhees and Cdhh5）and Cdhh5（cdh5）和CDH5（cdh）5（cdh）5（cdh）5（cdh5）。通过对各种GRNA序列和RNP浓度的系统评估，我们确定了达到高HDR频率的每个基因的条件，以38.6％的峰值达到峰值，同时还避免了与Inderels相关的条件，在这种情况下，很难在带有统一的等位基因中具有标记等位基因的克隆的隔离。过度，该方法提高了在hipscs中未表达的基因的荧光敲击的效率，对细胞过程的基于可靠的基于图像的观察，并可以恢复精确编辑的单声道和双重标记的克隆。我们将这些方法标准化，以产生有效且一般的工作流程，以将大型HDR介导的敲入引入HIPSC中。
人类 DHFR2 基因的差异翻译能力表明存在低丰度的发育和组织特异性内源性蛋白质
根据预测翻译蛋白的重组版本的酶活性，人类二氢叶酸还原酶 2 ( DHFR2 ) 基因已被归因于功能性作用。然而，其体内功能仍不清楚。DHFR2 与其亲本同源物 DHFR 之间的高氨基酸序列同一性 (92%) 使内源性蛋白质的分析具有挑战性。本文介绍了一种针对几种人类细胞系和组织类型的靶向质谱蛋白质组学方法，以识别 DHFR2 特异性肽作为其翻译的证据。我们提供了确凿的证据，表明线粒体中的 DHFR2 活性实际上是由 DHFR 而不是 DHFR2 介导的。 Ribo-seq 数据分析和使用蔗糖垫进行的核糖体关联实验评估表明，Ensembl 注释的 DHFR2 的两个主要 mRNA 异构体 201 和 202 与核糖体存在不同的关联。这表明它在 RNA 和蛋白质水平上都发挥着功能性作用。然而，尽管 DHFR2 的各种 RNA 异构体相对丰富，但我们无法在大多数细胞类型中检测到可检测水平的 DHFR2 蛋白。我们确实在胚胎心脏中检测到了 DHFR2 特异性肽，这表明该蛋白质可能在胚胎发生过程中发挥特殊作用。我们认为 DHFR2 基因在成体细胞中的主要功能很可能出现在 RNA 水平上。
内源性细菌作为益生菌增强养殖龙虾（Panulirus homarus）存活率、生长率和免疫力的潜力
摘要 。本研究旨在鉴定可能作为益生菌的内源性细菌菌株，并将其应用于龙虾的饮食中，以提高其在养殖条件下的存活率、生长率和健康状况。从印度尼西亚巴厘岛珍巴拉纳区沿海水域采集了野生龙虾（Linnaeus 1758）。从中分离、鉴定和表征肠道细菌，然后进行酶水解试验以筛选出可用作益生菌的候选细菌。将重达 70.34±12.03g 的龙虾养殖在容量为 4 m 3 的混凝土水箱中，密度为 15 只/m -3 。使用六个水箱给龙虾喂养添加了益生菌的湿颗粒饮食（A）或不含益生菌的相同饮食（B），每个处理重复两次。研究确定了四种菌株作为潜在的益生菌：发光杆菌 N-5、枯草芽孢杆菌 C-1、海洋芽孢杆菌 H-3 和解淀粉芽孢杆菌 I-5。将这四种细菌结合起来作为膳食补充剂应用于龙虾。喂食补充益生菌的龙虾（A）的生长量（198.21 克）高于对照组（B）（169.76 克），而存活率相似。喂食饮食 A 的龙虾在用 MHD 攻击后免疫反应是 B 的 18 倍，尤其是对于目标基因 ALF-2，而对于 ProPO、CP 和 GPO，则增加了 13、35 和 94 倍。在饮食中添加这种益生菌可以提高龙虾养殖的生长和免疫力。关键词：刺龙虾、益生菌、存活率、生长、免疫力。
严重而持久的神经性厌食症
基因表达可以使用CRISPR -CAS9系统激活或抑制。然而，缺乏无需使用外源转录调节蛋白的基因表达激活的剂量依赖性激活的工具。在这里，我们描述了化学表观遗传学修饰剂（CEMS），旨在通过募集内源性染色质激活机械的合并来激活靶基因的表达，从而消除了对外源转录激活器的需求。该系统有两个部分：与FK506结合蛋白（FKBP）复合的催化无活性CAS9（DCAS9）和由与细胞表观遗传机械相互作用的分子相关的FK506的CEM。我们表明，根据基因，CEM在目标内源性基因座的基因表达上调高达20倍或更多。我们还证明了对转录激活的剂量依赖性控制，跨多种基因的功能，CEM活性的可逆性以及我们在整个基因组中最佳一流CEM的特异性。真核基因组被组织并包装成不同程度的压实，这有助于基因表达的调节。蛋白质 - 蛋白质和蛋白质-DNA相互作用的网络调节基因表达的适当水平。对该法规网络的破坏驱动了许多人类疾病，包括癌症1、2。雕刻染色质景观的重要因素是翻译后组蛋白尾巴修饰。赖氨酸乙酰化是一种具有生物物理和间接蛋白质摄取效应的修饰。受这些研究的启发，我们试图开发一种能够作家（组蛋白乙酰转移酶（帽子）），橡皮擦（组蛋白脱乙酰基酶（HDACS））和读取器（例如，溴结构域和染色体域）的蛋白质家族均匀控制基因表达3，4。几个小组已经证明了募集外来染色质修饰机械的能力，以一种以基因特异性方式控制扩张水平的一种方式5 - 11。随着CAS9和DCAS9技术的重大进展，精确诱导表达变化的能力迅速发展。Liszczak及其同事的开创性工作证明了使用DCAS9系统结合染色质调节蛋白的抑制剂12募集内源性机械的能力。ANSARI及其同事的其他工作使用了可编程的DNA结合配体，并结合了溴结构域抑制剂来调节转录13。
利用环状向导 RNA 募集内源性 ADAR，实现高效的体内和体外 RNA 编辑
使用外源性向导 RNA 招募内源性腺苷脱氨酶来编辑细胞 RNA 是一种有前途的治疗策略，但使用当前的向导 RNA 设计，编辑效率和持久性仍然很低。我们设计了环状 ADAR 招募向导 RNA (cadRNA)，以实现更高效的可编程 A-to-I RNA 编辑，而无需同时递送任何外源性蛋白质。使用这些 cadRNA，我们观察到在多个位点和细胞系中，在 RNA 的非翻译区和编码区中，都有稳健而持久的 RNA 编辑，并且具有高转录组特异性。此外，我们通过在反义域中整合散布的环路来增加靶腺苷的转录水平特异性，从而减少旁观者编辑。通过腺相关病毒在体内递送 cadRNA，可使 C57BL/6J 小鼠肝脏中的 mPCSK9 转录本实现 53% 的 RNA 编辑，并使 IDUA-W392X 小鼠 I 型黏多糖贮积症模型中的琥珀色无义突变实现 12% 的 UAG-UGG RNA 校正
一种由内源性 Lcn9 启动子驱动的附睾起始节段特异性表达 Cre 重组酶的新型小鼠系
从睾丸释放的精子经历成熟过程并通过附睾运输获得使卵子受精的能力。附睾分为四个区域，每个区域都有独特的形态、基因谱、腔内微环境和截然不同的功能。为了研究附睾起始节（IS）中相关基因的功能，通过 CRISPR/Cas9 技术建立了一种新的 IS 特异性小鼠模型——Lcn9-Cre 敲入（KI）小鼠系。TAG 终止密码子被 2A-NLS-Cre 盒替换，导致 Lcn9 和 Cre 重组酶共表达。从出生后第 17 天首次观察到 IS 特异性 Cre 表达。使用 Rosa26 tdTomato 报告小鼠，Cre 介导的 DNA 重组仅在主细胞中检测到。使用 Lcn9-Cre 小鼠与携带 Tsc1 floxed 等位基因 (Tsc1 flox/+) 的小鼠品系杂交，进一步证实了附睾 IS 特异性 Cre 体内活性。Cre 表达不影响正常发育或雄性生育力。与之前报道的任何附睾特异性 Cre 小鼠不同，新型 Lcn9-Cre 小鼠品系可用于引入整个 IS 特异性条件基因编辑以进行基因功能研究。
使用内源性 U6 snRNA 启动子驱动的 CRISPR/Cas9 sgRNA 在核盘菌中进行有效的基因组编辑
我们之前报道了一种针对死体营养真菌植物病原菌核病菌的 CRISPR-Cas9 基因组编辑系统。该系统（TrpC-sgRNA 系统）基于 RNA 聚合酶 II（RNA Pol II）启动子（TrpC）在体内驱动 sgRNA 转录，成功创建了基因插入突变体。然而，相对低效率的靶向基因编辑阻碍了该方法在核病菌功能基因组研究中的应用。为了进一步优化 CRISPR-Cas9 系统，建立并评估了无质粒的 Cas9 蛋白/sgRNA 核糖核蛋白（RNP）介导的系统（RNP 系统）和基于质粒的 RNA 聚合酶 III 启动子（U6）驱动的 sgRNA 转录系统（U6-sgRNA 系统）。本研究针对之前鉴定的草酰乙酸乙酰水解酶 (Ssoah1) 基因座和一个编码聚酮化合物合酶 12 (Sspks12) 的新基因座创建了功能丧失突变体。RNP 系统与我们之前报道的 TrpC-sgRNA 系统类似，可以在 Ssoah1 基因座上以类似的效率产生突变。然而，这两个系统都未能在 Sspks12 基因座上成功产生突变。U6-sgRNA 系统在这两个基因座上都表现出明显更高的基因突变效率。该技术为靶向基因突变提供了一种简单有效的策略，从而将加快对这种具有重要经济价值的植物病原体的致病性和发展的研究步伐。
内源性细菌作为益生菌的潜力增强了培养的棘小龙虾panulirus homarus
摘要。这项研究旨在鉴定内源性细菌的潜在菌株作为益生菌，并将其应用于多刺龙虾的饮食中，以增强培养条件下的生存，生长和健康状况。野生动物（Linnaeus 1758）龙虾是从印度尼西亚吉姆布拉纳区的沿海水域收集的。从中，肠道细菌被分离，鉴定和表征，然后进行酶促水解测试，以选择可用作益生菌的细菌的候选。重70.34±12.03g的棘龙虾在4 m 3的混凝土储罐中以15个个体m -3的密度培养。六个储罐用于用补充益生菌（a）或相同饮食的湿润饮食（a）或没有益生菌（b）的潮湿颗粒饮食（B），每种治疗都有两种复制。这项研究确定了四种细菌菌株是潜在的益生菌：少量菌群N-5，枯草芽孢杆菌C-1，Oceanishisisediminis H-3和Amyloliquefaciens I-5。将这四个细菌组合在一起，并将其作为饮食补充剂应用于龙虾。用补充益生菌（a）喂养的龙虾的生长高（198.21g）高于对照（b）（169.76 g），而存活率相似。龙虾饮食A的免疫反应是挑战MHD后B的18倍，尤其是对于靶基因Alf-2，而对于Propo，CP和GPO，增加的增加是13、35和94倍。将这种益生菌应用于饮食可以增加龙虾培养物的生长和免疫力。关键词：刺龙虾，益生菌，生存，生长，免疫力。
粘膜肿瘤疫苗接种可供内源性肿瘤抗原预防肺癌转移
抽象背景通常，早期乳腺癌的预后很好。但是，如果它系统地扩散，尤其是在肺部受累时，前景会急剧恶化。重要的是，肿瘤浸润的T细胞有助于控制肿瘤，尤其是具有组织居民记忆表型的肿瘤内T细胞与改善的临床结果有关。方法，我们使用编码内源性肿瘤相关的腺病毒载体疫苗与白介素-1β辅助的内源性肿瘤相关的抗原诱导肺中的肿瘤特异性组织记忆T细胞（TRM），以预防和治疗鼠类4T1乳腺癌肺转移酶的预防和治疗肺转移酶。结果，疫苗的粘膜输送在建立肺部肿瘤特异性TRM方面非常有效。同时，一次粘膜疫苗接种减少了肺转移的生长，并在预防治疗中提高了生存率。疫苗诱导的TRM有助于这些保护作用。在治疗环境中，疫苗接种将明显的T细胞浸润到转移中，但仅导致疾病进展的限制很小。然而，与立体定向放射疗法结合使用，疫苗增加了承重肿瘤小鼠的存活时间和速率。总结总结，我们的研究表明，粘膜疫苗接种是利用抗肿瘤TRM及其潜在结合与最先进的治疗方法的有前途的策略。
1类工作簿 - 微生物学1
致病性 - ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………- 病原体毒力 - ……………………………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………” ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………”感染来源 - …………………………………………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………。载体 - ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… Endogenous vs. exogenous infection: …………………………………………………………………………………………………………….……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… Opportunistic infection : ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………”………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………。特定的预防：………………………………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………。抗毒素：…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………。Antigenemia : ………………………………………………………………………………………………………………………………………………… Bacteremia, viremia, fungemia : ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………”