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CHO 细胞具有内源性逆转录病毒 DNA 元件，可产生逆转录病毒样颗粒
参考文献 1. Maertens, GN 等人 (2022) 逆转录病毒整合酶的结构和功能。《自然微生物学评论》20，20-34。 2. https://en.wikipedia.org/wiki/Alteplase 3. Ono, M. 等人 (1985) 叙利亚仓鼠体内 A 型颗粒基因的核苷酸序列：A 型颗粒基因与 B 型和 D 型肿瘤病毒基因的密切进化关系。《病毒学杂志》387-394。 4. Wurm, FM 等人 (1989) CHO 细胞中内源性逆转录病毒样 DNA 序列的存在和转录。在：动物细胞生物学和生物过程技术的进展。编辑 RE Spier、JB Griffiths、J. Ste- phenne 和 PJ Crooy，76-81，Butterworths。 5. Anderson, KP 等人(1990) CHO 细胞内池内 A 粒子相关序列的存在和转录。病毒学杂志 64 (5), 2021-2032。 6. Venter, JC 等人 (2001)。人类基因组序列。科学。291 (5507): 1304–1351。 7. Duroy, PO. 等人 (2019) 中国仓鼠卵巢细胞内源性逆转录病毒的表征和诱变以灭活颗粒释放。生物技术生物工程。DOI：10.1002/bit 27200 8. Li, S. 等人 (2019) 中国仓鼠的蛋白质组学注释揭示了大量新的翻译事件和内源性逆转录病毒元件。蛋白质组研究杂志，18(6), 2433–2455。 https://doi. org/10.1101/468181 9. Naville, M., Volff, J.-N. (2016) 鱼类基因组中的内源性逆转录病毒：从过去感染的遗迹到进化创新？微生物学前沿 doi:3389/fmicb.2016.01197 10. Löwer, R. 等人 (1996) 我们所有人体内的病毒：人类内源性逆转录病毒序列的特征和生物学意义。PNAS 93, 5177-5184 11. Patel, MR 等人 (2011) 古病毒学——过去病毒的幽灵和礼物。Curr. Opin.Virol. 1, 304-309 12. Reid, GG 等人(2002)：用于生产生物制剂的小鼠和中国仓鼠细胞系中内源性逆转录病毒计数的电子显微镜技术比较。J. Virol. Meth. 108, 91-96 13. Stocking, C., Kozak, C. (2008) 小鼠内源性逆转录病毒。Cell.Mol. Life Sci. 65, 3383-3398 14. Wurm, FM (2013) CHO 准种 – 对制造工艺的影响。工艺 1,3, 296-311 15. Wurm, FM, Wurm, MJ (2017)：CHO 细胞的克隆、生产力和遗传稳定性 – 讨论。工艺 2017, 5, 20, doi: 103390/pr5020020
结直肠癌细胞中 β -catenin 的等位基因特异性内源性标记和定量分析
摘要 Wnt 信号在发育、体内平衡和肿瘤发生中起着重要作用。在结直肠癌和肝细胞癌中发现了激活 Wnt 信号的 β -catenin 突变。然而，β -catenin 野生型和突变型的动态尚未完全了解。在这里，我们在结直肠癌细胞系中对内源性 β -catenin 的荧光标记等位基因进行了基因组工程改造。野生型和致癌突变等位基因用不同的荧光蛋白标记，从而能够在同一细胞中分析这两种变体。我们使用免疫沉淀、免疫荧光和荧光相关光谱法分析了两种 β -catenin 等位基因的特性，揭示了截然不同的生物物理特性。此外，通过用 GSK3 β 抑制剂或截短 APC 突变治疗激活 Wnt 信号，可以调节野生型等位基因，使其模仿突变 β -catenin 等位基因的特性。一步标记策略展示了如何利用基因组工程对不同的遗传变异进行并行功能分析。
激活内源性逆转录病毒和胰腺癌中MEK1/2抑制病毒模仿的诱导
虽然胰管导管腺癌（PDACS）沉迷于KRAS激活突变，但下流kras效应子的抑制剂，例如MEK1/2激酶抑制剂TRAMETINIB，却没有治疗作用。但是，由KRAS途径衰减驱动的监管电路的广泛重新布线可能会引起治疗相关性的脆弱性。在MEK1/2通过Trametinib抑制后的最初几个小时，对PDAC细胞中的转录和表观基因组变量进行了深入的分子分析，揭示了诱导内组逆转录病毒（ERV）（ERVS）的诱导，从而逃脱了表观遗传的硅烷，从而产生了双链RNAS和Interfecn of interfece and Interfecron的生产（导致了Interfef）（Interfe）的产生。我们跟踪了ERV激活，以早期诱导量写因子ELF3的早期诱导，该因子ELF3在IFN和IFN刺激的基因的激活中与IRF1（干扰素调节因子1）进行了广泛结合和激活。在免疫肿瘤学中合理设计中，可以利用 trametinib诱导的PDAC中的病毒模仿。
CRISPR-Cpf1 激活内源性 BMP4 基因促进脐带间充质干细胞成骨分化
CRISPR 系统提供了强大的基因组编辑工具，广泛应用于生物和医学研究领域。然而，由于 CRISPR 的脱靶效应而产生的安全问题一直是其应用于再生医学的主要障碍之一。传统的 CRISPR 系统存在通过错误的双链 DNA 断裂 (DSB) 在非目标基因组位点诱发不可预测突变的内在危险。在本研究中，我们展示了一种最近发现的 CRISPR-Cpf1 的安全增强应用，用于靶向基因激活，而不会导致 DNA 双链断裂，从而促进人脐带间充质干细胞 (UC-MSC) 的成骨分化。为此，我们开发了一种与三部分转录激活域 (dAsCpf1-VPR) 融合的催化无活性 AsCpf1，可诱导哺乳动物细胞中靶基因表达的上调。我们观察到 CRISPR-dAsCpf1-VPR 激活剂可通过增加内源性 BMP4 基因的表达水平来增强人类 UC-MSCs 的成骨分化。结果表明 CRISPR-Cpf1 激活剂为骨再生和再生医学提供了多种方法。
内源性二氧化碳对葡萄酒生产期间高等醇代谢的过压效应
摘要：酵母在发酵葡萄酒发酵过程中产生的较高醇对葡萄酒的气味和味道的影响最大。目前，在内源性CO 2下过压的甲醇和较高醇的代谢反应尚未完全阐明。在这项工作中，使用OffGEL分级器和LTQ Orbitrap进行蛋白质鉴定的LTQ Orbitrap进行，进行了蛋白质识别，然后进行了代谢组研究，用于检测和定量两种较高酒精（GC-FID和SBSE-TD-GC-MS）和氨基酸（HET）（HEM METES）（HET）的蛋白质（HE）（HEM MET）的变化（HE）在封闭瓶中，在CO 2过压条件下，酿酒酵母与高等醇形成。 控制条件没有CO 2在开放瓶中过压。 在两种情况下都检测到甲醇和6个较高的醇，我们能够与22种蛋白质相关：CO 2过压条件下的15种蛋白质和在控制条件下的22种蛋白质。 对于高醇的前体，在两种情况下都鉴定出18个氨基酸。 在两种情况下获得的代谢和蛋白质组学方面的文件都不同，因此CO 2过压可能会影响较高醇的代谢。 此外，在CO 2过压的条件下无法建立直接相关性；但是，在没有压力的情况下，可以建立关系。，进行了蛋白质识别，然后进行了代谢组研究，用于检测和定量两种较高酒精（GC-FID和SBSE-TD-GC-MS）和氨基酸（HET）（HEM METES）（HET）的蛋白质（HE）（HEM MET）的变化（HE）在封闭瓶中，在CO 2过压条件下，酿酒酵母与高等醇形成。控制条件没有CO 2在开放瓶中过压。甲醇和6个较高的醇，我们能够与22种蛋白质相关：CO 2过压条件下的15种蛋白质和在控制条件下的22种蛋白质。对于高醇的前体，在两种情况下都鉴定出18个氨基酸。在两种情况下获得的代谢和蛋白质组学方面的文件都不同，因此CO 2过压可能会影响较高醇的代谢。此外，在CO 2过压的条件下无法建立直接相关性；但是，在没有压力的情况下，可以建立关系。此处提供的数据可以被视为一个平台，它是酿酒酵母代谢组 - 蛋白质组的基础，目的是在生产起泡葡萄酒的生产条件下了解第二次发酵条件下的酵母行为。
替代的持续弹性持续多么恒定？清洁和肮脏能量之间的内源性∗
在大多数经济体中，从化石燃料到低碳可再生能源的过渡在阻止变暖进展的政策愿景中起着核心作用（IPCC，2018年）。作为控制过渡过程的关键参数，已证明清洁和肮脏能量之间的替代性程度强烈影响可持续增长和气候政策最佳设计的预测。例如，Acemoglu等。（2012）表明，当干净和肮脏的输入是较弱的替代品或补充时，要避免环境灾难并改用清洁生产，必须使用永久性的碳税，而当两个输入是强大的替代品时，则需要较低和临时的碳税税。进一步，Golosov等。（2014）从其校准模型中注意到，不同燃料之间的高度可替代性诱导了下一个世纪中叶的温度下降，而较低的替代性也涉及即使有最佳政策，温度也持续升高。尽管其重要性，但大多数宏观经济模型以及可计算的一般平衡模型，它们在很长一段时间内产生预测（超过2100）总是会假设清洁和脏输入之间的替代弹性恒定且外源性的弹性。然而，清洁能量的日益增长表明，随着时间的流逝，这种替代性可能会有所改善。为了说明，图1显示了在经济中的清洁能源的渗透，其相对价格在过去三十年中在法国，这是世界第七大经济体。21这些观察结果也与世界各地的新兴政策计划一致，这些计划导致了使用清洁能源的必要技术和基础设施的大量扩展（IEA，2020年）。
糖尿病大鼠高水平的内源性多巴胺不显示视网膜血管病理
全球超过5.37亿人患有糖尿病（国际糖尿病联合会，2021年），估计有33.9％的美国成年人患有糖尿病前期（疾病控制和预防中心，2015年）。糖尿病的特征是高血糖，高脂血症和炎症，导致肾脏，心脏，脑，神经和视网膜的循环变化和血管损伤。糖尿病性视网膜病（DR）是最常见的并发症之一，是成年人20至74岁的失明的主要原因（Klein，2007年），占全球糖尿病（1.03亿成人）的22％的人（Teo等人（Teo等人），2021）。在临床上，使用血管病理学诊断出DR，包括微型神经疗法，棉花毛点，视网膜内出血和异常的新生血管化。然而，越来越多的证据支持以下观点：博士在临床上可诊断出可诊断的血管变化之前对视网膜神经元的影响（Barber，2003; Antonetti等人。，2006年； Pardue等。，2014年）。早期功能删除包括视力的变化（Aung等人。，2013年），对比灵敏度（Ghirlanda等人。，1997; Aung等人。，2013年； Stem等。，2016年），色觉（Ghirlanda等人，1997; Gella等。，2015年；沃尔等人。，2015年），夜视（Ghirlanda等人，1997; Stem等。，2016年）和电图延迟（Holopigian等人，1992，1997; Shirao and Kawasaki，1998年； Lecleire-Collet等。，2011年； Aung等人。，2013年； Pardue等。，2014年； Chesler等。，2021）。糖尿病除视网膜降低外还会引起认知和运动效果（Van Duinkerken等人。，2009年； Haan等。，2012年； Sherin等。，2012年； De Almeida Faria等。，2022a，b; Rhmaritlemçani等。，2022）。实际上，DR的存在和严重程度与皮质萎缩增加有关（Wessels等人，2006年； Hansen等。，2022），脑缺血（Haan等人，2012年）和微吸收（Lee等人，2019年），大脑的结构变化（Ferguson等人。，2003年； Wang等。，2019年）。与DR相关的行为变化包括加速认知下降（Ding等人。，2010年）以及信息处理，集中和注意力（Ferguson等人，2003年； De Almeida Faria等。，2022a，b; Rhmaritlemçani等。，2022）。跟踪定义的时间进展，使我们能够确定视网膜神经元变化是否可以用作以后的认知，运动或视网膜血管变化的早期检测器。我们在较早的论文中表明，在短期研究（4-8周）中，在GK大鼠认知变化之前出现了视网膜神经元的变化（4-8周），但视网膜和认知变化（到8个月）的长期表征将对该领域有益。多巴胺的缺乏率已被确定为I型糖尿病的早期视网膜功能降低的一种机制（Aung等人，2014年； Pardue and Allen，2018年； Motz等。，2020）。糖尿病动物模型的视网膜在
Co-Ultra PEALut 增强中度创伤性脑损伤后的内源性修复反应
1 意大利墨西拿大学化学、生物、制药和环境科学系，邮编 98166 墨西拿，意大利；campolom@unime.it（MC）；rosalia.crupi@unime.it（RC）；marika.cordaro@unime.it（MC）；aleardizzone@unime.it（AA）；gcasili@unime.it（GC）；sarahadriana.scuderi@unime.it（SAS）；rsiracusa@unime.it（RS）；eesposito@unime.it（EE）2 意大利墨西拿大学神经外科系，邮编 98166 墨西拿，意大利；salvatore.cardali@unime.it 3 意大利博洛尼亚大学 Alma Mater Studiorum 生物医学和神经运动科学系，邮编 40126 博洛尼亚，意大利； alfredo.conti2@unibo.it 4 IRCCS 博洛尼亚神经科学研究所，40139 博洛尼亚，意大利 5 圣路易斯大学药理学和生理科学系，圣路易斯，密苏里州 63104，美国 * 通讯地址：salvator@unime.it；电话：+39-090-6765208 † 这些作者对这项工作做出了同等贡献。
使用基于CRISPR的设计器外显子插入
使用基因编辑技术将大型DNA片段的精确精确插入到体细胞中，以标记或修饰内源性蛋白质仍然具有挑战性。由非同源末端连接途径产生的非特异性插入/删除（Indels）使过程容易出错。此外，插入物不容易移动。在这里，我们描述了一种称为Crisp R介导的E Xon（Crispie）的方法，该方法可以使用基于CRISPR/CAS9的编辑精确，可逆地标记内源性蛋白质。crispie插入了设计器供体模块，该模块由编码内含子序列的蛋白质序列的外显子组成，并将其内含子序列置于目标基因的内含子位置。插入连接处的Indels将被剪接，而mRNA几乎没有错误。我们使用Crispie在体内在哺乳动物神经元中荧光标记内源性蛋白，并以前未能达到的效率。我们证明了此方法广泛适用，并且以后可以轻易删除插入物。Crispie允许具有高保真，效率和灵活性的蛋白质序列插入。
使用基于CRISPR的设计器外显子插入
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2020年12月3日。 https://doi.org/10.1101/2020.12.03.409417 doi：Biorxiv Preprint