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全外显子组测序揭示早发并发症家族中二尖瓣主动脉瓣的遗传复杂性
此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 2 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.02.07.24302406 doi: medRxiv preprint
提高四级护理转诊中心外显子组测序的有效性：罕见神经遗传疾病中的新突变、临床表现和诊断挑战
摘要 背景 我们采用多模式方法，包括详细表型分析、全外显子组测序 (WES) 和候选基因过滤器，对三级神经病学中心转诊的个体进行罕见神经系统疾病诊断。方法 使用候选基因过滤器和严格的算法对 66 名患有神经遗传疾病的个体进行 WES，以评估序列变异。使用计算机预测工具、家族分离分析、先前的疾病关联出版物和相关生物学检测来解释致病或可能致病的错义变异。结果 39% (n=26) 的病例实现了分子诊断，其中包括 59% 的儿童期发病病例和 27% 的晚发型病例。总体而言，37% (10/27) 的肌病、41% (9/22) 的神经病变、22% (2/9) 的 MND 和 63% (5/8) 的复杂表型得到了基因诊断。已鉴定出 27 种与疾病相关的变异，包括 FBXO38、LAMA2、MFN2、MYH7、PNPLA6、SH3TC2 和 SPTLC1 中的 10 种新变异。单核苷酸变异 (n=10) 影响功能域内的保守残基和先前鉴定的突变热点。已确定的致病变异 (n=16) 表现出非典型特征，例如成人多聚葡聚糖体病的视神经病变、脑腱黄瘤病的面部畸形和骨骼异常、先天性肌无力综合征 10 的类固醇反应性虚弱。诊断出可能可治疗的罕见疾病，改善了部分患者的生活质量。结论 整合深度表型分析、基因过滤算法和生物检测提高了外显子组测序的诊断产量，发现了新的致病变异，并扩展了门诊环境中难以诊断的罕见神经遗传疾病的表型。
对Ern-Ithaca的1522例索引病例的基于溶液-RD Clinvar的重新分析揭示了外显子测序中常见的陷阱和误解。
目的：在Solve-RD项目（https://solve-rd.eu/）内，欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常智力网络旨在调查基于Clinvar案例的未解决病例的外来分析是否可以建立其他诊断。我们介绍了“ Clinvar低悬一起”重新分析的结果，先前分析失败的原因以及学习的经验教训。方法：来自欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常的欧洲参考网络收集的第一个3576个外来的数据（1522个证券和2054个亲戚）通过Solve-rd Consortium重新分析，通过评估单核位变种和临床插入式（cline clinient and Simplerient and Silkerions and Silkeriptions and in Simples和delersert ins in to noce）和多种插入率（clience intery contence in Cline）和多种插入率（涉及单核）。根据频率，基因型和遗传模式和重新解释的频率，基因型和模式进行过滤。结果：我们确定了59例（3.9％）的因果变异，其中50例也由其他诉讼和9例导致了新的诊断，突出了解释挑战：在第一次分析时与人类疾病相关的基因的变异，或者误导了局部局部局部变化（变异型），该变异属于人类疾病的变化（变异）（变化型）。 lters，低等位基因平衡或高频）。结论：“ Clinvar低悬挂水果”分析代表了一种从外显子组测序数据中恢复因果变异的有效，快速且简单的方法，这也有助于减少诊断僵局。©2023作者。由Elsevier Inc.代表美国医学遗传与基因组学院出版。这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。
策略编号：AHS - M2032 - 全基因组和整个外显子组测序先验的策略名称和编号，如适用：
AR Androgen receptor ASD Autism spectrum disorder ATN1 Atrophin 1 ATP7B ATPase copper transporting beta ATXN1 Ataxin 1 ATXN10 Ataxin 10 ATXN2 Ataxin 2 ATXN3 Ataxin 3 ATXN7 Ataxin 7 ATXN8OS Ataxin 8 opposite strand lncRNA AXL AXL receptor tyrosine kinase BMPR1A Bone morphogenetic protein receptor type 1A BRCA1 BRCA1 DNA repair associated BRCA2 BRCA2 DNA repair associated BTD Biotinidase C9orf72 C9orf72-SMCR8 complex subunit CA Congenital anomalies CACNA1A Calcium voltage-gated channel subunit alpha1 A CACNA1S Calcium voltage-gated channel subunit alpha1 S CCDC141 Coiled-coil domain containing 141 CCDC88C围绕包含88C CDON细胞粘附的盘绕螺旋域；致癌基因调节的CES临床外显子组测序CFES临床聚焦的外显子组测序CGC ABGC董事会认证的遗传顾问CHD7 CHD7染色体蛋白酶DNA结合蛋白7 CLIA '88 CLIA '88临床实验室改善改善1988年CMA染色体染色体的临床实验室改进预定量 binding protein COL3A1 Collagen type III alpha 1 chain CSTB Cystatin B DCAF17 DDB1 and CUL4 associated factor 17 DCC DCC netrin 1 receptor DD Developmental delay DIP2B Disco interacting protein 2 homolog B DMPK DM1 protein kinase DMXL2 Dmx like 2 DNA Deoxyribonucleic acid DSC2 Desmocollin 2 DSG2 Desmoglein 2
WMRGL实施Illumina Trusight One临床外显子的经验，以扩大我们对罕见疾病的诊断测试。
引言Illumina Trusight One临床外显子（TSO CE）于2015年12月引入了西米德兰兹区域遗传学实验室，以取代现有的下一代测序和Sanger测序服务。变化背后的驱动力是扩大测试组合并提高接送率，同时保持临床敏感性和特异性，并降低成本。在这里，我们介绍了从稀有疾病服务中选择的1604例案件的第一个队列的审查。
胰腺癌胰腺癌的特异性基因组改变
标题：1次诊断为遗传性眼部疾病的患者的次要发现对二次发现的诊断影响3 4跑步头：5个遗传性眼部疾病患者中的癌症基因6 7作者：8 Setu P. Mehta 1，Bani Antonio Antonio Aguirre 2，Bani antonio Aguirre 2，Wendy Y. N. Guthrie 4，Christy H. Smith 4，Jefferson J.10 Doyle 3,4，Mandeep S. Singh 3,4 11 12隶属关系：13 1。 约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州14 2。 杜克眼中中心，达勒姆，北卡罗来纳州15 3。 威尔默眼科研究所，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州16 4。 McKusick-Nathans遗传医学系，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩17号287-8343 25 26利益冲突：27没有作者没有任何相关的利益冲突。 28 29关键字：30个Stargardt疾病，视网膜基因疗法，色素性视网膜炎，蓝色锥单色单色，31个癌症，知情同意，遗传测序32 33承认34 a。资金/支持：基金会战斗CD-RM-0918-0749-JHU 35（MSS），约瑟夫·阿尔伯特·赫基米亚基金会1706611301（MSS），Andreas C. 36 Dracopoulos教授（MSS），Dracopoulos-Finkelstein Rising Professip 37（JJD）38 b。 财务披露：无39 c。其他致谢：无4010 Doyle 3,4，Mandeep S. Singh 3,4 11 12隶属关系：13 1。约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州14 2。杜克眼中中心，达勒姆，北卡罗来纳州15 3。威尔默眼科研究所，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州16 4。McKusick-Nathans遗传医学系，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩17号287-8343 25 26利益冲突：27没有作者没有任何相关的利益冲突。28 29关键字：30个Stargardt疾病，视网膜基因疗法，色素性视网膜炎，蓝色锥单色单色，31个癌症，知情同意，遗传测序32 33承认34 a。资金/支持：基金会战斗CD-RM-0918-0749-JHU 35（MSS），约瑟夫·阿尔伯特·赫基米亚基金会1706611301（MSS），Andreas C. 36 Dracopoulos教授（MSS），Dracopoulos-Finkelstein Rising Professip 37（JJD）38 b。财务披露：无39 c。其他致谢：无40
通过整个外显子组测序的肺癌患者对原发性肿瘤和配对脑转移的比较基因组分析：一项初步研究
肺癌脑转移（BMS）频繁进行，尽管对肺癌生物学有了更好的了解和靶向疗法的发展，但仍与预后不良有关。 颅内对全身治疗的不合理反应部分是由于原发性肺肿瘤（PLT）和BMS之间的肿瘤异质性。 因此，需要更好地了解肺癌BMS生物学，以改善这些患者的治疗策略。 我们对配对BM和PLT样品的整个外显子组测序进行了研究。 BM样品中的体细胞变体和染色体改变的数量较高。 我们确定了在PLT中未发现的BMS中的复发突变。 系统发明树和棒棒糖图旨在描述它们的功能影响。 在≥1bm中突变的13个基因中，先前描述的7个与入侵过程有关，其中3个在功能域中复发突变的3个可能是治疗的未来靶标。 我们提供了有关导致BMS的机制的一些见解。 我们发现13个基因的BM样品中的复发突变。 在这些基因中，以前被描述为与癌症有关，其中3个（CCDC178，RUNX1T1，MUC2）被描述为与转移过程有关。肺癌脑转移（BMS）频繁进行，尽管对肺癌生物学有了更好的了解和靶向疗法的发展，但仍与预后不良有关。颅内对全身治疗的不合理反应部分是由于原发性肺肿瘤（PLT）和BMS之间的肿瘤异质性。因此，需要更好地了解肺癌BMS生物学，以改善这些患者的治疗策略。我们对配对BM和PLT样品的整个外显子组测序进行了研究。BM样品中的体细胞变体和染色体改变的数量较高。我们确定了在PLT中未发现的BMS中的复发突变。系统发明树和棒棒糖图旨在描述它们的功能影响。在≥1bm中突变的13个基因中，先前描述的7个与入侵过程有关，其中3个在功能域中复发突变的3个可能是治疗的未来靶标。我们提供了有关导致BMS的机制的一些见解。我们发现13个基因的BM样品中的复发突变。在这些基因中，以前被描述为与癌症有关，其中3个（CCDC178，RUNX1T1，MUC2）被描述为与转移过程有关。
使用新生的整个外显子组测序和MassArray基因分型的巴基斯坦Pashtun种族种族中的2型糖尿病遗传风险变异：病例对照协会研究
全基因组关联研究大大增加了T2DM相关风险变异的数量，但大多数都集中在欧洲起源的种群上。在包括巴基斯坦在内的发展中国家，此类研究缺乏。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。 我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段（发现阶段和验证阶段）病例对照研究，其中招募了500个T2DM病例和对照，以研究T2DM遗传风险变异。 在发现阶段的整个外显子组测序（WES）中用于基于SIFT和多phen评分，并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段，使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。 研究结果表明，目标正相关rs1801282/ pPARG（OR = 1.24，95％Cl = 1.20–1.46，p = 0.010），rs745975/ hnf4a（OR = 1.30，95％cl = 1.06-1.38，p = 1.06–1.38，p = 0.004），或95％CLIS，RS RS RS rS rs rs = 1.252（rs rs rs rs glis） 1.07–1.66，p = 0.016），rs8192552/ mtnr1b（OR = 1.53，95％Cl = 0.56–1.95，p = 0.012）和rs1805097/ irs-2（OR = 1.27，95％cl = 1.36-1.36–1.92，p = 0.045）而RS6415788/ GLIS3，RS61788900/ NOTCH2，RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2（p> 0.05）均显示无显着关联。 识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段（发现阶段和验证阶段）病例对照研究，其中招募了500个T2DM病例和对照，以研究T2DM遗传风险变异。在发现阶段的整个外显子组测序（WES）中用于基于SIFT和多phen评分，并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段，使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。研究结果表明，目标正相关rs1801282/ pPARG（OR = 1.24，95％Cl = 1.20–1.46，p = 0.010），rs745975/ hnf4a（OR = 1.30，95％cl = 1.06-1.38，p = 1.06–1.38，p = 0.004），或95％CLIS，RS RS RS rS rs rs = 1.252（rs rs rs rs glis） 1.07–1.66，p = 0.016），rs8192552/ mtnr1b（OR = 1.53，95％Cl = 0.56–1.95，p = 0.012）和rs1805097/ irs-2（OR = 1.27，95％cl = 1.36-1.36–1.92，p = 0.045）而RS6415788/ GLIS3，RS61788900/ NOTCH2，RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2（p> 0.05）均显示无显着关联。识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。
BSC_CON_2.02基因测试：遗传疾病诊断的外显子组和基因组测序原始政策日期：2022年6月1日生效日期：MA
1。可用时至少有3代的完整家族史（或符号为何不符号）2。概率表3的完整详细描述。任何以前的基因检测结果（例如染色体微阵列/CMA，单基因或小面板）4。如果没有进行过以前的测试，则该成员的临床表现不符合良好描述的综合征，该综合征（例如，可以进行特定的测试（例如，单基因测试，CMA））5。外显子测试可能避免的任何侵入性测试6。为什么遗传病因可能是临床和历史发现II的可能解释。标准基因组测序（81425，81426，81427，0209U，0212U，0213U，0265U，0267U）被认为是研究的。iii。重复上述适应症的重复标准外显子组测序（不是重新分析*）可能是
McGill应用基因组创新核心（魔术）
CORES ACTIVITY TECHNOLOGY / ACTIVITY Production Genomics Whole Genome Sequencing Illumina NovaSeq Exome / Targeted Capture Sequencing Illumina NovaSeq Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) Illumina NovaSeq RNA-Seq / miRNA-Seq Illumina NovaSeq ChIP-Seq, ChIPmentation, ATAC-Seq Illumina NovaSeq Expression Arrays / Genotyping Illumina iScan / Affymetrix Genetitan