XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemFastQ
aurolineatum（Haemulidae，lutjaniformes）的完整基因组序列，Tomtate Grunt
使用一个野外收集的标本进行测序。DNA提取。根据制造商的说明，使用Illumina Truseq套件构建了配对的测序库。该库是在配对端，2×150 bp格式的Illumina Hi-Seq平台上进行测序的。用三型V0.33（Bolger，Lohse和Usadel 2014）修剪了所得FASTQ文件的适配器/引物序列和低质量区域。修剪序列由黑桃v2.5组装（Bankevich，Nurk，Antipov等2012）随后使用Zanfona V1.0（Kieras 2021）进行完成步骤，以基于相关物种中保守的区域加入附加的重叠群。
解决组织体系结构中的整个转录组
在visium工作流程期间，捕获了两种主要数据类型：组织图像和BCL或FASTQ格式的测序数据。太空游侠分析管道使用这两个数据输入将visium测序数据与图像对齐。根据相关的空间条形码，将捕获的每个检测到的基因转录物分配给组织图像上的空间位置。处理数据后，您可以使用Loupe浏览器可视化软件轻松询问空间基因表达数据的不同视图。Loupe浏览器允许您询问显着基因，表征和完善簇并执行差异表达分析。另外，您可以使用第三方工具进一步处理数据。
生物信息学博士后助理 - 李实验室
生物信息学博士后副助理德州理工大学健康科学中心被评为美国前100名医学院（根据美国新闻，第19位）。得克萨斯理工大学是美国第二大连续校园（1,900英亩），也是德克萨斯州唯一在同一校园内拥有本科和研究生大学，法学院和医学院的R1大学。实验室描述：LI生物信息学和基因组学实验室（dllab.org）正在寻求基因组FASTQ数据分析和管道开发的博士后助理，以加入我们的新实验室，并计划新的基因组医学中心。我们提供大型内部原始测序数据集（例如，基因组，转录组，甲基组。），最先进的HPC资源以及强大的指导和支持团队。示例工作包括病毒整合（基因组RES，PMID 30872350）；转座元素（生物信息学，PMID 30895294）。我们完全致力于支持受训者的职业发展。薪水具有竞争力，并且与经验和生产力相称。职责：
年度报告2023
林博士被提升为副教授。Lisa Rein被提升为生物统计学家III。Bi Qing（Michelle）Teng被提升为生物统计学II。詹妮弗·沃德（Jennifer Ward）被提升为研究计划协调员III。drs。Kim和Martens去年获得了出色的研究生教育家奖。drs。Sparapani，Laud和Logan是2023年ISBA Biostats和Pharma Best Paper Award的获奖者，标题为“非参数故障时间：与Heteroskedastic Bayesian添加性回归树和低信息填omnibus dirichlet Process Mixtures”的赛事机器学习，发表在Biometrics中。Ulrich Kemmo tsafack获得了低音（生物制药应用统计研讨会）学生旅行奖，并介绍了用于整合多族和多学生数据的荟萃分析基因聚类算法的海报。彼得·张（Peter Zhang）在7月的全国MD-PHD学生会议上发布了一张海报。XI Fang获得了2023年韩国国际统计协会杰出学生纸奖，并获得了美国统计协会终身数据科学科的学生纸奖。我们从生物统计学和数据科学MA计划中庆祝了我们的第一批毕业生。Logan博士被选为MCW研究卓越研究协会的新成员。 lin和Ahn因其项目的标题为“ FastQdesign：基于现实的FASTQ基于SCRNA-SEQ研究设计问题”的项目获得了CTSI Pilot-Berd方法论创新奖。 Sparapani博士Logan博士被选为MCW研究卓越研究协会的新成员。lin和Ahn因其项目的标题为“ FastQdesign：基于现实的FASTQ基于SCRNA-SEQ研究设计问题”的项目获得了CTSI Pilot-Berd方法论创新奖。Sparapani博士Sparapani博士获得了AHW赠款，标题为“通过ECG通过Veritas软件和混合学习来自动化心肌梗塞诊断”。 Jin博士获得了AHW赠款，标题为“ 3D染色质结构在乳腺癌内分泌耐药性中的作用”。 Banerjee博士获得了综合的伤害中心赠款，标题为“在影响伤害环境中风险预测（SHARP）的随机等级制算法”。博士。
微型小马种马的精液微生物组
上下文。对种马精液的微生物组成知之甚少。目标。描述在健康微型小马种马中检测到的微生物群。方法。精液标本是在一个时间点使用密苏里人的人工阴道收集的。在这些标本上进行了16S rRNA基因的基因组DNA测序 PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。 数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。 关键结果。 Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。 杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。 类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。 在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。 结论。 发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。 含义。 本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。关键结果。Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。结论。发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。含义。本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。
dive novo纳米孔基因组测序临床Diutina catenulata型型cbs565
受污染的奶酪，但这种物种越来越多地据报道，该物种越来越多地显示出高丙核麦克风的奶酪，这是人类侵入性感染的原因[4-6]。在这里，我们提供了从头基因组组装和临床D. catenulata型CBS565的注释。D. catenulata型CBS565在1926年是从一个痴呆症患者的粪便中分离出来的，当时居住在波多黎各[1]。基因组DNA提取。使用连接测序试剂盒（SQK-LSK109; ONT，UK，UK）和本机条形码套件（EXP-NBD114; ONT）进行连接测序试剂盒（SQK-LSK109； ONT）进行纳米孔测序文库制备。根据制造商的协议，将两个库运行到奴才流中心（Flo-Min106; ont）上。使用Guppy v5.0.16对原始的纳米孔读数进行了基础？B9FCD7B5B（ONT）使用设置 - 浮雕flo-min106-Kit SQK-LSK109-Barcode_kits exp-nbd114-device cuda：0，由消除电源和条形码放在同一软件中。使用参数-nano- raw \ fastq [ - uot-dir \ directory \ div> flye v2.9（https：//github.com/ fenderglass/flye; [8]）进行 de Novo基因组组装。使用GenomeQC评估了组装的基因组质量[9]。总基因组大小为14,464,696 bp，n50为2,438,920 bp，在9个重叠群上分配（范围为3,918,888-888-370,337 bp;
TCCIA：探索癌症免疫疗法中circrna的综合资源 MSS/PMMR转移性结直肠癌的反应反应对组合免疫疗法的反应的多组分分子表征 基因表达亚型与结果的关联和... gamma delta t细胞中的急性髓样白血病 e001235.full.pdf CX-072（PACMILIMAB），Probody®PD
靶向免疫检查点的抽象背景免疫疗法在癌症治疗中越来越关注，强调了对预测性生物标志物的需求。圆形RNA（CIRCRNA）已成为肿瘤免疫的关键调节剂，尤其是在PD-1/ PD-L1途径中，并且在预测免疫疗法功效方面具有潜力。然而，尚未完全了解CIRCRNA在癌症免疫疗法中的详细作用。现有数据库专注于CIRCRNA概况或免疫疗法队列，但目前尚无平台可以探索Circrnas和抗肿瘤免疫疗法之间的复杂相互作用。结合了CircRNA概况，免疫疗法反应和临床结果的全面资源对于促进我们对Circrna介导的肿瘤免疫相互作用并发展有效的生物标志物至关重要。解决这些差距的方法，我们构建了癌症circrna免疫体图（TCCIA），这是第一个结合了circrna概况，免疫疗法反应数据以及跨多层类型的临床结果的数据库。TCCIA的构建涉及将标准化的预处理应用于原始测序FASTQ文件，以基于四种已建立的Circrna检测工具的合奏方法来表征Circrna概况，分析肿瘤免疫原型型，并通过免疫检查点构成的免疫疗法响应数据（ICBS）进行了免疫疗法响应数据（ICBS）。结果TCCIA包括从ICBS治疗的25个同类群体以及其他治疗方式中获得的4,000多个临床样本。数据库为研究人员和临床医生提供了一个基于云的平台，该平台可以在ICB的背景下对Circrna数据进行交互式探索。The platform offers a range of analytical tools, including browse of identified circRNAs, visualization of circRNA abundance and correlation, association analysis between circRNAs and clinical variables, assessment of the tumor immune microenvironment, exploration of tumor molecular signatures, evaluation of treatment response or prognosis, and identification of altered circRNAs in immunotherapy-sensitive and resistant tumors.为了说明TCCIA的效用，我们通过采用大规模黑色素瘤和膀胱癌同龄人的分析来展示两个例子，包括CIRCTMTC3和Circmga，这些例子在癌症免疫疗法中展现了不同Circrna表达的不同影响和临床意义。
补充材料
补充材料。材料与方法文库制备和 Miseq (Illumina®) 测序使用文库制备指南 (LPG) ( https://support.illumina.com/downloads/16s_metagenomic_sequencing_library_preparation.html ) 中报告的 Illumina 接头序列和引物悬垂部分（正向和反向）扩增 16S rRNA 基因的 460 bp V3-V4 高变区。使用以下 PCR 反应扩增每个 DNA 样本：2.5 µl 5 ng/ µl DNA、5 µl 引物正向悬垂部分、5 µl 引物反向悬垂部分、12.5 µl 2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix (KAPA Biosystems)。使用 LPG 中报告的循环程序。 PCR 产物在 2% 琼脂糖凝胶（GellyPhor LE，Euroclone SPA，意大利米兰）上电泳分离，并用 GelRed™ 核酸凝胶染料（Biotium，美国加利福尼亚州海沃德）染色。通过紫外光透射仪观察预期长度的 PCR 产物的存在。然后，用 NucleoMag 试剂盒纯化 DNA 扩增子以清理和选择 NGS 文库制备反应的大小（Macherey-Nagel），并按照制造商的说明使用 Illumina® DNA/RNA UD Indexes Tagmentation 试剂盒对每个样本进行索引。在验证和定量之前，对文库进行进一步纯化。在 Agilent 4150 TapeStation D1000 ScreenTape 检测仪（安捷伦科技公司）上对文库进行验证，以验证大小，而定量则使用 Qubit 4 荧光计（赛默飞世尔科技，美国）。根据 DNA 扩增子的大小，应用 Illumina LPG 中报告的公式，以 nM 为单位计算最终的 DNA 浓度。最后，将每个文库中的 5 µl 稀释 DNA 等分试样混合，以合并具有唯一索引的文库。在 Miseq 加载之前，根据 Illumina LPG 说明对合并的文库进行变性和稀释。使用 MiSeq Reagent Micro Kit v2（500 个循环）加载合并的文库，运行包括 20% PhiX 作为内部对照。生物信息学分析测序数据包含在包含带有原始读取的 FASTQ 文件的文件夹中（R1 文件包含每个样本的正向读取，R2 文件包含每个样本的反向读取），使用 FastQC（英国剑桥 Babraham Institute）进行质量检查。然后，使用 DADA2 R 包（Callahan 等人，2016 年）处理 R1 和 R2 文件以生成扩增子序列变体 (ASV)（图 1）。最终生成了 ASV 表，总结了每个样本的不同 ASV 的数量。
自动挖掘人类和小鼠基因集的
*应与之相对应：电子邮件：avi.maayan@mssm.edu摘要摘要Gene表达式Omnibus（GEO）是转录组学和其他OMICS数据集的主要开放生物医学研究存储库。目前，它包含来自世界各地许多生物医学研究实验室收集的数万研究中的数百万个基因表达样品。虽然地理存储库的用户可以搜索描述用于查找相关数据集的研究的元数据，但当前没有任何方法或资源可以促进在数据级别上对GEO进行全局搜索。为了解决这一缺点，我们开发了Rummageo，这是一种WebServer应用程序，可实现基因表达签名搜索沉积在GEO中的大量人和小鼠RNA-Seq研究。为了开发搜索引擎，我们从ArchS4可获得的均匀对齐的GEO研究中对样本条件进行了离线自动识别。然后，我们计算出差异表达特征，以从这些研究中提取基因集。总共rummageo目前包含135,264个人和158,062个小鼠基因集，这些基因集从23,395个地理研究中提取。接下来，我们分析了Rummageo数据库的内容，以识别统计模式并执行各种全局分析。Rummageo数据库的内容作为签名搜索，PubMed搜索和元数据搜索功能提供了网络服务器搜索引擎。总的来说，Rummageo为生物医学研究社区提供了前所未有的资源，为许多未来的研究提供了假设的产生。Rummageo搜索引擎可从以下网站获得：https：//rummageo.com/。引言基因表达综合（GEO）包含数以万计的转录组学研究，以及由RNA-Seq 1收集的超过200万个全基因组基因表达样品。这种大规模的转录组学谱分析涵盖了许多生物，疾病，药物治疗，遗传扰动，例如敲除，敲低和跨组织，细胞类型和细胞系的基因过表达。在GEO中的此转录组学数据可能很难搜索和重复使用，因为它主要是以RAW FASTQ文件格式提供的，并且有关每项研究条件的元数据，并且每项研究中的样本在格式中不一致，并遵循不同的命名约定2。通过标准化和重组地理元数据，已经进行了多次尝试，以使地理研究更好地搜索。例如，QeometAdb提供了一个R软件包和随附的SQLite数据库以在本地查询GEO数据集，从而提高了查询速度和Geo Metadata 3的可访问性。同样，Regeo使用自然语言处理（NLP）技术来提取时间点和疾病
混合轻型态在拓扑超导体中与空腔光子搭配的
细菌“ candidatus nardonella dyophthoridicola”是一种革兰氏阴性的gam- maproteotototototabterial tocyobterial tocytobiont（图。1）。特别是，它是与象鼻虫相关的细胞内义务共同主义者（1）。通过向其宿主供应酪氨酸，细菌在表皮中起着至关重要的作用（2）。与第二个象鼻虫相关的符号不同，“ candidatus sodalis pierantonius”，它在宿主的整个生命周期中保持在功能性细菌中（3-5）。我们使用长阅读测序来研究“ Ca.nardonella dryophthoridicola”菌株nardrf，与意大利人种群相关的Rhynchophorus ferrugineus。2017年，昆虫宿主是从卡塔尼亚地区的一棵棕榈树中取样的。p在25°C，黑暗的24小时内，直到分成人。剖析了十个新出现的成年人以提取其细菌。然后按照制造商的动物组织提取说明，使用Dneasy血液和组织试剂盒（意大利Qiagen，意大利）合并细菌以进行DNA提取。在90V时通过0.8％琼脂糖凝胶电泳对DNA完整性进行了1H的验证。用纳米体100分光光度计（意大利的Thermo Fisher Scienti）和Qubit双链DNA（DSDNA）高敏化测定试剂盒测量了DNA纯度和浓度。使用R9.5流单元在奴才MK1B设备上进行了长阅读测序。使用Minknow V18.03.1进行测序48小时。读取量超过500 bp进行后续分析。重点识别为“ Ca.用于图书馆制备，使用1D连接测序试剂盒（SQK-LSK 108）原始Col使用了2.5 m g的非大量和非大小选择的总基因组DNA。然后，将最终DNA的0.5 m g加载到流动细胞上。基本调用，具有高准确性算法，质量截止值为7。所有工具均使用默认参数运行，除非另有说明。使用min-iasm（7）组装了元基因组fastq读取（主机和共生体）。nardonella dyophthoridicola”，以ncbi非冗余（NR）数据库进行鉴定。提取这些概念并用于重新填充组件。重叠群用于映射和提取“ Ca.nardonella dryophthoridicola”使用minimap2 v2.17（8）。然后使用Flye v2.8.1（9）重新组装836,116读。使用Circlator v1.5.5（10）与选项进行了循环 - Merge_Min_ID 85和 - Merge_breaklen 1000，如牛津Nanopore读取。使用公开的Illumina简短读数（SRA登录