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（发行日期）2022-03（资源类型）期刊文章（版本）接受手稿（权利）这是以下文章的同行评审版本
纤维化，以及四个主要驱动基因（KRAS，TP53，CDKN2A /P16，SMAD4）的改变。结果使用QPCR和ISH将肿瘤内细菌的存在固定在52个肿瘤中（32％）。16S元基因组测序揭示了这些肿瘤内的特征性剖面，包括蛋白质细菌和坚果类的门。比较良好和预后良好的病例之间的细菌核对文件表明，较短的生存时间与厌氧细菌（例如bacte-roides，乳酸杆菌和peptoniphilus）之间存在显着的正相关。这些细菌的丰度与CD4，CD8和CD45RO阳性的肿瘤浸润T细胞的减少相关。结论厌氧菌细菌（例如菌孢子，乳酸杆菌和peptoniphilus）的肿瘤内感染与抑制的抗PDAC免疫和不良预后有关。
重新平衡肠道生态系统
粪便菌群是胃肠道中发现的复杂而多样的细菌群落，对人类的幸福感至关重要。这种微生物包括真菌，细菌，病毒和古细菌，支持许多必不可少的功能，包括作为免疫系统调节，维生素合成和消化。粪便菌群与各种疾病有关，对于维持健康至关重要。生物信息学和测序技术的进步使其对其组成，多样性和功能有了更大的了解。fircITITES和杀菌剂构成了肠道菌群中的大部分细菌，其肌动杆菌，蛋白质细菌，verrucomicrobia和fusobacteria构成了丰度。这些细菌种群受年龄，饮食，遗传学，抗生素使用和环境的影响；较高的多样性通常与改善健康有关。短链脂肪酸（SCFA）是在乳脂杆和梭状芽胞杆菌，消化食品纤维等公司时产生的。SCFA对肠道健康至关重要。prevotella和其他细菌植物家族的成员对于复杂碳水化合物的分解至关重要。类似于双歧杆菌，肌动杆菌对肠道健康有益，尤其是在幼儿中。尽管它们不那么普遍，但蛋白质细菌包括沙门氏菌和大肠杆菌等危险物种，而verrucomicrobia（最值得注意的是，akkkermansia粘膜粘膜）可以维持健康的肠道衬里并具有抗炎质量。益生元和益生菌有能力通过重新建立微生物平衡来改善健康结果。肠道菌群是几种治疗干预措施的靶标，包括抗生素管理，粪便菌群移植（FMT），益生菌和益生元。肠道微生物群可以通过新颖的疗法（例如靶向微生物组的下一代益生菌，合成生物学和药物）来精确改变。肠道微生物脑链接，微生物组 - 脑轴以及微生物在癌症治疗中的作用将是未来研究的重点。针对微生物群的药物的有效性将通过考虑个体微生物模式的个性化药物方法来提高。关键字：粪便菌群，肠道菌群，微生物群 - 健康相互作用，短链脂肪酸（SCFA），粪便菌群移植（FMT），微生物群靶向的疗法。
微型小马种马的精液微生物组
上下文。对种马精液的微生物组成知之甚少。目标。描述在健康微型小马种马中检测到的微生物群。方法。精液标本是在一个时间点使用密苏里人的人工阴道收集的。在这些标本上进行了16S rRNA基因的基因组DNA测序 PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。 数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。 关键结果。 Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。 杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。 类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。 在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。 结论。 发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。 含义。 本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。关键结果。Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。结论。发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。含义。本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。
针对肾脏疾病中的肠道微生物群
肠道微生物组成是动态的，直接受多种因素影响，其中饮食是最重要的因素之一。11,12 从分类学上讲，肠道细菌分为门、纲、目、科、属和种。图 1 显示了肠道中六大最主要的细菌门，其中芽孢杆菌门和拟杆菌门（以前称为厚壁菌门和拟杆菌门）占健康人肠道微生物的 90%。13,14 斯坦福大学等人对 CKD 患者肠道微生物组成差异进行了系统评价。15 与健康对照组相比，CKD 患者的普氏菌科和 Roseburia 属的相对丰度较低，而肠杆菌科、链球菌科和肠球菌属的潜在致病菌数量明显较高。 15 由于样本量较小，关于血液透析 (HD) 和腹膜透析 (PD) 患者微生物群差异的研究报告有限。尽管如此，他们还是报告了
对含有复杂多糖化妆品对女性皮肤菌群组成的化妆品的影响的宏基因组学见解
结果和讨论：在80名志愿者的额头和脸颊皮肤样本中总共检测到24个门，其中前三个是蛋白质细菌，富公司和肌细菌。额头皮肤细菌菌群的主要属是Cutibacterium（11.1％），acinetobacter（10.4％），肠球菌（8.9％），ralstonia（8.8％）和葡萄球菌（8.7％） （8.7％），丙酸杆菌（7.9％），动杆菌（7.2％）和双杆菌（6.0％）。与基本奶油相比，含有复杂多糖的化妆品显着增加了额头和脸颊中葡萄球菌和芽孢杆菌的相对丰度，并降低了丙肽和双杆菌的相对丰度。因此，含有复杂多糖的化妆品可以改变皮肤细菌菌群的组成，这可能有助于维持皮肤的稳定条件。
在非洲棕榈象鼻虫幼虫（Rhynchophorus phoenicis）的不同肠道段中具有木质素降解潜力的细菌的细菌群落分析和鉴定
昆虫肠道内的微生物群对其宿主起有益的作用，例如促进消化和从饮食中提取能量。非洲棕榈象鼻虫（APW）生活在内部，并以高木质素树干为食。因此，他们的胆量可以藏有大量降落木质素的微生物社区。在这项研究中，我们旨在探索APW幼虫肠道内的细菌群落，特别是在各个肠道段中木质素降解的可能性方面，作为确定采矿细菌细菌木质素降解酶的生存能力的第一步，以使生物体生物素生物素生物素生物群生物体生物群生物体至生物群生物群至生物群生物群至生物素的生物分解。从APW幼虫的前身，中肠和后肠上提取细菌宏基因组DNA，并使用Illumina Miseq平台对16S rRNA基因的V3 -V4高变量区域进行了测序。对生成的数据进行了分析和分类分类，以鉴定肠道群落内的不同细菌系统型累积和每个肠道细分市场。然后，我们确定了每个幼虫肠室内与木质素降解相关的细菌的存在，多样性和丰度，作为建议木质素降解最多的肠段的基础。所有序列均分类并属于细菌王国。FIREICITES（54.3％）和蛋白杆菌（42.5％）是肠内最优势的门，随后是杆菌（1.7％）和静脉细胞杆菌（1.4％）。前身和中肠有许多类似的属，而后肠似乎是独一无二的。肠球菌，左骨杆菌，乳酸菌，Shimwellia，Megasphaera，Klebsiella，klebsiella，pectinatus，沙门氏菌，Lelliotia和肠杆菌构成了所有肠内最具幼虫的属。总体而言，含有21个属的总肠道细菌的29.5％是木质素降解者，主要是在企业和蛋白质细菌的门中发现的（分别为56.8和39.5％），然后在肌动杆菌（2.5％）和细菌（2.5％）和细菌（1.1％）中适度。最丰富的木质氨基利因属是Levilactobacillus（46.4％），克雷伯氏菌（22.9％），肠杆菌（10.7％），乳杆菌（5.9％）（5.9％），柑橘类杆菌（2.2％），corynenebacterium（1.8％），paucilactocillus（1.8％）（1.8％）（1.8％）（1.8％）（1.8％，1.8％，1.8％，综合综合综合症，综合体）在不同肠道室中发现了不同量的细菌（1.1％）和白细胞（1.0％）。前肢具有最多样化和最高的木质素降解系统型，
影响米酒生产区域中环境微生物的多样性和组成的环境因素
摘要：Shaoxing大米葡萄酒是中国米酒的著名典范。它的优质质量与土著自然环境密切相关。结果表明，富公司（75％），肌动杆菌（15％），蛋白质杆菌（5％）和杆菌植物（3％）构成了普遍的细菌组。在主要细菌属中，乳酸杆菌是最丰富的，占49.4％，其次是乳酸菌（11.9％），糖精孢子虫（13.1％），白肿瘤（4.1％）和热乳房（1.1％）。主要的真菌门是Ascomycota和zygomycota。在主要的属中，葡萄糖（59.3％）占据了最丰富的占主导地位，其次是saccharomycopsis（10.7％），曲霉菌（7.1％），温疗（6.2％），根瘤菌（4.9％），梯形（4.9％），梯形（2.2％）和妈妈（1.3％）。发现细菌和真菌群落的结构在环境中保持稳定，其多样性受到气候条件的强烈影响。环境因素（例如温度，气压，湿度，降雨和光线）的连续波动显着影响微生物种群的组成和多样性，尤其是主要的细菌群落。
微生物群落和硫酸盐还原
摘要：将分子分析和培养依赖性分离均组合在一起，以研究硫酸盐还原原核生物的多样性，并探索它们在全尺度厌氧消化体（Marrakech，Morocco）中的作用。在全球尺度上，使用16S rRNA基因测序，蛋白质细菌，杆菌植物，坚果，肌动杆菌，协同效应和euryarchaeota是最主要的门。古细菌的丰度（3.1–5.7％）与温度有关。MCRA基因范围为2.18×10 5到1.47×10 7基因拷贝。含有硫酸盐的总序列的5％的硫酸盐还原性的原核生物是peptococaccaceae，syntrophaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfovibrionaceaceae，syntrophobacteraceae，symtrophobacteraceae，desulfrophobacteraceae，desulfurellelaceae，desulfurellaceae，desulfobaceae。此外，DSRB基因的范围为2.18×10 5到1.92×10 7基因拷贝。结果表明，在厌氧消化过程中，对硫酸盐还原细菌的多样性和功能的探索可能在减少硫酸盐产量（一种不可能的副产品）中起关键作用。
在冷藏期间中国新鲜牛肉的微生物多样性和社区结构及其与液泡的相关性
摘要：为了研究中国新鲜牛肉（CFB）的微生物的多样性和动力学，在冷藏过程中无酸排放处理，采用了高通量测序来分析CFB对0、3、7和10天的冷藏。结果表明，真菌和细菌的社区丰富性显着下降。但是，早期阶段的多样性下降，并在后期增加。在门水平上，蛋白酶（74.1–94.1％）和Firmicutes（77.3–96.8％）是绝对主要的真菌和细菌门。真菌和细菌门的相对丰度表现出增加然后减少的趋势。在属水平上，念珠菌（29.3–52.5％）和乳酸菌（19.8–59.3％）分别是主要的真菌和细菌属。念珠菌的相对丰度显示出增加然后减少的趋势，而乳球菌则具有相反的趋势。KEGG代谢途径分析表明，碳水化合物代谢，膜转运和氨基酸代谢是细菌的主要代谢途径。BugBase预测表明，冷藏过程中CFB细菌的主要微生物表型为革兰氏阳性（17.2–31.6％）。相关性分析表明，乳酸菌，柠檬酸杆菌，蛋白质和杜鹃花可能是促进CFB中降级物质产生的主要微生物。这项研究为保存中国新鲜牛肉提供了理论基础。
用于宿主微生物群相互作用研究的体外模型系统
Wang等11建立了脾脏缺乏和食物积累的小鼠模型，并将其用于测试MMF对胃排空速率，肠道推进率，血清胃胃中核心和胆碱酯酶活性的影响。微生物16S rRNA检测在不同的小鼠粪便中进行。MMF改善了胃排空速率，肠道推进率和血清胃蛋白浓度。对照和MMF处理的小鼠之间的胆碱酯酶活性没有显着差异。16S rRNA测序表明，MMF增加了细菌植物的丰度，并减少了模型小鼠肠道中ver ver肉眼的丰度。fan等人12利用了通过在腹膜内注射将来的RESERPINE成立大鼠的FD大鼠模型。MMF每天经过经胃。在治疗后，用病理染色和免疫组织化学的表达评估了胃胃，脾和十二指肠大鼠的标本。血清胃肠道激素水平。MMF改善了FD大鼠的组织学结构，并提高了胃胃肠道，脾和十二指肠中Motilin，Gas-trin和Ghrelin的血清水平，同时降低物质P（SP），VA- SOACTIVE Intestive Intestinal多肽（VIP）（VIP）和Cholecystokystokystokinin（ccck）。使用16S rDNA测序甲基元素用于评估实验大鼠的肠道菌群。多样性分析表明，MMF组比正常组比FD组更相似，这表明MMF可以恢复肠道微生物群。QZWT处理未能恢复f/b比的变化。在门水平上，小组之间的微生物群体主要物种没有显着差异。与对照组相比，FD组的丰度显着增加，MMF减轻了这一变化。恢复了振荡螺旋藻和ruminococcus。Bai等人13使用了使用碘乙酰胺和水位平台创建的FD大鼠模型，以进行睡眠剥夺。在评估了MMF处理后，评估了评估蔗糖偏好，胃排空率，十二指肠的组织学变化以及促炎性细胞因子的血清水平。该研究表明，MMF降低了TNF-α和IFN-γ的血清水平，改善了十二指肠肠绒毛的形态，并改善FD大鼠中肠粘膜粘膜层状层损伤，以及无散性的偏好增加，并且胃排空率降低了FD Rats的胃清空率。MMF并未显着改变FD大鼠肠菌群的类型。与对照组相比，杆菌的液体降低，而FD组的企业水平则升高。与FD组相比，MMF组的富公司和蛋白细菌的丰度增加，而细菌群的水平降低。与对照组相比，FD组的菌群/杆菌群的比率显着降低，并且与FD组相比，MMF组的Firmicutes/Bacteroides的比率显着增加。有趣的是，响应MMF的杀菌剂的行为与Wang等11报道的相反。Chen等人14检查了Qii-Zhi-wei-wei-tong颗粒（QZWT）对使用慢性约束应力和碘乙酰胺诱导的慢性非慢性耐乳清胶质性胃炎模型模型的胃，结肠组织和血液中的促炎胆汁表现的影响。使用16S rDNA测序方法用于分析粪便中的肠道菌群群体。行为测试表明，QZWT减轻了小鼠慢性约束应激引起的焦虑和抑郁样行为。QZWT减轻了模型小鼠的胃粘膜炎症细胞浸润，并抑制了包括IL-1β和TNF-α在内的胃组织中促炎细胞因子的mRNA上调。与对照组相比，模型小鼠组的增强型公司/细菌群（f/ b）比率增加。QZWT增加了葡萄球菌，同种菌，曲霉杆菌，Akkermansia和Bifidobacterium的丰度，而它降低了Ruminococcus，de-Sulfovibrio，trindridium和adlercreutzia。炎症反应也减少了。观察到增加了Akkermansia属的水平和DeSulfovibrio属种群的降低。肠道菌群的改变与肠道细菌胆汁酸代谢有关。在胆汁酸组成方面，QZWT处理的小鼠与胃炎模型小鼠不同，支持QZWT通过肠道菌群调节代谢的可能性。Ammar等人15证明了使用Shime®系统在体外生产STW 5-II对pH，气体产生和短链脂肪酸（SCFA）的影响。还进行了16S rDNA测序和基于UH-PLC-HRMS的代谢物分析。STW 5-II是六种药用植物的多根本制剂：伊比利斯·阿玛拉（Iberis Amara），米塔（Menthae Piperitae），洋甘菊（Camomilla Recutita），格里西亚·格拉（Glycyrrhiza glabra），卡鲁姆·卡维（Carum Carvi）和梅利莎（Melissa officinalis）。stw 5-II已显示在涉及FD患者的几项临床试验中有效。stw 5-II导致pH和气体产生的持续变化，并增加了SCFA的产生。stw 5-ii促进了双歧杆菌科的富集，