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盐胁迫对水稻根际土壤细菌群落的影响
盐分是限制沿海滩涂土地利用的首要因素，根际微生物在增强作物抗逆性方面发挥着至关重要的作用，对环境变化高度敏感。水稻（Oryza sativa L.）是盐渍土改良的首选作物。本研究通过高通量测序技术，对不同盐胁迫处理下水稻根际土壤微生物群落进行了研究。研究发现，盐胁迫改变了水稻根际土壤细菌群落多样性、结构和功能。盐胁迫显著降低了水稻根际土壤细菌群落的丰富度和多样性。盐胁迫下，细菌群落中绿弯菌门、变形菌门和放线菌门丰度较高，厚壁菌门、酸杆菌门和粘球菌门相对丰度降低，拟杆菌门和蓝藻门相对丰度增加。水稻根际土壤细菌群落功能主要有化学异养、好氧_化学异养、光能营养等，其中化学异养和好氧_化学异养NS3（基土中添加3‰NaCl溶液）处理显著高于NS6（基土中添加6‰NaCl溶液）处理。本研究为开发水稻专用耐盐微生物菌剂提供了理论基础，为利用有益微生物改善滨海盐渍土土壤环境提供了可行的策略。
益生菌在结核病治疗中的潜力
摘要抗生素治疗的结核病可减少促炎细胞因子，这是营养不良的原因之一。肠道细菌，坚果菌和型菌群的比例分化了对药物敏感和耐药性结核的比例。肠道轴理论解释了结核病如何改变肠道菌群和免疫反应。肠肺轴是一个双向系统，可允许微生物产物，内毒素，代谢产物，激素和细胞因子进入血液，并影响肠和肺部。益生菌可能会影响结核病免疫反应。此叙述性评论包括2010年至2023年之间用英语和印度尼西亚人进行的研究。评论将使用数据库Cochrane库，Scopus，Medline，PubMed和Gray文献。使用来自肺结核患者的标本，感染结核分枝杆菌的健康志愿者，患有肺结核病病史的志愿者以及与肺结核患者紧密接触的志愿者都有资格。当前的评论强调了结核病中益生菌使用引起的免疫调节。因此，益生菌已被证明可以增强针对结核病的免疫反应。需要更多的研究来了解益生菌在不同类型的结核病中的作用，以及不同益生菌细菌对免疫调节的影响。关键字：肠肺轴；免疫;乳杆菌；微生物群；结核分枝杆菌
基本，萨马尔，菲律宾的喀斯特生态系统的细菌和真菌社区分析
菲律宾在石灰石景观中有大量的喀斯特或森林，但只有一小部分的研究和保护。尽管喀斯特森林的动植物是多种多样且独特的，但对居住在该生态系统中的菌群知之甚少。使用Illumina shotgun metagenome测序分析了菲律宾萨马尔三个位置的土壤样品中细菌和真菌的分类和功能组成。蛋白菌细菌和细菌细菌序列在喀斯特土壤中最普遍，其次是粉状，酸性杆菌，氯反llexi，planctcomycetes，callomicrobacteria，verrumicrobia，capterrobia，capteriodetes和deinocococcus-thermus。最丰富的真菌序列属于Ascomycota，其次是basidiomycota。在所有站点中，平均检测到3300万个预测的蛋白质特征。氮和硫代谢以及几种碳固定途径的酶途径似乎几乎完整。据我们所知，这是第一份有关微生物群落及其在菲律宾喀斯特森林生态系统健康中的作用的基线信息，这可能导致识别具有专业代谢的新微生物，并促进菲律宾Karst Forest的生物多样性保护。此外，与植物多样性的相关性分析将揭示植物 - 微生物相互作用，从而导致了解微生物和植物的适应性，丰度，生存和多样性。
尾巴鹰揭示了Compos
摘要。肠道微生物组的组成因饮食习惯而变化。我们使用11种禽类的粪便研究了饮食对肠道微生物组组成的影响，这些鸟类消耗了谷物，鱼类和肉类饮食。我们通过16S核糖体RNA的下一代测序（NGS）分析了肠道微生物组的多样性和组成。谷物差异比肉类和鱼类组具有更高的肠道微生物组多样性。谷物饮食组的细菌植物和坚硬的门比在肉类和鱼类基团中高。谷物基团的Veillonellaceae比肉类比肉类群高，而Eubacteriaceae的比率高于Fish-Diet习惯。为了阐明饮食在同一物种中的影响，将白尾鹰（Haliaeetus albicilla，n = 6）分为两组，仅给出了大约一个月的鹿肉或鱼。通过NGS分析了两组中个体的肠道微生物组的组成。有一些细菌水平（乳酸菌，科罗细菌等）的迹象在每个饮食组中。此外，上周在上周切换每种饮食的每个人都变成了细菌菌群组成的每个特征。上面的结果表明，即使在同一物种中，肠道微生物组的组成也取决于饮食。
肿瘤内微生物群调节肾上腺皮质癌对Mitotane
浸润菌群代表实体瘤微环境的新型细胞成分，可以影响肿瘤进展和对治疗的反应。肾上腺皮质癌（ACC）是一种罕见且侵略性的内分泌恶性肿瘤，米托烷（MTT）治疗代表一线治疗，尽管其疗效仅限于治疗窗口水平（14-20 mg/L）。迫切需要预测那些能够从MTT治疗中受益的患者的新颖标记以改善患者的管理。我们研究的目的是评估26种人类ACC组织中肿瘤内细菌菌群DNA的存在与9个健康肾上腺；此外，还探索了相对细菌组成谱，肿瘤质量特征和在治疗早期达到高循环水平的MTT能力之间的关联。我们发现在肿瘤和健康皮质标本的所有肾上腺样品中都存在细菌DNA，记录了恶性肿瘤和正常肾上腺之间微生物组成的显着差异：详细说明，ACC组织的特征是较高的proteeobacteria the Proteeobacteria the Proteebacteria the Proteudobobacteria（尤其是Pseudomonanas and serratia and serratia nersa and serratia enera）。此外，蛋白质细菌的低丰度与肿瘤大小，Ki67和皮质醇分泌负相关。MTT水平在9个月的时间较高的蛋白质细菌，假单胞菌和颈椎的ACC患者中达到较高的水平，并且杆菌，Firmicutes和链球菌的丰度较低。这些发现是第一个迹象表明，人类ACC的特征是细菌浸润，其特定的丰度概况似乎会影响9个月时循环MTT水平的增加。
自闭症和肠道微生物群的有影响力文章：书目资料概况和研究趋势
自闭症谱系障碍（ASD）是一种神经发育障碍，其特征在于社会交流和互动中的缺陷，以及重复和限制性行为模式的表现（APA，2022）。估计ASD的全球患病率估计约为1％，并且在各个国家 /地区随着时间的推移，患病率的估计值有所增加（Zeidan等，2022年）。患有ASD的人可能会有情感和行为问题，例如自我伤害，侵略性，发脾气和财产破坏（Jang等，2011）。他们经常有其他精神病，例如焦虑，抑郁和精神病（Dan等，2020）。ASD的经济成本巨大，其中包括医疗服务的成本，特殊教育，患有ASD的人的生产损失，护理人员生产力损失和暂息护理（Rogge and Janssen，2019年）。在美国，据报道，ASD的急诊室服务的平均年度支出为15,929美元，而非ASD的平均每年支出为2,598美元； ASD的门诊就诊的年度支出为4,375美元，而非ASD为824美元（Vohra等，2017）。在英国，据估计，与ASD的青少年需要额外的特殊教育或住宅教育的成本在6个月内售价10,507英镑（Barrett等，2015）。 据报道，肠道菌群的组成与ASD有关。 肠道微生物群具有非常多样的组成，由细菌以及真菌，病毒和原生物组成（Enaud等，2018）。 它与中枢神经系统有双向联系。 例如，最近的文献计量学在英国，据估计，与ASD的青少年需要额外的特殊教育或住宅教育的成本在6个月内售价10,507英镑（Barrett等，2015）。据报道，肠道菌群的组成与ASD有关。肠道微生物群具有非常多样的组成，由细菌以及真菌，病毒和原生物组成（Enaud等，2018）。它与中枢神经系统有双向联系。例如，最近的文献计量学肠道中的数百万个神经细胞形成肠神经系统，该系统被认为是第二个大脑（Gershon，1999）。已经研究了微生物群 - 脑轴，该途径的双向通信是通过各种机制发生的，包括肠神经系统，自主神经系统，免疫系统，免疫系统，激素和神经递质（Cryan和Dinan，2012年）。可能参与微生物元素参与ASD的发病机理，于1998年首次报道，当时Bolte（1998）提出了以下假设：TETANI神经毒素从胃肠道传递到中枢神经系统，通过迷走神经，引起ASD症状。在动物模型中已经研究了肠道微生物群和ASD之间的联系。一项在2019年发表的研究，该研究将人ASD患者从人ASD患者移植到无菌小鼠中揭示了受体动物中Hallmark自闭症行为的发展（Sharon等，2019）。 在人类研究中也报道了肠道菌群与ASD之间的关联。 例如，一项焦磷酸测序研究观察到，在ASD患者中，杆菌存在很高，而在健康对照组中，Firmicutes更为丰富（Finegold等，2010）。 鉴于与ASD和肠道微生物群有关的兴趣趋势的上升，值得在该研究领域的文献中确定最有影感的科学成就。 它可以可视化详细的结果，并帮助研究人员对领域中的研究轨迹有透彻的了解，并确定研究热点和差距。一项在2019年发表的研究，该研究将人ASD患者从人ASD患者移植到无菌小鼠中揭示了受体动物中Hallmark自闭症行为的发展（Sharon等，2019）。在人类研究中也报道了肠道菌群与ASD之间的关联。例如，一项焦磷酸测序研究观察到，在ASD患者中，杆菌存在很高，而在健康对照组中，Firmicutes更为丰富（Finegold等，2010）。鉴于与ASD和肠道微生物群有关的兴趣趋势的上升，值得在该研究领域的文献中确定最有影感的科学成就。它可以可视化详细的结果，并帮助研究人员对领域中的研究轨迹有透彻的了解，并确定研究热点和差距。文献计量分析是一种广泛使用的严格方法，用于探索广泛的科学数据集并提取有用的信息，例如作者名称，全部引用和国家分布（Donthu等，2021）。
糖尿病与...
常见的非传染性糖尿病在人体的几个部分中有许多并发症。口腔是受糖尿病症状影响的区域之一。口腔区域中糖尿病的最常见补充包括口腔干燥以及由微生物活性（例如龋齿，牙周疾病）和口腔念珠菌病或生理问题等微生物活性引起的口腔疾病增加，例如口腔癌，口腔癌，口腔癌，口腔综合征和颞叶肉眼疾病。糖尿病也对口服微生物群的多样性和数量有影响。口腔感染由糖尿病促进的主要是由于口服微生物群之间平衡的干扰而引起的。 某些口腔可能与糖尿病呈正相关或负相关，而另一些则可能不会受到影响。 糖尿病存在下最多的物种是细菌的脂肪菌，例如溶血链球菌，葡萄球菌属，prevotella spp。 ，leptotrichia spp。和veillonella和真菌念珠菌的物种。 proteeobacteria spp。 和双歧杆菌属。 是常见的微生物群，受糖尿病的负面影响。 通常，糖尿病的作用可能包括所有类型的口服微生物群，无论是细菌还是真菌。 在本次审查中将说明的糖尿病和口服微生物群之间的3种类型的关联是增加，减少或缺乏影响。口腔感染由糖尿病促进的主要是由于口服微生物群之间平衡的干扰而引起的。某些口腔可能与糖尿病呈正相关或负相关，而另一些则可能不会受到影响。糖尿病存在下最多的物种是细菌的脂肪菌，例如溶血链球菌，葡萄球菌属，prevotella spp。，leptotrichia spp。和veillonella和真菌念珠菌的物种。proteeobacteria spp。和双歧杆菌属。是常见的微生物群，受糖尿病的负面影响。通常，糖尿病的作用可能包括所有类型的口服微生物群，无论是细菌还是真菌。在本次审查中将说明的糖尿病和口服微生物群之间的3种类型的关联是增加，减少或缺乏影响。作为最终包含，在糖尿病存在下，大量口服微生物群增加了。
侵蚀蛋白作为饮食补充剂的潜在影响对斑点海鲈（Latellabrax Maculatus）的免疫力，抗氧化和肠道健康喂养高脂饮食
这项研究的目的是研究侵蚀蛋白对饲喂高脂饮食的斑点海鲈中免疫能力，抗氧化能力和肠道菌群的潜在影响。将共有360名少年随机分为六组，每组重复三个，每组重复二十条鱼。六组包括喂养正常脂肪饮食的CK（Calvin Klein）组，喂养高脂饮食（HF）的组和四组喂食的高脂饮食，分别补充了0.5％（G1），1％（G2），1％（G2），1.5％（G3）和2％（G4）inulin。实验持续了十周。结果表明，与CK组相比，斑点的海鲈中的高脂饮食消耗导致氧化应激损伤，免疫力降低，肠道组织病理异常和肠道菌群的不平衡。但是，与HF组相比，补充丁丁蛋白会显着增加超氧化物歧化酶活性，同时减少丙二醛含量。值得注意的是，补充1.5％的补充还导致补体3（C3）和免疫球蛋白M（IGM）水平显着增加，同时改善肠道组织形态。此外，门水平的分析表明，细菌植物，蛋白质细菌和坚硬是在斑点海鲈肠中发现的主要细菌基团。在属级别的鉴定方面，Muribaculaceae，Citrobacte和Prevotellaceae_ucg-001被确定为主要细菌基团。菊粉组中细菌植物和穆里巴曲霉的丰度最初增加，但随后随着补充量的增加而减少。
AcaFinder：抗 CRISPR 相关基因的基因组挖掘
摘要 抗 CRISPR（Acr）蛋白由（原）病毒编码，以抑制其宿主的 CRISPR-Cas 系统。编码 Acr 和 Aca（Acr 相关）蛋白的基因通常共定位以形成 acr-aca 操纵子。在这里，我们提出 AcaFinder 作为第一个 Aca 基因组挖掘工具。AcaFinder 可以 (i) 使用关联理论 (GBA) 预测 Acas 及其相关的 acr-aca 操纵子；(ii) 使用 HMM（隐马尔可夫模型）数据库识别已知 Acas 的同源物；(iii) 获取潜在原噬菌体、CRISPR-Cas 系统和自靶向间隔区 (STS) 的输入基因组；(iv) 提供独立程序（https://github.com/boweny920/AcaFinder）和 Web 服务器（http://aca.unl.edu/Aca）。 AcaFinder 被用于挖掘 16,000 多个原核生物和 142,000 个肠道噬菌体基因组。经过多步过滤，鉴定出 36 个高置信度的新 Aca 家族，是已知 12 个 Aca 家族的三倍。七个新的 Aca 家族来自人类主要肠道细菌（拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门）及其噬菌体，而大多数已知的 Aca 家族来自变形菌门和厚壁菌门。通过分析 Acrs 和 Acas 的操纵子共定位，揭示了它们之间复杂的关联网络。相同的 aca 基因可以与不同的 acr 基因重组，反之亦然，从而形成不同的 acr-aca 操纵子组合，这在进化过程中似乎很常见。
Long W，Li M，Gao Y，Zhang Y，Yuan X，Ye H，Huang H，Liang W，Zhang R，Du G.微生物群落，致病细菌和高风险的抗生物生物分离
抽象目标。该研究的目的是探索微生物群落，致病细菌和高风险抗生素抗生素基因的特征，沿海海滩与多功能宿主之间的相关性，以确定中国热带海岸海滩上的粪便源污染物的潜在物种生物标志物。“一项健康”方法用于海滩和温血宿主的微生物研究。微生物使用16S rRNA基因扩增子和shot弹枪元基因组学上分析了社区。非盐海滩的混乱，辛普森，香农和王牌索引大于属属和OTU级别的盐海滩（P <0.001）。bacteroidota，halanaerobiaeota，蓝细菌和富公司在盐海滩上很丰富（p <0.01）。人类采购的微生物在盐海滩上更丰富，占0.57％。粪便核酸杆菌和hallii菌群被认为是人类粪便污染的可靠指标。在盐海滩上观察到了耐高风险的碳苯甲酸克雷伯氏菌肺炎和基因型KPC-14和KPC-24。TET（X3）/TET（X4）基因和四种类型的MCR基因在海滩和人类上共发生； MCR9.1占多数。TET（X4）在蓝细菌中发现。在中国海滩上很少报道，但观察到病原体，例如藤本植物，肺炎军团菌和幽门螺杆菌。低微生物社区的多样性并未表明风险降低。高危ARM向极端沿海环境的转移应受到足够的关注。