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摘要 抗 CRISPR（Acr）蛋白由（原）病毒编码，以抑制其宿主的 CRISPR-Cas 系统。编码 Acr 和 Aca（Acr 相关）蛋白的基因通常共定位以形成 acr-aca 操纵子。在这里，我们提出 AcaFinder 作为第一个 Aca 基因组挖掘工具。AcaFinder 可以 (i) 使用关联理论 (GBA) 预测 Acas 及其相关的 acr-aca 操纵子；(ii) 使用 HMM（隐马尔可夫模型）数据库识别已知 Acas 的同源物；(iii) 获取潜在原噬菌体、CRISPR-Cas 系统和自靶向间隔区 (STS) 的输入基因组；(iv) 提供独立程序（https://github.com/boweny920/AcaFinder）和 Web 服务器（http://aca.unl.edu/Aca）。 AcaFinder 被用于挖掘 16,000 多个原核生物和 142,000 个肠道噬菌体基因组。经过多步过滤，鉴定出 36 个高置信度的新 Aca 家族，是已知 12 个 Aca 家族的三倍。七个新的 Aca 家族来自人类主要肠道细菌（拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门）及其噬菌体，而大多数已知的 Aca 家族来自变形菌门和厚壁菌门。通过分析 Acrs 和 Acas 的操纵子共定位，揭示了它们之间复杂的关联网络。相同的 aca 基因可以与不同的 acr 基因重组，反之亦然，从而形成不同的 acr-aca 操纵子组合，这在进化过程中似乎很常见。
AcaFinder：抗 CRISPR 相关基因的基因组挖掘
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