君主自旋RNA分离试剂盒(MINI)是一种综合解决方案,可用于保存样品,细胞裂解,去除GDNA,并从各种生物样品中纯化总RNA,包括培养的细胞,哺乳动物组织,微生物,植物,昆虫,昆虫和血液。使用此试剂盒也可以清理酶促反应和从Trizol®提取样品中纯化RNA。纯化的RNA具有高质量的指标,其260/280和260/230的比例通常> 2.0,高RNA完整性得分和最小的残留GDNA。捕获的RNA范围从全长RRNA到完整的miRNA。纯化的RNA适用于下游应用,例如RT-QPCR,cDNA合成,RNA-SEQ和基于RNA杂交技术。考虑到可持续性,君主套件的塑料使用量比市场上的其他套件要少得多。
组织活检的基因组分析结果与液体活检的互补数据的结合提供了有关肿瘤生物学的详尽信息。用富集来照亮无细胞的DNA制备是一种多功能试剂盒,可用于准备准备从循环DNA(CFDNA,无细胞DNA)和基因组DNA(GDNA,GDNA,基因组DNA)从FFPE织物中提取的书架(图1)。工作流程包括唯一的分子标识符(UMI,唯一的分子标识符),以校正误差和误报降低,从而可以准确且敏感地检测FFPE肿瘤样品中的低频突变。用ENRIGHMP照亮无细胞的DNA Prep与探针或富集面板照明和第三方,以支持灵活的实验设计。该应用程序上的注释表明,在高质量的NGS书店的一代中,没有光明细胞的DNA准备表现出色,并确定了FFPE冠军的低频体细胞变体。
图3。MGCL₂,KCL和TMAC对在60°C的延长温度下在靶标的90%放大的影响。使用Platinum II TAQ热启动DNA聚合酶在Proflex PCR系统上从金黄色葡萄球菌中扩增了富含的目标序列。每个20 µL反应包含10 ng的金黄色葡萄球菌和其他(a)1、1.5、2或2.5 mmmgcl₂,(b)30、50、70或90 mm kcl或(c)50、70、70、90、90、90、90或110 mm tmac。热循环条件:94°C时2分钟;在94°C,最佳退火温度下15秒的15秒循环(表4),在60°C下为30秒/kb。PCR产品以2%E-Gel 48含Sybr安全染色的琼脂糖凝胶运行。车道M:E-GEL 1 KB Plus Express DNA梯子。
生物学资格结果通过准备NGS库来评估hamilton ngs Star V上的Qiagen QiaSeq FX DNA方法的性能,并使用QIASEQ FX FX DNA库套件具有重复性,以下是不同的样品Buffer EB。进行了三种生物运行;两个使用大肠杆菌gDNA(DH10B)和QIASEQ珠或Agencourt Ampure XP珠(包括1个阴性对照)和一个使用Microbial社区组成ATCC MSA-1003(20个菌株),ATTC MSA-1001(10菌株)和E. Coli Gdna(dhsec)和QH10B(DH10B)(包括12个菌株)(包括12个菌株)和QASE(dhsseq)(QIACE)(QIACE),使用了八个样品,其中有八个样品和QIASEQ珠子或QIASEQ珠子或Agencourt Ampure XP珠(包括1个阴性对照)。在运行期间施加了10分钟的碎片时间和七个PCR周期。用于文库制备的生物学资格,用定量1x DSDNA HS分析套件确定最终文库浓度。随后,八样本运行的所有库的库大小分布,
使用特殊配方的缓冲液MB1和裂解矩阵E与MP BioMedicals的FastPrep®仪器结合使用,可以在几秒钟内实现各种样品的有效裂解。在套件中提供的列MB和套件缓冲液旨在提供高产量和纯度的GDNA,并与QPCR,限制消化和测序等下游应用兼容。
摘要 Argonaute (Ago) 蛋白是存在于真核生物和原核生物中的保守可编程核酸酶,可防御移动遗传元件。几乎所有已表征的 pAgo 都倾向于切割 DNA 靶标。本文,我们描述了一种来自 Verrucomicrobia 细菌的新型 pAgo (VbAgo),它可以在 37°C 下特异性地切割 RNA 靶标而不是 DNA 靶标,并可作为具有突出催化能力的多重周转酶发挥作用。VbAgo 利用 DNA 向导 (gDNA) 在规范切割位点切割 RNA 靶标。同时,在低浓度 NaCl 下切割活性显著增强。此外,VbAgo 对 gDNA 和 RNA 靶标之间的错配表现出较弱的容忍度,位置 11 至 12 的单核苷酸错配和位置 3 至 15 的双核苷酸错配会显著降低靶标切割。此外,VbAgo 可以在 37°C 下有效切割高度结构化的 RNA 靶标。VbAgo 的这些特性拓宽了我们对 Ago 蛋白的理解,并扩展了基于 pAgo 的 RNA 操作工具箱。
Omega Bio Tek E.Z.N.A. 组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060Omega Bio Tek E.Z.N.A.组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060
使用LAMP技术测量RobstԭԧDNA聚合酶的DNA链位移。使用细菌gDNA作为模板在等温对照下进行测定。将诸如模板,底漆,bu剂和放大器的方法等浓度进行操作。在UV LightAōer琼脂糖凝胶电泳下可视化灯产物。对酶的酶含量进行了12个月的储存测试,并发现该酶是稳定的。
基于自旋柱的DNA纯化试剂盒(例如Qiagen dneasy血液和组织试剂盒)一直是从包括腹足动物在内的各种生物体中提取基因组DNA的最爱。如前所述,这些套件的缺点是从某些样本类型(例如存储在乙醇中的样本类型)中可以实现的GDNA的数量和质量较低,但是在许多其他情况下,从其他样本类型中提取的GDNA可以很好地工作。可用的商业自旋柱套件的优点(例如Qiagen和Zymo品牌产品)是此过程中速度,易用性和缺乏有害化学物质的速度。蜗牛矢量工作组建议可以有效地使用几种基于自旋的柱子的试剂盒和方法,其中可以从新鲜组织中取出少量组织(例如部分头部脚),以避免过载和阻断旋转柱,并避免大量抑制物质的含量(请参阅Adema 2021)。此外,对于基于PCR的应用程序(甚至是扩增子面板),DNA质量和数量较低的DNA仍然适合使用,这些提供了一个不错的选择。注意,但是,使用Qiagen B&T旋转柱套件提取的生物胶质蜗牛的基因组DNA产生了具有出色读取长度的PACBIO组件(Bollmann,OSU)。
建议每个样本的 gDNA 质量为 2 µg,以确保有足够的基因拷贝来加载并最大化测序覆盖率。此方案适用于每个样本 1–4 µg。我们建议 Sequel、Vega 和 Revio 系统上的最低总 DNA 为 16 µg,以产生可测量的文库质量,Sequel 系统上的最大总 DNA 为 75 µg,Vega 和 Revio(非 SPRQ)上的最大总 DNA 为 100 µg,Revio +SPRQ 上的最大总 DNA 为 50 µg,适用于所有多路复用样本。