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剖析预
应对农业领域的紧迫挑战需要迅速推进育种计划，特别是对于葡萄等多年生作物。我们超越了传统的双亲数量性状基因座 (QTL) 定位，进行了一项全基因组关联研究 (GWAS)，涵盖了智利育种计划中的 588 个葡萄品种，跨越三个季节并测试了 13 个关键的产量相关性状。一个强有力的候选基因 Vitvi11g000454 位于第 11 号染色体上，与植物通过茉莉酸信号对生物和非生物胁迫的反应有关，与浆果宽度有关，并有可能在葡萄育种中提高浆果大小。我们还在 2、4、9、11、15、18 和 19 号染色体上定位了与采后性状相关的新型 QTL，拓宽了我们对决定果实采后行为（包括腐烂、皱缩和重量减轻）的遗传复杂性的了解。利用基因本体注释，我们在性状和仔细研究的候选基因之间进行了比较，为未来植物育种中的性状特征识别工作奠定了坚实的基础。我们还强调了在 GWAS 分析中仔细考虑响应变量选择的重要性，因为在我们的研究中使用最佳线性无偏估计量 (BLUEs) 校正可能导致葡萄性状中一些常见 QTL 被抑制。我们的研究结果强调了开拓长期保存性状的非破坏性评估技术的必要性，为葡萄育种者和栽培者提供了改善采后鲜食葡萄质量和减少浪费的见解。
优化机器学习预测肺炎克雷伯氏菌中最小抑制浓度
于2023年11月23日收到； 2024年3月7日接受；于2024年3月26日发表作者分支：1生物学与生物技术系，意大利帕维亚大学，意大利帕维亚大学； 2 MRC全球传染病分析中心，英国伦敦帝国学院； 3英国欣克斯顿的欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室； 4 Microbiology和病毒学单元，Fondazione Irccs Policlinico San Matteo，意大利帕维亚； 5英国巴斯大学生命科学系米尔纳进化中心； 6 Fondazione Irccs Policlinico San Matteo，意大利帕维亚。*信函：John A. Lees，Jlees@ebi。Ac。UKUK关键字：AMR；抗生素抗性；细菌基因组学； gwas;肺炎；机器学习；麦克风缩写：AMR，抗菌耐药性； BACC，平衡精度； CI，一致性指数； CPFX，环丙沙星； ES，效果大小； fn，假否定； Gen，庆大霉素； GTR，一般时间可逆； GWAS，基因组广泛的关联研究； LD，连锁不平衡； MAF，次要等位基因频率； MEM，MeropeNem； MIC，最小抑制浓度； SNP，单核苷酸多态性； TP，真正的积极； TZP，哌拉西林/tazobactam; WGS，整个基因组测序。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用二十四个支持数据和一个补充表。001222©2024作者
社论：植物复杂性状遗传解析的统计方法进展
在实际数据分析中，最常用的全基因组关联研究（GWAS）方法往往会遗漏一些重要的位点和性状遗传力。针对这些挑战，Li等（2022a）基于压缩方差分量混合模型建立了一种创新方法3VmrMLM。在3VmrMLM中，数量性状核苷酸（QTN）、QTN与环境互作（QEI）和QTN与QTN互作（QQI）检测中的所有效应都被压缩到一个效应相关向量中，而所有多基因背景都被压缩到一个向量相关的多基因背景中。该方法特别适用于杂合基因型比例较高的物种，如人类、森林、菊花和草原。3VmrMLM能取代现有的方法吗？答案是否定的，尽管3VmrMLM表现出优于现有方法的优势。对于以加性效应为主导的位点的检测，现有方法仍然适用，如在水稻、小麦和大豆中观察到的。由于 GWAS 基于历史重组的连锁不平衡，因此方法之间存在互补性（Zhang et al., 2019 ）。然而，现有方法在检测显性效应和小等位基因替换效应方面面临挑战（Zhang et al., 2023 ）。在分析真实数据时，通货膨胀因子或分位数-分位数图是评估方法性能的常用指标。然而，这对于我们的 mrMLM 和 3VmrMLM 方法（Zhang et al., 2020 ; Li et al., 2022a ）并不重要，因为它们的全基因组扫描旨在选择潜在相关的标记，而不是识别
银屑病关节炎的高级基因组学和临床表型
银屑病关节炎 (PsA) 是一种复杂的多基因炎症性疾病，在皮肤银屑病患者中表现出不同的肌肉骨骼受累情况。25% - 40% 的皮肤病患者同时患有 PsA，但 PsA 也可能早于银屑病的出现。尽管如此，银屑病和 PsA 的免疫发病机制表现出显著的相似性，在两种情况下，个体易感性起着重要作用。全基因组关联研究 (GWAS) 确定了几个与患 PsA 风险相关的基因/位点，这些基因/位点既依赖于银屑病，也独立于银屑病。因此，最大的挑战是需要将功能多态性的识别和其他遗传学发现转化为生物学机制，以及识别新的假定药物靶点。功能基因组学方法旨在提高 GWAS 能力，最近的证据支持使用多层过程，包括 eQTL、甲基化组、染色质构象分析和基因组编辑，以发现可能受疾病相关变异（如 PsA）影响的新基因。现有数据将 PsA 视为独特的均质临床实体，而临床经验支持不同患者的皮肤和关节表现存在很大差异，这些患者具有不同的肌肉骨骼和皮肤病学领域的潜在机制。功能基因组学数据有限，有助于更好地区分患者特征。我们在此回顾了 PsA 功能基因组学的最新发现，重点介绍了该领域令人兴奋的发展，以及这些发展如何使我们更好地了解疾病机制背后的基因调控，并最终改善临床表型。
组织因子途径抑制剂和白细胞介素-1受体水平在COVID-19
在这一问题的血栓形成和止血问题中，Li等人提供了COVID-19患者血栓形成生物标志物的进一步见解。17在使用两样本的孟德尔随机分析（MR）的回顾性分析中，他们评估了COVID-19患者的20个生物标志物之间的关系，包括非医院，住院和重症患者，包括非医疗化，住院和重症患者。来自基因组广泛研究研究（GWAS）的数据分析了来自37例CoVID-19的37例患者，以及来自22个同龄人的9,986例住院CoVID患者的GWAS荟萃分析，以及来自5,101名和4,792例患者的5,101例和4,792例患者的患者，分别为15和15例研究。主要发现的是Covid-19患者的组织因子途径抑制剂（TFPI）的水平较低，IL-1受体1型（IL-1R1）的水平较低。此外，COVID-19患者表现出较低水平的多凝结因子缺乏效率蛋白2的趋势，C - C型基序趋化因子3。此外，患有COVID-19的患者的纤溶酶原激活剂，组织型纤溶酶原激活剂和P-选择蛋白糖蛋白配体的水平较低。最后，作者确认了较早的发现患者的平均血小板体积和较低的血小板计数。作者提供了一个非常大的数据集中的信息，这些信息似乎可以对COVID-19患者的血栓形成和炎症机理产生新的见解。TFPI是组织因子诱导的凝血途径的关键抑制剂。动物模型中的发现表明TFPI在衰减动脉血栓形成中的作用，18
基因组级别的八分化 -
摘要古老的茶厂是珍贵的自然资源和茶叶遗传多样性的来源，对于研究植物的进化机制，多样化和驯化而具有巨大的价值。古老的茶叶植物之间的总体遗传多样性以及自然选择期间发生的遗传变化仍然很少理解。在这里，我们报告了由120个古代茶厂组成的八个不同群体的基因组重新陈述：来自吉州省的六组和云南省的两个团体。基于8,082,370个鉴定的高质量SNP，我们构建了系统发育关系，评估了种群结构并进行了全基因组关联研究（GWAS）。我们的系统发育分析表明，120个古老的茶厂主要聚集在三组和五个单个分支中，这与主成分分析（PCA）的结果一致。基于遗传结构分析，将古老的茶水进一步分为七个亚群。此外，发现古老的茶叶植物的变化不会因外部自然环境或人工育种的压力而降低（非同义/同义词= 1.05）。通过整合GWA，选择信号和基因功能预测，四个候选基因与三个叶片性状显着相关，并且两个候选基因与植物类型显着相关。这些候选基因可用于进一步的功能表征和茶植物的遗传改善。
使用高质量发现蛋白质定量性状位点...
在35,559名冰岛人的较大蛋白质组学研究中，Ferkingstad等。测试了与373种疾病和其他性状关联的血浆蛋白水平，并确定了257,490个关联。3整合了PQTL和遗传关联，研究人员发现，GWAS目录中45,334个铅关联中有12％与高链接不平衡的变体与PQTL的变体。他们还鉴定了938个基因，这些基因编码了潜在的药物靶标的变体，这些变异会影响可能的生物标志物水平。“结合蛋白质组学，基因组学和转录组学，我们提供了一种宝贵的资源，可用于改善对疾病发病机理的理解，并协助药物发现和发育，”他们总结道。
GATM基因中富含血统的变体与血清肌酐水平升高有关
抽象的背景血清杂星（SCR）水平用于使肾脏肾和健康。与其他祖先背景的人相比，非洲血统的个体具有更高的SCR水平 - 控制年龄，性别，大小，肾脏Funceon和疾病状况的差异。这种差异的原因是未知的。我们假设在非洲血统群体（非洲血统富含的变体）中可能存在相对高频的基因变种，与SCR级别升级的非洲血统个体有关。方法我们的研究样本由我们所有人的研究计划中的一个入门人组成。我们使用整个基因组序列数据为我们所有人的所有对象都进行了基因组序列数据，并选择了18,979个对非洲欧洲混合物，可用的SCR水平量度和人口统计协变量的18,979个对象。我们对此类群体进行了一系列对SCR水平的祖先信息的协会研究，以检验我们对与SCR相关的非洲祖先富含变体的假设。结果研究的入围室平均为80.8％的非洲和17.5％的欧洲血统。对骨scr的水平与女性的非洲血统（𝜌 = 0.79）和雄性（𝜌 = 0.84）有可能相关。使用标准GWA，基于单倍型的混合映射和祖先特定的GWAS，在15染色体（15Q223：45.3MB-45.5MB）上鉴定了同样的全基因组显着性相同的峰值。精细的映射IDENEFINFINFINFIEN，与GATM基因共同划分的14个变体的可信度集，该变体编码了一种生物合成酶Creaene，Creaene是Creaenine的代谢前体。铅GWAS变体的替代等位基因（RS2467850，CHR15：45379909：C：T）与SCR水平（β= 0.07，p = 2.28×10 -17）相关，与欧洲（0.413）相比，在较高的频率（0.413）中发现了（0.413）组（0.413）。这些变体中的13种与GATM表达相关，这是基于非洲裔美国人全血EQTL的先前研究，并且它们都显示出非洲血统增强的类似pamerns。基于10种非洲血统的变体的SCR多基因评分完全使观察到的非洲血统的scr级别与SCR水平相提并论。结论我们的发现表明，非洲血统的变体上调了GATM，从而解释了在非洲血统个体中观察到的较高水平的SCR，并强调了使用Geneec数据来衡量基因的poteneal caribibrate caribibrate caribibrate caribibrate newney funceon equaeone equaeon。关键词祖先，混合物，克雷氨酸，肾脏，全基因组协会研究（GWAS）
DNMT1，DNMT3A和DNMT3B DNA DNA甲基转移酶
2型糖尿病（T2D）是一种具有实质性遗传风险的多因素疾病，对此尚不完全了解潜在的生物学机制。我们通过分析37个发表的T2D基因组 - 广泛关联研究（GWAS）的遗传数据（GWAS），鉴定了多种概念T2D遗传簇，代表> 140万个个体。我们通过650个T2D相关的遗传变异和110 T2D相关的性状实施了软聚类，捕获了已知和新颖的T2D群集，具有不同的心脏代谢性状关联，跨两个独立的生物库，代表多样化的遗传种群，非洲人，非洲人，N = 21,906; n = 21,906; Admixed Assixed Assix; n = East; n = East; n = East; n = East; n = East; n = 142； n = 90,093;十二个遗传簇富含特定的单细胞调节区域。来自祖先组之间的分布分布的几个多基因评分，包括东亚血统中与脂肪营养不良相关的多基因风险的比例明显更高。T2D风险在欧洲亚群中的BMI为30 kg/m 2的BMI，东亚亚洲亚洲人口中的24.2（22.9–25.5）kg/m 2;调整了集群特异性遗传风险后，东亚组的等效BMI阈值增加到28.5（27.1–30.0）kg/m 2。因此，这些多种能式T2D遗传簇涵盖了更广泛的生物学机制，并提供了初步见解，以解释T2D风险概况中与祖先相关的差异。