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聚焦阿米凡他单抗 (JNJ-61186372) 治疗 EGFR 外显子 20 插入阳性非小细胞肺癌
摘要：具有致敏致癌驱动突变的非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者已从靶向治疗中获得了临床益处。EGFR 突变组成性激活信号通路，导致促生存和抗凋亡信号。经典的致敏 EGFR 突变，例如外显子 19 缺失和外显子 21 L858R 点突变，对酪氨酸激酶抑制剂 (TKI) 反应良好。另一方面，在 4-12% 的 EGFR 突变 NSCLC 中观察到 EGFR 外显子 20 同框插入，并且对 TKI 靶向治疗具有耐药性。2021 年 5 月，美国联邦药品管理局 (FDA) 加速批准了阿米凡他单抗 (Rybrevant) 用于接受铂类化疗后 EGFR 外显子 20 插入突变的局部晚期或转移性 NSCLC 成人患者。在这里，我们讨论阿米凡他单抗的特性、临床试验结果以及 EGFR 外显子 20 插入突变 NSCLC 患者的治疗。关键词：阿米凡他单抗、表皮生长因子受体、间充质上皮转化因子、MET、非小细胞肺癌、酪氨酸激酶抑制剂
转座元素插入与绿色蝴蝶hypolimnas misippus
1剑桥大学，剑桥大学，剑桥CB2 CB2 3EJ，英国2号生命之树计划，惠康桑格研究所，英国欣克斯顿3号弗里德里希·米舍（Max Planck Society of Max Planck Society of Max Planck Society tübingen，德国），德国，德国4号，4 4号，卢比根4号，卢旺达，卢旺达5 MPAL 5 MPAL 5 MPAL，RWANDA CENTIPLE，NANDA肯尼亚，莱基皮亚6日生物科学学院，加的夫大学，加的夫CF 10 3AX，英国7英国生态与水文学中心，Wallingford OX10 8BB，英国8 InstitutBotànicede Barcelona（IBB）（IBB），CSIC-CMCNB，CSIC-CMCNB，BARCELONA，BARCELORA康沃尔郡，佩林TR10 9FE，英国11 Turkana Basin Institute，Stony Brook University，Stony Brook，NY 11794，美国12，美国爱丁堡大学进化生物学研究所，英国爱丁堡大学
体核线粒体DNA插入在人脑中普遍存在，并在成纤维细胞中积累
1美国密歇根大学医学院计算医学和生物信息学系，美国密歇根州安阿伯市，美国48109，美国2哥伦比亚大学欧文大学欧文大学医学中心行为医学部，美国3美国哥伦比亚大学欧文医学中心，哥伦比亚大学神经疾病中心3疾病与大脑衰老大脑，哥伦比亚大学欧文大学医学中心，纽约，纽约，10032美国5生物化学和生物物理学系，加利福尼亚大学，旧金山分校，旧金山，旧金山，加利福尼亚州94158，美国6 Rush Alzheimer病阿尔茨海默氏病，芝加哥大学医学中心，IL 60612 USILATION，IL 66112 USICATION，NEUROUBS NEUROLGITY，NEURITATION，NEURITATION，NEURITATION，NEURITATION，NEURITATION，NEURITY MOLIST，HERTONICATION，NEURITINACT美国纽约州哥伦比亚大学欧文医学中心倡议，美国8纽约州精神病学研究所，美国9号，美国密歇根大学医学院的人类遗传学系，安阿伯，MI 48109，美国＃这些作者对remills@umills@umich.edu，Martin.picard@columbia@ccolumbia@ccolumbia.edu
使用长单链寡核苷酸供体在秀丽隐杆线虫中高效地进行 CRISPR/Cas9 介导的大型插入
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 9 月 27 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.09.26.509570 doi：bioRxiv 预印本
解码靶向整合的复杂性：使用纳米孔测序表征 CRISPR-Cas9 靶位点的 DNA 插入
考虑到纳米孔测序的~5%测序错误（主要是插入和缺失）和供体片段的部分截断整合，我们在分配数据时基于预期的完美插入大小将间隔扩大±20%。然后，我们用正向骨架插入（Bf）、反向骨架插入（Br）、正向F8盒式插入（F8f）和反向F8盒式插入（F8r）的grepseqs分析了9个数据集特定长度范围内的数据。最后，我们计算出F8盒式插入和骨架整合的比例，分别为40.24%和44.47%。有趣的是，完全供体整合占总插入事件的14.16%，而其余的插入涉及两个相同的片段和三个片段的整合（图5B）。
对改变转录因子间距的自然插入和缺失的系统分析可识别耐受性和敏感的转录
基因表达的抽象调节需要在启动子和增强子上对序列特异性转录因子（TFS）的联合结合。先前的研究表明，TF结合位点之间间距的改变会影响启动子和增强子活性。然而，由于自然发生的插入和删除（Indels）导致的TF间距改变的重要性尚未系统地分析。为了解决这个问题，我们首先表征了通过ChIP-Seq（Chro-Matin免疫沉淀测序）确定的人类K562细胞中73 TF的全基因组间距关系。我们发现了协作因素之间放松的间距的主要模式，其中包括45个TFS专门与其结合伴侣展示了放松的间距。接下来，我们利用了遗传多样的小鼠菌株和人个体提供的数百万个indels来研究间距改变对TF结合和局部组蛋白乙酰化的影响。这些分析表明，与直接影响TF结合位点的遗传变异相比，通常可以容忍自然存在的插入的间距改变。为了实验验证这一预测，我们在巨噬细胞系中的六个内源基因组基因座上引入了PU.1和C/EBPβ结合位点之间的合成间距改变。在这些位置，PU.1和C/EBPβ的合作结合明显，可耐受的间距的变化范围从5 bp增加到> 30 bp的降低。总的来说，这些发现对理解增强子选择的机制以及对非编码遗传变异的解释具有影响。
没有证据表明T1190中意外的转基因插入 - 用于快速周期育种的转基因苹果 - 遵循整个基因组测序
快速循环繁殖使用转基因早期流动植物，作为杂种父母，促进了多年生作物的繁殖繁殖计划的缩短。使用表达银桦树的BPMADS4基因的转基因基因型T1190建立了苹果的快速周期育种。在这项研究中，T1190及其非转基因的野生型引脚（F1-Offspring'pinova'和'iDared'的F1-OffSpring通过Illumina短阅读测序在两个单独的实验中进行了测序，导致T1190和167×PIS的平均测序深度为182×。测序显示8,450次读取，其中包含≥20bp的序列与植物转化载体相同。这些读数被组装成125个重叠群，检查了它们是否包含转基因插入或不使用五步程序。一个重叠群的序列表示T1190染色体4上已知的T-DNA插入。其余重叠群的序列在T1190和销钉中同样存在，它们具有与载体序列身份的部分同样存在于Apple参考基因组中，或者它们似乎是由内生污染而不是其他转基因插入的。因此，我们得出的结论是，转基因苹果植物T1190仅包含一个位于4号染色体上的转基因插入，并且没有进一步的部分插入转换载体。
20240323-基因编辑
Type of mutations: 突变的种类1. Substiutions of nucleotide/amino acid 取代2. Insertions and deletions 插入或去除3. Early stop/truncation/extension 截短或增长4. Duplications 复制
新生儿重症监护室的疼痛和压力
• 足跟穿刺（数据显示，对于婴儿来说，这比静脉穿刺更痛苦！）• 喂食管插入 • ETT/鼻塞 • 疫苗 • 静脉/动脉穿刺 • 换尿布 • 体温 • ROP 检查 • LP • 胶带拆除 • 管路放置（中央和周围！）• CT 插入
全基因组分析揭示了非...的贡献。
摘要背景：逆转录转座子被认为是孟德尔遗传病的病因，但它们在自闭症谱系障碍 (ASD) 中的作用尚未系统地定义，因为只有从全基因组测序 (WGS) 数据中才能以足够的灵敏度调用它们，并且最近才有足够大的队列进行此项分析。结果：我们通过建立可扩展的计算流程来检测逆转录转座子插入，分析了来自 Simons Simplex Collection 的 2288 个 ASD 家族的 WGS 数据。我们报告了 86,154 个多态性逆转录转座子插入（其中 > 60% 以前未报告）和 158 个新生逆转录转座事件。ASD 个体和未受影响的兄弟姐妹之间新生事件的总体负担相似，Alu、L1 和 SVA 分别每 29、117 和 206 个出生发生 1 个新生插入，总共每 21 个出生发生 1 个新生插入。然而，ASD 病例显示 ASD 基因中 L1 从头插入比预期更多。此外，我们仅在 ASD 个体中观察到功能丧失不耐受基因中的外显子插入，包括 CSDE1 中可能致病的外显子插入。结论：这些发现表明内含子和外显子逆转录转座子插入对 ASD 的影响不大但很重要，表明了 WGS 对其分析的重要性，并强调了特定生物信息学工具对高通量检测逆转录转座子插入的实用性。关键词：转座因子、逆转录转座子、自闭症谱系障碍、从头插入、多态性插入、从头率、Alu、SVA、LINE-1、神经生物学