5. Mishra Mitali. 等人。“抗生素耐药性特征、外膜蛋白、毒力因子和基因组序列分析表明,与环境分离株相比,肠杆菌临床分离株是潜在病原体”。《细胞与感染微生物学前沿》第 10 卷 (2020):54。
• 环境中普遍存在(包括废水中) • 病原体(尿路感染、血流感染、肺炎等)(机会性或高毒性) • 全球最严重的 AMR 威胁之一(ESBL、碳青霉烯酶等)
抽象的克雷伯氏菌肺炎是全球公共卫生的关注,因为无数多种过度呼吸和多药的克隆都与高死亡率相关。基于这些顽固的K.肺炎感染的分子机制,以及如何与几乎所有当今所有临床上重要的抗菌抗菌物质的谱系的毒性与抗性的毒力结合在一起,尚不清楚。在这项研究中,我们在亚洲最常报道的地方性K2-ST375病原体的K.肺炎ECL8中进行了全基因组筛查,以定义对富含营养的实验室培养基生长至关重要的基因(Luria-bertani [LB]培养基[LB]培养基),人类尿液和精神尿液。通过转座子定向插入位点测序(传统),总共427个基因被确定为LB琼脂上生长至关重要,而11和144个基因的转座子插入分别降低了尿液或血清的适应性。这些研究不仅提供了有关该病原体遗传学的进一步知识,而且还为发现新的抗菌靶标提供了强大的动力,以改善肺炎链球菌感染的当前治疗选择。
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未经同行评审证明)获得的是作者/资助者,他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。它是制作
摘要:对英国遍布医院的爆发的肺炎(K.肺炎)培养,持续了12个月以上。我们试图对爆发菌株进行序列和遗传表征。抗生素敏感性测试(AST)是在从暴发中保存的65 k肺炎分离株上进行的。使用牛津纳米孔技术(ONT)奴才流循环对所有分离株进行了测序:10个分离株,包括2017年最早收集日期的分离株,在Novaseq 6000平台上还测序,以构建高准确性纳米孔 - 小颗粒组件。在测序菌株中,60个键入ST628。96.6%(n = 58/60)ST628菌株具有大约247-kb fib(k)质粒,含有多达11种抗微生物抗性基因,包括扩展的谱β-内酰胺氨基氨基氨基氨基氨基酶(ESBL)基因,BLA CTX-M-15。使用单核苷酸多态性(SNP)键入爆发分离株之间的克隆性。暴发菌株在爆发前6年的2012年与临床ST628菌株有关。在持久的医学医学医学爆发期间,在多个独立的病房中检测到了具有多药抗药性(MDR)质粒的稀有ESBL K.肺炎K2 ST628菌株。建议对这种菌株进行监视,以防止未来的医院暴发。
街头食品是印度烹饪文化不可或缺的一部分,为顾客提供了多种负担得起的选择。但是,由于基础设施不足和街头小贩的瞬时性质,人们对与街头食品消费有关的公众健康风险的担忧持续存在。受污染的街头食品会导致食源性疾病,例如胃肠炎,伤寒,肺炎,食物中毒和丙型肝炎A。益生菌是有益的细菌,可以通过靶向特定的感染来有效。富含益生菌的果实饮料提出了一种创新的方法,可改善人口营养和益生菌提供。乳杆菌Gasseri是一种革兰氏阳性细菌,由于其对酸度的抗性和对肠道健康的有益作用,因此被证明是有希望的益生菌菌株。藻酸盐封装改善了益生菌菌株的稳定性和释放。益生菌果汁可以由富含抗氧化剂和养分的水果制成,例如西番茄,fragaria ananassa和phyllanthus emblica。这项研究的目的是使用分子方法来发现从街头食品中分离出来的klebsiella aerogenes(pp335235)。该研究还试图确定分离株的抗生素灵敏度模式,并探索用乳糖乳杆菌将果汁加固的潜力,作为益生菌营养的治疗策略。
于2023年11月23日收到; 2024年3月7日接受;于2024年3月26日发表作者分支:1生物学与生物技术系,意大利帕维亚大学,意大利帕维亚大学; 2 MRC全球传染病分析中心,英国伦敦帝国学院; 3英国欣克斯顿的欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室; 4 Microbiology和病毒学单元,Fondazione Irccs Policlinico San Matteo,意大利帕维亚; 5英国巴斯大学生命科学系米尔纳进化中心; 6 Fondazione Irccs Policlinico San Matteo,意大利帕维亚。*信函:John A. Lees,Jlees@ebi。Ac。UKUK关键字:AMR;抗生素抗性;细菌基因组学; gwas;肺炎;机器学习;麦克风缩写:AMR,抗菌耐药性; BACC,平衡精度; CI,一致性指数; CPFX,环丙沙星; ES,效果大小; fn,假否定; Gen,庆大霉素; GTR,一般时间可逆; GWAS,基因组广泛的关联研究; LD,连锁不平衡; MAF,次要等位基因频率; MEM,MeropeNem; MIC,最小抑制浓度; SNP,单核苷酸多态性; TP,真正的积极; TZP,哌拉西林/tazobactam; WGS,整个基因组测序。数据语句:文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据,代码和协议。本文的在线版本可以使用二十四个支持数据和一个补充表。001222©2024作者
a 南非医学研究委员会疫苗和传染病分析研究组,约翰内斯堡威特沃特斯兰德大学,南非 b 全球卫生部,比尔和梅琳达·盖茨基金会,美国华盛顿州西雅图 c KEMRI/威康信托研究计划,肯尼亚基利菲 d 英国牛津大学热带医学与全球卫生中心 e 英国伦敦大学圣乔治新生儿和儿科感染中心 f 瑞士巴塞尔巴塞尔大学儿童医院儿科研究中心 (PRC) g 阿姆斯特丹 UMC,阿姆斯特丹大学,神经病学系,阿姆斯特丹神经科学系,Meibergdreef,阿姆斯特丹,荷兰 h 阿姆斯特丹 UMC,阿姆斯特丹大学,儿科系,阿姆斯特丹神经科学系,Meibergdreef,阿姆斯特丹,荷兰 i 克罗伊登大学医院,英国伦敦 j 波士顿大学 CARB-X,美国马萨诸塞州波士顿 02215 k 马里兰大学医学院疫苗开发和全球卫生中心,美国马里兰州巴尔的摩 l 英国伦敦卫生与热带医学院传染病和热带病学院感染生物学系,伦敦 WC1E 7HT m 澳大利亚莫纳什大学中央临床学院传染病系,墨尔本,维多利亚 3004 n 马拉维-利物浦惠康计划儿科和儿童健康研究组,马拉维布兰太尔 o 英国伦敦卫生与热带医学院流行病学和人口健康学院传染病流行病学系,伦敦 WC1E 7HT p 乌干达坎帕拉马凯雷雷大学-约翰霍普金斯大学研究合作组织 q 美国俄亥俄州辛辛那提辛辛那提儿童医院医学中心和辛辛那提大学儿科传染病分部 r 印度韦洛尔基督教医学院临床微生物学系 s 同一个健康信托班加罗尔;普林斯顿大学,美国新泽西州普林斯顿 t 英国卫生安全局,英国波顿唐 u 世界卫生组织,瑞士日内瓦 v 意大利葛兰素史克全球健康疫苗研究所 w 乌干达坎帕拉上穆拉戈山路马凯雷雷大学健康科学学院医学院妇产科系 x 英国伦敦卫生与热带医学院卫生服务研究与政策系 y 瑞士日内瓦全球抗生素研究与发展伙伴关系 (GARDP) z 英国伦敦帝国理工学院医疗保健 NHS 信托基金儿科系 aa 英国卫生安全局病原体基因组学计划 ab 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院儿科系和分子微生物学系 ac 加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华儿童医院研究所疫苗评估中心 ad 加拿大不列颠哥伦比亚大学儿科系免疫接种,疫苗和生物制品,世界卫生组织,瑞士日内瓦
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未经同行评审证明)获得的是作者/资助者,他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是该版本的版权所有,该版本发布于2023年12月12日。 https://doi.org/10.1101/2023.12.12.12.571344 doi:Biorxiv Preprint
1个整形手术,博洛尼亚的IRCCS医院 - 意大利博洛尼亚40138; Alessandro.ammar@icloud.com(A.A。); ieroviazeneli@yahoo.com(F.Z.); mariaelisa.lozano@gmail.com(m.e.l.m.); riccardo.cipriani@aosp.bo.it(r.c。)2博洛尼亚大学医学和外科科学系(DIMEC),意大利博洛尼亚40138; e.zamagni@unibo.it(E.Z。); renato.pascale2@unibo.it(R.P. ); katia.mancuso3@unibo.it(k.m. ); pierluigi.viale@unibo.it(p.v. ); davide.pacini@unibo.it(d.p。) 3胸外科手术,博洛尼亚的IRCCS医院大学,意大利博洛尼亚40138; sweet.giampiero@gmail.com 4 Bologna IRCCS医院 - 40138意大利Bologna血液学5传染病单元,Bologna的IRCCS医院 - 40138 Bologna,意大利6 Otorinolaryngology,Irccs Hospitalngology,Irccs Hospital noversity of Bologna of Bologna,401138 Bologna,Bogna,4011138 Bologna,Ital,Ital,ITALAY; ottavio.piccin@unitn.it 7整形外科,Policlinico di Modena,Modena和Reggio Emilia,41126意大利Modena,意大利摩德纳8心脏手术,Bogna的IRCCS医院 - 大学,40138 BOLOGNA,意大利博洛尼亚; sifinsarez@aosp.bo.it *通信:marco.pignatti@unibo.it); katia.mancuso3@unibo.it(k.m.); pierluigi.viale@unibo.it(p.v.); davide.pacini@unibo.it(d.p。)3胸外科手术,博洛尼亚的IRCCS医院大学,意大利博洛尼亚40138; sweet.giampiero@gmail.com 4 Bologna IRCCS医院 - 40138意大利Bologna血液学5传染病单元,Bologna的IRCCS医院 - 40138 Bologna,意大利6 Otorinolaryngology,Irccs Hospitalngology,Irccs Hospital noversity of Bologna of Bologna,401138 Bologna,Bogna,4011138 Bologna,Ital,Ital,ITALAY; ottavio.piccin@unitn.it 7整形外科,Policlinico di Modena,Modena和Reggio Emilia,41126意大利Modena,意大利摩德纳8心脏手术,Bogna的IRCCS医院 - 大学,40138 BOLOGNA,意大利博洛尼亚; sifinsarez@aosp.bo.it *通信:marco.pignatti@unibo.it
