XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemLigase
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
功能活性（粘性终端连接）：20μl含有0.5 µL快速T4 DNA连接酶，12μgHindiii消化的lambda DNA和1x T4 DNA连接酶在37°C下孵育37°C，过夜，由Agarose gelorophoresis确定的片段，在> 95％的片段中，> 95％的片段。重新消化的连接产物，50μl反应，其中含有6μg连接的片段，40个单位Hindiii和1x的Nebuffer 2在37°C下孵育2小时，导致未检测到的未检测到的未发现的片段，因为琼脂糖凝胶电基果实确定。
lig1失活选择性地抑制BRCA1突变细胞在体外和体内的生长
我们在11个BRCA1/2野生型和2个BRCA1突变癌细胞系中进行了CRISPR筛选，以识别与BRCA1突变合成致死的靶标。除了USP1，PARP1和POLQ外，我们还将DNA连接酶基因lig1确定为新的靶标，当被击倒后，会选择性地杀死BRCA1突变细胞。对乳腺癌和卵巢癌细胞系中Achilles数据库中BRCA突变的内部分析进一步验证了BRCA1突变细胞在LIG1上的超依赖性。使用CRISPRN，CRISPRI和RNAI对LIG1的单基因扰动证实了LIG1在BRCA1突变细胞系中失活的致命作用，但不能BRCA1/2野生型细胞系。可以通过与外源性野生型LIG1 cDNA相辅相成，证明遗传工具的目标性质可以挽救这种生存能力。使用可降解的DNA连接酶I融合蛋白，我们证明了DNA连接酶I蛋白水平与BRCA1突变细胞中的生存能力之间存在很强的相关性。酶上无活性的DNA连接酶I突变蛋白（LIG1 K568A）无法营救由内源性LIG1耗竭引起的生存力的损失，从而从小分子抑制剂的角度来支持该靶标的易生化性。使用BRCA1突变体MDA-MB-436衍生的肿瘤在体内复制这些数据，其中肿瘤生长在LIG1丢失后抑制了> 80％。
识别新型降解剂和抗性机制...
选择性雌激素受体降解剂 回文重复序列 SERM 选择性雌激素受体 CRL Cullin-RING 连接酶调节剂 CSN COP9 信号体 sgRNA 单向导 RNA DCAF DDB1 和 CUL4 相关因子 SMI 小分子抑制剂 DDB1 DNA 损伤结合蛋白 1 SOCS/BC 细胞因子信号抑制剂/DNMT 从头甲基转移酶 elongin-BC DUB 去泛素化酶 SR 底物受体 E1 泛素活化酶 STK 丝氨酸/苏氨酸激酶 E2 泛素结合酶 TPD 靶向蛋白降解 E3 泛素连接酶 UPS 泛素-蛋白酶体系统
评论文章CDC20：癌症的新型治疗靶点
泛素 - 蛋白酶体系统（UPS）可用于异常或冗余蛋白质的降解和转化。UPS调节细胞的增殖，分化和代谢，神经网络形成，自动噬菌体以及其他生理或病理过程[1]。UPS受到严格控制，系统通常由泛素（UB），26S蛋白酶体，去泛酶的酶（DUBS），泛素激活酶（E1），Ubiq ubiq uitin uitin-conjugating酶（E2）和ubiquitin ligiigasase（E1）（E1）（E1）（E1）（E1）（E1）（E2）（E2）（E3）（E3）。APC是一种巨大的多sub单位蛋白质复合物，至少13个亚基可以通过泛素化控制细胞周期的关键底物。APC将它们定位在26S蛋白酶体中，启动后期，并通过进一步的降解[3]导致有丝分裂戒断。两个结构同源的辅助亚基CDC20和CDC20同源物1（CDH1）通常被视为“ APC coacti vators”。CDC20和CDH1负责扎带底物并激活APC的泛素连接酶活性，形成了两种不同的E3泛素连接酶配合物，APC CDC20和APC CDH1 [4]。cdc20主要在分区和早期G1阶段起抑制作用，通过降解securin和有丝分裂周期来阻碍分裂
年度报告2024
生物医学研究所2025-01-06奖学金宣布 - 博士后同学项目标题：泛素蛋白 - 依比Quitasin sigase huwe1在免疫项目持续时间和日期中的作用和机制：6个月，01.03.2025-31.08.08.2025应用程序申请书： Anetta.hartlova@gu.se项目摘要：背景天生免疫系统要求严格的法规以确保对病原体的有效防御而不会引起自我伤害。泛素化是一种关键的翻译后修饰，它控制了包括先天免疫信号通路在内的差异细胞过程。泛素化涉及通过E3泛素连接酶将泛素肽偶联到靶蛋白上。尚未完全了解参与先天免疫调节的E3泛素连接酶。最近，我们确定E3连接酶Huwe1是先天免疫的基本调节剂，并且这种酶在小鼠中的消融导致保护与年龄相关的炎症。目的该项目的目的是研究E3连接酶在调节不同先天免疫途径及其对年龄相关炎症和生理功能下降的影响中的作用和机制。方法我们将区分骨髓巨噬细胞和小鼠胚胎成纤维细胞与WildType和Huwe1敲除小鼠，并将在应激挑战时进行比较其细胞因子反应，包括特定先天免疫途径的定义配体。申请应通过电子邮件发送至：anetta.hartlova@gu.se申请应包括：
HiHo-AID2：提高纯合敲入效率可实现人类生长素诱导的降解细胞的强劲生成
背景 生长素诱导降解 (AID) 技术可通过化学遗传学控制蛋白水解 [ 1 ]。为了应用 AID，需要通过基因工程将不稳定肽或“降解决定子”标记到目标蛋白上。生长素受体（如 Os TIR1）在相同细胞中外源表达，作为 Skp1-Cullin1-TIR1 (SCF TIR1 ) 泛素连接酶复合物的底物识别亚基发挥作用。生长素（如吲哚-3-乙酸，IAA）作为化学胶水连接 SCF TIR1 泛素连接酶和降解决定子标记蛋白，导致降解决定子标记蛋白快速多泛素化和蛋白酶体降解 [ 1 , 2 ]。 AID 能够快速高效地降解靶蛋白，避免长期沉默或 CRISPR 敲除过程中出现的副作用，并为理解动态生物过程中不同靶蛋白的功能提供了重要的机制见解 [ 3 – 7 ]。然而，一些障碍限制了我们充分发挥 AID 潜力的能力。
针对靶向蛋白质降解的小分子方法
许多基本的生物过程都通过接近度调节，从膜受体信号传导到转录活性。泛素蛋白酶体系统以泛素连接酶为限制步骤来控制蛋白质降解。泛素连接酶通常在底物募集水平上受到控制，因此是通过接近度控制的。有天然和合成的小分子也通过诱导的接近性起作用。例如，沙利度胺可有效治疗多发性骨髓瘤，并作为一种分子胶，可稳定泛素蛋白连接酶和连接酶其他未针对的蛋白质之间的新型蛋白质 - 蛋白质相互作用，从而导致新的底物降解。关于新降级分子的新兴数据具有不同的机制，不同于分子胶，这些机制通常反映了控制自然界中底物 - 岩酶接近性的调节机制。在这篇综述中，我们总结了我们目前对蛋白质降解的生物学和合成调节的理解，并分享了我们对这些多样化机制如何启发新的治疗方向的看法。
SUMO1的泛素化和小分子降解器的降解扩展了小鼠的存活率
发现了激活泛素连接酶介导的泛素化和在癌细胞中靶向癌蛋白的泛素化和降解的小分子降解者一直是一种难以捉摸的治疗策略。在这里，我们报告了基于NCI药物的化合物库的基于癌细胞的药物筛选，该筛选能够鉴定与泛素蛋白相关的小子相关修饰剂1（SUMO1）的小分子降解器（SUMO1）。命中化合物CPD1的类似物的结构活性关系研究导致识别具有改善性能和体外和体内抗癌效力的铅化合物HB007。基因组尺度CRISPR-CAS9敲除屏幕确定了Cullin 1（Cul1）E3泛素连接酶的底物受体F-box蛋白42（FBXO42），这是HB007活性所需的。使用HB007下拉蛋白质组学测定法，我们将HB007的结合蛋白作为细胞质激活/增殖相关蛋白1（caprin1）。Biolayer干涉法和复合竞争性免疫印迹测定法证实了HB007与Caprin1的结合的选择性。与caprin1结合时，HB007诱导caprin1与FBXO42的相互作用。fbxo42然后将SUMO1募集到Caprin1-Cul1-FBXO42泛素连接酶复合物，其中SUMO1在几个人类癌细胞中泛素化。HB007在植入小鼠中的患者肿瘤衍生异种移植物中有选择性降解SUMO1。全身施用HB007抑制了小鼠中患者衍生的大脑，乳腺癌，结肠和肺癌的进展，并增加动物的存活率。这种基于癌细胞的筛查方法使发现了SUMO1的小分子降解器，并且可能有助于识别其他小分子降解剂的其他小分子降解器。
Sophie Luo1*，Mai Nguyen2，Jack J Collier2，Sidong ...
Mapl的过表达（OE）是一种外部线粒体膜相关酶[1,2]诱导由MDVS的产生[3]携带线粒体DNA（MTDNA）驱动的炎症细胞死亡（凋亡）（图1）。•在此途径期间，内侧溶性也受损。•我们假设将mtDNA传递到内溶液体