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ONMIMHC：通过增强的肽-MHC结合预测的UCEC肿瘤疫苗开发的机器学习解决方案
免疫系统中主要的组织相容性复合物（MHC）I类和II类分子的关键作用已得到很好的确定。本研究旨在开发一种新型的机器学习框架，用于通过MHC I类和II类分子预测抗原肽表现。通过整合大规模质谱数据和其他相关数据类型，我们基于深度学习提供了预测模型ONMIMHC。我们使用独立的测试集对其性能进行了严格的评估，ONMIMHC在MHC-I任务中的PR-AUC得分为0.854，Top20％-PPV为0.934，这表现优于现有方法。同样，在MHC-II预测的域中，我们的模型ONMIMHC的PR-AUC得分为0.606，TOP20％-PPV为0.690，表现出优于其他基线方法。这些结果证明了我们模型ONMIMHC在准确预测MHC-I和MHC-II分子之间的肽MHC结合后的优势。凭借其出色的准确性和预测能力，我们的模型不仅在一般的预测任务中出色，而且在预测新抗原针对特定癌症类型的新抗原方面也取得了显着的结果。特别是对于子宫菌群子宫内膜癌（UCEC），我们的模型成功地预测了新抗原，对普通人类等位基因具有很高的结合概率。这一发现对于开发针对UCEC的个性化肿瘤疫苗非常重要。
通过几何深度学习提高MHC-I结合肽预测的概括性
肽与主要组织相容性复合物（MHC）分子之间的相互作用在自身免疫，病原体识别和肿瘤免疫方面是关键的。癌症免疫疗法的最新进展需求需要更准确的MHC结合肽计算预测。我们解决了与MHC结合的肽预测的普遍性挑战，从而揭示了当前基于序列的方法的局限性。我们利用几何深度学习（GDL）的基于结构的方法表明，在看不见的MHC等位基因的普遍性方面有望提高。此外，我们通过在结构（3D-SSL）上引入一种自我监督的学习方法来解决数据效率。在不暴露于任何绑定亲和力数据的情况下，我们的3D-SSL优于基于序列的方法，该方法在〜90倍的数据点上训练。最后，我们证明了基于结构的GDL方法对乙型肝炎病毒疫苗免疫肽疗法案例研究的结合数据的偏见。这项概念验证研究强调了基于结构的方法增强通用性和数据效率的潜力，对数据密集型领域（如T细胞受体特异性预测预测）具有重要意义，为增强对免疫反应的理解和操纵铺平了道路。
血小板EVS包含参与蛋白质加工的活性蛋白酶体，以通过MHC-I分子
Genevieve Marcoux（瑞典隆德大学）AudréeLaroche（加拿大Chu deQuébec）Stephan Hasse（加拿大Chu deQuébec）Marie Bellio（加拿大Chu deQuébec，加拿大）魁北克） Zufferey（Quebec -Quebec-加拿大拉瓦尔大学）TaniaLévesque（加拿大微生物学和免疫学系）Johan Rebetz（瑞典实验室医学）Johan Rebetz（Annie Karakeussian） （加拿大蒙特利尔大学研究中心）Sylvain Bourgoin（加拿大魁北克大学医院中心研究中心）HindHindHindHindHindHindHindhindite Jean Monnet-Universite de Lyon，Fabrice de Lyon，Fabrice Cognasse（Lyon; French of Lyon; French Blass; French Blass; efs）荷兰）约翰·塞姆普尔（瑞典隆德大学）玛丽·乔斯·赫伯特（Marie-JoséeHebert）（加拿大蒙特利尔大学）法国皮雷恩（Paris University Paris是Créteil，Inserm U955加拿大蒙特利尔）Benoit Vingert（法国血液建立）Eric Boilard（Chu de Quebec，加拿大）
临床心理健康咨询（CMHC）学生...
4 a。 b。 c。 d。 e。 f。 g。 h。我。 COUN 505 – Prof. Orientation COUN 550 – Classic Theories of Counseling I COUN 515 – Ethics I COUN 551 – Contemporary Theories of Counseling I CMHC 520 – Diagnosis & Psychopathology I COUN 525 – Counseling Across the Lifespan I COUN 520 – Social & Cultural R COUN 585 – Research & Program Eval I COUN 605 – Pre-Practicum I I COUN 530 – Group Counseling & Group Work I R CMHC 570 – Foundation of Addictions Counseling R COUN 555 – Crisis, Trauma, & Suicide COUN 610 – Practicum I I COUN 510 – Assessment & Appraisal I R CMHC 575 – Psychopharm & Neuroscience R COUN 580 – Career Development and Counseling R R A COUN 615 – Internship I R R R COUN 635 - Capstone COUN 620 – Internship II A A A R CMHC 515 –家庭后培训（NCE，CPCE，调查）关键绩效指标分配
CMHC策略手册I-68.02。
II。 所有设施的设施医务人员将访问“需要DNA测试的囚犯”计算机屏幕（每周至少每周一次），以识别那些以前尚未确定并且需要DNA标本收集的囚犯。 对于需要大量需要DNA标本收集的囚犯的设施，并非一次收集所有样品。 任何在释放后180天内的囚犯都必须收集标本。 这些设施应尽一切努力在资源许可证中从清单上的所有囚犯那里收集标本。II。所有设施的设施医务人员将访问“需要DNA测试的囚犯”计算机屏幕（每周至少每周一次），以识别那些以前尚未确定并且需要DNA标本收集的囚犯。对于需要大量需要DNA标本收集的囚犯的设施，并非一次收集所有样品。任何在释放后180天内的囚犯都必须收集标本。这些设施应尽一切努力在资源许可证中从清单上的所有囚犯那里收集标本。
评估和原位库扩展小分子MHC-I诱导剂
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该预印本版本的版权持有人，该版本发布于2025年2月5日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.31.635109 doi：Biorxiv Preprint
MHC II类别的不同非专业抗原...
呼吸系统持续暴露于外界，使其容易受到空气中的颗粒和有害病原体（如细菌和病毒）的影响，可以通过呼吸进入。抗原呈递细胞（APC）在对T细胞的抗原并启动适应性免疫细胞的反应时，在先天免疫反应中具有至关重要的功能。专业的APC吞噬外来微生物，并使用MHC分子向T淋巴细胞展示其肽。MHC II在其细胞表面上，并可能呈现与CD4 + T细胞的抗原。此外，各种其他类型的细胞具有相似的功能，也可以通过表达MHC II来充当APC，从而影响肺部疾病的进展，例如肺泡上皮细胞（AEC），内皮细胞（ECS），内皮细胞（EC），成纤维细胞，先天性淋巴样细胞（ILCS），分裂，卵形，卵形，卵形，卵形，卵形，卵形，卵形，卵形，分裂，分裂，分裂，分裂，分裂层。表达MHC II并存在抗原。非专业APC类型及其提供的额外信号对CD4 + T细胞编程和下游效应器机制有直接影响。在这里，我们总结了有关MHC II在不同肺部疾病中非专业APC的表达的现有研究及其对CD4 + T分化类型和疾病结果的影响，以进一步阐明MHC II在不同非专业APC中的作用
de从设计的PMHC粘合剂促进T细胞诱导癌细胞杀死
通过T细胞受体（TCRS）对CD8 + T细胞对细胞内抗原的识别对于适应性免疫是至关重要的，可以针对感染和癌症产生反应。最近批准TCR基因编辑的T细胞用于癌症治疗，证明了使用PMHC识别消除癌症的治疗优势。但是，从患者材料中识别和选择TCR是复杂的，并且受使用的捐赠者的TCR库的影响。为了克服这些局限性，我们在这里提出了一个快速且坚固的DE NOVEN-DE DE平台，该平台利用了最新的生成模型，包括RfDiffusion，Proteinmpnn和Alphafold2，以靶向癌症相关PMHC Complex，NY-ESO-1（NY-ESO-1（157-165） /HLA-A-HALA-A*02.02.02.02通过将其纳入硅交叉铺设和分子动力学模拟中，我们增强了特异性筛选，以最大程度地减少脱靶相互作用。我们确定了一种MIBD，该MIBD对NY-ESO-1-衍生的肽Sllmwitqc具有很高的特异性，其中HLA-A*02：01和哺乳动物显示分析中的最小交叉反应性。我们通过将其整合到嵌合抗原受体中，进一步证明了该MIBD的治疗潜力，作为免疫介导的杀伤剂（Bikes）的从头粘合剂（自行车）。bike-与非转导的对照相比，有效地有效地杀死了NY-ESO-1 +黑色素瘤细胞的T细胞，证明了这种方法在精确癌症免疫疗法中的希望。我们的发现强调了生成蛋白设计在加速高特异性PMHC靶向疗法方面的变革潜力。除了使用CAR-T应用程序，我们的工作流程为开发MIBD作为多功能工具而建立了基础，预示了精确免疫疗法的新时代。