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基准生物学方法杂志| 2023 |卷。 10 | e99010003 doi：10.14440/jbm.2023.376基准组件免费纳米孔阅读映射
千足片是将叶子回收到热带生态系统中的土壤中的关键参与者。为了阐明其肠道菌群，我们从波多黎各的不同城市收集了千足虫。在这里，我们的目标是基准哪种方法最适合这个高度复杂的千足型微生物组的元基因组脱脂。我们用牛津纳米孔技术（ONT）奴才序列对肠道DNA进行了测序，然后使用Megan-LR，Kraken2蛋白模式，Kraken2核苷酸模式，GraphMap和MiniMAP2分析了数据，以对这些较长的ONT进行分类。从我们的两个样本中，我们分别获得了87,110和99,749个ONT读数。kraken2核苷酸模式与门和类分类级别的所有其他方法相比，读取最多的读取性，对两个样本中的读取中的75％进行了分类，其他方法未能分配足够的读数，以在类似物稀有曲线中产生分类曲线，以表明它们需要对这些进行分类的较大分类，以使这些曲线分为稀有曲线，以完全进行分类以进行分类。社区的各种方法是多种多样的，所有方法将两个样本中的20-50门分类。使用的读取和门类似于五个基准测试的读数和门的明显重叠。我们的结果表明，Kraken2核苷酸模式是应用这个高度复杂群落的宏基因组学脱脂的最合适工具。
曾感染 Omicron BA.1/BA.2 且接受疫苗加强接种的人群中 Omicron BA.5 中和率
我们从丹麦奥登塞大学医院的工作人员和公众中招募了健康的参与者；所有参与者均签署了知情同意书。我们在 2021 年 11 月 18 日至 2022 年 2 月 4 日期间（即他们接种第三次 BNT162b2 疫苗四周后）从接种疫苗队列中的 24 名参与者中采集了血清（表）。我们在 2022 年 1 月 26 日至 4 月 19 日期间（即 Omicron BA.1/BA.2 突破性感染四周后）从恢复期队列中的 12 名参与者中采集了血清（表）。我们对 Delta 和 Omicron BA.1、BA.2 和 BA.5 变体的真实 SARS-CoV-2 临床分离株进行了斑块减少中和试验 (PRNT)，如前所述 (8)。我们记录了 PRNT 90 滴度，这是血清样本的最高稀释度，可使斑块减少率 >90%。我们使用 MinION 测序仪（Oxford Nanopore Technologies，https://nanoporetech.com）通过纳米孔全基因组测序鉴定了谱系，并将序列上传到 Gen Bank（Delta 的登录号为 ON055856，BA.1 的登录号为 ON055874，BA.2 的登录号为 ON055857，BA.5 的登录号为 OP225643）。我们使用 Liaison TrimericS IgG 定量免疫测定法（DiaSorin，https://www.diasorin.com）分析了所有血清样本中的刺突特异性抗体。为了验证接种疫苗人群中的 SARS-CoV-2 初次感染状态，我们使用 Alinity SARS-CoV-2 IgG 分析了血清中的核衣壳特异性抗体
S12915_020_00927_9.pdf
背景：鞭毛藻是水生生物的人，在全球海洋中特别广泛。有些人负责有毒的花朵，而另一些人生活在共生关系中，既可以作为珊瑚中的共生式共生体，要么是感染其他生物和动物的寄生虫。鞭毛菌具有非典型的大基因组（〜3至250 GB），其基因组织和基因表达模式与密切相关的Apicomplexan寄生虫截然不同。在这里，我们测序并分析了两种早期差异和同时发生的寄生虫鞭毛蛋白变形虫菌株的基因组，以阐明这种非典型基因组特征，鞭毛藻酸酯的进化和宿主专业化的出现。结果：我们使用Illumina配对的短读和牛津纳米孔技术（ONT）的长读测序方法的组合，对两种变形虫菌株（A25和A120）进行了测序，组装和注释的高质量基因组（A25和A120）。我们发现了少数可转座元素，以及短的内含子和基因间区域以及有限的基因家族，共同促进了大变形虫基因组的紧凑性，这一特征可能与寄生虫有关。大多数变形虫蛋白（A25的63.7％和A120的59.3％）没有功能分配，但我们发现许多与Dinophyceae共享的直系同源物。我们的分析表明，尽管种间蛋白质序列相似性低，但两种基因组之间的单向簇编码和高水平的同步保护的基因趋势很强。
在英国持久的医院爆发期间检测到的稀有ESBL ST628肺炎肺炎的遗传分析
摘要：对英国遍布医院的爆发的肺炎（K.肺炎）培养，持续了12个月以上。我们试图对爆发菌株进行序列和遗传表征。抗生素敏感性测试（AST）是在从暴发中保存的65 k肺炎分离株上进行的。使用牛津纳米孔技术（ONT）奴才流循环对所有分离株进行了测序：10个分离株，包括2017年最早收集日期的分离株，在Novaseq 6000平台上还测序，以构建高准确性纳米孔 - 小颗粒组件。在测序菌株中，60个键入ST628。96.6％（n = 58/60）ST628菌株具有大约247-kb fib（k）质粒，含有多达11种抗微生物抗性基因，包括扩展的谱β-内酰胺氨基氨基氨基氨基氨基酶（ESBL）基因，BLA CTX-M-15。使用单核苷酸多态性（SNP）键入爆发分离株之间的克隆性。暴发菌株在爆发前6年的2012年与临床ST628菌株有关。在持久的医学医学医学爆发期间，在多个独立的病房中检测到了具有多药抗药性（MDR）质粒的稀有ESBL K.肺炎K2 ST628菌株。建议对这种菌株进行监视，以防止未来的医院暴发。
dive novo纳米孔基因组测序临床Diutina catenulata型型cbs565
受污染的奶酪，但这种物种越来越多地据报道，该物种越来越多地显示出高丙核麦克风的奶酪，这是人类侵入性感染的原因[4-6]。在这里，我们提供了从头基因组组装和临床D. catenulata型CBS565的注释。D. catenulata型CBS565在1926年是从一个痴呆症患者的粪便中分离出来的，当时居住在波多黎各[1]。基因组DNA提取。使用连接测序试剂盒（SQK-LSK109; ONT，UK，UK）和本机条形码套件（EXP-NBD114; ONT）进行连接测序试剂盒（SQK-LSK109； ONT）进行纳米孔测序文库制备。根据制造商的协议，将两个库运行到奴才流中心（Flo-Min106; ont）上。使用Guppy v5.0.16对原始的纳米孔读数进行了基础？B9FCD7B5B（ONT）使用设置 - 浮雕flo-min106-Kit SQK-LSK109-Barcode_kits exp-nbd114-device cuda：0，由消除电源和条形码放在同一软件中。使用参数-nano- raw \ fastq [ - uot-dir \ directory \ div> flye v2.9（https：//github.com/ fenderglass/flye; [8]）进行 de Novo基因组组装。使用GenomeQC评估了组装的基因组质量[9]。总基因组大小为14,464,696 bp，n50为2,438,920 bp，在9个重叠群上分配（范围为3,918,888-888-370,337 bp;
Pandya SR 和 Singh H. 纳米技术的飞跃
解码宇宙基因蓝图：得益于纳米孔 [5] 测序技术，在太空深处，甚至 DNA 也能揭示其秘密。牛津纳米孔公司的 MinION 等设备配备了纳米材料，可以实时解码遗传信息。通过利用纳米孔，我们可以揭示生命本身的基因蓝图，帮助我们理解从适应微重力的细菌到潜在的外星生命形式的各种生物。用纳米级帆推动梦想：“突破摄星”是一项富有远见的计划，设想一支由石墨烯（一层碳原子）制成的超薄帆（Starchip）推动的纳米飞行器舰队。当被激光能量击中时，这些帆将开始星际旅行，突破传统推进的极限。未来的宇宙风由纳米级线编织而成，可以带我们飞向星空。打造太空服技术的未来：即使在最恶劣的环境中，纳米技术也能增强我们的保护。加固了纳米涂层的太空服不仅仅是一种服装，更是人类能力的延伸。这些涂层具有自清洁功能，可防止有害紫外线辐射，并具有最佳的热管理功能，可确保宇航员在探索未知领域时安全舒适。收集能量并确保纯度：由压电纳米材料驱动的纳米发电机可从太空的振动和温度变化中捕获能量。这些创新机器为传感器、设备和通信系统提供动力，扩大了我们任务的范围。此外，纳米技术还加入了水净化的探索，采用纳米多孔膜和纳米复合材料来确保每一滴水都可以安全饮用——这是长期任务的必需品。
各种微生物组的综合宏基因组分析
犬类肠道微生物组是兽医和人类健康研究的关键模型，但由于方法上的变化而出现了不一致的发现。本研究提出了一个三部分的数据集，以阐明DNA提取，底漆选择和测序平台如何影响微生物分析。首先，我们使用五个DNA隔离试剂盒，多个库协议和四个测序平台（Illumina Miseq/Novaseq，Ont Minion，Pacbio Sequel IIE），启用16S RRNA和Shotgun测序技术的直接比较。第二，我们使用Zymo高分子量（ZHMW）和Zymo Magbead（ZMB）提取试剂盒分析了八只共同犬的40个粪便样品，以评估纵向提取效果。第三，我们使用合成模拟群落和人/犬粪便样品评估了三个16S引物系统（标准ONT，PACBIO，并用退化碱基修饰）来量化底漆偏见。通过整合合成和生物学重复，该数据集提供了标准化资源，用于基准生物信息学管道并改善跨研究可比性。该研究生成了75.3FGB的新测序数据：ZHMW- ZMB比较的43.45FGB，22.61FGB用于引物评估，而单样本分析中的9.19FGB。与先验数据的31.5FGB结合在一起，总数据集超过106FGB，包括所有分析输出。这些资源提高了不同实验室工作流程的犬类肠道微生物组研究的方法论透明度和准确性。
年度报告2023
战略转型：RWS 2.0我们的旗舰综合度假胜地，Resorts World Sentosa（RWS）正在启动其下一章，并具有一项有远见的计划，可以转变为具有全新游客体验的优质可持续旅游目的地。被称为RWS 2.0，该转型计划将提供新的且高度提升的顶级景点，酒店客房和套房，以及娱乐和生活方式的产品，从2025年初开始逐步。新加坡环球影城将设有一个新的，身临其境的主题区域，即照明的奴才土地。S.E.A.水族馆的规模将增加两倍，并将其更名为新加坡大洋洲，那里将在很大程度上未开发的深海和新加坡沿海生态系统的代表上有新的迷人海洋区域。RWS 2.0的核心是一个令人惊叹的海滨开发项目，在这本年度报告的封面上描绘了艺术家的印象。这个开创性的项目定于2024年开始建设，将是新RWS的一个定义功能。它将包括屡获殊荣的公司Benoy的非凡生物熟练建筑设计中的700个酒店钥匙和体验式生活方式。新的海滨将由著名的希瑟威克工作室（Heatherwick Studio）进一步锚定，这是一个迷人的新景点，将改变新加坡的天际线，并成为通往RWS和大南部海滨区的巨大门户。随着整个海滨开发的形成，RWS将牢固地确立自己在亚洲最受欢迎的旅游目的地，在未来十年内推动新的旅游业增长。
通过 RNA 引导转座对 Anabaena sp. PCC 7120 进行基因组工程改造
摘要：在基因组工程中，传入 DNA 的整合依赖于分裂细胞产生的酶，这一直是提高 DNA 插入频率和准确性的瓶颈。最近，据报道，使用 CRISPR 相关转座酶 (CAST) 的 RNA 引导转座在大肠杆菌中非常有效且具有特异性。在这里，我们开发了 Golden Gate 载体来在丝状蓝藻中测试 CAST，并证明它在鱼腥藻属菌株 PCC 7120 中有效。含有 CAST 和工程转座子的相对较大的质粒通过使用自杀或复制质粒的结合成功转移到鱼腥藻中。编码靶标前导链但不编码反向补体链的单向导 (sg) RNA 与 sgRNA 中包含的原间隔子相关基序 (PAM) 序列有效。在对两个不同靶位点进行分析的六种病例中，有四种的插入位点位于 PAM 之后正好 63 个碱基处。复制质粒上的 CAST 具有毒性，可用于治愈质粒。在分析的所有六种情况下，只有由从左到右元素的序列定义的转座子货物被插入目标位点；因此，RNA 引导的转座是由剪切和粘贴引起的。没有内源转座子通过暴露于 CAST 酶而重新动员。这项工作为通过 RNA 引导的转座在丝状蓝藻中进行基因组编辑奠定了基础，无论是在培养中还是在复杂群落中。关键词：鱼腥藻、CRISPR 相关转座子 (CAST)、基因组工程、RNA 引导的转座、minion 测序、从头基因组组装 ■ 简介
纳米孔自适应采样直接从血液样本中的疟原虫寄生虫的选择性全基因组测序
疟原虫的抽象全基因组测序正在成为疟疾基因组监测的越来越重要的工具。由于人类DNA在患者血液样本中占主导地位，因此需要耗时的实验室程序才能耗尽人DNA或富集疟原虫DNA。在这里，我们研究了纳米孔自适应采样的潜力，以富集恶性疟原虫读取，同时对未富裕的患者血液样本进行了测序。比较奴才设备上的自适应采样与常规测序，该稀释系列由0％–84％p进行稀释系列。对人DNA中的恶性DNA进行了测序。一半的流细胞通道以辅助采样模式运行，富集了恶性疟原虫参考基因组，从而在包含0.1％–8.4％的恶性疟原虫DNA的样品中富集了三到五倍的恶性疟原虫碱基。通过对具有常见寄生虫血症的三个恶性疟原虫患者血液样本进行测序，即在自适应模式下，为0.1％，0.2％和0.6％证实了这一发现。他们的估计富集分别为5.8、3.9和2.7，足以在中位数为5（最低寄生虫）或355（最高寄生虫）的中间深度（最低寄生虫）的中间深度（最低寄生虫）中覆盖至少97％的恶性疟原虫参考基因组。总共将38个耐药性基因座与Sanger测序结果进行了比较，表现出很高的一致性，这表明所获得的测序数据具有足够的质量，可以解决0.1％及更高寄生虫的患者的常见临床研究问题。总体而言，我们的结果表明，自适应纳米孔测序有可能在将来替代更多耗时的疟原虫富集方案。