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重新编程内源性 III-A 型 CRISPR-Cas 系统用于结核分枝杆菌的基因组编辑、RNA 干扰和 CRISPRi 筛选
。CC-BY 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 3 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.09.983494 doi：bioRxiv 预印本
结核分枝杆菌复合物的估算的祖先参考基因组更好地捕获了基于参考的ALI
收到2023年8月31日； 2023年12月7日接受；于2024年1月4日出版了作者分支：1麦吉尔大学医学系，蒙特利尔，魁北克H4A 3J1，加拿大； 2个细菌共生体进化，加拿大魁北克H7V 1B7，Inrs-Centre-Centre Armand-FrappierSantéBiotechnologie； 3宾夕法尼亚州立大学宾夕法尼亚州立大学动物科学系16802-3500； 4 McGill International TB Center，McGill University，蒙特利尔，魁北克H4A 3S5，加拿大。*信件：路加·哈里森（Luke B.基于参考的对齐；参考基因组。缩写：AIC，Akaike的信息标准； ATCC，美国类型文化收藏；床，浏览器可扩展数据； GATK，基因组分析工具包； Hal，分层对齐； IGV，综合基因组观众； MRCA，最终的共同祖先； MTBC，结核分枝杆菌复合物； NCBI，国家生物技术信息中心； NGS，下一代测序； PGAP，原核基因组注释管道； PHAST，具有空间/时间模型的系统发育分析； Rd，差异区域； RVD，[H37] RV-DETEATION; SNP，单核苷酸多态性； SRA，序列阅读档案； TBD1，结核分枝杆菌 - 特异性缺失1。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用五个补充表和三个补充数据。001165©2024作者
定量1H核磁共振测定法，以快速检测痰样样品结核分枝杆菌中吡嗪酰胺耐药性
由结核分枝杆菌引起的抽象结核病（TB）是世界上10种主要的杀手疾病之一。至少有四分之一的人口被感染，每年有130万人死亡。抗多药（MDR）和广泛抗药性（XDR）菌株的出现挑战结核病治疗。一线和二线方案中广泛使用的药物之一是吡嗪酰胺（PZA）。从统计上讲，50％的MDR和90％的XDR临床菌株对PZA具有抵抗力，并且最近的研究表明，其在耐PZA抗性菌株患者中的使用与较高的死亡率有关。因此，迫切需要开发准确且有效的PZA敏感性测定法。PZA穿过结核分枝杆菌，并通过PNCA基因编码的烟酰胺酶水解为其活性形式，吡唑酸（POA）。多达99％的临床耐PZA菌株在该基因中具有突变，这表明这是最可能的耐药机制。但是，并非所有PNCA突变都赋予PZA稳定性，而只会导致POA产生有限。因此，对PZA的敏感性可能仅仅是由于其形成或不形成POA的能力而言。在这里，我们提出了一种NU-清晰的磁共振方法，可以直接在TB患者收集的痰液上清液中准确量化POA。确定了临床痰培养物水解PZA的能力，结果与其他生化和分子PZA药物易感性测定的结果相关。获得的出色敏感性和特定的价值观表明，该方法可能成为确定PZA敏感性的新金标准。
摘要该研究采用计算策略来识别对结核分枝杆菌FTSZ的潜在抑制剂，这是一种关键的细胞分裂
摘要该研究采用计算策略来鉴定对结核分枝杆菌FTSZ的潜在抑制剂，这是一种关键的细胞分裂蛋白。对FTSZ的晶体结构进行了精心验证，是基于药效团的虚拟筛选和随后的分子对接模拟的基础。piperine是一种源自黑胡椒的天然配体，指导了三分药团模型的开发，该模型成功筛选了多种化学数据库。十种顶级化合物以有希望的药效分数出现，证明了与FTSZ结合位点的潜在相互作用。分子对接模拟揭示了特定化合物，包括Zinc000012440615和Zinc000014658239，分别显示出对口袋C5和C1的一致偏好。FTSZ的结构分析揭示了一套不同的口袋（C1 – C5），其体积和尺寸不同，强调了蛋白质结构的复杂性。这些发现为潜在的抑制剂提供了至关重要的见解，以进一步实验验证和针对结核分枝杆菌的药物开发。关键词：结核分枝杆菌，FTSZ蛋白，分子对接，药物团筛查，计算药物发现，杂氨酸，晶体结构验证，虚拟筛选，铅化合物，袋装分析。国际药品保证杂志。2024; 15（1）：351-356。支持来源：零。利益冲突：无国际药品保证杂志（2024）； DOI: 10.25258/ijpqa.15.1.56 How to cite this article: Deore S, Wagh V, Thube U, Kayande N, Tare H. In-silico Discovery of Potential Mycobacterium tuberculosis Cell Division Protein FtsZ Inhibitors: A Natural Ligand Piperine-Derived 3-Point Pharmacophore Screening and Structure-Guided Blind Docking Study.
文章 第 11 卷，第 6 期，2021 年，14688 - 14696 https://doi.org/10.33263/BRIAC116.1468814696 FDA 批准的抗分枝杆菌药物的再利用
摘要：结核病 (TB) 是最可怕和最致命的疾病之一，每年导致数百万人死亡。其病原体是一种称为结核分枝杆菌的细菌，主要侵袭肺部。根据临床表现的存在与否，结核病可分为潜伏性和活动性结核病。肺结核也称为活动性结核病，其特征是极度感染，而潜伏性结核病则没有感染或症状。在这项计算机研究中，我们重点关注基于分子对接的虚拟筛选，这些药物已用于治疗针对甲氧基菌酸合酶 4 (MMA4) 和环丙烷菌酸合酶 (CmaA2) 的细菌感染。耐药性结核病是抗结核药物设计和配制中最具挑战性的因素。菌酸在结核病的发病机制中起着至关重要的作用，因此可以成为非常有价值的靶点。根据对小鼠进行的研究，通过使 hma 基因（MMA4 和 cmaA）失活，没有观察到分枝酸的合成。与靶标对接的每个配体的结合能得分显示了对结核病的亲和力。
测试目录 - 用于分子测试
核酸分枝杆菌诊断试剂盒（多个PCR荧光探针）结核病和六种类型的非结核结核病分子菌，Kansasii（MK），MACOBACTERIUM（MA），MACOBACTERIUM（MA），mimobabacterium（Mabacterium） （MAA），分枝杆菌亚种（MAM）和分枝杆菌内（min） div div>
一种复合亚基疫苗赋予对分枝杆菌感染的小鼠脚下模型的全部保护
Buruli溃疡（BU）疾病是由分枝杆菌引起的被忽视的坏死性皮肤感染，是仅次于结核病和麻风病的第三种最常见的分枝杆菌疾病。感染主要发生在中非和西非的偏远，农村地区，也出现在澳大利亚，日本和巴布亚新几内亚。目前尚无针对Buruli溃疡疾病的疫苗，并且以前使用密切相关的细菌和亚基蛋白的所有尝试仅在部分成功。在这里，我们在小鼠中测试了一种复合亚基配方，该配方掺入了溃疡性分枝杆菌毒素霉菌乳元作为免疫调节剂，以及抗原AG85A和Polyketide Sythase酶酶A（KRA），用Quil-A辅助（KRA）形成。burulivac诱导了AG85A和KRA抗原特异性抗体，T细胞以及混合促疾病和抗炎的细胞因子反应，在14周的观察期间，在小鼠FOOTPAD模型中赋予了针对Buruli ulcer病的绝对保护。这两个都优于活体细菌疫苗，即BCG和缺乏霉菌性毒素（MUδ）的无毒的溃疡菌株。白介素10与保护密切相关。我们建议Burulivac是一名有前途的疫苗候选者，以抵抗Buruli溃疡疾病，需要进一步探索。
田地注释：墨西哥干细胞治疗诊所的腹腔外分枝杆菌的潜在爆发 - 亚利桑那州和科罗拉多州的干细胞治疗诊所，2022年，2022年
所有作者均已完成并提交了国际医学期刊编辑委员会编辑表，以披露潜在的利益冲突。Reeti Khare报告了对临床实验室标准研究所抗菌工作组的无偿参与，她的实验室确实为Insmed，Inc。，Redhill Biopharma，Paratek Pharmaceuticals，AN2 Therapeutics，Spero Theraphitics，Spero Therapheutics和Mannkind Corpority合同。David E. Griffith报告了Insmed，Inc。，AN2 Therapeutics和Paratek Pharmaceuticals的咨询费； Insmed，Inc。的付款或酬金；并参与NOMAB的数据安全监测板：肿瘤分枝杆菌肺部疾病和Mannkind Corporation的雾化一氧化氧化物：Clofzimine吸入的肺部无结核分枝杆菌疾病。Charles L. Daley报告了AN2 Therapeutics，Bugworks，Insmed，Inc。，Juvabis，Paratek Pharmaceuticals，Cystic纤维化基金会，食品和药物管理局，以患者为中心的成果研究所以及国家健康研究所的机构支持；从Genentech和Pfizer收到咨询费；参与渥太卡，Bill和Melinda Gates Foundation和Eli Lilly的数据安全监控板；并参与AN2 Therapeutics的咨询委员会，阿斯利康，Hyfe，Insmed，Inc。，Mannkind Corporation，Matinas Biopharma，Nob Hill Therapeutics，Paratek Pharmaceuticals，Spero Therapeutics和Zambon。 没有披露其他潜在的利益冲突。Charles L. Daley报告了AN2 Therapeutics，Bugworks，Insmed，Inc。，Juvabis，Paratek Pharmaceuticals，Cystic纤维化基金会，食品和药物管理局，以患者为中心的成果研究所以及国家健康研究所的机构支持；从Genentech和Pfizer收到咨询费；参与渥太卡，Bill和Melinda Gates Foundation和Eli Lilly的数据安全监控板；并参与AN2 Therapeutics的咨询委员会，阿斯利康，Hyfe，Insmed，Inc。，Mannkind Corporation，Matinas Biopharma，Nob Hill Therapeutics，Paratek Pharmaceuticals，Spero Therapeutics和Zambon。没有披露其他潜在的利益冲突。Minh-Vu H. Nguyen报告收到了俄勒冈州健康与科学大学（OHSU）的酬金，以在非结核的Mycobacteria Research Consortium（NTMRC）2023的介绍中进行演讲；支持来自国家犹太人健康的2023年IDWeek 2023和2023年美国胸腔协会的支持；并支持从OHSU前往NTMRC 2023的旅行。
Priyanka Bhowmik，博士D.-生物技术
医院，加尔各答，从2016年7月到2018年6月，作为独立研究员的研究经验•西孟加拉邦研究员Adamas University和India University，West Bengal Research凸显了当前的研究兴趣涉及环境革兰氏阴性细菌的耐药性。这项研究主要关注环境样品中多种药物抗性细菌和抗生素抗性基因的多样性和分布，抗药性机制以及人为活性在这种患病率上的作用。我的研究的另一个方面涉及研究与抗菌抗性有关的细菌群落结构的不同方面。• DST-SERB National Post-Doctoral Fellow NICED ICMR VIRUS Laboratory, ID & BG Hospital, Kolkata, 2016-2018 Immunomodulatory role of Mycobacterium indicus pranii (MIP) against cervical cancer caused by Human Papilloma virus (HPV) Research Highlights Mycobacterium indicus pranii (MIP), previously known as Mycobacterium W，是一种可腐蚀的可栽培分枝杆菌，与结核分枝杆菌共有多种抗原。已发现它有效抵抗麻风病，HIV感染，结核病，利什曼病和肺癌。最近，它已被证明对人类乳头瘤病毒（HPV）引起的疣胜过。HPV根据其致癌潜力分类为低风险或高风险类型。低风险类型引起常见的生殖器疣，而具有高风险类型的感染已与人类的一系列上皮癌有关。，但最有力的证据证明了它们参与肿瘤的发生是子宫颈癌，宫颈癌的癌。女性死亡的主要原因在包括印度在内的几个发展中国家，
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上呼吸道感染（例如，咽炎，鼻窦炎，扁桃体炎）急性冲刺培养基在儿童皮肤和软组织感染（例如，卵泡，纤维素炎，埃里去肌炎，Erysipelas）嗜血杆菌散发或局部性mycobacecacecobacecobactiim imcobrare或Mycobrare imcobrare imcobaraim savobrare或Mycobrare。由于分枝杆菌，Fortuitum分枝杆菌或kansasii分枝杆菌引起的局部感染。在某些国家也将其用作预防性心内膜炎的替代品。在治疗方案中根除幽门螺杆菌的消化性溃疡病。已在原生动物感染中尝试过，包括弓形虫病。Clarithromycin片剂和颗粒用于预防晚期HIV感染患者中散布的分枝杆菌复合物（MAC）疾病。