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抗炎药候选者预防和治疗心血管疾病
图1。用于研究DNA G4或IMS的方法论摘要。它们包括低吞吐量方法。低通量可以分为生物物理和生化方法。高通量可以分类为基于计算机的预测[5,6]和实验法学研究。Experimental omics studies include small-molecule ligand coupled with DNA polymerases top assay (G4-seq) [7,8], antibody [BG4-(Ch)IP-seq, iM-IP-seq] [9,12,14,15], truncated native protein (G4P-seq) [10], and small-molecule ligand affinity capture （G4DP-SEQ）[11]测序。黑色箭头指示植物中使用的方法，红色问号表示人类而非植物中使用的方法，而蓝色问号表示未在人类和植物中应用的潜在方法。缩写：DNA G4S，DNA G-四链体； ims，i-motifs。
SARS-COV-2 OMICRON XBB和BA的明显演变。 ...
SARS-COV-2的不断循环导致新型病毒sublineages的连续出现。在这里，我们隔离和表征xbb.1，xbb.1.5，xbb.1.9.1，xbb.1.16.1，eg.5.1.1，eg.5.1.1，eg.5.1.3，xbf，xbf，ba.2.86.1 and jn.1 and jn.1变体，repre- sept> 80％comprie-seding> 80％的循环变体1月2024.XBB子变量在尖峰中很少但复发突变，而BA.2.86.1和JN.1 Harbour> 30其他更改。这些变体在IGROV-1中复制，但在Vero E6中不再复制，并且不明显融合。他们有效地感染了鼻皮细胞，例如5.1.3表现出最高的功能。抗病毒药保持活跃。与BA.1相比，疫苗和BA.2感染个体的中和抗体（NAB）反应明显低，而变体之间没有重大差异。XBB突破性感染增强了针对XBB和BA.2.86变体的NAB反应。jn.1与BA.2.86.1相比，ACE2的较低属性和较高的免疫逃避特性。因此，尽管不同，但这些变体的进化轨迹结合了增加的效果和抗体逃避。
生命代码：具有多词序列统一的中央教条建模
如分子生物学的中心教条所示，DNA，RNA和蛋白之间的相互作用是生物过程的基础。现代生物学预训练的模型在分析这些大分子方面取得了巨大的成功，但它们的感染性质仍未得到探索。在本文中，我们遵循Central Dogma的指导来重新设计数据和模型管道，并提供一个全面的框架，即生命代码，这些框架涵盖了不同的生物功能。至于数据流，我们提出了一条统一的管道来通过将RNA转录并反向翻译为基于核苷酸的序列来整合多词数据。至于模型，我们设计了一个密码子令牌和混合长期架构，以用遮罩的建模预训练编码编码和非编码区域的相互作用。通过编码序列对翻译和折叠过程进行建模，生命代码通过从现成的蛋白质语言模型中的知识分离来学习相应的氨基酸的蛋白质结构。这样的设计使生命代码能够在遗传序列中捕获复杂的相互作用，从而更全面地了解了与中央教条的多摩学。广泛的实验表明，生命代码在三个OMIC的各种任务上实现了状态绩效，突出了其进步多摩学分析和解释的潜力。
DORSSAA：基于稳定性/溶解度改变分析的药物-靶标相互作用组学资源
热蛋白质组分析 (TPP) 和高通量蛋白质组整体溶解度变化 (PISA) 检测等高通量技术的进步彻底改变了我们对药物-蛋白质相互作用的理解。尽管有这些创新，但缺乏用于对稳定性和溶解度变化数据进行交叉研究分析的综合平台，这是一个重大瓶颈。为了解决这一差距，我们推出了 DORSSAA（基于稳定性/溶解度变化检测的药物-靶标相互作用组学资源），这是一个交互式且可扩展的基于网络的平台，用于系统分析和可视化蛋白质组稳定性和溶解度变化检测数据集。目前，DORSSAA 拥有 480,456 条记录，涵盖 37 种细胞系和生物体、39 种化合物和 40,004 个潜在蛋白质靶标。通过其用户友好的界面，该资源支持比较药物-蛋白质相互作用分析并促进可操作治疗靶标的发现。我们利用白血病细胞系联合治疗中 DHFR-甲氨蝶呤相互作用和药物-靶标相互作用的两个案例研究，证明了 DORSSAA 在跨实验条件识别蛋白质-药物相互作用方面的实用性。该资源使研究人员能够加速药物发现并增强我们对蛋白质行为的理解。
DORSSAA：基于稳定性/溶解度改变分析的药物-靶标相互作用组学资源
热蛋白质组分析 (TPP) 和蛋白质组整体溶解度变化 (PISA) 等高通量技术的进步彻底改变了我们对药物-蛋白质相互作用的理解。尽管有这些创新，但缺乏用于对稳定性和溶解度变化数据进行交叉研究分析的综合平台，这是一个重大瓶颈。为了解决这一差距，我们推出了 DORSSAA（基于稳定性/溶解度变化分析的药物靶标相互作用组学资源），这是一个基于网络的交互式平台，用于系统分析和可视化蛋白质组稳定性和溶解度变化分析数据集。DORSSAA 拥有 480,456 条记录，涵盖 37 种细胞系和生物体、39 种化合物和 40,004 个潜在蛋白质靶标。通过其用户友好的界面，该资源支持比较药物-蛋白质相互作用分析并促进可操作治疗靶标的发现。我们通过白血病细胞系联合治疗中 DHFR-甲氨蝶呤相互作用和药物-靶标相互作用的两个案例研究，证明了 DORSSAA 在跨实验条件识别蛋白质-药物相互作用方面的实用性。该资源使研究人员能够加速药物发现并增强我们对蛋白质行为的理解。
COVID-19的疫苗有效性研究的结果：持续的系统评价森林图：针对Omicron变体的疫苗有效性
疫苗有效性（VE）估计值来自对Covid-19疫苗有效性研究的持续系统综述。由于全球的Omicron变体的优势，本文档中的图仅限于在Omicron变体是主要循环变体的时期进行的研究。该地块的先前版本（在2021年11月18日至2022年6月2日之间定期发布）也显示了三角洲变体的结果，而早期版本（2021年11月18日之前）显示了所有研究的结果，而不论当时的主要变体。这些早期版本可在“查看 - 中心资源”页面（https://view-hub.org/resources）上找到。有关系统审查方法以及结果表的完整详细信息也可以在“查看 - 中心资源”页面上找到：
系统生物学 xOmicsShiny：用于跨组学数据分析和通路映射的 R Shiny 应用程序
摘要摘要：我们开发了 xOmicsShiny，这是一款功能丰富的 R Shiny 应用程序，它使生物学家能够全面探索跨实验和数据类型的组学数据集，重点是在通路层面揭示生物学见解。数据合并功能可确保灵活探索跨组学数据，例如转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学。通路映射功能涵盖广泛的数据库，包括 WikiPathways、Reactome 和 KEGG 通路。此外，xOmicsShiny 为日常组学数据分析提供了多种可视化选项和分析任务，即 PCA、火山图、维恩图、热图、WGCNA 和高级聚类分析。该应用程序使用可定制的模块来执行各种任务，生成交互式图表和可发布的图表。这种动态模块化设计克服了 R Shiny 工具加载缓慢的问题，并允许研究和开发人员社区轻松扩展它。可用性和实施：R Shiny 应用程序公开发布于：http://xOmicsShiny.bxgenomics.com 。研究人员可以将自己的数据上传到服务器或使用预加载的演示数据集。源代码在 MIT 许可下提供于 https://github.com/interactivereport/xOmicsShiny 以供本地安装。该应用程序的完整教程可在 https://interactivereport.github.io/xOmicsShiny/tutorial/docs/index.html 获得。联系方式：yuhenry.sun@biogen.com 或 baohong.zhang@biogen.com 补充数据：补充数据可在 bioRxiv 在线获得。
长covid中的因果基因发现的综合多词框架
1* Unisa STEM，南澳大利亚大学，Mawson Lakes，Adelaide 6，5095，SA，澳大利亚。7 2农业和食品，英联邦科学与工业研究8组织，26 Pembroke Rd，Marsfield，2122，新南威尔士州，澳大利亚。9 3澳大利亚精密健康中心，南澳大利亚大学，阿德莱德10号，澳大利亚，5000，澳大利亚。11 4 Unisa Allied Health and Human Expormast，南12澳大利亚大学，阿德莱德，SA，5000，澳大利亚。13 5南澳大利亚卫生与医学研究所（SAHMRI），南澳大利亚大学14号，阿德莱德大学，澳大利亚5000，澳大利亚。15 6南澳大利亚大学未来工业学院，莫森16湖，阿德莱德，5095，澳大利亚，澳大利亚。17 7应用人工智能研究所，迪金大学，75 Pigdons 18 Rd，Victoria，3216，澳大利亚墨尔本。19 8达利大学工程学院，达利2号，达利，671003，中国20号。21
Comirnaty® Original/Omicron BA.4-5 (托齐纳曼/...
Comirnaty 加强剂量对 65 岁及以上人群的安全性基于研究 C4591001 中 12 名 65 至 85 岁加强剂量接受者、研究 C4591001 中 306 名 18 至 55 岁加强剂量接受者以及研究 C4591031 中 1,175 名 65 岁及以上加强剂量接受者的安全性数据。Comirnaty Original/Omicron BA.4- 5 作为 65 岁及以上人群的第二次加强剂量的安全性基于 C4591044 中 159 名 65 岁及以上加强剂量接受者和 35 名 75 岁及以上加强剂量接受者的安全性数据。 Comirnaty 加强剂量对 65 岁及以上人群的有效性基于研究 C4591001 中 306 名 18 至 55 岁加强剂量接受者的有效性数据，以及研究 C4591031 中 9,945 名 16 岁及以上参与者的功效分析。
Comirnaty® Omicron XBB.1.5，30 微克/0.3 毫升剂量，...
接种 Comirnaty 疫苗后，极少数情况下会出现心肌炎和心包炎病例。这些病例主要发生在接种疫苗后的 14 天内，第二次接种后更常见，更常见于年轻男性，但并非仅限于此。女性也有报道。根据积累的数据，5 至 11 岁儿童在接种基础疫苗后心肌炎和心包炎的报告率低于 12 至 17 岁儿童。加强剂量的心肌炎和心包炎发生率似乎并不高于基础疫苗接种第二次剂量后的心肌炎和心包炎发生率。这些病例通常较轻，患者在接受标准治疗和休息后往往会在短时间内康复。接种疫苗后出现的心肌炎和心包炎病例很少与包括死亡在内的严重后果有关。