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疫苗突破感染 SARS-CoV-2 Alpha 镜像突变 Delta Plus、Iota 和 Omicron
SARS-CoV-2 在人类群体中的复制由突变体的分布来定义，这些突变体在受感染宿主中以不同的频率存在，并且可以通过超深度测序技术检测到。在本研究中，我们检查了来自疫苗突破患者的 5 个鼻咽分离株的刺突编码 (S 编码) 区域的扩增子的 SARS-CoV-2 突变谱。有趣的是，所有患者都感染了 Alpha 变体，但在常驻病毒的突变谱中存在与 Delta Plus、Iota 和 Omicron 变体相对应的氨基酸替换。对来自疫苗突破患者的 SARS-CoV-2 进行深度测序分析揭示了丰富的突变类型库，并且还可以识别出可以代表流行病学显性变体的耐受替换。
COVID-19 加强疫苗接种对 Omicron 期间住院的影响：2021 年 12 月 15 日至 2022 年 3 月 27 日
本文件由安大略省公共卫生局 (PHO) 制定。PHO 为安大略省政府、公共卫生组织和医疗保健提供者提供科学和技术建议。PHO 的工作以出版时目前最佳可用证据为指导。本文件的应用和使用由用户负责。PHO 不承担任何此类应用或使用所产生的责任。本文件可在未经许可的情况下复制，仅用于非商业目的，并且必须注明 PHO 的版权。未经 PHO 明确书面许可，不得对本文件进行任何更改和/或修改。
马萨诸塞州各邮政编码地区 COVID-19 疫苗和加强剂覆盖率不平等：2021/22 年 Omicron 浪潮之后仍然存在巨大差距
1 – 波士顿大学公共卫生学院全球卫生系，马萨诸塞州波士顿 2 – 波士顿大学公共卫生学院流行病学系，马萨诸塞州波士顿 3 – 波士顿大学医学院传染病科，马萨诸塞州波士顿 4 – 波士顿医疗中心，马萨诸塞州波士顿 5 – 波士顿大学公共卫生学院环境卫生系，马萨诸塞州波士顿 6 – 波士顿大学公共卫生学院卫生法、政策和管理系，马萨诸塞州波士顿 7 – 波士顿市波士顿公共卫生委员会，马萨诸塞州波士顿 摘要背景。COVID-19 疫苗覆盖率的不平等可能会导致马萨诸塞州 (MA) 社区之间未来发病率和死亡率的差异。方法。我们从马萨诸塞州公共卫生部获取了按邮政编码（以及按年龄组：5-19、20-39、40-64、65+）接种疫苗和加强针的居民的公共使用数据。我们通过汇总 2015-2019 年美国社区调查中的人口普查区人口估计值，构建了邮政编码的人口分母。我们排除了非住宅邮政编码和包含该州 1% 人口的最小邮政编码。我们绘制了邮政编码级别初级系列疫苗和加强针覆盖率的变化，并使用回归模型评估了这些指标与邮政编码级别社会经济和人口统计特征之间的关联。由于年龄与 COVID-19 严重程度和疫苗接种/吸收密切相关，我们评估了在调整年龄结构后观察到的社会经济和种族不平等是否仍然存在，并按邮政编码特征的十分位数绘制了特定年龄的疫苗和加强针覆盖率。
基于嵌合 mRNA 的 COVID-19 疫苗可诱导针对 Omicron 和 Delta 的保护性免疫
Qidong Hu 1 *, Ying Zhao 1 *, Namir Shaabani 1 *, Xiaoxuan Lyu 1 *, Haotian Sun 1 , Vincent Cruz 1 , Yi Kao 1 , Jia Xu 1 , Amber Fossier 1 , Karen Stegman 1 , Zhihao Wang 1 , Zhenping Wang 1 , Yue Hu 1 , Yi Zheng 1 , Lilian Kyaw 1 , Cipriano Zuluaga 1 , Hua Wang 1 , Hong Pei 1 , Colin Powers 1 , Robert Allen 1 , Hui Xie 1 , Henry Ji 1 , Runqiang Chen 1#
mRNA 疫苗加强剂对卡塔尔 SARS-CoV-2 Omicron 感染的影响
结果 在至少接种过两剂 BNT162b2 或 mRNA-1273 疫苗的 2,239,193 人中，将接种过加强针的人与未接种加强针的人进行匹配。在接种 BNT162b2 疫苗的人群中，经过 35 天的随访，加强针组有症状的奥密克戎感染的累积发病率为 2.4%（95% 置信区间 [CI]，2.3 至 2.5），非加强针组有症状的奥密克戎感染的累积发病率为 4.5%（95% CI，4.3 至 4.6）。与原发疫苗系列相比，加强针对有症状的奥密克戎感染的有效性为 49.4%（95% CI，47.1 至 51.6）。与原发系列相比，加强针对因 omicron 感染导致的 Covid-19 相关住院和死亡的有效性为 76.5%（95% CI，55.9 至 87.5）。与原发系列相比，BNT162b2 加强针对 delta（或 B.1.617.2）变体的有症状感染的有效性为 86.1%（95% CI，67.3 至 94.1）。在接种 mRNA-1273 疫苗的人群中，35 天后加强针组有症状的 omicron 感染的累积发生率为 1.0%（95% CI，0.9 至 1.2），非加强针组有症状的 omicron 感染的累积发生率为 1.9%（95% CI，1.8 至 2.1）；与原发性系列相比，加强剂对有症状的 omicron 感染的有效性为 47.3%（95% CI，40.7 至 53.3）。在接种 mRNA-1273 疫苗的人群中，几乎没有发现严重的 Covid-19 病例。
奥密克戎出现前后芬兰老年人重症新冠疫苗有效性高
主要结果是与实验室确诊（通过聚合酶链反应或抗原检测试验）的 SARS-CoV-2 感染相关的 Covid-19 相关住院。使用记录芬兰所有住院患者数据的医疗保健登记册，我们将 Covid-19 相关住院定义为任何主要诊断为 Covid-19（国际疾病分类，第 10 修订版：U07.1、U07.2）、急性呼吸道感染（J00–J22、J46）或下呼吸道感染严重并发症（J80–84、J85.1、J86）的住院患者。如果阳性标本是在入院前 14 天或入院后 7 天内采集的，则认为住院与国家传染病登记册中记录的感染有关。
Covid-19 疫苗对 Omicron (B.1.1 ...) 的有效性
结果 2021 年 11 月 27 日至 2022 年 1 月 12 日期间，共确定了 886,774 名符合条件的感染奥密克戎变体的人、204,154 名符合条件的感染德尔塔变体的人和 1,572,621 名符合条件的检测阴性对照。在所有调查时间点以及所有初级疫苗和加强疫苗组合中，德尔塔变体对症状性疾病的疫苗有效性均高于奥密克戎变体。在接种两剂 ChAdOx1 nCoV-19 疫苗 20 周后，未观察到对 omicron 变体的作用，而接种两剂 BNT162b2 疫苗后的疫苗有效率为 2 至 4 周时的 65.5%（95% 置信区间 [CI]，63.9 至 67.0），在 25 周或更长时间内降至 8.8%（95% CI，7.0 至 10.5）。在 ChAdOx1 nCoV-19 原发病程接种者中，疫苗有效率为 BNT162b2 加强针后 2 至 4 周时的 62.4%（95% CI，61.8 至 63.0），在 10 周或更长时间内降至 39.6%（95% CI，38.0 至 41.1）。在 BNT162b2 初级疗程接种者中，在 BNT162b2 加强针后 2 至 4 周，疫苗有效性增至 67.2%（95% CI，66.5 至 67.8），然后在 10 周或更长时间后下降至 45.7%（95% CI，44.7 至 46.7）。在 mRNA-1273 加强针后 2 至 4 周，ChAdOx1 nCoV-19 初级疗程接种者的疫苗有效性增至 70.1%（95% CI，69.5 至 70.7），然后在 5 至 9 周时下降至 60.9%（95% CI，59.7 至 62.1）。经过 BNT162b2 基础疗程后，mRNA-1273 加强针使疫苗有效性在 2 至 4 周时提高至 73.9%（95% CI，73.1 至 74.6）；疫苗有效性在 5 至 9 周时下降至 64.4%（95% CI，62.6 至 66.1）。
3 剂 mRNA COVID-19 疫苗与 SARS-CoV-2 Omicron 和 Delta 变体引起的症状性感染之间的关联
结果 总体而言，共纳入 23 391 例病例（13 098 例 Omicron 病例；10 293 例 Delta 病例）和 46 764 例对照（平均年龄 40.3 [SD, 15.6] 岁；42 050 名女性 [60.1%]）。18.6%（n = 2441）的 Omicron 病例、6.6%（n = 679）的 Delta 病例和 39.7%（n = 18 587）的对照报告先前接种过 3 剂 mRNA 疫苗；55.3%（n = 7245）、44.4%（n = 4570）和 41.6%（n = 19 456）报告先前接种过 2 剂 mRNA 疫苗；未接种疫苗者分别为 26.0% (n = 3412)、49.0% (n = 5044) 和 18.6% (n = 8721)。Omicron 接种 3 剂疫苗与未接种疫苗者的调整后优势比为 0.33 (95% CI, 0.31-0.35)，Delta 接种 3 剂疫苗与未接种疫苗者的调整后优势比为 0.065 (95% CI, 0.059-0.071)；Omicron 接种 3 剂疫苗与 2 剂疫苗者的调整后优势比为 0.34 (95% CI, 0.32-0.36)，Delta 接种 3 剂疫苗与 2 剂疫苗者的调整后优势比为 0.16 (95% CI, 0.14-0.17)。对于 Omicron 和 Delta，3 剂病例的中位周期阈值明显高于 2 剂病例（Omicron N 基因：19.35 vs 18.52；Omicron ORF1ab 基因：19.25 vs 18.40；Delta N 基因：19.07 vs 17.52；Delta ORF1ab 基因：18.70 vs 17.28；Delta S 基因：23.62 vs 20.24）。
根据 2021 年 11 月 19 日至 12 月 31 日接触者追踪数据，观察到比利时 Omicron 和 Delta 变体 SARS-CoV-2 的序列间隔
。CC-BY 4.0 国际许可 它是永久可用的。 是作者/资助者，已授予 medRxiv 许可以显示预印本（未经同行评审认证）预印本 此版本的版权所有者于 2022 年 1 月 30 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.01.28.22269756 doi：medRxiv 预印本
两剂或加强剂 BNT162b2 或 mRNA-1273 疫苗接种系列后针对 Omicron 或 Delta 变体 SARS-CoV-2 感染的疫苗有效性：一项丹麦队列研究
Omicron Delta Omicron Delta 病例 VE，% (95% CI) 病例 VE，% (95% CI) 病例 VE，% (95% CI) 病例 VE，% (95% CI) 1-30 天 14 55.2 (23.5; 73.7) 171 86.7 (84.6; 88.6) 4 36.7 (-69.9; 76.4) 29 88.2 (83.1; 91.8) 31-60 天 32 16.1 (-20.8; 41.7) 454 80.9 (79.0; 82.6) 8 30.0 (-41.3; 65.4) 116 81.5 (77.7; 84.6) 61-90 天145 9.8 (-10.0; 26.1) 3,177 72.8 (71.7; 73.8) 48 4.2 (-30.8; 29.8) 1,037 72.2 (70.4; 74.0) 91-150 天 2,851 -76.5 (-95.3;-59.5) 34,947 53.8 (52.9; 54.6) 393 -39.3 (-61.6;-20.0) 3,459 65.0 (63.6; 66.3) 加强免疫保护后 1-30 天 29 54.6 (30.4; 70.4) 453 81.2 (79.2; 82.9) - - 5 82.8 (58.8; 92.9) CI = 置信区间；VE = 疫苗有效性。VE 估计值已根据 10 岁年龄组、性别和地区（五个地理区域）进行调整。假设疫苗保护期为接种第二剂后 14 天。数据不足以估计 mRNA-1273 加强剂对 Omicron 的 VE。