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标准化的术语和PACBIO HIFI测序和RAAV基因治疗载体分析的报告
尽管重组腺相关病毒（RAAV）是基因疗法的主要平台，但缺乏标准化的计算分析方法和通过长阅读测序评估每个帽子的内容的报告。PACBIO高度准确的长阅读HIFI测序可以对AAV基因组进行全面表征，但需要生物信息学专业知识来分析，解释和比较结果。为了满足这一需求并提高对功能性病毒有效载荷的理解，我们的工作组建立了标准化的命名法，并报告了RAAV矢量的长阅读测序数据。工作组建议涵盖与矢量纯度（全长与零散基因组）和污染物（宿主DNA，质粒DNA）鉴定有关的关键质量属性（CQA）。通过推荐的协议，我们对从头制造的数据分析揭示了全部和部分填充的衣壳的特异性以及部分/截断的载体物种的高分辨率表征。最后，我们提供了实施此
桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
优化的HMW DNA提取，样品制备和测序的工作流程Pacbio Revio System上的海洋脊椎动物
•海洋基因组计划已在PACBIO Revio系统上建立了用于HMW DNA提取，自动化库制备和HIFI测序的优化的高通量工作流程。•通过Biomek i7自动化的效率提高，动手时间降低，并提高了各种DNA输入的样品一致性。•此工作流程导致了130多个海洋脊椎动物的HIFI数据，提供了无价的保护和研究工作的数据。
利用 PacBio HiFi 测序进行大规模微生物基因组学研究
仅供研究使用。不得用于诊断程序。© 2024 Pacific Biosciences of California, Inc.（“PacBio”）。保留所有权利。本文件中的信息如有更改，恕不另行通知。PacBio 对本文件中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知、条款、条件和/或使用限制可能与您使用 PacBio 产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的 PacBio 销售条款和条件以及 pacb.com/license 上的适用许可条款。Pacific Biosciences、PacBio 徽标、PacBio、Circulomics、Omniome、SMRT、SMRTbell、Iso-Seq、Sequel、Nanobind、SBB、Revio、Onso、Apton、Kinnex、PureTarget、SPRQ 和 Vega 是 PacBio 的商标。
服务指南PACBIO REVIO 16S
所有样本中都包含分析，并且提供了RAW HIFI读取数据，以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤，并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体（ASV）。ASV分类采用两种方法：针对基因组分类学数据库（GTDB R207）的共识一致性分类（使用VSEARZERCH）高一致性，以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类（DADA2），使用三个数据库：GTDB R207，SILVA R207，SILVA RRNA DATABASE（v138）由核糖体数据库项目（RDP）补充，以更好地分类低充足的ASV。
探索PACBIO，10倍基因组学和HI-C应用
从头组装单倍型相分化元基因组组件transcrtipome isoseq：全长同工型测序高分辨率分析概况：分类法，CRISPRSCRESENENS 2.10x基因组学：
103-401-100技术概述 - 使用Nanobind Pandna和SRE套件进行PACBIO长阅读测序的DNA样品制备
•哺乳动物红细胞（RBC）通常不包含核，因此不能用于DNA提取•在RBC裂解方法中，首先将RBC从血液样本中裂解，然后从血液样本中取出，然后从白细胞中提取DNA（WBC）（WBC）•使用较高的DNA•使用RBC裂解方法提取量的DNA，并允许在RBC裂解方法中提取量，并将其量化用于RBC裂解方法，以使RBC溶解的量为量，并允许在RBC裂解方法中提取量的量。试剂
技术概述 - 使用Nanobind HT套件的PACBIO长阅读测序的自动高通量HMW DNA提取
纳米生HT CBB试剂盒（102-762-700; 96 rxn）•最多可用于200μl人/哺乳动物血液，非哺乳动物动物血液1，培养的细胞和细菌•预期的HMW DNA产量：血液和培养的哺乳动物细胞和2-10μg的3-15μg