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Rho GTPases及其效应蛋白
使用的缩写：ACK，激活的CDC42相关酪氨酸激酶； GEF，鸟苷核苷酸交换因子； PH，Pleckstrin同源性； DH，DBL同源性； PIP 2，磷脂酰肌醇4,5-双磷酸；间隙，GTPase激活蛋白； GDI，鸟苷核苷酸解离抑制剂； SRF，血清反应因子； NF-κB，核因子κB； Jnk，c-jun n末端激酶；婴儿床，cdc42/rac-Interactive结合； REM，Rho ectector同源性； RKH，ROK – Kinectin同源性； MLC，肌球蛋白轻链； PI-4-P5K，磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶； GTP [s]，鸟嘌呤5« - [γ -thio]三磷酸； MAP激酶，有丝分裂原激活的蛋白激酶； MLK，混合细胞激酶； ACC，反平行线圈； BTK，布鲁顿的酪氨酸激酶； MBS，肌球蛋白结合亚基； ERM，Ezrin/radixin/Moesin; FH，形态学；黄蜂，Wiskott-Aldrich-Syndrome蛋白；波浪，黄蜂样的垂直蛋白质蛋白； lim激酶； EGF，表皮生长因子； TNFα，肿瘤坏死因子α； Mekk，地图激酶激酶激酶； PAK，P21激活的激酶； PKN，蛋白激酶N； MRCK，肌发育症激酶相关的CDC42结合激酶。1应向谁致辞（电子邮件Anne.bishop！ucl.ac.uk）。
病毒衣壳蛋白的免疫原性
病毒衣壳蛋白被广泛用于亚单位疫苗开发，但其生产复杂性和低免疫原性常常阻碍其发展。在这里，我们报告了一种通过将 mRNA 疫苗技术与蛋白质工程相结合来克服这些挑战的简单方法。以非洲猪瘟病毒 (ASFV) 衣壳蛋白 P72 和五邻体为模型，我们将它们设计成膜结合和分泌形式，并通过 mRNA 疫苗接种将它们的免疫原性与小鼠和猪的天然细胞内形式进行了比较。膜结合和分泌的 P72 和五邻体独立于病毒伴侣折叠成其天然多聚结构，因此保留了它们的构象表位。膜结合的 P72 和五邻体也比其分泌或细胞内的对应物引起明显更强的抗体和 T 细胞反应。我们的研究提供了一种简单的方法 27 来增强病毒衣壳蛋白的折叠、多聚体结构形成和免疫原性 28，用于 ASFV 亚单位疫苗的开发和一般细胞内蛋白质的免疫原性。29 30 31
Alphafold3镜头中的非标准蛋白
动机最近发布的Alphafold3提出了有关其权力和局限性的问题。在这里，我们分析了Alphafold3在正确再现淀粉样结构中的潜力，淀粉样结构是多聚蛋白的一个例子，其特征在于蛋白质结构数据库中多态性和低表示。结果我们表明，Alphafold3能够产生与实验结构相似性高的淀粉样蛋白样组件，尽管其结果受到预测的原纤维中的单体数量的影响。它产生了一些淀粉样蛋白的结构多种模型，这可以反映其在自然界中观察到的多态性。我们假设对AlphaFold3中多个序列分析（MSA）的下强调提高了结果质量，因为对于此类蛋白质序列同源性对于它们的结构相似性不是必需的。值得注意的是，从建模获得的结构景观并不能反映由热力学控制的实际景观，该景观不会阻碍建模淀粉样蛋白。最后，Alphafold3为纤维样结构（包括其多态性的）结构建模打开了大门。
自然风格的蛋白质循环回收
到2050年，世界的预计人口将为100亿。[1]与如此庞大的人口规模相关的最艰巨的可持续性挑战之一将是处理所有塑料产品[2]，即Poly-ersers的生产和回收。[3]毫不奇怪，在全球范围内进行聚合物回收的研究努力。机械回收倾向于导致原始材料，但质量较低。[4]一个更好的可能性是化学回收，[5,6]，即[7]化学[7] [7]或生物学[8]将聚合物催化为其组成单体，以便将它们重新聚合到同一质量的质量Mate-Mate-Mate-Rial，或A NEW（CO CO）。[9,10]另一种方法是将聚合物重新利用为不同的增值化学物质（升级）。[11-15]两种方法都是闭环，即与统一经济原则兼容。[16]
Dysregulation of BCL-2 family proteins in blood neoplasm
During cellular stress, the master regulators of intrinsic self-death (apoptosis) are BCL-2 family proteins. The BCL-2 family proteins play a key role in apoptosis and are tightly regulated via other BCL-2 family proteins, non-BCL-2 protein suppressors, and epigenetic modifications. As the name implies, these proteins possess one or two of the four BCL-2 homology domains (BH1–BH4). According to their roles, they are classified as pro-apoptotic or pro-survival proteins. BH-3-only proteins possess a single BH3 domain and are specific/key effector proteins for intracellular death commitment, particularly in the context of cell survival and programmed cell death. This delicate interplay among the BCL-2 family members is essential for maintaining the primary hemostasis, or balance, of cell fate. The anti-apoptotic proteins, such as BCL-2 and BCL-XL, promote cell survival by inhibiting apoptosis. On the other hand, the pro-apoptotic proteins, such as BAX and BAK, drive apoptosis. It ensures that cells are able to respond appropriately to various internal and external signals, ultimately determining whether a cell survives or undergoes programmed cell death. Understanding and targeting this delicate balance is a promising avenue for developing therapeutic strategies to modulate cell fate and treat various diseases. The molecular pathogenesis of BCL-2 family proteins in blood disorders involves differential expression of these components resulting in the dysregulation of the pathway contributing to cell survival and resistance to apoptosis as observed in follicular lymphoma, diffuse large B-cell lymphoma, acute lymphoblastic leukemia, and acute myeloid leukemia. Such dysregulation is a major impediment to standard therapies and aids in chemo resistance. Studies show some promising clinical outcomes with antineoplastic agent venetoclax either as a monotherapy or in combination with other agents. This review discusses recent studies on the regulation of BCL-2 family proteins which might provide a molecular landscape for their clinical implications in blood disorders.
植物重组蛋白的分子制药。
植物分子农业 (PMF) 是指修改植物的基因组成以获得转基因植物，进而利用转基因植物获得重组蛋白。重组蛋白已引起全球关注。转基因植物可用于生产各种类型的重组治疗剂。植物是合适且可接受的宿主，因为生产成本远低于转基因动物、发酵或生物反应器。通过将所需性质的外来基因整合到合适的植物中，可以生产治疗性蛋白质，例如抗体、细胞因子、酶、激素和可食用疫苗。蛋白质产量巨大，因为可以使用转基因植物在分子农业中生产各种类型的蛋白质，如抗体和许多其他蛋白质。通过分子农业生产的商业材料吸引了巨大的市场。分子农业为全球生产制造负担得起的现代药物提供了机会。在该领域生产的疫苗可预防许多可怕的病毒感染。需要分子农业产品的商业可持续性、适当的目标选择、纯化、生产方法的修改以及先进技术的结合。分光光度法和 CRISPR/Cas9 等新技术已被纳入分子农业领域。PMF
Leishmania Donovani中的凋亡蛋白 - 寄生虫
摘要 - 内脏利什曼病是一种威胁生命的载体传播疾病，对儿童和老年人免疫功能低下的人的影响不成比例，是一种主要的热带忽视疾病。在利什曼尼亚·多诺瓦尼（Leishmania Donovani）尚未报道过凋亡的伴侣蛋白质，而它们的识别可能会导致有关寄生虫细胞死亡和建立替代治疗剂的知识。我们搜索了哺乳动物的Bcl-2家族蛋白直系同源物，并在多诺瓦尼乳杆菌中发现了一种抗凋亡和两个促凋亡的直系同源物。。 进行了进行分子对接和分子动力学模拟，以评估已识别的凋亡蛋白与模拟哺乳动物固有的凋亡途径之间的蛋白质蛋白相互作用。 恢复表明，两种促凋亡蛋白都与抗凋亡直系同源物的疏水袋相互作用，形成稳定的复合物。 这种相互作用可能代表L. Donovani的凋亡途径中的关键事件。 为了进一步表征它，我们使用了CRISPR-CAS9方法来靶向识别蛋白。 纯敲门的种群突变体，并暴露于凋亡刺激中。 末端脱氧核苷酸转移酶Dutp nick末端标记（TUNEL）测定和定量表达促进表明，这些蛋白质与寄生虫的凋亡有关，并可能在其生存中起作用。。进行分子对接和分子动力学模拟，以评估已识别的凋亡蛋白与模拟哺乳动物固有的凋亡途径之间的蛋白质蛋白相互作用。恢复表明，两种促凋亡蛋白都与抗凋亡直系同源物的疏水袋相互作用，形成稳定的复合物。这种相互作用可能代表L. Donovani的凋亡途径中的关键事件。为了进一步表征它，我们使用了CRISPR-CAS9方法来靶向识别蛋白。纯敲门的种群突变体，并暴露于凋亡刺激中。末端脱氧核苷酸转移酶Dutp nick末端标记（TUNEL）测定和定量表达促进表明，这些蛋白质与寄生虫的凋亡有关，并可能在其生存中起作用。
体液先天免疫和急性期蛋白
炎症的全身表现包括发烧、白细胞计数改变、心血管反应、内分泌反应和代谢重新定位，同时伴有多种分子（称为急性期蛋白）的产生增加。4,5 原型急性期蛋白 C 反应蛋白最初被描述为存在于感染患者循环中并能够识别肺炎链球菌的 C 型多糖的分子。6,7 血液和其他体液中急性期蛋白水平升高（图 1B）是局部炎症或全身炎症（如脓毒症）的更复杂反应的一部分，被称为急性期反应，5 其特征是肝细胞白蛋白生成减少、铁代谢重新定位和激素变化。 4,5 在慢性炎症和亚临床炎症的背景下也观察到了这些改变。
具有多种功能的人类蛋白质数据库
摘要 MultifacetedProtDB 是一个多功能人类蛋白质数据库，其信息来源于其他数据库，包括 UniProt、GeneCards、人类蛋白质图谱 (HPA)、人类表型本体 (HPO) 和 MONDO。它收集了文献中提到的“多面”多任务蛋白质，这些蛋白质具有多效性、多结构域、混杂性（与催化多种底物的酶有关）和兼职性（具有两种或多种分子功能），难以在现有的非特定数据库中直接搜索到。多功能蛋白质的研究是一个不断扩展的研究领域，旨在阐明生物过程的复杂性，特别是在人类中，其中多功能蛋白质在各种过程中发挥作用，包括信号转导、代谢、基因调控和细胞通讯，并且经常参与疾病的爆发和发展。该网络服务器允许使用多个过滤器按基因、蛋白质和任何相关的结构和功能信息进行搜索，如 PDB 中的可用结构、结构模型和相互作用因子。蛋白质条目补充了全面的注释，包括 EC 编号、GO 术语（生物途径、分子功能和细胞成分）、Reactome 中的途径、UniProt 中的亚细胞定位、HPA 中的组织和细胞类型表达以及 MONDO、Orphanet 和 OMIM 分类后的相关疾病。MultiFacetedProtDB 可作为网络服务器免费使用：https://multifacetedprotdb.biocomp.unibo.it/。
治疗性蛋白质的药物间相互作用评估
I. 简介 本指南旨在通过提供系统性、基于风险的方法建议，帮助新药临床试验 (IND) 申请的发起人和生物制品许可申请 (BLA) 的申请人确定治疗性蛋白质是否需要进行药物相互作用 (DDI) 研究。2,3 对于本指南，治疗性蛋白质是指根据《公共卫生服务法》第 351 条 (42 USC 262) 正在开发以获得许可或已获得许可的生物制品蛋白质。4,5 治疗性蛋白质包括纯化的单克隆抗体、细胞因子、酶和其他用于体内使用的新型蛋白质。治疗性蛋白质不包括旨在用作疫苗或过敏原产品的蛋白质、细胞和基因治疗产品和/或人体细胞、组织以及基于细胞和组织的产品。5 虽然本指南适用于治疗性蛋白质，但许多一般原则可能适用于其他生物制品，例如 CBER 监管的新产品（例如细胞和基因疗法）。由于对新产品的认识不断演变，申办方应咨询相应的审查部门以获取有关特定 DDI 评估的详细信息。