细胞表面蛋白。细菌培养物被离心,并在磷酸盐缓冲盐水中剧烈搅拌,或者没有进一步的甘氨酸处理和硫酸铵沉淀。兔子用黑腿疾病疫苗皮下进行了两次,间隔为两周。免疫血清。酶联免疫吸附测定(ELISA)。Bradford分析结果显示,第二种方法中的蛋白质浓度更高。 十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳分析显示,在第一种方法中,C. chauvoei的细胞表面蛋白的多个条带,在第二种方法中与鞭毛蛋白相等的鲜明条带。 ELISA结果表明,纯化的蛋白质能够检测针对黑腿疾病疫苗的抗体。 纯化的蛋白质将是间接ELISA的替代抗原,以监测接种疫苗的农场动物的免疫反应。Bradford分析结果显示,第二种方法中的蛋白质浓度更高。十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳分析显示,在第一种方法中,C. chauvoei的细胞表面蛋白的多个条带,在第二种方法中与鞭毛蛋白相等的鲜明条带。ELISA结果表明,纯化的蛋白质能够检测针对黑腿疾病疫苗的抗体。纯化的蛋白质将是间接ELISA的替代抗原,以监测接种疫苗的农场动物的免疫反应。
摘要 — 在湿实验室实验中研究蛋白质突变体既昂贵又耗时。模拟蛋白质运动的计算实验可以补充湿实验室实验,以研究突变的影响。在这项工作中,我们提出了一个计算流程,可在计算机上执行详尽的单点氨基酸替换。我们将能量最小化作为我们生成的突变蛋白和野生型的分子动力学 (MD) 的一部分,并记录模拟每一步的能量势。我们激发了几个依赖于野生型和突变体能量最小化曲线的指标,以定量探索突变的影响。讨论和分析了两个案例研究,以展示我们的方法在识别影响最小和影响最大的突变方面的实用性。索引术语 — 能量最小化、突变、计算生物化学、结构生物学
全球人口正在以惊人的速度增长,到 2050 年将超过 100 亿。这种增长将给农业生产带来压力,因为要养活饥饿的大众。其中一个将承受压力的类别是蛋白质。几乎每个国家的人均蛋白质消费量都在上升,既是为了营养,也是为了消费享受。联合国估计,到 2050 年,蛋白质需求将翻一番,如果在变化之前的几年里不做出重大改变,将导致严重的整体蛋白质短缺。因此,世界正在寻求技术突破,使蛋白质更容易获得,并为子孙后代提供可持续的供应。过去十年中增长的一个蛋白质来源类别是植物蛋白,它似乎符合挑剔的消费者制定的标准,包括健康、可持续、合乎道德和相对便宜。尽管对植物蛋白的需求持续增加,但这些蛋白质在新型食品配方中的利用仍具有挑战性。
转移和死亡率[3,4]。OS-Teosarcoma的焦点特征是,大约80%–90%的肿瘤在四肢的长骨头中生长,其中60%位于膝盖周围,尽管它也可能发生在其他骨骼中,例如股骨,胫骨,胫骨,腓骨,粪便,肱骨,Ulna,ulna和Pelvis [5]。骨肉瘤的恶性肿瘤的特征是转移率高。大约85%–90%的OS-Teosarcomas转移到肺部,8%–10%转移到骨骼上,其中一些被转移到淋巴结中[6-8]。目前,骨肉瘤患者通过去除原发性病变,去除小肺转移酶并抑制肺转移来治疗,并使用顺铂,甲状腺素蛋白,依托托蛋白,依托托糖苷和等距线结合了多药化学疗法[9,10]。此外,磷酸层,阿霉素和高剂量甲氨蝶呤可以降低原发性肿瘤的恶性转化,但约有50%的骨肉瘤患者仍会复发[11]。原发性骨肉瘤和肺转移患者的预后仍然很差,而5年的总生存率仅为25%。因此,重要的是研究骨肉瘤的机理和覆盖新型治疗方法和靶分子的机理。
伊朗塞姆南医科大学医学院生物化学系(EG、AK);美国宾夕法尼亚州费城天普大学科学技术学院心理学系(RK);伊朗德黑兰巴斯德研究所生理学和药理学系(MS);伊朗德黑兰 Motamed 癌症研究所 ACECR 生殖免疫学研究中心和乳腺癌研究中心综合肿瘤学系(KG);芬兰赫尔辛基大学医学院(ZT、MJ、JT)医学、生物化学/发育生物学和 HiLIFE、Meilahti 临床蛋白质组学核心设施(RS、MB)和系统肿瘤学研究项目(ZT、MJ、JT);伊朗德黑兰 Shahid Beheshti 大学药用植物与药物研究所(HR)
(未经同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 6 月 9 日发布。;https://doi.org/10.1101/2020.06.09.141580 doi:bioRxiv preprint
https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-5455b-v2 ORCID:https://orcid.org/0000-0003-1728-1163 内容未经 ChemRxiv 同行评审。许可:CC BY 4.0
通过出现高通量抗体分析和测序方法,人类细胞的分子构建块已越来越多地映射到大型项目中。这些转变努力在解决许多人类细胞中蛋白质的表达水平和空间位置方面表现出了显着的进步。本论文旨在表征人类生殖组织,睾丸和输卵管(FT)的单细胞水平上的空间蛋白表达,并研究如何在非小细胞肺癌(NSCLC)中重新表达的睾丸蛋白如何影响免疫微环境。在纸I中,睾丸中有500多种RNA表达水平升高的蛋白在具有免疫组织化学(IHC)的八种不同的细胞类型中进行了分析。在精子发生的各个阶段,在细胞类型的水平上定位了几种特征性较差的蛋白质,即所谓的“缺失蛋白质”,从而提供了对其可能功能的新见解。在论文II中,通过组合单细胞转录组学和多重IHC来创建人类精子发生的时空图。高通量图像分析确定了近500种蛋白质的细胞状态特异性蛋白表达。通过检查RNA和蛋白质相关动力学,我们强调了人类睾丸的复杂时空景观。这些蛋白质是功能研究的靶标。在论文III中,IHC介绍了基于RNA水平升高的FT中升高的蛋白质编码基因,大多数蛋白质在功能上与纤毛运动有关,这是创建对受精至关重要的管状流动所必需的机制。,大多数是纤毛细胞独有的,其中包括以前在纤毛中未描述的几种蛋白质。在纸IV中,IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。 ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达,由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。 CTA与免疫谱有关,例如巨噬细胞和浆细胞浸润,可能表明原位免疫原性作用。 这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。 本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组,并鉴定了许多蛋白质的蛋白质,并且具有先前未知功能的蛋白质。 在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明,将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。 论文开发了新兴方法,例如多重染色和生物图像分析,这对大规模努力有希望。 这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中,历史上没有得到充分研究。在纸IV中,IHC在300多名免疫表型NSCLC患者中以IHC为特征。ctas通常在睾丸和港口免疫原性中表达,由于NSCLC中异常表达而可能用作治疗靶标。CTA与免疫谱有关,例如巨噬细胞和浆细胞浸润,可能表明原位免疫原性作用。这些关联可以作为潜在的免疫疗法靶标进行研究和利用。本论文在单细胞分辨率下定义了生殖组织的空间蛋白质组,并鉴定了许多蛋白质的蛋白质,并且具有先前未知功能的蛋白质。在分子水平上绘制组织特异性细胞多样性的综合方法表明,将RNA和蛋白质检测方法结合在一起。论文开发了新兴方法,例如多重染色和生物图像分析,这对大规模努力有希望。这项工作显着有助于生殖组织的细胞图中,历史上没有得到充分研究。
访问蛋白质数据库(PDB)并下载结构文件并使用分子建模程序显示它们已成为生物化学家必不可少的技能。研究蛋白质的研究人员通常需要检查蛋白质的三维结构,以计划实验和解释数据。其他实验可能依赖有关蛋白质结构结构的信息以及保守序列基序的存在。制药公司使用蛋白质3-D结构来帮助设计将与蛋白质相结合的药物。获得生物化学学位的学生应该具有某种使用PDB并在计算机上可视化和操纵3-D分子结构的能力。此外,交互式分子图形对于帮助学生了解蛋白质和核酸的结构可能具有很高的价值。教科书中的静态数字如果设计良好,但仅是一定程度。观看动画比文本图形更具洞察力,但不如学生控制分子显示方式的互动练习。
1 1,歌德大学分子医学中心,60596,德国法兰克福市,德国2德国心血管研究中心(DZHK),合作伙伴现场莱茵 - 莱因 - 莱茵 - 梅因,60596 Frankfurt Am Main AM AM,德国3号研究所3. 60596德国5号法兰克福5分子医学中心,心血管再生研究所,Goethe-University,60596 Frankfurt Am Main,Dermany 6 Amsterdam心血管科学系,VU大学医学中心,1081 HZ Amsterdam,Nelllands 7 Interlants intherlands intherlands intherlands intherlands interliit forrriit forri forrriit forr。 23562吕贝克,德国8德国心血管研究中心(DZHK),合作伙伴网站汉堡/基尔/吕贝克,23562吕贝克,德国9号,9。汉堡大学医学中心临床化学和实验室医学研究所,汉堡 - 埃平多夫,20246汉堡,汉堡10.医疗中心,55131德国Mainz,11爱尔兰血管生物学中心,药房与生物分子科学学院,爱尔兰皇家外科医生学院,D02 VN51爱尔兰都柏林 *通信:Peter.m.m.benz@gmail.com†当前地址:Cardiememememememememess Research&Boahe&Boahe&Boahem inshe&Boe kelim inshim ymhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemheim inmhemhemheim 88400德国Biberach。1,歌德大学分子医学中心,60596,德国法兰克福市,德国2德国心血管研究中心(DZHK),合作伙伴现场莱茵 - 莱因 - 莱茵 - 梅因,60596 Frankfurt Am Main AM AM,德国3号研究所3. 60596德国5号法兰克福5分子医学中心,心血管再生研究所,Goethe-University,60596 Frankfurt Am Main,Dermany 6 Amsterdam心血管科学系,VU大学医学中心,1081 HZ Amsterdam,Nelllands 7 Interlants intherlands intherlands intherlands intherlands interliit forrriit forri forrriit forr。 23562吕贝克,德国8德国心血管研究中心(DZHK),合作伙伴网站汉堡/基尔/吕贝克,23562吕贝克,德国9号,9。汉堡大学医学中心临床化学和实验室医学研究所,汉堡 - 埃平多夫,20246汉堡,汉堡10.医疗中心,55131德国Mainz,11爱尔兰血管生物学中心,药房与生物分子科学学院,爱尔兰皇家外科医生学院,D02 VN51爱尔兰都柏林 *通信:Peter.m.m.benz@gmail.com†当前地址:Cardiememememememememess Research&Boahe&Boahe&Boahem inshe&Boe kelim inshim ymhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemhemheim inmhemhemheim 88400德国Biberach。