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一种赋予活细胞中蛋白质无洗蛋白质成像的基因荧光的一般策略
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人于2024年12月27日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.12.26.630335 doi：Biorxiv Preprint
植物重组蛋白的分子制药。
植物分子农业 (PMF) 是指修改植物的基因组成以获得转基因植物，进而利用转基因植物获得重组蛋白。重组蛋白已引起全球关注。转基因植物可用于生产各种类型的重组治疗剂。植物是合适且可接受的宿主，因为生产成本远低于转基因动物、发酵或生物反应器。通过将所需性质的外来基因整合到合适的植物中，可以生产治疗性蛋白质，例如抗体、细胞因子、酶、激素和可食用疫苗。蛋白质产量巨大，因为可以使用转基因植物在分子农业中生产各种类型的蛋白质，如抗体和许多其他蛋白质。通过分子农业生产的商业材料吸引了巨大的市场。分子农业为全球生产制造负担得起的现代药物提供了机会。在该领域生产的疫苗可预防许多可怕的病毒感染。需要分子农业产品的商业可持续性、适当的目标选择、纯化、生产方法的修改以及先进技术的结合。分光光度法和 CRISPR/Cas9 等新技术已被纳入分子农业领域。PMF
食物和饲料的替代蛋白质；程序
德国联邦风险评估研究所（BFR）是德国联邦食品和农业部（BMEL）投资组合中的科学独立机构。它就食品，化学和产品安全性问题建议联邦政府和联邦州（“ laender”）。BFR对与其评估任务密切相关的主题进行了自己的研究。
Gaia：微生物蛋白的上下文感知序列搜索和发现工具
蛋白质序列相似性搜索是基因组学研究的基础，但是当前方法通常无法考虑可以指示蛋白质功能的关键基因组环境信息，尤其是在微生物系统中。在这里，我们提出了Gaia（基因组AI注释器），这是一个序列注释平台，可在基因组数据集跨基因组数据集进行快速，上下文感知的蛋白质序列搜索。Gaia利用GLM2是一种在氨基酸序列及其基因组邻域训练的混合模式基因组语言模型，以生成整合序列结构 - 膜片信息的嵌入。这种方法允许识别在保守的地理环境中发现的功能相关基因，仅传统序列或基于结构的搜索可能会错过。GAIA可以实时搜索来自131,744个微生物基因组的超过8500万蛋白簇（定义为90％序列身份）的策划数据库。我们将基于GLM2嵌入的搜索的序列，结构和上下文灵敏度与MMSEQS2和FOLDSEEK等现有工具的序列，上下文灵敏度进行了比较。我们展示了噬菌体尾蛋白和铁载体合成基因座的基本发现，这些发现以前很难用传统工具注释。Gaia搜索可在https://gaia.tatta.bio上免费获得。
SPAMTP：空间代谢组学和转录组学数据的综合统计分析和可视化
摘要：宿主细胞蛋白（HCP）是可能影响生物治疗剂的安全性，功效和质量的关键质量属性。标记 - 游离shot弹枪蛋白质组学是HCP监测的至关重要方法，但是选择串联质谱（MS/MS）搜索算法直接影响识别深度和定量可靠性。在这项研究中，六种突出的MS/MS搜索工具（Mascot，Maxquant，Experromine，Fragpipe，byos和Peaks）是系统上基准的，因为它们在与中国仓鼠卵巢细胞的同位素标记的蛋白质上的复杂样品上的性能进行了基准测试，该蛋白质是使用羊毛hamster卵巢细胞的，使用了诱捕的离子移动性表述和平行的仿制模式，并依赖于数据划分，并逐渐划分。关键性能指标，包括肽和蛋白质识别，数据提取精度，变化精度，线性和测量真实。使用Hamiltonian Monte Carlo采样的贝叶斯建模框架可通过后验概率校准以及局部错误的发现率来稳健地估计折叠式均值和方差。通过预期效用最大化实施的贝叶斯决策理论用于平衡准确性与后部不确定性，从而对每个工具的性能进行了概率评估。通过这种累积分析，可以观察到跨工具的变异性：一些在识别敏感性和蛋白质覆盖范围方面表现出色，有些在定量准确性方面具有最小的偏见，并且有一些在跨指标之间提供了平衡的性能。这项研究建立了一个严格的数据驱动框架，用于工具基准测试，为选择适合HCP监测生物制药开发中的HCP监视的MS/MS工具提供了见解。
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食品生物技术的博士后研究人员和替代蛋白质创新中心（CIPA）的发酵[参考。 155/24] IRTA是C
食品生物技术的博士后研究人员和替代蛋白质创新中心（CIPA）的发酵[参考。155/24] IRTA目前正在寻求两名具有与食品生物技术有关的博士学位的热情和积极进取的博士后研究人员，以加入替代蛋白质创新中心（CIPA）。一个博士后位置被放置在粮食和安全和功能计划中的其他博士后职位中。我们正在寻求雄心勃勃的候选人的申请，这些候选人具有强大的研究背景，并热衷于在可持续的替代蛋白质生产领域推动创新。具体来说，我们正在寻找渴望为替代蛋白质生产的发酵技术做出贡献的个人。CIPA是一个先驱研究与创新中心，旨在考虑价值链的所有相关阶段：从来源开始，从消费者结束时，旨在为人类和动物营养提供可持续的粮食生产。它的研究集中于替代蛋白质来源的价值，雄心勃勃，成为国家和国际层面的研究领导者之一，因此支持过渡到未来的过渡，具有高质量，更安全，更高效，更可持续的食品体系。CIPA与不同的IRTA中心（Monells，Mas Badia，Mas Badia，Fruitcentre，MasBové，Laràpita）相关的研究行，涵盖了替代蛋白质来源（植物，发酵，发酵，藻类和昆虫）的不同IRTA中心（Monells，Mas Badia，Fruitcentre，Mas MasBové，Laràpita）的 CIPA计数。CIPA计数。
用Jmol探索蛋白质和核酸
访问蛋白质数据库（PDB）并下载结构文件并使用分子建模程序显示它们已成为生物化学家必不可少的技能。研究蛋白质的研究人员通常需要检查蛋白质的三维结构，以计划实验和解释数据。其他实验可能依赖有关蛋白质结构结构的信息以及保守序列基序的存在。制药公司使用蛋白质3-D结构来帮助设计将与蛋白质相结合的药物。获得生物化学学位的学生应该具有某种使用PDB并在计算机上可视化和操纵3-D分子结构的能力。此外，交互式分子图形对于帮助学生了解蛋白质和核酸的结构可能具有很高的价值。教科书中的静态数字如果设计良好，但仅是一定程度。观看动画比文本图形更具洞察力，但不如学生控制分子显示方式的互动练习。
病毒衣壳蛋白的免疫原性
病毒衣壳蛋白被广泛用于亚单位疫苗开发，但其生产复杂性和低免疫原性常常阻碍其发展。在这里，我们报告了一种通过将 mRNA 疫苗技术与蛋白质工程相结合来克服这些挑战的简单方法。以非洲猪瘟病毒 (ASFV) 衣壳蛋白 P72 和五邻体为模型，我们将它们设计成膜结合和分泌形式，并通过 mRNA 疫苗接种将它们的免疫原性与小鼠和猪的天然细胞内形式进行了比较。膜结合和分泌的 P72 和五邻体独立于病毒伴侣折叠成其天然多聚结构，因此保留了它们的构象表位。膜结合的 P72 和五邻体也比其分泌或细胞内的对应物引起明显更强的抗体和 T 细胞反应。我们的研究提供了一种简单的方法 27 来增强病毒衣壳蛋白的折叠、多聚体结构形成和免疫原性 28，用于 ASFV 亚单位疫苗的开发和一般细胞内蛋白质的免疫原性。29 30 31
KU70，SIRT1和SIRT6蛋白在糖尿病大鼠睾丸组织中的作用 技术对食物浪费的影响：智能包装 ortaokulÖğrencilininetkinvatandaşlıkKavramına所以 do钠葡萄糖共转运蛋白-2（SGLT-2）抑制剂影响... Erdoğan，S。和M. Y.（2024）。 bitkiselkaynaklılifler ve胃肠道西姆·üzerineetkileri。 BütünleyiciveanadoluTıbbıDergisi，5（SbüH 全面质量管理实践在... 上的重要性
摘要：糖尿病男性不孕/不育是糖尿病的重要并发症。尚未对负责这种并发症的分子机制进行彻底研究。我们旨在阐明KU70，SIRT1和SIRT6蛋白在糖尿病睾丸中的作用。Sprague -Dawley雄性大鼠在稳定的实验室条件下保持。将大鼠分为对照组（n = 8）和一个糖尿病组（n = 8，单剂量为50 mg/kg链霉菌素）。在1个月的实验期结束时，在麻醉下处死动物。将两个睾丸均已去除，轻轻处理，并通过电子传输显微镜和蛋白质印迹研究。血液样本进行生化分析。组织病理学分析表明，在糖尿病组中，diaphragmatic小管直径和血清睾丸激素水平降低。ku70免疫反应性在统计学上显着增加，而与对照组观察到的相比，SIRT1和SIRT6表达显着降低。这是首次检查KU70，SIRT1和SIRT6在糖尿病睾丸组织中的表达的第一项研究。根据结果，KU70，SIRT1和SIRT6可能在糖尿病睾丸组织中细胞凋亡中起重要作用。在其他定量研究中应进一步研究这些蛋白质的重要性。
冷冻粒子拾取机学习竞赛的开源工具
图4：超级金属和金属3D的疯狂分布跨各种概率截止。内核密度估计用于说明分布，突出显示中位数（白色圆圈），四分位数（黑匣子）和数据扩展（晶须量最高为1.5倍。