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附录一个数据模板
计划-QA我们通过零射方法评估了Llama2-13b [4]的功能，并发现其广泛的培训数据为交通规则理解提供了坚实的基础。然而，其有限的数学实力在抓住和推论内结构和数值表达之间的连接方面构成了挑战。为了解决这个问题，我们介绍了一个基于语言的QA数据集，旨在将LLM从通用模型转换为熟练于自主驾驶计划的专业模型。这种增强的重点是完善其在教学解释和推理中的能力。Concretely, we delineated the level of autonomous driving planning into three granularities: 1) high-level instructions: formulated through velocity commands including stop , accelerate , decelerate , maintain speed , and routing commands including turn left , turn right , go straight , 2) control: assessing the values of ve- locity and acceleration, 3) and waypoint: encompassing a series of points.设计了六种问题类型是为了阐明高级指令（控制 - 航路点频谱）之间的过渡关系，并根据NUPLAN [1]的日志数据对每个QA -PAIR进行调整。图s1a说明了通用系统提示模板适用于所有问题，而图s1b-s1g在系统提示中替换每个问题类型的特定示例，并在其各自的答案中替换<问题>和。
基于AMA1的下一代质粒，用于增强丝状真菌的异源表达
图1使用下一代AMA1质粒增强了麦克利荧光蛋白的表达。A。分析了MCHERRY表达的AMA1质粒的示意图，其选择标记物具有不同的变体。b荧光曲霉曲霉菌落的荧光照片显示，用Ubi-M-Pyrg和Ubi-Y-Y-Pyrg质粒转化的菌落中荧光增加。来自转化菌落的孢子中麦克利荧光的流式细胞仪分析表明，使用UBI-Y-Y-PYRG质粒实现了最均匀和最高的麦克利信号。在图S1a中，来自不同转化菌落的重复之间的平均荧光和重复的直方图。在液体培养中生长的菌丝体的共聚焦显微镜图像显示，在含有UBI-M-PYRG和UBI-Y-PYRG质粒的菌丝体中的表达增加。ImageJ火灾校准栏代表不同级别的MCHERRY信号。在图中重复S2。e。对等差质粒浓度下不同质粒的转化效率的评估显示，质质质质量降低的质粒的转化效率降低了，将pyRG融合到降解标签。字母表示由ANOVA确定的，并在Tukey后的测试中确定了显着不同的组。F.在选定和非选择条件下固体培养基上菌落生长速率的比较表明，在选择性条件下，携带UBI-M-PYRG和UBI-Y-Y-PYRG质粒的菌株的生长较慢。星号代表pADJ <0.05 <0.05，韦尔奇的t检验表示选择性和非选择性培养基之间的直径差异，用于携带每种质粒的菌株。
引文：Pietra D、Brisci A、Rumi E、Boggi S、Elena C、Pietrelli A、Bordoni R、Ferrari M、Passamonti F、De Bellis G、Cremonesi L 和 Cazzola M. Dee
对于 HRM 检测，采用补充表 S1 中报告的优化内含子引物。PCR 在 20 μ L 中进行，其中包含 100 ng DNA、0.5 单位 HotStart Taq 聚合酶以及 1x 缓冲液（Qiagen，德国希尔登）、1.5 mM MgCl 2、800 μ M dNTP、300 nM 每种引物和 1x EvaGreen（Idaho Technologies，犹他州盐湖城）作为插入染料。循环和 HRM 分析在 Rotor-Gene ™ 6000 实时分析仪上进行，采用以下热方案：95°C 持续 15 分钟（一个循环）；95°C 持续 30 秒，55°C 持续 30 秒，72°C 持续 30 秒（50 个循环）；72°C 持续 10 分钟（一个循环）；熔化温度从 85°C 升至 95°C，每秒上升 0.1°C。使用相关的 Rotor-Gene ™ 6000 系列软件 (v1.7.87) 分析数据。标准化条在前导范围的 88°C 和 88.5°C 之间，在尾随范围的 92.5°C 和 93°C 之间，置信阈值为 90%：如果 HRM 图超出了指定参考基因型的置信范围，则软件会将样本识别为变异。图 S1A 显示了健康受试者和 3 名 MPN 患者的 DNA 样本的 HRM 图谱，这些样本先前已通过微电子微芯片分析进行了基因分型（未显示数据）。患者 PV02_113 为 MPL (W515K) 纯合子（TGG>AAG 转换），其 HRM 曲线相对于野生型序列向左移向较低温度，这与纯合变体导致熔解温度 (Tm) 降低的预期一致。患者 PV04_494 为 MPL (W515A) 纯合子（TGG>GCG 转换）等位基因
通过基于ELISA的筛选抑制RBD/ACE2相互作用，重新利用FDA批准的SARS-COV-2药物
正在进行的冠状病毒疾病2019（Covid-19）全球大流行是由新型冠状病毒，严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）引起的，该疾病刺激了严重且常常是致命的症状。截至2020年9月4日，已有超过2600万例Covid-19和近900,000例死亡。基于Kissler及其同事对未来病毒传播方案的建模预测，在接下来的五年中可能会发生SARS-COV-2的复兴（Kissler等人，2020年）。正在进行研究和临床试验，以开发Covid-19的疫苗和治疗方法，但目前尚无针对Covid-19（www.who.int）的特定疫苗或治疗方法，以及治疗性和预防性干预措施，以与SARS-COV-2的暴发相结合。特有重要性是对有效，不侵入性，大多数社会经济和现成的药物的识别。SARS-COV-2峰值（S）糖蛋白通过在宿主细胞上的病毒尖峰蛋白的受体结合结构域（RBD）之间的相互作用来促进宿主细胞的进入。已经提出，抑制这种相互作用代表了Covid-19的治疗发展的一个特别有吸引力的靶标（Shi等，2020）。在这里，我们开发了一种基于ELISA的高通量筛查方案，以识别能够破坏SARS-COV-2 RBD与人ACE2（HACE2）之间相互作用的药物（HACE2）。考虑到药物开发耗时且极其昂贵的事实，我们采用了一种战略方法，涉及重新使用临床认可的药物。s1a）。S1B和S1C）。S1B和S1C）。我们首先用Biotin标记的RBD建立并选择了我们的ELISA测定法，并使用了5 ng/ ml的RBD进行药物筛查（图 div> div>筛查由958种FDA批准的药物组成的库，五种药物，N-乙酰半胱氨酸（NAC），tpronin（TPR），椎间盘（VP），骨化三醇和cocadotril均可识别rbd/ace2的高度，并在 vertepor-fin（VP）是一种苯并核蛋白衍生物，是一种用于消除异常的光敏剂vertepor-fin（VP）是一种苯并核蛋白衍生物，是一种用于消除异常
粘合素超元在循环挤出过程中DNA
抽象的粘着蛋白将基因组DNA挤压成促进染色质组装，基因调节和重组的环。在这里，我们表明粘着蛋白将负超胶引入挤出的DNA中。超螺旋需要粘蛋白的ATPase头，这些头部夹紧DNA以及在粘蛋白的铰链上的DNA结合位点，表明在铰链和夹具之间约束粘蛋白超侧Coil DNA。我们的结果表明，一旦粘蛋白在超涂层期间达到其失速扭矩，DNA挤出会停止，而粘蛋白突变体预测会停滞在较低的扭矩形成细胞中的较短环。这些结果表明，超涂层是环挤出机制的组成部分，并且粘着蛋白不仅通过循环DNA，而且通过将其超级旋转来控制基因组结构。真核间相细胞中的主要文本，SMC（“染色体的结构维持”）复合粘着蛋白将基因组DNA折叠成环和拓扑结构域（TADS;参考（1-4）），可以调节转录（5），重组（6，7），姐妹染色单体分离（8）和复制（9）。粘着蛋白通过由ATP结合 - 水溶液周期控制的构象变化（12）（在（13）中进行了综述），将DNA挤压为环（10，11）。这些是由粘蛋白的SMC1和SMC3亚基催化的，其中包含50 nm长的盘绕螺旋，二聚体“铰链”结构域和球形ATPase'heads'（图s1a），与ABC转运蛋白相关（14）。在ATP结合后，粘蛋白的头部接合和一个称为NIPBL“夹具” DNA的亚基在接合的ATPase头顶上（参考（12，15-17）;如图。s1b）。这些动作产生〜15 pn力（18）和循环挤出步骤〜40 nm（100-200 bp;ref。（19）），表明在头部互动过程中将DNA卷入形成循环中。相比之下，在环挤出过程中DNA的构象变化知之甚少。拓扑异构酶II在粘着蛋白环的底部结合并切割DNA（20-23），这表明DNA在这些位点上是超螺旋的。有丝分裂SMC复合物冷凝蛋白还与拓扑异构酶（24-30）共定位并相互作用，并且可以在体外超涂DNA（31-33）。已经提出了此过程发生在循环挤出过程中（31，33），但发现粘着蛋白不适合
基于 CRISPR 切口酶的软基因组编辑
摘要 Prime editing 是一种近期出现的精确基因组编辑方式，其多功能性为包括靶向基因疗法开发在内的广泛应用提供了前景。然而，其优化和使用的一个突出瓶颈是难以将大型 prime 编辑复合物递送到细胞中。在这里，我们证明将 prime 编辑构建体包装在腺病毒衣壳中可以克服这一限制，从而在转化和非转化的人类细胞中实现强大的基因组编辑，效率高达 90%。使用这种不依赖细胞周期的递送平台，我们发现 prime 编辑活动与细胞复制之间存在直接相关性，并揭示了准确的 prime 编辑事件与不需要的副产物之间的比例可能受靶细胞环境的影响。因此，腺病毒载体颗粒允许在人类细胞中有效地递送和测试 prime 编辑试剂，而与它们的转化和复制状态无关。本文整合的基因传递和基因编辑技术有望帮助研究在众多实验环境中以及最终在体外或体内治疗环境中进行主要编辑的潜力和局限性。简介基于序列可定制的向导 RNA (gRNA) 和 CRISPR 相关 (Cas) 核酸酶的可编程核酸酶是强大的基因组编辑工具 (1,2)。然而，除了脱靶诱变 (3-9) 之外，可编程核酸酶通常会因非法重组过程修复双链断裂 (DSB) 而产生复杂的靶等位基因破坏和大规模基因组重排 (10,11)。因此，最近的基因组编辑发展包括从 DNA 切割发展到基于切口 Cas 蛋白本身 (12–14) 的 DNA 非切割技术，或基于这些与 DNA 修饰部分融合的 RNA 可编程切口酶，例如碱基编辑器和最近的 prime editors (15,16)。Prime 编辑允许安装任何单个碱基对替换以及明确定义的小插入或删除，同时不需要 DSB 或供体 DNA 底物 (15)。Prime editors 由扩展的 gRNA 和 Cas9 H840A 切口酶组成，它们与工程逆转录酶 (RT) 融合，分别命名为 pegRNA 和 PE2 (补充图 S1A)。pegRNA 由 3' 端共价连接到编码目标编辑的 RT 模板和 RT 引物结合位点 (PBS) 的 gRNA 形成。位点特异性基因组 DNA 切口产生 3' 端 DNA 瓣，经 PBS 退火后，在 RNA 模板上引发 RT 介导的 DNA 合成。PE2 和 PE3。DNA 拷贝杂交至互补靶 DNA 后，编辑最终通过连续链解析反应整合到基因组中（补充图 S1B）。Prime 编辑有两种主要方式，即前者系统需要传递 PE2：pegRNA 复合物；后者依赖于这些复合物与传统 gRNA 一起转移。在 PE3 系统中，gRNA 指导的未编辑 DNA 链切口促进了使用编辑链作为修复模板（补充图 S1B）。尽管 Prime 编辑原理具有巨大的潜力和多功能性，但仍存在一些需要识别、仔细评估和解决的特定缺陷。大型的 Prime 编辑核糖核蛋白复合物由 ∼ 125 个核苷酸长的 pegRNA 和由 6.3 kb ORF 编码的 238 kDa 融合蛋白组成，这带来了巨大的生产和交付问题。事实上，生产足够数量的 >100 kDa 蛋白质尤其具有挑战性。此外，尽管病毒载体是最有效的基因组编辑工具递送系统之一 (17)，但最常用的平台基于 ∼ 15 nm 腺相关病毒 (AAV) 颗粒，由于其包装容量有限（∼ 4.7 kb）（17），不适合转移全长 Prime 编辑序列。完全病毒基因删除的腺病毒载体（也称为高容量腺病毒载体），以下称为腺载体颗粒 (AdVP)，聚集了一组有价值的特征，即； (i) 大包装容量（即高达 36 kb），(ii) 严格的游离性，(iii) 高遗传稳定性；(iv) 容易的细胞趋向性改变和 (v) 高效转导分裂和静止细胞 (17–21)。在这里，我们研究了定制这些 ∼ 90 nm 生物纳米粒子用于全长主要编辑组件的一次性转移的可行性和实用性，并且由于潜在或影响主要编辑结果的细胞过程基本上是未知的，利用后一个特性来研究细胞周期对这种位点特异性 DNA 修饰原理的作用。材料和方法 细胞