牛津纳米孔 Flongle 简介:本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序:牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪,越来越受欢迎。它相对便宜(起价 1000 美元),小巧便携,可生成长读长(1000 个碱基对),并实时测序,这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸(A、C、T、G)在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷,因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle:纳米孔流动槽有两种类型,常规流动槽适用于大型项目(成本约为 1,000 美元),Flongle 2 流动槽适用于小型实验(每个流动槽成本约为 90 美元)。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高,但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元!因此,必须将样本汇集在一起进行测序,也就是说,将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本,需要用条形码标记样本,以便识别它们。DNA 宏条形码:DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因(传统上是线粒体 COI 基因)进行测序,然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体,以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码,并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码:在我们的实验室中,我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5(昆虫)方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因(也可以使用其他基因,如 12S 和 16S 6 ),在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
病原体靶向测序(TNGS)是一种基于扩增子的测序,提供了快速且具有成本效益的解决方案,可快速筛选和鉴定常见或已知病原体。The tNGS workflow, powered by Complete Genomics' DNBSEQ-E25 sequencer with the AccuGen* Pathogen kits and software, enables the detection and quantification of 330 common pathogens (178 bacteria, 96 viruses, 56 fungi, and protozoans) and 150 drug-resistant genes from a variety of spec imens, including blood, swab, sputum, BAL, urine, CSF等。
GTM-Module - Clock Time Base Module CTBU - Clock Management Unit CMU - Time Base Unit TBU - Digital Phase Locked Loop (DPLL) - Timer Input Mapping Module MAP - Advanced Routing Unit ARU - Timer Input Module TIM - Timer Output Module TOM - ARU-connected TOM ATOM - Parameter Storage Modules PSM (FIFO Submodule) - Broadcast Module BRC - Sensor Pattern Evaluation (SPE) - 多通道Sequencer MCS-监视器单元MON-输出比较单元CMP
自2019年以来,Banyuls Sur Mer Oceanoloical天文台的研究团队(Boss,Lecob)致力于开发自主抽样器,以自动收集,集中和提供高质量的Edna,应用于包括NG在内的大量分子分析。项目的目的是将EDNA采样器集成到小型测序仪,该测序仪提供了一种能够原位监视生物多样性的新设备。关键字
手册。a。我们建议长度为250 bp,以计算库摩尔力。b。所有目标从读取开始之初就位于50 bp之内,这意味着≥75bp的读数长度足以执行所有目标的分析。c。单源样本所需的读数最小的50倍覆盖范围为每个样本的总读数为7500。d。建议用于QC的5%phix尖峰。e。将图书馆池稀释到Illumina仪器所需的装载浓度。我们建议从初始序列运行的较低加载浓度开始,并在需要时进行调整。这避免了过度集群和运行的潜在失败。有关测序指南,请参见表1。表1 Illumina Sequencer和样品多路复用指南
MPPC是一种称为SIPM(硅光层流)的设备。这是一种新型的光子计数设备,由多个Geiger模式APD(Avalanche Photodiode)像素组成。这是一种具有出色的光子计数能力和低工作电压的光轴导导器,并且不受磁场的影响。S13360系列是用于精确度量的MPPC。MPPC继承了先前产品的出色低浮肿特性,并进一步提供了较低的串扰和较低的深度计数。它们适合精确测量,例如流式细胞仪,DNA测序仪,激光显微镜和荧光测量,需要低噪声特征。
生物修复是最经济,最环保的,广泛使用的土壤回收技术之一,如果污染原油和石油产品4)。这项技术基于由两个或多个菌株组成的微生物关联,因为将碳氢化合物氧化微生物的单一文化引入到石油污染的环境中无法完全解决纯化问题。许多科学论文已专门研究该问题5,6)。独特的细菌群落适合于石油污染的土壤中发生的污染。在Aitkeldiyeva等人的工作中。7),使用Illumina Miseq序列,在哈萨克斯坦沉积物的油污染土壤样品中微生物群落的细菌结构和多样性
带正弦 PWM 控制的 XtrapulsPac 全数字驱动器是伺服驱动器,可通过位置传感器控制无刷交流电机。标准控制接口可以是: - CANopen, - EtherCAT® 1, - 模拟, - 步进电机仿真, - 逻辑 I/O。但 XtrapulsPac 系列还提供更复杂的功能,例如: - 包括位置捕获的 DS402, - 主/从和电子传动装置, - 带运动排序的定位器。所有版本均标配集成安全功能安全扭矩关闭 (STO) SIL 2。XtrapulsPac 尺寸非常小,有多种设计可供选择: - 独立或多轴版本, - 标准强制风冷或推入式冷却版本。XtrapulsPac 系列驱动器完全可配置,以适应各种应用。XtrapulsPac 系列的两个驱动器版本如下所述。带有 CANopen 接口的 XtrapulsPac 版本可用于以下应用类型: 根据 DS402 协议由 CANopen 现场总线控制的轴, 作为运动序列器独立运行,通过逻辑 I/O 进行控制, 传统模拟速度驱动器,带有 +/- 10 V 命令和通过 A、B、Z 编码器信号仿真的位置输出, 步进电机仿真,带有 PULSE 和 DIR 命令信号。带有 EtherCAT® 接口的 XtrapulsPac 版本可用于以下应用类型: 根据 DS402 协议由 EtherCAT® 现场总线控制的轴, 作为运动序列器独立运行,通过逻辑 I/O 进行控制。配置和参数化软件工具 Gem Drive Studio 允许根据目标应用(模板)快速配置 XtrapulsPac 驱动器。1.2 - 说明/符合标准 1.2.1 - 一般说明
我们工程人员的主要工作重点是不断改进 ICS-4000 TM 集成控制系统,该系统现已成为数十家管风琴制造商的首选系统。这款功能强大、先进且价格极具竞争力的产品通过传统的管风琴控制和美观的“21 世纪”控制面板为管风琴演奏者带来了耦合、切换、组合动作、活塞音序器、内置录音/播放和完整的 MIDI 功能。我们相信,世界上没有任何其他管风琴控制系统支持更多功能,使用起来更直观、更方便,或更能适应新乐器或翻新乐器的广泛要求。从先进的 ICS-4000 到我们“最低技术”切换和组合动作系统(已在全球数千个安装中得到验证),Peterson 现在提供真正无与伦比的控制系统产品系列,几乎适合任何项目。