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斑馬魚@巴斯
斑马鱼@巴斯 您是否和我们一样对斑马鱼研究充满热情？您想在联合国教科文组织世界遗产城市生活和工作吗？ https://whc.unesco.org/en/list/428/ 那就来巴斯大学吧，巴斯大学是一所全球排名前 150 的大学（QS 2025） https://www.topuniversities.com/qs-top-uni-wur 我们的研究人员 Philip Ingham 教授 FRS Philip 在英国率先使用斑马鱼作为模型生物，早在 1980 年代就在牛津大学建立了第一个斑马鱼研究实验室。从那时起，他在 CRUK 伦敦研究所、谢菲尔德大学和埃克塞特大学以及新加坡李光前医学院建立了设施。他曾担任国际斑马鱼学会主席和斑马鱼疾病模型学会副主席，在 Hedgehog 信号通路和斑马鱼骨骼肌发育方面做出了重要发现。他于 2005 年荣获遗传学会奖章，并于 2014 年荣获 BSDB 沃丁顿奖章。罗伯特·凯尔什教授罗伯特在剑桥大学学习进化发育生物学，后与图宾根马克斯物理研究所的 Christiane Nüsslein-Volhard 和俄勒冈大学的 Judith Eisen 一起从事斑马鱼博士后研究。他的研究重点是神经嵴细胞的发育，特别是命运决定。他采用了从 CRSPR-Cas9 介导的基因组编辑到数学建模等一系列方法来剖析转录因子及其相关基因调控网络在选择和平衡命运决定中的作用。去年，他的研究成果获得了国际色素细胞学会联合会 (IFPCS) 的 2023 年迈伦·戈登奖巴斯全球讲席教授 Steven Farber Steve 是约翰霍普金斯大学脂质代谢和功能领域的世界知名专家，他因客座教授的身份定期来巴斯访问。获得电气工程学位后，Steve 在麻省理工学院学习神经生物学，探索胆碱能脑区神经递质和膜磷脂合成之间的平衡。在卡内基研究所 Marnie Halpern 实验室从事博士后研究期间，他率先使用斑马鱼进行脂质生物学研究。他研究的一个主要主题是开发工具，以研究完整组织和器官中脂质的细胞生物学，而这种方式以前只能在培养细胞或酵母中实现。副教授 Vasanta Subramanian 以研究哺乳动物发育而闻名，她从哥廷根 MPI Peter Gruss 实验室的研究员开始研究哺乳动物发育，Vasanta 拥有更多
斑马鱼表观基因组
根据Howe等人在自然界发表的论文。（2013），70％的蛋白质编码人基因与斑马鱼（Danio Rerio，ZF）中发现的基因有关，已知与人类疾病相关的基因中有84％具有ZF对应物。为了瞥见BPA对人荒地的潜在影响，我们确定了在步骤1中发现的ZF基因的人类同源物，并使用人类数据库（例如Ipathwaywayguide and ToppFun）对其进行了分析。我们的数据表明，3周暴露于BPA的成人ZF中的几个miRNA，包括一些在人类中也表达的miRNA，保证在人类中进行进一步的直接调查。我们的研究还表明，BPA影响ZF生殖系统标记物以及与非酒精性脂肪肝病（NAFLD），细胞周期，自噬/凋亡，氧化磷酸化和癌症有关的途径。我们还确定了几种表观遗传因子被BPA上调，包括EZH2，EZH2是一种连接2种基因沉默的表观遗传系统的组蛋白甲基转移酶，特异性组蛋白甲基化和DNA甲基化（Doherty等人。 2010）。 EZH2的过表达已在许多人类癌症中描述。 我们的“表观遗传学”热图（图6）表明，BPA增加了EZH2的表达，以及DNMT1（DNA甲基转移酶）。 这与Doherty等人一致。 2010和Santangeli等。 （2016）。 这些数据共同表明，在成人ZF中，对BPA的“短期”接触可以改变包括miRNOME在内的表观基因组。 2013）。2010）。EZH2的过表达已在许多人类癌症中描述。 我们的“表观遗传学”热图（图6）表明，BPA增加了EZH2的表达，以及DNMT1（DNA甲基转移酶）。 这与Doherty等人一致。 2010和Santangeli等。 （2016）。 这些数据共同表明，在成人ZF中，对BPA的“短期”接触可以改变包括miRNOME在内的表观基因组。 2013）。EZH2的过表达已在许多人类癌症中描述。我们的“表观遗传学”热图（图6）表明，BPA增加了EZH2的表达，以及DNMT1（DNA甲基转移酶）。这与Doherty等人一致。2010和Santangeli等。（2016）。这些数据共同表明，在成人ZF中，对BPA的“短期”接触可以改变包括miRNOME在内的表观基因组。2013）。斑马鱼是一个伟大的毒理学系统模型，具有许多优势，例如高繁殖力，短代循环，低成本维持，基因组易于修饰，胚胎和成人的透明度，胚胎在外部，高，高的，高的遗传代码在早期的生活阶段和活跃的阶段和跨越阶段的发展阶段。使用斑马鱼作为癌症模型的想法出现了10年前，现在开始产生结果（White等人与使用人类和小鼠系统的癌症生物学社区一致，斑马鱼模型可以提供一套独特的工具，可以帮助癌症研究工作。对于其他研究领域，包括NAFLD，这是一种高度普遍的严重慢性肝病，影响了所有美国人的1/3 rd。基于基因鹅肝（鹅卵石）的突变而存在的斑马鱼模型，该突变导致类似于人NAFLD的脂肪肝病，其特征是幼虫的幼虫中富含脂质的肝细胞和幼虫的细胞凋亡，年轻时为5 dpf（Goldsmith＆Jobin，2012年）。鉴于包括miRNA在内的表观遗传特征的变化已被证明可以驱动动物和人类模型中许多疾病的进展，因此清楚地确定BPA如何影响表观遗传组和下游途径的表观概念组很重要。据我们所知，这是第一个研究BPA对斑马鱼mirnome的影响的研究。据我们所知，这是第一个研究BPA对斑马鱼mirnome的影响的研究。
斑马鱼中的心脏再生是
•首先，可能会刺激现有肌纤维中的差异化CMS，以进入细胞周期，分裂和改革顶点。•第二，可以通过募集形成新的增生性CM的未分化的祖细胞来进行再生。•关于再生肌肉起源的第三个可能的机制是这两种称为“去分化”的机制的嵌合体，其中现有肌肉将下调收缩基因以创建未分化或不良分化的细胞。
和 keap1b 基因敲除斑马鱼
Keap1 – Nrf2 通路是一种进化保守的机制，可保护细胞免受氧化应激和亲电试剂的侵害。在稳态条件下，Keap1 与 Nrf2 相互作用并导致其快速蛋白酶体降解，但当细胞暴露于氧化应激/亲电试剂时，Keap1 会感知它们，导致 Keap1 – Nrf2 相互作用不当和 Nrf2 稳定。因此，Keap1 被认为是 Nrf2 激活的“抑制剂”和“应激传感器”。有趣的是，鱼类和两栖动物有两种 Keap1（Keap1a 和 Keap1b），而哺乳动物、鸟类和爬行动物只有一种。系统发育分析表明，哺乳动物 Keap1 是鱼类 Keap1b 的直系同源物，而不是 Keap1a。在本研究中，我们使用斑马鱼遗传学研究了 Keap1a 和 Keap1b 之间的差异和相似之处。我们构建了 keap1a 和 keap1b 的斑马鱼基因敲除系。两种基因敲除系的纯合突变体均可存活且可育。在两种突变幼虫中，Nrf2 靶基因的基础表达和抗氧化活性均以 Nrf2 依赖的方式上调，表明 Keap1a 和 Keap1b 均可作为 Nrf2 抑制剂发挥作用。我们还分析了 Nrf2 激活剂萝卜硫素对这些突变体的影响，发现 keap1a- ，而非 keap1b- ，基因敲除幼虫对萝卜硫素有反应，表明两种 Keap1 的压力/化学感应能力不同。
斑马鱼工程培训计划...
CCMB 提议开设一门使用基因编辑技术 CRISPR 对斑马鱼胚胎进行基因组工程的培训课程，以培养满足行业和学术界需求的就业人力资源。该计划针对来自政府实验室/研究所、行业、医院、病理学实验室、大学的学生和员工，旨在培训他们能够设计和构建 CRISPR 构建体并生成敲除和敲入斑马鱼转基因系。
斑马鱼肌肉的遗传研究
肌肉营养不良（MDS）是由40多种蛋白质失调引起的，但通常具有肌肉无力的特征，肌纤维死亡和再生，移动丧失和过早死亡。A MD涉及从细胞外基质到肌膜到肌膜的连接中任何地方的断开链接。因此，如果错误折叠，失调或不存在，则任何蛋白质都会导致MD。在MD中，当参与这些过程的肌肉失败时，最常见的死亡原因是心脏或呼吸道衰竭。尽管MDS影响1：3500-5000全球出生，但目前尚无治疗方法。眼外肌肉（EOM）显着不受MD的影响，但是，这种天然抗药性背后的机制仍然难以捉摸。我们最近表明，EOMS细胞骨架与其他肌肉的区别显着不同，并假设MD模型中其细胞骨架的研究将提供重要的线索。此外，我们假设将EOMS策略应用于躯干肌肉组织将减少MD总体上的有害影响。
斑马鱼胚胎显微注射 - NET
此方案是使用已停产的 Cas9 蛋白版本 (Alt-R Sp Cas9 Nuclease 3NLS) 开发的。目前可用的产品 (Alt-R Cas9 Nuclease V3) 具有改进的 NLS，应以相同的体积和浓度直接替换到此方案中。IDT 建议使用 Alt-R™ Sp Cas9 Nuclease V3 与 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA 结合使用，以生成核糖核蛋白编辑复合物，从而在大多数目标位点上实现高编辑效率。查看 Alt-R CRISPR-Cas9 用户指南，了解如何将核糖核蛋白转染哺乳动物细胞系（可在 www.idtdna.com/CRISPR 上找到）。
实验之前斑马鱼的适应
根据欧洲议会的指令（2010/63/eu）和针对科学目的的动物保护理事会的指令，附件III点3.1.a，新动物的引入应成为每个设施必须拥有的健康战略的一部分。在第3.7点，还要求设施必须为动物制定习惯计划。此外，委员会的建议2007年6月18日关于用于实验和其他科学目的的动物的适应和护理指南（2007/526/ec），一般部分，4.4指出，允许动物允许动物从运输压力中恢复到新的环境，并习惯新的环境，并习惯了新的环境和新的丈夫和护理习惯。根据委员会的建议，即使被认为身体健康，也必须进行适应时期。所需的时间量取决于动物所经历的东西。例如，与该国境内短期运输相比，长期的国际运输破坏了动物的昼夜节律，可能需要更长的适应期。
斑马鱼胚胎的脂质转染
斑马鱼是发育和生物医学研究中广泛使用的模型生物，具有体外受精、胚胎透明和与人类遗传相似等优点。然而，将外源遗传物质引入斑马鱼胚胎的传统方法，尤其是显微注射，带来了巨大的技术挑战并限制了通量。为了解决这个问题，我们开发了一种新方法，利用 Lipofectamine LTX 通过脂质转染将核酸有效地递送到斑马鱼胚胎中。我们的方案绕过了显微注射的需要，提供了一种经济高效、高通量且用户友好的替代方案。该方案概述了斑马鱼基因递送的新策略，以提高该模型系统中遗传研究的效率和范围。
