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World File Search SystemZymobiomics
Zymobiomics™RNA Miniprep套件
产品描述Zymobiomics™RNA MiniPrep套件设计用于从各种样品输入（例如，粪便，土壤，植物，水，水和生物膜）中纯化RNA，可用于微生物组或元基因组分析。Zymobiomics™创新裂解系统消除了与不同生物体（例如，革兰氏阴性/阳性细菌，真菌，原生动物和藻类）的不平等裂解效率相关的偏差。提供的DNA/RNA Shield™在环境温度下保留核酸，提供了样品的无偏分子快照。该过程使用Zymo-Spin™色谱柱技术，可导致高质量的总RNA（包括小/microRNAS 17-200 nt），没有PCR抑制剂（例如，多酚，腐殖醇，腐殖质酸和Fulvic Acids），可以用于RT-PCR，阵列，测序等，等等。
Zymobiomics™DNA MicroPREP试剂盒
•样品来源 - 细菌（包括内生孢子），真菌，原生动物，藻类，病毒，线粒体和宿主DNA从≤50mg的哺乳动物粪便中有效分离，≤100mg土壤和5 - 20 mg（湿型）细菌/fungal Cells 2，fungal cells 2，pairms＆watermms and watermms和pater。•珠子跳动系统 - 创新的Zymobiomics™裂解系统可以使微生物细胞壁的完全均质化/破坏和准确的微生物DNA分析，无偏见。为了确保无偏裂解，建议使用Zymobiomics™微生物社区标准（请参阅附录C）对每个珠饰装置进行校准。•DNA纯度 - 高质量，无抑制剂DNA用Zymobiomics™DNase/RNase无水水洗脱，适合所有下游应用，包括PCR和下一代测序。
ZymoBIOMICS™ DNA 微量提取试剂盒
• 样本来源 — 从 ≤ 200 mg 的哺乳动物粪便、≤ 250 mg 的土壤和 50 – 100 mg（湿重）的细菌/真菌细胞 2、生物膜和水 3 中有效分离细菌（包括内生孢子）1、真菌、原生动物、藻类、病毒、线粒体和宿主 DNA。• 珠磨系统 — 创新的 ZymoBIOMICS™ 裂解系统可以完全均质化/破坏微生物细胞壁，并准确进行微生物 DNA 分析，无偏差。为确保无偏差裂解，建议使用 ZymoBIOMICS™ 微生物群落标准（见附录 C）校准每个珠磨设备。• DNA 纯度 — 用 ZymoBIOMICS™ 无 DNase/RNase 水洗脱高质量、无抑制剂的 DNA，适用于所有下游应用，包括 PCR 和下一代测序。
Zymobiomics magbead DNA/RNA
•样品来源 - 细菌，真菌，原生动物，病毒，病毒，线粒体和宿主DNA和RNA与≤50mg的土壤，哺乳动物/植物/种子，5-20 mg（湿重1）的真菌/细菌细胞，生物细胞，生物纤维，生物纤维，水和瑞巴群有效分离。•样品均质化 - Zymobiomics™创新裂解系统确保对微生物细胞壁的完全裂解和准确的微生物分析，无偏见。分别提供裂解管（S6012-50）和96孔裂解架（S6002-96-7）。•样品保存 - DNA/RNA Shield™裂解细胞，使核酸酶和感染剂失活，是在环境温度下样品存储和运输的理想选择。•大小 - DNA和总RNA，包括小/microRNA（≥17nt）。
Zymobiomics®微生物社区标准
产品描述Zymobiomics®微生物社区标准是一个模拟微生物群落，由八个细菌和两种真菌菌株组成。它包括三种易于溶解的革兰氏阴性细菌（例如大肠杆菌），五种很难透明的革兰氏阳性细菌（例如单核细胞增生李斯特菌）和两种难以散热的酵母（例如Neoformans的加密环球）（表1）。这些菌株中的七个是已知的人类病原体，并已用DNA/RNA Shield™（R1100-50）完全灭活。包含的基因组的GC含量1覆盖范围从15％到85％。该标准是通过汇总十种微生物菌株的纯培养物来构建的。在合并之前对每个纯培养物的细胞和DNA含量进行了定量。根据预定的组成混合培养物（表1）。微生物标准是准确表征的，并保证包含<0.01％的杂质。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。从一开始就用作定义的输入，该标准可用于指导整个工作流程的构建和优化，或作为LAB研究间研究的质量控制工具。使用该标准进行基准测试，我们发现该领域中当前使用的大多数引用的DNA提取方法，包括人类微生物组项目粪便DNA提取方案，都是巨大的偏见（图1）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株2的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。1 GC内容可能会导致基于PCR的库中shot弹枪测序工作流程中测序覆盖范围的偏差。2标准内的几种菌株被从ZRC190633开始的类似菌株取代。此更新不会影响标准的物种组成。请参阅附录C以检查您的产品是否来自较旧的批次，并在需要时找到正确使用的参考数据库。
Zymobiomics DNA/RNA Miniprep Kit
产品说明Zymobiomics™DNA/RNA MiniPREP试剂盒设计用于从多种样品输入中纯化DNA和RNA（例如粪便，土壤，植物，水和生物膜），可用于微生物组或元基因组分析。Zymobiomics™创新裂解系统消除了与不同生物的不平等裂解效率相关的偏见（例如，革兰氏阴性/阳性细菌，真菌，原生动物和藻类）。提供的DNA/RNA Shield™在环境温度下保留核酸，提供了样品的无偏分子快照。该过程使用Zymo-Spin™色谱柱技术，可导致高质量的DNA和总RNA（包括小/microRNA 17-200 nt），该技术不含PCR抑制剂（例如多酚，腐殖质和富毒酸），可以用于RT-PCR，阵列，测序等。
Zymobiomics®微生物社区DNA标准
产品描述Zymobiomics®微生物群落DNA标准是从八个细菌和两种真菌菌株的纯培养物中分离出的基因组DNA的混合物。在混合1之前将来自每个纯培养的基因组DNA分离和定量。含有基因组的GC含量2覆盖范围从15％到85％。微生物标准是准确表征的，并包含可忽略的杂质（<0.01％）。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。该产品是评估与图书馆准备，测序和生物信息学分析相关的偏见和错误的理想选择。它非常用作基准微生物学或元基因组学分析的性能或作为LAB间研究的质量控制工具的微生物标准。此标准也是帮助用户构建和优化工作流程的理想选择，例如评估PCR嵌合体速率（图1），并在16S rRNA基因靶向测序中删除假阳性（图2），并评估shot弹枪元基因组测序的测序覆盖范围中的GC偏置（图3）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株3的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。
Zymobiomics®微生物社区DNA标准II（...
产品描述Zymobiomics®微生物群落DNA标准II（对数分布）是八个细菌和两种真菌菌株的基因组DNA的混合物。微生物标准是准确表征的，并且包含可忽略的杂质（<0.01％）。它是通过从十种微生物菌株的纯培养物中提取的汇总DNA构建的。在合并之前对每个纯培养物的DNA进行了量化。混合后，使用基于NGS的测序确认微生物组成（图1）。该微生物标准可用于评估微生物工作流程的性能，也可以用作常规QC目的的阳性对照。DNA样品混合以创建对数分布的丰度（表1），这使用户可以轻松评估微生物学工作流的检测极限。1 µL标准（11 ng DNA）可用于评估标准中包含的金黄色葡萄球菌的丰度，该检测极限为0.000089％，相对丰度为0.000089％，或相当于3个细胞的DNA量。如果需要，标准也可以与人类基因组DNA相混合，例如人类HCT116 DKO DNA（＃D5014-1），以模仿人类微生物组样本。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。从下面的链接中获得了这些菌株的16S＆18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）。如果您需要帮助分析从此标准2生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip关于微生物组标准需求的背景：微生物组成概要配置文件在下一代测序中启动了由Microbobiomics和Metegenomics研究的常规测序，并成为了MetageNomics的常规研究。众所周知，这些分析技术在工作流程的每个步骤中都会遭受偏差和错误，包括DNA提取，图书馆制备，测序和生物信息学分析。要评估不同微生物学工作流的性能，该领域迫切需要可靠的参考材料，例如具有定义成分的模拟微生物社区。1个基因组DNA；该DNA标准不是独立于Zymobiomics®微生物社区标准II（＃D6310）的直接衍生物和制造。2我们可以使用内部管道来帮助评估该标准的测序数据中的偏差程度。
通过将粪便收集管与DNA稳定器（Invitek）和Zymobiomics™DNA/RNA Miniprep Kit（Zymo Resear
•使用上面概述的修改协议，可以使用Zymobiomics™DNA/RNA小型RNA小型RNA小型RNA小型RNA稳定器收集的人类粪便样品可以成功处理DNA稳定剂。•修改的协议可产生高产量和良好的DNA质量。•实时PCR证明了标准协议的修改不会影响下游分析。分离的DNA不含任何抑制剂。
16S rRNA基因的基于不同鸟类粪便的微生物群在很大程度上独立于DNA保存和提取方法
鸟类肠道菌群一直是最近关注的主题，对诸如家禽行业，微生物生态学和保护等各种领域的潜在影响。粪便微生物群经常用作肠道菌群的非侵入性代理，但是从鸟类粪便中提取高质量的微生物DNA经常被证明具有挑战性。在这里，我们旨在评估两种DNA保存方法（95％乙醇和rnalater）和五种提取方法（Indispin病原体试剂盒，Qiaamp PowerFecal ProFecal Pro DNA Kit，Microgem Prepgem Prepgem细菌试剂盒，Zymbobiommics DNA Miniprep Kit和In Bane In In Base AVA AVA）用于研究。对这些方法对来自最初三种禽类（鸡，鸵鸟和无飞行parrotkākāpō）的粪便样品的功效的系统测试发现，提取的DNA的质量，数量和完整性在提取的DNA的质量，数量和完整性上存在实质性差异，但对16S rRNA Gene基于基于基于的RRNA Gene Microbobiota profiles的质量，数量和完整性却微不足道。随后在10种系统发育和生态上多样化的鸟类物种上选择了保存和提取方法的选定组合，重申了所选方法的疗效，细菌群落结构通过技术复制的特定禽类强烈聚集。我们发现，提取功效的明显差异似乎不会影响16S基因基因的细菌群体概况，为正在进行的对鸟类肠道微生物群的研究奠定了重要的基础。