产品描述Zymobiomics®微生物社区标准是一个模拟微生物群落，由八个细菌和两种真菌菌株组成。它包括三种易于溶解的革兰氏阴性细菌（例如大肠杆菌），五种很难透明的革兰氏阳性细菌（例如单核细胞增生李斯特菌）和两种难以散热的酵母（例如Neoformans的加密环球）（表1）。这些菌株中的七个是已知的人类病原体，并已用DNA/RNA Shield™（R1100-50）完全灭活。包含的基因组的GC含量1覆盖范围从15％到85％。该标准是通过汇总十种微生物菌株的纯培养物来构建的。在合并之前对每个纯培养物的细胞和DNA含量进行了定量。根据预定的组成混合培养物（表1）。微生物标准是准确表征的，并保证包含<0.01％的杂质。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。从一开始就用作定义的输入，该标准可用于指导整个工作流程的构建和优化，或作为LAB研究间研究的质量控制工具。使用该标准进行基准测试，我们发现该领域中当前使用的大多数引用的DNA提取方法，包括人类微生物组项目粪便DNA提取方案，都是巨大的偏见（图1）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株2的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。1 GC内容可能会导致基于PCR的库中shot弹枪测序工作流程中测序覆盖范围的偏差。2标准内的几种菌株被从ZRC190633开始的类似菌株取代。此更新不会影响标准的物种组成。请参阅附录C以检查您的产品是否来自较旧的批次，并在需要时找到正确使用的参考数据库。