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长期暴露于多环芳烃污染物时，人皮肤菌群的变化
越来越多的证据表明，构成微生物组的人类肠道细菌与几种神经退行性疾病有关。在几项研究中发现了帕金森氏病（PD）和阿尔茨海默氏病（AD）患者的细菌种群的失衡。这种营养不良很可能会降低或增加分别具有保护性或有害人体的微生物组衍生的分子，并通过所谓的“肠脑轴”传达给大脑的这些变化。微生物组衍生的分子Queuine是一种富含大脑中的核酶，仅由细菌产生，并由人类通过其肠道上的表现来挽救。Queuine用枪支抗密码子在TRNA的Wobble位置（位置34）取代鸟嘌呤，并促进有效的细胞质和线粒体mRNA翻译。Queuine耗竭会导致蛋白质的折叠和激活，并激活小鼠和人类细胞中内质网应激和展开的蛋白质反应途径。蛋白质聚集和线粒体障碍通常与神经功能障碍和神经变性有关。为了阐明女王是否可以促进蛋白质折叠，并防止导致蛋白质病的聚集和线粒体缺陷，我们在几种化学合成的Queuine STL-101中测试了几种化学合成的女性STL-101的作用。用STL-101预处理神经元后，我们观察到高磷酸化的α-突触核蛋白的降低显着降低，α-突触核蛋白的标记是灰核核疗法的PD模型中α-突出蛋白聚集的标志物，并且在Accute and Actau consation and actau pyphosphoration中降低了Actuce and Actau phossephose contau pysease contau pysepy pd。此外，在AD模型以及PD的神经毒性模型中，在用STL-101预处理的细胞中发现了神经元存活的相关增加。测量180个神经健康个体血浆中的queuine表明健康的人类维持皇后区的保护水平。我们的工作已经确定了女性在神经保护中的新作用，从而发现了神经系统疾病中STL-101的治疗潜力。
baargin：用于自动分析细菌基因组数据的NextFlow工作流程，重点是抗菌抗性
抗菌耐药性（AMR）的出现和发展是一个全球健康问题，到2050年每年可能造成约1000万人死亡（汤普森，2022年）。对这些（多）抗性细菌菌株的基因组的研究对于理解抗性的出现和循环至关重要。在过去的几十年中，高通量测序技术已得到了认真的改进，并且一次对数百种细菌菌株的完整基因组进行测序变得更加负担得起。作为对应物，这些实验会产生大量数据，需要通过各种生物信息学方法和工具来分析重建基因组的工具，因此可以确定其特定特征以及AMR的遗传决定因素。为了自动化多种菌株的生物信息学分析，我们开发了一种名为Baargin的NextFlow（Di Tommaso等，2017）的工作流，称为Baargin（Nextflow中的细菌组装和抗菌抗性基因检测）https://github.com/ jhayer/baargin。它可以进行测序读取质量控制，基因组组装和注释，多层次序列键入和质粒鉴定以及抗菌耐药性决定因素检测以及pangenome分析。使用工作流管理系统NextFlow的使用使我们的工作流便携式，灵活并能够进行可再现的分析。
细菌群落结构中的精细尺度一致性，来自iLlumina上的短读和纳米孔上的长阅读的海洋沉积物
在开发高通量测序仪后，环境原核生物群落通常是通过在16S域上用遗传标记来描述的。然而，由于底漆的选择和读取长度，简短读取测序遇到了系统发育覆盖率和分类分辨率的局限性。在这些关键点上，纳米孔测序（一种适用于长读的元编码的上升技术）被低估了，因为其每读的错误率相对较高。在这里，我们比较了模拟社区中的原核生物群落结构和两个对比的红树林遗址的52个沉积物样本，由16SV4-V5标记上的短读描述（Ca。0.4kpb）通过Illumina测序分析（Miseq，v3），由长读细菌对细菌的描述几乎完整16s（Ca。1.5 kpb）由牛津纳米孔（Minion，R9.2）分析。短读和长阅读从模拟中检索了所有细菌属，尽管两者都显示出与所期待的比例相似的偏差。从沉积物样品中，具有覆盖范围的读数稀有性，在单例过滤后，共同恩赐和Procrustean测试表明，从短读和长长读取的细菌社区结构显着相似，表明位点之间的相当对比度和站点内相干的海岸方向是可比的。在我们的数据集中，分别将84.7和98.8％的短阅读分别分别分配给了相同的物种和属，而不是长阅读所检测到的物种和属。长期16的底漆特异性使其能够检测到309个家庭中的92.2％，而在短16SV4-V5检测到的448属中，有87.7％。长阅读记录了973个未检测到的额外分类单元，其中91.7％被确定为该属等级，其中一些属于11个独家门，尽管仅占长期读数的0.2％。
桉树生态酶的体外抗菌活性（...
背景：桉树（Melaleuca leucadendra）因其生物活性萜类化合物（包括 1,8-桉油素）而具有抗菌潜力。这种化合物能够抑制大肠杆菌的生长，大肠杆菌是一种导致多种传染病的细菌。利用发酵的生态酶法操作简单，不需要复杂的材料。目的：本研究旨在评估桉树生态酶对大肠杆菌的抗菌活性。材料与方法：本研究中使用的 M. leucadendra 来自印度尼西亚拉蒙岸的 Candisari 村，大肠杆菌来自实验室分离株。通过观察 Muller-Hinton 琼脂上的孔扩散试验中的抑菌圈来测量抗菌活性，以氯霉素为阳性对照，蒸馏水为阴性对照。培养期为24小时，温度为36°C。结果：阳性对照周围的抑菌圈为25.94±1.1mm。在10%至100%浓度范围内，阴性对照和桉树环保酶溶液周围均未观察到抑菌圈（0mm）。但环保酶周围观察到一个更清晰的抑菌圈。环保酶无法抑制大肠杆菌的生长可能与多种因素有关，包括成分、加工方法、酸度和细菌抗性。结论：桉树环保酶在任何测试浓度下对大肠杆菌均未表现出足够的抗菌活性。
欧洲城市绿色地区的植物层细菌群落与城市强度有关
摘要植物层拥有一个多样化和特定的细菌群落，从而影响了植物健康和生态系统功能。在这项研究中，我们研究了城市绿色地区的连通性和规模对植物层细菌群落的组成和多样性的影响。herto，我们评估了233个Platanus X Acerifolia和Acer Pseudoplatanus树的植物层细菌群落的多样性和组成，整个欧洲六个城市中的77个城市绿色地区。城市之间的社区组成和多样性显着差异，但仅在树种之间有限的程度。我们可以证明，城市强度与腓骨细菌的社区组成显着相关。尤其是，在50个最丰富的家族中有29个相对丰度与城市强度之间发现了显着相关性：经典的浮圈家族（例如乙酰杆菌科，planctctyctomycetes和beijerinkiaceae）的丰富性随着城市强度而降低（即在更绿色，较低的空气污染和较低温度的地区更丰富，而与人类活动有关的地区（例如肠杆菌科和芽孢杆菌科）随着城市强度的增加而增加。这项研究的结果表明，欧洲城市中的细菌群落与城市强度有关，这种影响是由几种组合应力因素介导的。
Rickettsia物种与tick菌群的差异相互作用。 Sanguineus和Rh。 turanicus
摘要近年来，可持续和生态粮食生产的发展引起了全球的兴趣。很明显，随着新的整合系统的发展，这种现象正在引起以水产养殖研究的变化。但是，仍然有必要了解综合系统中涉及的不同方面，包括虾和海藻等共培养系统。这项研究评估了绿色海藻作为食物来源对白虾penaeus vannamei肠道细菌群落的影响。虾：仅用颗粒（P）喂食，仅ulva Clathrata（UC），U。Clathrata + Pellet（UCP），仅ULVA LACTUCA（UL）（UL）和U. lactuca + lactuca + pellet（ULP）。在生长和生存方面，与对照（P）相比，ULP和UCP处理之间没有发现显着差异（P> 0.05）。对虾肠的细菌生物群的分析显示，与对照（P）相比，ULP，UL和UC中社区组成的显着差异（P <0.05）。我们发现，蛋白杆菌是所有治疗中最丰富的门，其次是用于UC，UCP和UL和UL和ULP治疗的细菌菌。虾只用海藻U. lactuca（UL，ULP）的rubritalea，lysinibacillus，acinetobacter和bellopopirellula的丰富度明显更高，用于U. Clathrata治疗（UC，UCP），是litoreibacter。对照（P）中颤动的相对丰度更高，显示出UC和UL处理的减少。我们的发现可以更好地了解综合的水产养殖系统，特别是那些利用海藻作为天然饲料来源的水产养殖系统。
乳酸杆菌对某些细菌的抗菌活性......
乳酸菌 (LAB) 又称乳酸杆菌目，属于革兰氏阳性菌目，具有耐酸性、发酵性强、不呼吸、不产孢的特点，呈杆状/或球形。它们喜欢厌氧条件，缺乏细胞色素。它们通常产生乳酸，本质上不产孢，并且不会移动。乳酸菌具有将碳水化合物发酵成乳酸的能力，这种特性在食品工业中得到了广泛的利用。气球菌、链球菌、乳酸菌、肠球菌、小球菌、乳酸杆菌、棒状杆菌和迷走球菌是适应在各种环境条件下生长的乳酸菌种的几个例子。它们可以在某些植物表面、土壤、乳制品、贝类和某些动物消化道中发现（Gatesoupe，1998 年）。尽管乳酸菌并不构成正常肠道微生物群中大多数物种，但人们已经进行了大量努力来人为地提高它们的优势地位（Verschuere 等人，2000 年）。根据它们分解碳水化合物的方式，乳酸菌分为两组。同型发酵组使用 Embden-Meyerhof-Parnas（糖酵解）途径将碳源主要转化为乳酸。通过使用磷酸酮醇酶
在蚊子（艾德斯埃及）发育期间细菌代谢产物的营养性特异性导致成人性比率扭曲
蚊子依靠其微生物群进行B维生素合成。我们以前发现，埃及埃及第三类幼虫清除了其微生物群的发育受损，尤其是由于缺乏叶酸（维生素B9）。在这项研究中，我们发现饮食中的饮食补充饮食的补充含有七种B族维生素并不能改善蚊子的发育成功，而是对由此产生的成年人的性别比例产生了显着影响，并富集了雌性蚊子在Bivimin and bivimin治疗的幼虫中出现的雌性蚊子。对男性和雌性幼虫的转录组分析在维生素治疗后鉴定出某些性别调节的基因。在用单个B族维生素治疗无菌幼虫时，我们检测到与生物素（维生素B7）暴露有关的特定毒性作用。然后，我们提供了无菌幼虫的生物素剂量，并表明雄性对生物素毒性的浓度比女性敏感。gnotobiotic幼虫暴露于受控的低细菌数量或以较慢的生长为特征的细菌显示出雄性富含雄性的成年人口，这表明雄性比女性所需的细菌衍生的养分少于雌性。这些发现表明，在幼虫发育过程中，蚊子具有性别特异性营养要求和毒性阈值，这会影响成年人的性别比。
复杂细菌群落的防御力
细菌已开发出各种防御机制，以避免对病毒和其他遗传寄生虫的快速进化和周转，以避免感染和杀死。这样的泛免疫系统（防御）包括越来越多的防御线，其中包括良好的先天和适应性系统，例如限制性模型，CRISPR-CAS和堕胎感染，以及新发现的机制仍然不足以理解。虽然防御系统的丰度和分布在完整和可培养的基因组中是众所周知的，但我们对它们在复杂的微生物群落中的多样性和丰富性的理解中存在空白。在这里，我们对从土壤，海洋和人类肠道的7759个高质量细菌种群基因组进行了大规模的深度分析。我们观察到大型门的防御频率和性质有很大变化，这与生活方式，基因组大小，栖息地和地理背景有关。防御者的遗传迁移率，其在防御岛上的聚类以及遗传变异性是系统的，并由细菌环境塑造。因此，我们的结果提供了环境不同细菌群落中存在的多种免疫屏障的详细图片，并为随后鉴定出未经文化的微生物中多元化的新颖和巧妙的策略奠定了基础。
抗氧化剂，抗菌和抗真菌活性的四链球菌（canghy）提取物的秘鲁
药用植物已获得其生物活性化合物的可见性，其抗氧化剂，抗菌和抗真菌特性可用于各种应用，例如在药品，食品和生物控制行业中。秘鲁是一个富含植物群的国家，它具有多种植物物种，但是，对具有药理潜力的生物活性化合物的研究很少。因此，本研究的目的是评估秘鲁高地众所周知的四藻蛋白克里斯塔塔（Tetraglochin cristata）新鲜叶片提取物的抗氧化，抗菌和抗真菌活性。canghy样品，以比较由于环境和高度差异而导致的财产变异性。提取物针对两种类型的细菌，金黄色葡萄球菌和大肠杆菌，以及两种真菌，白色念珠菌和阴茎公共。使用DPPH方法评估抗氧化活性。 结果表明抗氧化活性很高，cusco样品的半末端抑制浓度（IC 50）为（92.3±1.3）μg/ml，arequipa样品为（98.2±1.7）μg/ml。 此外，提取物有效地抑制了P. commun，显示出较高的抗真菌活性。 这项研究强调了CANGHY生物活性化合物的药理潜力以及地理多样性在这些特性变异性中的重要性。抗氧化活性。结果表明抗氧化活性很高，cusco样品的半末端抑制浓度（IC 50）为（92.3±1.3）μg/ml，arequipa样品为（98.2±1.7）μg/ml。此外，提取物有效地抑制了P. commun，显示出较高的抗真菌活性。这项研究强调了CANGHY生物活性化合物的药理潜力以及地理多样性在这些特性变异性中的重要性。