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线虫秀丽隐杆线虫可以从其共存的真菌微生物组成员Barnettozyma Californica
线虫秀丽隐杆线虫在其环境中以细菌为食，并已成为微生物组研究的模型生物。然而，尽管在其自然栖息地中存在许多真菌物种，但秀丽隐杆线虫是否以及如何与同时发生的真菌相互作用仍然很大。在这里，我们将酵母Barnettozyma californica与秀丽隐杆线虫的中cosm隔离，并表征其基因组和与线虫的相互作用。我们发现B. californica被秀丽隐杆线虫摄入，可以用作食物来源的唯一，尽管很差。然而，当与大肠杆菌OP50一起使用时，真菌会导致人口增长和觅食行为改变，这表明这种真菌 - 细菌混合物比单独的细菌提供了更好的食物来源。这种效果在不同的天然秀丽隐杆线虫菌株之间有所不同，这表明线虫与加利福尼亚州的相互作用是基因组基础。分离的加州菌菌株的完全组装和注释的基因组并未表明其与秀丽隐杆线虫和/或大肠杆菌OP50相互作用的任何明显的候选基因。总的来说，我们的结果提供了一个有趣的例子，说明了自然相互作用的真菌，细菌和动物之间的复杂性和多层关系。
基于纵向微生物组数据的深度学习插值为生物学上信息发现
1 Department of Biostatistics, Gillings School of Global Public Health, University of North 8 Carolina at Chapel Hill 9 2 School of Computer Science, Carnegie Mellon University 10 3 North Carolina School of Science and Mathematics 11 4 Research Computing, University of North Carolina at Chapel Hill 12 5 Melbourne Dental School, The University of Melbourne 13 6 Department of Radiology, School of Medicine, University of North Carolina at Chapel Hill 14 7 Department北卡罗来纳大学亚当斯牙科诊断科学诊断科学学院15号教堂山16 8 16 8儿科牙科和牙科公共卫生系，亚当斯牙科学院，北卡罗来纳大学17号教堂山大学17号教堂山18 9 9 9 9 9北卡罗莱纳州吉尔林斯大学，北卡罗莱纳大学吉尔林斯大学，北部19级卡罗莱纳大学，教堂山脉教育部。北卡罗来纳州21号教堂山22
使用机器学习的乳腺癌预测
16S rRNA基因的V1-V2区域有效地分化了Rickettsia Africae和Rickettsia Aeschlimannii与其他立克物种，以及Coxiella insosymbionts与Coxiella burnetii。相反，这些物种的V3-V4区域序列无法明确区分。coxiella内共生体在AM中最常见。Gemma和Rh。pulchellus，而弗朗西斯拉内共生体则占主导地位；两者都主要定位在唾液腺中。高丰富的Coxiella内共生体和假单胞菌与两者中的Rickettsia病原体的缺失或低丰度有关。Gemma和Rh。pulchellus，提示这些微生物之间的竞争相互作用。此外，除了唾液腺外，proteus mirabilis是人类泌尿道的机会性病原体，主要是在透明质的壁虱中，除唾液腺外，唾液腺中最丰富。此外，我们在所有tick组织中检测到了杆菌，假单胞菌和corynebacterium属，这支持了这些细菌可能在骆驼血和壁虱之间循环的假设。唾液和血淋巴通常比唾液腺和中肠含有更多的细胞外细菌。
合成生物学对低纤维摄入个体的肠道微生物组的有益作用：双盲，随机对照试验的次级分析
1营养与食品科学研究所，营养与微生物群，波恩大学，53115 BONN，德国2 BONN 2 BONNANY 2 BONNY HOSPICY HOSPICY BONN基因组统计与生物信息学研究所，德国53127 BONN，德国BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONNY 3 3 3波恩大学，德国53115 BONN 53115 BONN 5，波恩大学，波恩大学，53113 BONN，德国6里昂神经科学研究中心（CRNL），中心，国家de la Recherche Scientifique（CNRS），Institut de lasanté等人（Inserm lliemer），法国里昂，里昂7欧洲研究所，法国77300年，法国77300，87300 Control Interoception-Intervistion团队，巴黎脑研究所（ICM），法国75013，法国巴黎 *通信1营养与食品科学研究所，营养与微生物群，波恩大学，53115 BONN，德国2 BONN 2 BONNANY 2 BONNY HOSPICY HOSPICY BONN基因组统计与生物信息学研究所，德国53127 BONN，德国BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONN，BONNY 3 3 3波恩大学，德国53115 BONN 53115 BONN 5，波恩大学，波恩大学，53113 BONN，德国6里昂神经科学研究中心（CRNL），中心，国家de la Recherche Scientifique（CNRS），Institut de lasanté等人（Inserm lliemer），法国里昂，里昂7欧洲研究所，法国77300年，法国77300，87300 Control Interoception-Intervistion团队，巴黎脑研究所（ICM），法国75013，法国巴黎 *通信
将微生物组和基因组数据结合的机会和限制进行复杂性状预测
摘要背景：使用微生物组数据与主机基因组信息结合使用的复杂性状的分析和预测是一个最引起关注的话题。但是，仍然有许多问题要回答：微生物组对复杂性状预测的有用程度如何？微波性可靠的估计值吗？可以回收宿主基因组，微生物组和现象之间的潜在生物学联系吗？方法：在这里，我们通过（i）制定一种新型的模拟策略来解决这些问题，该策略使用真实的微生物组和基因型数据作为输入，以及（ii）使用方差 - 组件方法（贝叶斯复制的核心kernel hilbert space（RKHS）和贝叶斯变量选择方法（Bayes c）（贝叶斯），以量化contiper and centery centery andy型依次的变化。提出的模拟方法可以通过保留数据的分布性能的置换程序模仿微生物组和基因型数据之间的遗传联系。结果：使用奶牛的实际基因型和瘤胃微生物群的丰度，无论某些微生物群的丰度是否受宿主的直接遗传控制，微生物组数据都可以显着提高表型预测的准确性。此改进在逻辑上取决于微生物组随着时间的推移而稳定。总体而言，尽管通常高度高度的微生物群丰度分布，但随机效应线性方法对于方差构成估计似乎是可靠的。贝叶斯C的预测性能高，但对因果效应的数量比RKHS更敏感。贝叶斯的准确性部分取决于影响表型的微生物类群的数量。结论：我们得出的结论是，可以使用方差成分估计值来表征基因组微生物组 - 链接，但我们对识别影响微生物群的病变遗传效应的可能性不太乐观，而这些宿主遗传效应影响了微生物群的丰富度，而基因组 - 微生物组 - 菌群 - 基因组 - 型号可能需要更大的样本量。复制分析的R代码位于https：//github。com/migue lpere zenci so/simub iome中。
母体肠道微生物组改变对后代的代谢程序和神经内分泌可塑性
肥胖症和2型糖尿病的高度高，特别是在儿童中，强调了更好地了解这些病理状况发展中涉及的机制。先前的研究表明，孕产妇营养环境的改变破坏了下丘脑回路的发展，后代的代谢后果持续。最近的证据还将母体肠道微生物组与后代的大脑发育和行为联系起来。然而，母体肠道微生物组（米高梅）是否影响后代下丘脑回路的发展，对下丘脑功能的短期和长期后果仍然未知。在这里，我们研究了米高梅对后代生理和神经发育结果的损害的后果。为了实现这一目标，我们通过在大坝中施用大频谱抗生素（ABX）的鸡尾酒，在妊娠和泌乳过程中开发了母体营养不良的小鼠模型。目的是针对下丘脑发育的临界阶段，其中包括胚胎神经发生，产后回路形成和下丘脑屏障的成熟。我们首先确认在妊娠，泌乳和断奶期间与对照组相比，在ABX处理的大坝中显着降低了肠道细菌。妊娠期间的母体体重，垃圾大小或垃圾性别比例不受治疗的影响。进行了一系列代谢测试，以检查母体营养不良对后代代谢调节的结果。MGM改变会减慢预断奶后代体重增加。然而，抗生素处理的大坝（OFF_ABX）的后代显示断奶和成年之间的追赶生长，这主要是由于纵向生长的增加。成年后，男性OFF_ABX会发展代谢改变。成年女性OFF_ABX表现出延迟的青春期发作，但没有代谢障碍。此外，初步结果表明，OFF_ABX表现出中位数中的血管丘脑屏障的神经解剖学变化，该变化位于大脑和外围之间的十字路口，在调节代谢中起着至关重要的作用。一起，这些结果支持了以下假设：MGM有助于神经内分泌下丘脑的发展，并且在后代中对与血液中 - 异位疗法障碍
微生物组与女性不孕症之间的关系
女性不孕症受多种因素的复杂相互作用影响，包括荷尔蒙失衡、感染和生活习惯。雌激素是女性生殖健康的关键激素，在这些过程中起着关键作用。微生物群，尤其是乳酸杆菌，与体外受精 (IVF) 的结果改善有关。此外，阴道和肠道微生物群的变化会影响生殖健康并增加妊娠并发症的风险。最近的研究强调了肠道微生物对行为、代谢和免疫功能的重大影响。这篇叙述性综述旨在探讨微生物群与女性不孕症之间的关系。使用 PubMed/MEDLINE、Scopus 和 Embase 数据库进行了全面的文献检索，重点关注 2000 年至 2024 年期间以英语发表的全文原创研究文章。搜索词包括“微生物群”、“微生物组”、“生育力”和“不孕症”。我们的研究结果表明，肠道微生物群及其酶活性，特别是 β-葡萄糖醛酸酶，会影响雌激素水平，可能导致以雌激素过量或不足为特征的疾病。此外，肠道微生物群可能通过激素失衡导致子宫内膜异位症、盆腔痛和不孕症。生殖器微生物群，特别是乳酸杆菌种群的丰富，也与女性不孕症和预防细菌性阴道病有关。沙眼衣原体和阴道加德纳菌的存在以及乳酸杆菌的缺乏与不孕症有关。
两个邻居海绵的形态和微生物组策略，以应对地中海二氧化碳的低pH值
海洋酸化（OA）深刻影响海洋生物化学，从而导致生物多样性损失。porifera通常被预测为获胜者分类单元，但是应对OA的策略可能会有所不同，并可能产生多样化的健身状况。在这项研究中，比较了基于V 3 - V 4 16S rRNA基因标记的微生物移位，均具有高微生物丰度（HMA）的邻居无聊的肾脏肾状态肾小管和低微生物含量（LMA）微生物群。海绵Holobionts在具有低pH值（PHT〜7.65）的CO 2通风系统中共发生，并且在Ischia岛附近具有环境pH（pHT〜8.05）的控制位点，代表了研究未来OA的自然类似物，并且面对全球环境变化，物种的反应。微生物的多样性和组成在两个物种跨越不同，但在不同的水平上有所不同。在Cunctatrix中检测到核心分类单元的数量增加，在OA下，在肾牙叶梭状芽孢杆菌中报道了更多样化和柔性的核心微生物组。通气S. cunctatrix表现出形态障碍，以及假定的压力诱导的营养不良的迹象，表现为：1）α多样性的增加，2）从海绵相关的微生物向海水微生物转移，以及3）高营养不良评分。肾形状在代替中，没有形态变化，失调分数低，并且α多样性的降低和排气标本中的核心分类量降低。因此，
移植葡萄的子胎和根stock均影响根际和根部内生菌的微生物组，但砧木具有更大的影响
©作者2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http://creativecommons.org/licenses/4.0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http://creativecommons.org/publicdomain/zero/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非在信用额度中另有说明。