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研究文章 CUT&RUN 识别了 Rhodotorula toruloides IFO0880 的着丝粒 DNA 区域
人们越来越多地研究将红酵母用作脂质、脂肪酸衍生物和萜类化合物的生物生产宿主。人们已经开发了各种遗传工具，但尚未报道过着丝粒和自主复制序列 (ARS)，而这两者都是维持稳定的游离质粒所必需的元素。在本研究中，使用靶标下切割并使用核酸酶释放 (CUT&RUN)（一种用于全基因组 DNA-蛋白质相互作用映射的方法）来识别与着丝粒组蛋白 H3 蛋白 Cse4（着丝粒 DNA 的标记）相关的红酵母 IFO0880 基因组区域。识别并分析了 15 个长度从 8 到 19 kb 不等的假定着丝粒，并对其中四个进行了 ARS 活性测试，但未显示 ARS 活性。这些着丝粒序列含有低于平均水平的 GC 含量，对应于转录冷点，主要是非重复的，并且共享一些残留转座子相关序列，但除此之外没有显示显著的序列保守性。未来在该酵母中识别 ARS 的努力可以利用这些着丝粒 DNA 序列来提高来自假定 ARS 元素的游离质粒的稳定性。
文章
鳄梨 (Persea americana Mill.)是一种具有经济价值的植物，因为其果实脂肪酸含量高且风味独特。其脂肪酸含量，尤其是相对较高的不饱和脂肪酸含量，具有显著的健康益处。我们在此展示了西印度鳄梨的端粒到端粒无缝基因组组装 (841.6 Mb)。基因组包含 40 629 个预测的蛋白质编码基因。重复序列占基因组的 57.9%。值得注意的是，所有端粒、着丝粒和核仁组织区都包含在此基因组中。通过荧光原位杂交观察到这三个区域的片段。我们鉴定出 376 个潜在的抗病性相关核苷酸结合亮氨酸富集重复基因。这些基因通常聚集在染色体上，可能来自基因重复事件。五个 NLR 基因（Pa11g0262、Pa02g4855、Pa07g3139、Pa07g0383 和 Pa02g3196）在叶、茎和果实中高度表达，表明它们可能参与鳄梨在多种组织中的疾病反应。我们还鉴定出 128 个与脂肪酸生物合成相关的基因，并分析了它们在叶、茎和果实中的表达模式。Pa02g0113 编码 11 种介导 C18 不饱和脂肪酸合成的硬脂酰酰基载体蛋白去饱和酶之一，在叶子中的表达量高于在茎和果实中的表达量。这些发现提供了宝贵的见解，增强了我们对鳄梨脂肪酸生物合成的理解。
几乎无间隙，高度连续的参考基因组，用于populus ussuriensis的双倍线，使高级基因组研究
抽象的人群物种，尤其是trichocarpa，长期以来一直是基因组研究的模型树，这是由于完全测序的基因组。然而，高杂合性和重复区域的存在，包括丝粒和核糖体RNA基因簇，剩下了59个未解决的间隙，占三分法P. trichocarpa基因组的3.32％。在这项研究中，改进了愈伤组织诱导方法，以从P. ussuriensis花药中得出双倍的单倍体（DH）愈伤组织。利用长阅读测序，我们成功地组装了一个几乎没有间隙的，端粒到telomere（T2T）P。ussuriensis基因组，跨越了412.13 MB。该基因组组件仅包含7个间隙，其重叠n50长度为19.50 MB。注释显示该基因组中有34,953个蛋白质编码基因，比trichocarpa多465个。值得注意的是，中心区域的特征是高阶重复序列，我们在所有DH基因组染色体中鉴定了和注释的中心粒区域，这是杨树的第一个。衍生的DH基因组表现出与毛thocarpa的高共线性，并显着填补了后者基因组中存在的空白。此T2T P. ussuriensis参考基因组不仅会增强我们对基因组结构的理解，并在杨树属内的功能增强了我们的功能，而且还为杨树基因组和进化研究提供了宝贵的资源。
坎贝尔生物学，11e（urry）
Campbell Biology，11E（Urry）第12章细胞周期12.1多项选择问题1）真核染色体由以下哪个大分子组成？a）DNA和RNA b）仅DNA c）DNA和蛋白质d）DNA和磷脂答案：C Bloom的分类学：知识/理解性部分：12.1 2）从受精卵（Zygote）开始，一系列六个细胞分裂会与有多少个细胞产生早期胚胎？a）12 b）16 c）32 d）64答案：d Bloom的分类法：应用/分析部分：12.1 3）在具有5个染色体对的二倍体细胞中（2n = 10），在细胞分裂周期的G2的一个核中会发现多少个丝粒？a）5 b）10 c）20 d）40答案：B布卢姆的分类法：应用/分析部分：12.2 4）科学家分离细胞周期各个阶段的细胞。它们分离了一组DNA的细胞比G1相细胞多1/2倍。这些细胞被分离出来的细胞周期中最有可能的部分是什么？a）在细胞周期中的g1和s相之间的b）在细胞周期的G2阶段c）在细胞周期的m相中d）在细胞周期的s阶段答案：d Bloom的分类法：应用/分析部分：12.2
ERC实施安排要求表达...
在丝粒介导的无误染色体隔离的控制过程中，细胞分裂过程中准确的染色体隔离的结构基础需要双极性附着在从相对的纺锤杆上发出的微管上的双极性附着，并维持姐妹 - 染色剂凝聚的维持，直到所有染色体都能实现所有染色体。两个调节这些过程的染色体位点：丝状附着位点由CENP -A核小体富集定义的微管附着位点和内侧丝粒，这是姐妹 - 染色剂之间的区域，这些区域可募集酶促活性（激酶，磷酸酶，磷酸酶和运动蛋白）。内侧丝粒相关酶选择性地稳定适合染色体双向染色体的染色体 - 微管附着，控制姐妹染色质被凝聚力并实现及时的染色体分离。这些过程中的错误可能导致非整倍性，这是一种涉及流产，出生缺陷和癌症的数值染色体畸变。使用集成结构功能方法（X射线晶体学，冷冻电子显微镜，交联/质谱法，具有基于人类细胞线的功能分析的生化/生物物理方法），我们将获得：（1）与内心层的相关型号的详细机械理解，（1）如何在内部集中界面，（2）在内部集中阶层（2）（2）（2）（2）（2）（2）（2）双向定向和准确的隔离，以及（3）如何通过多代保持中心粒身份。这项工作建立在我们最近获得的令人兴奋的结构/分子知识的基础上，这些结构/分子知识导致了意外的见解和新问题，并将利用我们最近产生的分子试剂电池。我们工作的结果将为丝粒介导的染色体隔离控制提供前所未有的细节，并使我们能够建立一个用于无错误的染色体隔离的综合机械模型，这一过程已经使研究人员迷人了一个多世纪。
DHX36 通过解开 G‐ 来维持基因组完整性...
含有假定的 G-四链体形成序列的寡核苷酸（PQS；G ≥ 3 N x G ≥ 3 N x G ≥ 3 N x G ≥ 3）在阳离子存在下的生理缓冲条件下（Bochman 等人，2012 年）。由于其高热力学稳定性，组装的 G4 需要通过酶促分解。已经开发出体外用于监测 G4 形成的方法（Balasubramanian 等人，2011 年；Bryan 和 Baumann，2011 年）。使用这些方法已经证明了分解 G4 的酶活性。这些酶包括具有 G4 结合和解旋活性的 DNA 解旋酶，例如 BLM、WRN、PIF1、FANCJ、XPD、DNA2 和 RTEL1（Bochman 等人，2012 年；Maizels，2015 年）。使用计算机分析或荧光成像、免疫沉淀或 pull-down 实验来预测体内 G4 的形成，使用有价值的工具 - 例如特异性识别 G4 的免疫球蛋白和单链可变片段 (scFv) (Henderson 等人，2013)、G4 结合化合物 (Mendoza 等人，2016) 或 G4 结合蛋白 (Maizels，2015)。使用这些工具，可以通过免疫沉淀或针对纯化的基因组 DNA 或染色质的 pull-down 来识别 G4 位点，并且这些位点中的很大一部分重现了 PQS (Chambers 等人，2015；Hänsel-Hertsch 等人，2016；Lam 等人，2013；Muller 等人，2010)。 PQS 在基因的调控区（例如启动子、内含子或非翻译区 [UTR]）中过度表达，包括致癌基因、重复区（例如端粒和 rDNA）和复制起点 (Maizels & Gray, 2013 )。使用抗体在人类细胞中进行的全基因组 G4 映射揭示了 G4 存在于基因调控区和端粒中 (Hänsel-Hertsch et al., 2016 ; Liu et al., 2016 )。许多 G4 被映射在转录起始位点周围，G4 形成的频率与相应基因的转录水平呈正相关 (Spiegel et al., 2021 ; Zheng et al., 2020 )。使用抗体对 G4-DNA 进行荧光标记，显示细胞核或染色体上存在颗粒状信号；一些信号位于端粒或着丝粒上 (Biffi et al., 2013; Henderson et al., 2013)。使用荧光标记化合物对 G4- DNA 进行可视化，可显示位于核仁中的较大信号，以及位于细胞核中的一些较小信号 (Rodriguez et al., 2012)，或整个细胞核中均匀分布的信号 (Shivalingam et al., 2015)。然而，人们对使用体内成像获得的许多未表征信号的亚细胞或基因组位置了解甚少。越来越多的证据表明，在基因体内或周围形成的 G4 通过促进或抑制转录来调节基因活性 (Bochman et al., 2012; Mendoza et al., 2016)。尽管具有这些生物学含义，但 G4 在空间上阻碍了 DNA 复制和转录 (Bochman et al., 2012; Maizels, 2015)。这些生物事件的拖延会增加基因毒性损害的风险；G4 结构清除不足可能