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生物多样性记录：70多年来，新加坡岛上红树林惠斯勒的首次繁殖记录
1新加坡鸟类学会，https://birdsociety.sg/;电子邮件：keita_sin@outlook.com（ *通讯作者）推荐引用。 niessen Rah，Narayanswamy R＆Sin YCK（2024）生物多样性记录：新加坡岛上红树林惠斯勒的首次繁殖记录在70多年中。 新加坡的自然，17：e2024060。 doi：10.26107/nis-2024-0060受试者：红树林惠斯勒，pachycephala cinerea（Aves：Passeriformes：Pachycephalidae）。 主体确定：Rogier A. H. Niessen。 位置，日期和时间：新加坡岛，樟宜湾点，公园连接器网络； 2024年4月14日；大约1230小时。 栖息地：沿海森林和灌木（图） 1），在公园连接器旁边。 观察者：Rogier A. H. Niessen。 观察：观察到成年红树林惠斯勒狩猎昆虫（图 2）。 鸟从远处追踪了大约10分钟，而它从分支移到离地面几米的分支。 这只鸟没有发声，观察者的存在似乎并没有打扰。 一段时间后，这只鸟将其狩猎行为局限于倒下的树木倒流的树桩附近的一个特定地点。 这个树桩部分被灌木丛覆盖，主要由裸露的树枝和茎组成。 那只鸟开始轻轻地打电话，同时缓慢地围绕着长满的树桩航行。 然后，一个同种刚刚刚刚的刚果 3）观察到距离内部的地面约一米。 刚刚刚刚移动或打电话。 成年鸟接近刚起步并开始喂食它。1新加坡鸟类学会，https://birdsociety.sg/;电子邮件：keita_sin@outlook.com（ *通讯作者）推荐引用。niessen Rah，Narayanswamy R＆Sin YCK（2024）生物多样性记录：新加坡岛上红树林惠斯勒的首次繁殖记录在70多年中。新加坡的自然，17：e2024060。doi：10.26107/nis-2024-0060受试者：红树林惠斯勒，pachycephala cinerea（Aves：Passeriformes：Pachycephalidae）。主体确定：Rogier A. H. Niessen。位置，日期和时间：新加坡岛，樟宜湾点，公园连接器网络； 2024年4月14日；大约1230小时。栖息地：沿海森林和灌木（图1），在公园连接器旁边。观察者：Rogier A. H. Niessen。观察：观察到成年红树林惠斯勒狩猎昆虫（图2）。鸟从远处追踪了大约10分钟，而它从分支移到离地面几米的分支。这只鸟没有发声，观察者的存在似乎并没有打扰。一段时间后，这只鸟将其狩猎行为局限于倒下的树木倒流的树桩附近的一个特定地点。这个树桩部分被灌木丛覆盖，主要由裸露的树枝和茎组成。那只鸟开始轻轻地打电话，同时缓慢地围绕着长满的树桩航行。然后，一个同种刚刚刚刚的刚果3）观察到距离内部的地面约一米。刚刚刚刚移动或打电话。成年鸟接近刚起步并开始喂食它。在接下来的10分钟左右的时间内多次观察到这种行为。视觉景点丢失了，随着鸟类更深入植被。不久之后，第二个成年红树林惠斯勒（可能是第二个父母）被发现在距离观察到第一个成年和刚刚刚刚刚起步的地方约200米处的类似栖息地。
CRISPR Cas9 编辑多聚半乳糖醛酸酶 FaPG1 ...
硬度是草莓最重要的果实品质性状之一。这种软果实采后保质期在很大程度上受到硬度损失的限制，而细胞壁的分解起着重要作用。先前的研究表明，多聚半乳糖醛酸酶 FaPG1 在草莓软化过程中对果胶的重塑起着关键作用。在本研究中，使用农杆菌传递的 CRISPR/Cas9 系统生成了 FaPG1 敲除草莓植株。获得了 10 个独立品系 cv.“Chandler”，经 PCR 扩增和 T7 内切酶测定确定所有品系均已成功编辑。使用靶向深度测序分析了定向诱变插入和删除率。编辑序列的百分比从 47% 到几乎 100% 不等，其中 7 个选定品系的编辑序列百分比高于 95%。表型分析表明，在所分析的 8 个品系中，有 7 个品系产生的果实明显比对照更坚硬，硬度增加了 33% 到 70%。 FaPG1 编辑程度与果实硬度增加呈正相关。其他果实品质特征（如颜色、可溶性固体、可滴定酸度或花青素含量）的变化很小。编辑后的果实在采后软化率降低，蒸腾水分损失减少，受灰葡萄孢菌接种的损害较小。对四个潜在脱靶位点的分析未发现突变事件。总之，使用 CRISPR/Cas9 系统编辑 FaPG1 基因是提高草莓果实硬度和保质期的有效方法。
交叉
单分子实时 (SMRT) DNA 测序技术 (Pacific Biosciences) 生成的长读段是高质量叶绿体 (1, 2) 和线粒体基因组序列组装的起点之一。栽培的葡萄树 Vitis vinifera 极易受到病原体的感染。抗性品种如种间杂交品种‘Börner’ (V. riparia GM183 [母株] V. cinerea Arnold [花粉供体]) 被用作培育优良葡萄品种的砧木。我们从 SMRT 读段中组装并注释了‘Börner’的叶绿体 (cp_Boe) 和线粒体 (mt_Boe) 基因组序列。除非另有说明，所有生物信息学工具均采用默认参数。从品种“Börner”的幼叶中提取基因组 DNA（3），并在 Sequel I 测序仪（1Mv3 SMRT 细胞、结合试剂盒 v3.0、测序化学 v3.0，均来自 PacBio）上进行测序。通过 BLASTN（BLAST 2.7.1）搜索（4）筛选质体或线粒体序列（RefSeq 版本 91），筛选出潜在的质体或线粒体读段。使用的标准如下：读段长度，500 个核苷酸（nt）以上；同一性，70% 以上；查询覆盖率，30% 以上。 292,574 个潜在质体读段（共 2,715,983,671 nt；N50，12,829 nt）和 426,918 个潜在线粒体读段（3,928,350,102 nt；N50，12,624 nt）分别用 Canu v1.7（5）进行组装。每个最长的重叠群都与 V. vinifera 的叶绿体（6）或线粒体（7）基因组序列具有高度相似性。随后，使用 Bandage（8）确认组装正确。手动修剪环状基因组中重叠的末端序列，并将起始序列与葡萄参考序列比对。用 Arrow（SMRT Link 版本 5.1.0.26412）对组装体进行三次完善。最后一轮精炼将起始点移至序列的相反位置。为了帮助注释，根据制造商的说明，使用 peqGOLD 植物 RNA 试剂盒 (Peqlab) 从“Börner”组织中提取 RNA。根据 TruSeq RNA 样品制备 v2 指南，从 1,000 ng 总 RNA 制备索引 Illumina 测序文库。将得到的转录组测序 (RNA-Seq) 文库以等摩尔量汇集，并在 HiSeq 1500 仪器上以 2 100-nt 双端格式进行测序。cp_Boe (161,008 bp；GC 含量，37.4%) 和 mt_Boe (755,068 bp；GC 含量，44.3%) 使用 Web 服务 GeSeq v1.66 进行注释（cp_Boe 的具体设置：