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印度尼西亚东努沙登加拉省松巴岛分离株的分子特征
来源于东松巴县的PM B1和来源于西松巴县的PM B2与其他菌株具有较高的相似性，它们的相似性达99.6%，即每1000个核苷酸中只有4个不同。进一步与GenBank中的核苷酸序列进行比较，发现它们与下列菌株具有较高的相似性：DQ286927（印度分离株）、AY078999（英国分离株）、KT222136（印度分离株）、E05329（日本分离株）和AY638485，相似性分别为99.8%、99.6%、99.6%、99.4%和99.1%。与编号为HE800437（巴基斯坦多杀性巴氏杆菌分离株）的菌株相比，相似性为48.8%。根据表 2 中的数据，进一步分析了系统发育树，发现两个当地分离株与 DQ286927（印度分离株）、AY078999（英国分离株）、KT222136（印度分离株）、E05329（日本分离株）和 AY638485 分离株属于一个分支。分析结果还将巴基斯坦分离株 HE800437 归入与其他分离株不同的分支（图 5）。
QuickStart MPOX报告 - 第4期：12月12日2024
自MPOX爆发被宣布为国际公共卫生的公共卫生紧急情况以来，已有100天的时间，但地理差异仍在继续：英国报告了11月29日的第五次确认案件1B MPOX案件，此案与先前确定的案件没有已知的联系。加拿大11月22日报道了第一个进化枝MPOX案例。患者在旅行时获得了MPOX，目前正在隔离。12月9日，肯尼亚报告了5例MPOX案件，使该国确认案件总数达到28。接触追踪仍然是几个非洲国家的挑战，只有三个国家会议或超过每个案件的20个接触目标。尽管有超过500万剂的捐赠剂量，但仍未获得MPOX的批准或真实的护理诊断，并且MPOX疫苗的交付有限。全球报告和MPOX响应的跟踪已减慢，需要为透明度和信息共享的重新努力。尤其是，对疫苗剂量的需求和输送的透明度，疫苗接种工作的覆盖范围以及对治疗剂发展的进展至关重要。
来自新西兰环境来源的大肠杆菌分离株的基因组序列草图
温血动物（包括鸟类）肠道中自然存在的大肠杆菌是淡水水质监测中粪便污染的常用指标，可作为粪便污染和病原体的替代指标（1）。然而，目前用于计数大肠杆菌的培养方法无法区分粪便大肠杆菌和归化或环境相关的“类大肠杆菌”菌株，也称为大肠杆菌隐蔽进化枝（2-4）。Escherichia whittamii（隐蔽进化枝 2）（5）、Escherichia ruysiae（隐蔽进化枝 3 和 4）（6）和 Escherichia marmotae（隐蔽进化枝 5）（7）是最近描述的类群，但宿主物种和环境持久性仍有待确定。该项目专注于大肠杆菌和大肠杆菌属的全基因组测序。来自环境来源（淡水、河流沉积物、水生生物膜、土壤和鸟类及哺乳动物的粪便）。菌株是在研究对比土地使用对大肠杆菌属的影响的研究中获取的，并按照之前描述的方式进行培养（8）。大肠杆菌和新大肠杆菌属的基因组数据将提供有关这些细菌在环境中存活的信息和更准确的粪便追踪，从而能够识别并迅速解决影响水道的最严重污染源。
2020 年末出现多种影响 677 位氨基酸的 SARS-CoV-2 刺突蛋白变体谱系
摘要。严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 刺突蛋白 (S) 在宿主细胞进入中起着关键作用。影响 S 的非同义替换并不罕见，并且已在许多 SARS-CoV-2 谱系中固定下来。这些突变的一部分能够逃避中和抗体，或被认为通过增加对细胞进入受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 的亲和力等机制增强传播。新墨西哥州和路易斯安那州的独立基因组监测计划同时检测到大量 20G 分支（谱系 B.1.2）感染的快速增加，这些感染携带 S 中的 Q677P 替换。该变体于 10 月 23 日首次在美国发现，但在 2020 年 12 月 1 日至 2021 年 1 月 19 日期间，它分别占路易斯安那州和新墨西哥州测序的所有 SARS-CoV-2 基因组的 27.8% 和 11.3%。 Q677P 病例主要在美国中南部和西南部发现；截至 2021 年 2 月 3 日，GISAID 数据显示美国有 499 个该变体的病毒序列。系统发育分析显示至少六个不同的 Q677H 亚谱系独立进化和传播，首次采集日期从 2020 年 8 月中旬到 11 月下旬不等。来自 20G（B.1.2）、20A（B.1.234）和 20B（B.1.1.220 和 B.1.1.222）分支的四个 677H 分支每个分支包含大约 100 个或更少的测序病例，而一对不同的 20G 分支簇分别由 754 个和 298 个病例代表。尽管采样偏差和奠基者效应可能导致了 S:677 多态性变体的出现，但该位置与 S1/S2 边界的多碱基裂解位点的接近性与其在细胞进入过程中的潜在功能相关性一致，表明可能赋予传播或传播优势的特征的平行进化。总之，我们的研究结果表明了同步趋同进化，从而推动了进一步评估 S:677 多态性对蛋白水解加工、细胞趋向性和传递性的影响。
CVB通知24-11-动物和植物健康检查服务
本通知的目的是针对兽医生物制剂中心（CVB），向感兴趣的各方提供有关兽医生物制品许可的兽医生物制品许可，用于疫苗接种牲畜，以供高度致病的禽流感（HPAI）H5N1，H5N1 H5N1，分支2.3.4.4.4b。本通知包括用于评估疗效的当前信息和美国使用疫苗使用的当前注意事项。II。 背景高度致病性禽流感（HPAI）H5N1于2024年3月25日在美国奶牛场被美国农业部（USDA），动物与植物健康局（APHIS）国家兽医服务实验室（NVSL）确认。 如通知24-06中所述，最近的HPAI H5进化枝2.3.4.4b菌株可从NVSL获得。 CVB先前在通知24-09中发布了有关H5 HPAI疫苗和开发状况的相关信息。 iii。 行动（或政策）USDA承认兽医生物制剂对开发用于牲畜或其他动物物种对H5 HPAI的疫苗开发的兴趣。 CVB提供以下更新，但也指出这是一种快速发展的情况。 除非取消或取代此CVB通知，否则应将这些要点视为最新。II。背景高度致病性禽流感（HPAI）H5N1于2024年3月25日在美国奶牛场被美国农业部（USDA），动物与植物健康局（APHIS）国家兽医服务实验室（NVSL）确认。如通知24-06中所述，最近的HPAI H5进化枝2.3.4.4b菌株可从NVSL获得。CVB先前在通知24-09中发布了有关H5 HPAI疫苗和开发状况的相关信息。iii。行动（或政策）USDA承认兽医生物制剂对开发用于牲畜或其他动物物种对H5 HPAI的疫苗开发的兴趣。CVB提供以下更新，但也指出这是一种快速发展的情况。除非取消或取代此CVB通知，否则应将这些要点视为最新。
康涅狄格州 Mpox 发病率近期上升 - CT.gov
• 康涅狄格州的 Mpox 发病率正在上升，2024 年 4 月报告了 6 例病例。医疗服务提供者应对所有人的 mpox 保持警惕，包括那些接触风险增加的人和那些之前接种过疫苗的人。 • 为高风险人群提供并鼓励他们接种疫苗。提供疫苗的诊所列在网上。应完成两剂系列以获得最大程度的保护。疫苗接种对于有接触风险且免疫功能低下的人尤其重要，包括那些感染 HIV 的人，他们可能因 mpox 而患上更严重的疾病。 • 对具有一致临床症状的个体保持较低的 mpox 检测阈值。可通过州公共卫生实验室 (SPHL)、商业实验室和一个 CT 医院实验室进行 Mpox 检测。请咨询您的医疗保健系统了解测试的可用性。鼓励在 SPHL 进行测试以促进周转和进化枝确定。有关向 SPHL 提交标本的指南在线。 • 中非正在发生明显的 mpox（进化枝 I）爆发。请咨询 DPH，了解对具有相符临床症状且有中非旅行史或最近与最近前往中非的人密切接触的患者进行 mpox 检测的信息（860-509-7994 [MF，8:30-4:30] 或 860-509-8000 [下班后、节假日和周末]）。
项目简介：A5416/HVTN806/HPTN 108
基本原理广谱中和抗体 (bNAbs) 有可能填补预防、治疗和治愈方面的空白，而分析性治疗中断 (ATI) 试验设计有助于同时探索 bNAbs 在所有这些领域的潜力。使用不同类别 bNAbs（例如针对 CD4 结合位点（VRC01 和 3BNC117）和 V3 环（10-1074 和 PGT121）的 bNAbs）的早期临床试验结果令人鼓舞，证明了开发抗 HIV-1 bNAbs 作为预防和治疗药物的潜力和挑战。迄今为止，PWH 中完成的大多数 bNAbs 研究都是在美国或欧洲进行的，其中 B 亚型是主要的传播毒株。然而，非洲大陆是此次疫情的最严重地区，因为非 B 亚型病毒正在传播。因此，必须在撒哈拉以南非洲的 PWH 中评估有前景的新治疗和治愈策略，因为这些地区可能存在特定进化枝的病毒学特征和特定人群的免疫学特征。3BNC117 和 10-1074 尚未在非 B 进化枝地理区域进行临床测试，但如上所述，在 76% 的长期感染 HIV 的参与者（17 人中有 13 人；15 人感染 B 进化枝病毒）中，该组合在没有 ART 的情况下维持了病毒抑制，平均时间为 28 周，这些参与者未经 bNAb 敏感性预选。ATI 可以直接衡量 bNAB 组合的抗病毒潜力，它不仅可以用作干预措施的治疗或治愈潜力的体内生物标志物，还可以用作其预防潜力的体内生物标志物。在 ATI 期间施用 bNAbs 还可以对该策略进行安全性评估，并以有效的方式提供有关候选抗体的信息。主要目标 评估撒哈拉以南非洲地区病毒抑制的 HIV 成人患者静脉输注 3BNC117-LS-J 和 10-1074-LS-J 的安全性和耐受性。评估撒哈拉以南非洲地区在分析治疗中断 (ATI) 前保持病毒抑制的 HIV 成人患者中，3BNC117-LS-J 和 10-1074-LS-J 联合用药与安慰剂相比，在 ART 停药后 24 周内预防持续 HIV-1 病毒血症（确认的 HIV-1 病毒载量 >200 拷贝/毫升）复发的疗效。主要终点/结果
3-14-2024-clinician-call.pdf
▪与某些非洲国家的特有进化枝有关▪与旅行有关的第一个案件▪主要影响男同性恋，双性恋和其他与男性发生性关系的男性（MSM）；跨性别者和非二进制人员▪与亲密的人对皮肤接触（包括性别）▪发生死亡，主要是在患有严重的免疫疾病的人中发生死亡▪美国案件计数和死亡，其中包括三分之一以上的全球案例>
高致病性禽流感（H5）病毒疫苗
• 2007 – 在“行业指南：支持大流行性流感疫苗许可所需的临床数据”中为促进大流行性流感病毒疫苗许可的方法提供了指导 • 针对美国许可的季节性灭活疫苗的制造商 • 确定剂量和时间表的临床免疫原性研究 • 针对美国许可的减毒活疫苗的制造商 • 注意到由于重配的可能性而对大流行之前临床研究的特别关注 • 针对没有美国许可的季节性疫苗的制造商 • 注意到在确定可预测临床益处的免疫替代品方面的挑战 • 2007 – 第一个 H5 流感病毒疫苗的许可 – 赛诺菲巴斯德 • 两剂 90 µg 肌肉注射，间隔 28 天； 18-64 岁 • 评估 Clade 1 A/Vietnam/1203/2004 疫苗 • 2009 年 – H1N1 大流行 • 宣布 H1N1 紧急状态 • BLA 的菌株变化补充使疫苗可以最快地获得 • 启动单价疫苗的临床试验以确认免疫原性并告知所需的任何剂量和时间表修改；数据在批准后提交
2018-2019 年美国康涅狄格州蝙蝠狂犬病毒全基因组测序和系统发育分析
摘要：我们对 2018-2019 年提交给康涅狄格州兽医诊断实验室 (CVMDL) 的蝙蝠中检测到的狂犬病毒 (RABV) 进行了全基因组测序和遗传表征。在提交给 CVMDL 的 88 只蝙蝠中，6 个脑样本（6.8%，95% 置信区间：1.6% 至 12.1%）经直接荧光抗体试验检测呈阳性。在棕蝠 (Eptesicus fuscus, n = 4)、灰毛蝠 (Lasiurus cinereus, n = 1) 和未知蝙蝠物种 (n = 1) 中检测到了 RABV。获得了六种检测到的 RABV 中的四种的完整编码序列。在系统发育分析中，大棕蝠的 RABV（18-62、18-4347 和 19-2274）属于蝙蝠 EF-E1 进化枝，与在宾夕法尼亚州和新泽西州从同种蝙蝠中检测到的 RABV 聚类。从迁徙灰毛蝠中检测到的蝙蝠 RABV（19-2898）属于蝙蝠 LC 进化枝，与在亚利桑那州、华盛顿州、爱达荷州和田纳西州从同种蝙蝠中检测到的 11 种病毒聚类。本研究中使用的方法产生了有关 RABV 变体遗传关系的新数据，包括它们的宿主和空间起源，这些数据将作为未来在北美研究 RABV 的参考数据。需要对蝙蝠 RABV 进行持续监测和基因组测序，以监测病毒的进化和传播，并评估可能与公共卫生相关的基因突变的出现。