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将 CRISPR 干扰与 FACS 富集相结合：CHO 细胞系糖工程用于治疗性糖蛋白生产的新方法
图 2 富集具有低细胞表面岩藻糖基化的细胞。（A）Fut8 和对照池以及富集池和克隆的 AAL-FITC 染色。仅对生成的三个对照池和 Fut8 池中的一个进行染色并用于进一步富集。每个组中选择用于进一步评估的克隆都标有星号（参见图 S3 中仅选定的克隆）。（B）对来自 a) 的 FITC 信号的 MFI 进行量化。点表示每个染色池或克隆的测量值。（C）对对照和 Fut8 池以及在 6 天批次中培养的选定富集池和克隆中的 Fut8 基因表达进行 qPCR 量化。所有三个未富集的对照和 Fut8 池都进行了培养。点表示池（条 1、2、4、5）或单个克隆（3 和 6）的生物学重复。误差线表示池或单个克隆的生物学重复的 SEM。使用非配对 t 检验来计算对照和 Fut8 富集克隆之间的统计学意义
Wol a globosa, a novel crop species for protein production ...
link between these factors. This was evidenced by a Pearson correlation coefficient of -0.751, paired with a highly significant p-value (less than .001), indicating a robust inverse relationship. Essentially, as the average growth rate of the plant increases, the average length of the clones tends to decrease. This pattern was further validated by Spearman's rho, which yielded a correlation coefficient of -0.812 (with a p-value less than .001), reaffirming the reliability and strength of this negative correlation. These insights
在TP53-和BRCA1缺陷型细胞中获得的PARP抑制剂耐药性的异质性和克隆进化
摘要◥同源重组（HR） - 有效的癌症是对多ADP核糖聚合酶抑制剂（PARPI）的现象，它们在治疗高级浆液性癌症（HGSC）方面表现出临床效率。然而，大多数患者将复发，而获得的PARPI耐药性正在成为紧迫的临床问题。在这里，我们生成了七个单细胞克隆，具有源自PARPI敏感的TP53 /和BRCA1 /上皮细胞系的获得的PARPI电阻，该电阻使用CRISPR / CAS9产生。这些克隆显示出不同的电阻机械机械，并且有些克隆同时提出了多种电阻机制。与敏感细胞系相比，对克隆的基因组分析揭示了独特的转录和突变性方案，并增加了基因组不稳定性。克隆进化分析表明，获得的parpi抗性是通过从本质上不稳定和异源细胞种群中的克隆选择引起的
基于DNA的诊断方法
分子诊断的样品收集，传输和存储从各种临床样品中提取和纯化基因组DNA/RNA的试剂和解决方案特定引物和分子诊断的设计基因组DNA/RNA核酸及其变体型核酸型 cloning, transformation and selection of recombinant clones Plasmid isolation and profiling DNA sequencing platforms- Sanger's sequencing and Next-Gen sequencing Data mining from NCBI and sequence processing Offline and Online Bioinformatics tools and sequence analysis for disease diagnosis Diagnosis and therapeutic applications of peptides Cell culture technique for virus cultivation
抗 EGFR 抗体-药物偶联物可克服对 HER2 靶向药物的耐药性
曲妥珠单抗-美坦辛 (T-DM1) 是一种抗体-药物偶联物 (ADC)，于 2013 年获批用于治疗 HER2 + 乳腺癌。尽管它在临床上有效，但一些患者对这种 ADC 表现出内在或获得性耐药性。为了表征对 T-DM1 的耐药机制，我们从 HCC1954 HER2 + 细胞系中分离了几个 HER2 + 耐药克隆。分离的克隆在转录组谱方面有所不同。然而，所有 T-DM1 耐药克隆均显示 HER2 水平下降。然而，正如敲除实验所表明的那样，这些克隆仍然在致癌性上依赖于 HER2。HER2 表达的降低导致对 T-DM1 和其他抗 HER2 疗法的获得性耐药性。抗体阵列分析表明，表皮生长因子受体 (EGFR) 在这些 T-DM1 耐药 HCC1954 克隆中表达。事实上，针对 EGFR 的疗法，尤其是西妥昔单抗-DM1，对获得性耐药 T-DM1 和 HER2 缺失的细胞表现出强大的抗增殖作用。EGFR 在耐药 T-DM1 的细胞中的表达提供了使用针对该受体的疗法来对抗抗 HER2 药物的耐药性和 HER2 过度表达缺失的可能性。
acfs-快照-最佳实践.pdf
Oracle ACFS 与 Oracle Multitenant 结合使用，使客户能够利用可插拔数据库技术的快照。使用写时复制技术，Oracle ACFS 允许创建可插拔数据库的快照克隆，从而进一步扩大客户在测试和开发环境配置方面的选择。客户可以使用可插拔数据库克隆来测试新应用程序、运行所有测试场景等，而不会危及生产数据。存储在 Oracle ACFS 上的数据库只需几个步骤即可利用此功能。此功能允许 SQLplus 与 ACFS 结合使用，使客户能够从 SQLplus 终端内部创建 PDB 快照克隆，而无需切换到 acfsutil 命令。有关更多信息，请参阅 Oracle ACFS 管理员指南 2 。
多层内异质性在慢性脊髓细胞性白血病中
组成髓样恶性肿瘤的细胞的功能多样性，即遗传和表观遗传异质性在这种多样性中的各自作用，仍然知之甚少。 这个问题在慢性脊髓细胞性白血病（一种髓样肿瘤中）解决，其中临床多样性与遗传异质性有限。 To generate induced pluripotent stem cell clones, we reprogrammed CD34 + cells collected from a patient with a chronic myelomonocytic leukemia in which whole exome sequencing of peripheral blood monocyte DNA had identified 12 gene mutations, including a mutation in KDM6A and two heterozygous muta- tions in TET2 in the founding clone and a secondary KRAS （g12d）变形。 还对来自年龄匹配的健康供体的CD34 +细胞进行了再生。 我们捕获了患者观察到的一部分遗传异质性，即 我们分析了五个具有两个遗传背景的克隆，没有KRAS（G12D）突变。 这些克隆的造血分化概括了患者疾病的主要特征，包括颗粒细胞和染色体症的过量生产。 这些分析还揭示了源自具有相似遗传背景的诱导多能干细胞克隆的造血细胞行为的显着差异，与有限的表观遗传变化相关。 这些分析表明，除了编码突变外，几个水平的隆内异质性可能参与疾病的尚未解释的临床异质性。组成髓样恶性肿瘤的细胞的功能多样性，即遗传和表观遗传异质性在这种多样性中的各自作用，仍然知之甚少。这个问题在慢性脊髓细胞性白血病（一种髓样肿瘤中）解决，其中临床多样性与遗传异质性有限。To generate induced pluripotent stem cell clones, we reprogrammed CD34 + cells collected from a patient with a chronic myelomonocytic leukemia in which whole exome sequencing of peripheral blood monocyte DNA had identified 12 gene mutations, including a mutation in KDM6A and two heterozygous muta- tions in TET2 in the founding clone and a secondary KRAS （g12d）变形。还对来自年龄匹配的健康供体的CD34 +细胞进行了再生。我们捕获了患者观察到的一部分遗传异质性，即我们分析了五个具有两个遗传背景的克隆，没有KRAS（G12D）突变。这些克隆的造血分化概括了患者疾病的主要特征，包括颗粒细胞和染色体症的过量生产。这些分析还揭示了源自具有相似遗传背景的诱导多能干细胞克隆的造血细胞行为的显着差异，与有限的表观遗传变化相关。这些分析表明，除了编码突变外，几个水平的隆内异质性可能参与疾病的尚未解释的临床异质性。
基于DNA的诊断方法
分子诊断的样品收集，传输和存储从各种临床样品中提取和纯化基因组DNA/RNA的试剂和解决方案特定引物和分子诊断的设计基因组DNA/RNA核酸及其变体型核酸型 cloning, transformation and selection of recombinant clones Plasmid isolation and profiling DNA sequencing platforms- Sanger's sequencing and Next-Gen sequencing Data mining from NCBI and sequence processing Offline and Online Bioinformatics tools and sequence analysis for disease diagnosis Diagnosis and therapeutic applications of peptides Cell culture technique for virus cultivation
隐形病毒中的叛逆细菌遗传序列：生物学和诊断意义
摘要在其基因组的结构，复制模式以及水平转移遗传序列的能力的结构中，病毒，细菌和真核细胞之间存在主要差异。DNA测序研究对从慢性疲劳综合征（CFS）患者培养的病毒（CFS）培养的病毒研究已证实，作为感染过程的一部分，某些病毒捕获和转移真核细胞之间的细菌和细胞遗传序列的能力不足。该病毒起源于非洲绿色猴子Simian巨细胞病毒（SCMV）。它被称为隐形适应病毒，因为感染不伴有炎症。免疫逃避归因于编码通常由细胞免疫系统靶向的相对较少成分的基因的丢失和突变。本文提供了对病毒中许多细菌衍生的遗传序列的起源的进一步阐明。有多个具有近距离序列的序列比对的克隆，具有不同的基因组区域的ochrobactrum Quorumnocens A44种细菌的基因组区域。另一组克隆与支原体发酵疫菌的不同基因组区域最紧密匹配。其他几个克隆的序列只能与不同类型细菌的序列近对齐。克隆3B513的序列与几种类型细菌的基因组的遗传贡献一致。术语viteria是指具有细菌衍生的遗传序列的病毒。它们可能是CFS和自闭症的主要原因，并且在包括艾滋病在内的许多疾病中充当主要辅助因子。作为具有不同类型的叛变细菌序列的更普遍的现象，可能导致诊断出细菌疾病而不是病毒疾病的诊断。重要的是要从遗传上对患有广泛疾病的患者进行额外的隐身适应病毒，包括目前归因于分枝杆菌，伯氏菌或链球菌感染的病毒。引言对源自慢性疲劳综合征患者（CFS）患者的病毒培养物的克隆DNA的分子分析表明，培养的病毒起源于非洲绿色猴子Simian simian cintomegalovirus（SCMV）[1-4]。然而，在任何测序的DNA克隆中均未检测到与SCMV基因组主要区域相对应的遗传序列[4-5]。此外，针对其余已识别的SCMV区域的克隆分布不均匀，在克隆中具有与SCMV基因组同一区域相匹配的遗传变异性。这些发现与免疫逃生机制一致，被称为隐形适应，从删除或
单细胞 DNA 扩增子测序揭示克隆......
T 细胞急性淋巴细胞白血病 (T-ALL) 是一种侵袭性白血病，最常见于儿童，其特征是在诊断时存在少量染色体重排和蛋白质编码区 10 至 20 个体细胞突变。大多数 T-ALL 病例都含有 NOTCH1 中的激活突变以及与激酶信号传导、转录调控或蛋白质翻译有关的基因突变。为了更深入地了解诊断和治疗期间的克隆异质性水平，我们使用 Tapestri 平台进行单细胞靶向 DNA 测序。我们设计了一个定制的 ALL 面板，并获得了精确的单核苷酸变异和小插入-缺失突变，需要 305 个扩增子，覆盖每个样本和时间点约 4400 个细胞中的 110 个基因。对 8 名 T-ALL 患者的 25 个样本共分析了 108 188 个细胞。我们通常在诊断时观察到一个主要克隆（> 35% 的细胞），伴随几个次要克隆，其中一些克隆占细胞总数的不到 1%。四名患者有 > 2 个 NOTCH1 突变，其中一些存在于次要克隆中，表明在发育中的 T-ALL 细胞中获得 NOTCH1 突变的压力很大。通过分析纵向样本，我们检测到残留的白血病细胞和克隆的存在和克隆性质，这些细胞和克隆在诊断时存在较少，在疾病后期发展为临床相关的主要克隆。因此，单细胞 DNA 扩增子测序是一种灵敏的检测方法，可用于检测 T-ALL 中的克隆结构和进化。（Blood . 2021;137(6):801-811）