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生态位印记了忍冬属植物微生物群落的结构和网络
植物相关微生物群由多种但分类结构不同的群落（如细菌、真菌和古菌）组成，被认为是宿主植物的第二基因组，在不同植物物种之间存在差异（Brown 等人，2020 年）。植物与微生物之间的相互作用赋予植物宿主适应性优势，包括养分循环、促进生长、抗逆性和抗病原体性（Trivedi 等人，2020 年）。最近针对根系和根际土壤的研究表明，微生物群落的组装和结构受各种生物和非生物因素的影响，包括植物遗传和年龄、土壤类型和土壤特性（如 pH 值和营养物质）（Yu 等人，2018 年）。据报道，微生物群落的组装和网络
通过定向进化自上而下地设计复杂群落
5 加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系，加利福尼亚州伯克利，美国。 6 马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所以及马克斯普朗克复杂系统物理研究所，德国德累斯顿。 7 欧洲分子生物学实验室（EMBL），发育生物学部，德国海德堡。 8 加州大学欧文分校发育与细胞生物学系，加利福尼亚州欧文，美国。 9 波士顿大学生物医学工程系和生物设计中心，马萨诸塞州波士顿，美国# 通讯作者：alvaro.sanchez@yale.edu 摘要 定向进化已用于自上而下地设计生物系统数十年。通常，它已应用于生物体水平或以下，通过迭代采样突变景观来引导寻找具有更高功能的遗传变异。在生物体水平之上，少数研究尝试人工选择微生物群落和生态系统，但成功率参差不齐，且通常不高。我们对人工生态系统选择的理论理解仍然有限，特别是对于大型无性生物群落，而且我们对设计有效的方法来指导它们的进化知之甚少。为了解决这个问题，我们开发了一个灵活的建模框架，使我们能够在广泛的生态条件下系统地探究任意一组群落和选定功能上的任意选择策略。通过在相同条件下人工选择数百个计算机模拟微生物元群落，我们检查了迄今为止使用的两种主要育种方法的基本局限性，并规定了显着提高其功效的修改。我们确定了一系列定向进化策略，特别是当结合使用时，它们更适合自上而下地设计大型、多样化和稳定的微生物群落。我们的结果强调，定向进化允许在生态结构功能景观中进行导航，以寻找动态稳定、生态和功能具有弹性的高功能群落。
生物和非生物因子塑造与广泛的蕨类植物（Ophioglossaceae）的根源有关
Arbuscular mycorrhizal真菌（AMF）通过与地下社区和下面的社区以及影响Edaphic特性相互作用，在陆地生态系统中扮演着重要角色。与Fern botrychium luna-ria（Ophioglossaceae）的根部相关的AMF群落在2400 m A.S.L.的四个样带中采样。在瑞士阿尔卑斯山中，并使用元法编码进行了分析。在71个样本中鉴定了五个肾小球菌的成员。我们的分离揭示了由四个丰富的Glomus操作分类单元（OTUS）以及样品之间的低OTU更新组成的核心微生物组。AMF社区不是空间结构化的，这与与被子植物相关的大多数螺柱形成对比。pH，微观连通性和腐殖质覆盖物显着
土壤特性和气候影响地中海雨养谷物种植系统中的杂草菌根真菌和土壤微生物群落
d蛋白石海岸大学，环境化学和生活12（UCEIV）的互动单位（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，62228，62228，13 CALAIS，法国。14 *蛋白石海岸大学的环境化学和相互作用单位（UCEIV）（UCEIV），UR4492，SFR CONDORCET FR CNRS 3417，50 RUE FERDINAND BUISSON，16 622228 RUE FERDINAND BUISSON，CALAIS CALAIS。17
洞察变化环境中户外青铜器和大理石文物中的细菌群落
Andrea Timoncini、Federica Costantini、Elena Bernardi、Carla Martini、Francesco Mugnai、Francesco Paolo Mancuso、Enrico Sassoni、Francesca Ospitali、Cristina Chiavari，《对变化环境中户外青铜和大理石制品中细菌群落的洞察》，《整体环境科学》850 (2022) 157804，第 1-14 页。
沿海沉积物的间质微生物群落由纳米章节主导
地下沿海沉积物中的微生物群落高度多样，并且在营养循环中起着重要作用。，虽然沙质沉积物中的微生物的主要部分呈足为Epipsammon（附着在沙粒上），但只有一小部分在间质毛孔中繁殖。到目前为止，对这些自由生活微生物群落的组成知之甚少。在这项研究中进行了研究，在沙滩的地下中，我们比较了沉积物中的古细菌和细菌群落结构，以及应用16S rRNA基因测序的相应毛孔水。我们发现，根据孔隙空间的不同，自由生活原核生物的比例仅为0.2-2.3％。间质微生物群落显示出一个小的重叠，附着的分数为4-7％，并且包含在孔道中仅发现的75-81％ASV的独特组成。它们比各自的沉积物级分更多样化，并且显示出更高的古细菌比。古细菌主要隶属于Dpann Superphylum的纳米章，相对丰富的间隙群落相对丰富。细菌分数包括与候选门辐射（CPR）有关的几种物种。已知两种原核生物谱系都有小细胞尺寸，包括尚未尚未识别的代谢功能的尚未培养的物种。我们的发现得到了对相邻潮汐平坦的调查，显示出类似的趋势。因此，我们的结果表明在沿海沉积物的地下存在不同的间质微生物群落。这种尚未培养的纳米章的自然富集和心肺复苏群的成员为靶向元基因组分析甚至隔离这些群体成员提供了进一步代谢表征的机会。
欧洲城市绿色地区的植物层细菌群落与城市强度有关
摘要植物层拥有一个多样化和特定的细菌群落，从而影响了植物健康和生态系统功能。在这项研究中，我们研究了城市绿色地区的连通性和规模对植物层细菌群落的组成和多样性的影响。herto，我们评估了233个Platanus X Acerifolia和Acer Pseudoplatanus树的植物层细菌群落的多样性和组成，整个欧洲六个城市中的77个城市绿色地区。城市之间的社区组成和多样性显着差异，但仅在树种之间有限的程度。我们可以证明，城市强度与腓骨细菌的社区组成显着相关。尤其是，在50个最丰富的家族中有29个相对丰度与城市强度之间发现了显着相关性：经典的浮圈家族（例如乙酰杆菌科，planctctyctomycetes和beijerinkiaceae）的丰富性随着城市强度而降低（即在更绿色，较低的空气污染和较低温度的地区更丰富，而与人类活动有关的地区（例如肠杆菌科和芽孢杆菌科）随着城市强度的增加而增加。这项研究的结果表明，欧洲城市中的细菌群落与城市强度有关，这种影响是由几种组合应力因素介导的。
复杂细菌群落的防御力
细菌已开发出各种防御机制，以避免对病毒和其他遗传寄生虫的快速进化和周转，以避免感染和杀死。这样的泛免疫系统（防御）包括越来越多的防御线，其中包括良好的先天和适应性系统，例如限制性模型，CRISPR-CAS和堕胎感染，以及新发现的机制仍然不足以理解。虽然防御系统的丰度和分布在完整和可培养的基因组中是众所周知的，但我们对它们在复杂的微生物群落中的多样性和丰富性的理解中存在空白。在这里，我们对从土壤，海洋和人类肠道的7759个高质量细菌种群基因组进行了大规模的深度分析。我们观察到大型门的防御频率和性质有很大变化，这与生活方式，基因组大小，栖息地和地理背景有关。防御者的遗传迁移率，其在防御岛上的聚类以及遗传变异性是系统的，并由细菌环境塑造。因此，我们的结果提供了环境不同细菌群落中存在的多种免疫屏障的详细图片，并为随后鉴定出未经文化的微生物中多元化的新颖和巧妙的策略奠定了基础。
至：CBD国家重点，ABS国家重点，土著人民和地方社区以及相关组织
参考于2024年12月10日发布的通知2024-113，邀请国家焦点，土著人民和地方社区的代表以及相关组织提名多边机制的成员和观察者提名多边机制的指导者和公平分享的福利，并从数字序列资源中分享福利，包括对基因资金的使用，包括Cali Fund（包括Cali Funi）。我要感谢那些提交提名的人，并邀请那些尚未这样做的人尽快提交提名。我也很高兴通知您，提交提名的截止日期已延长至2025年2月12日。
污染梯度塑造与AE相关的微生物群落。城市社区花园中的白化幼虫栖息地
©作者2024。由牛津大学出版社代表FEMS出版。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。