细菌已开发出各种防御机制,以避免对病毒和其他遗传寄生虫的快速进化和周转,以避免感染和杀死。这样的泛免疫系统(防御)包括越来越多的防御线,其中包括良好的先天和适应性系统,例如限制性模型,CRISPR-CAS和堕胎感染,以及新发现的机制仍然不足以理解。虽然防御系统的丰度和分布在完整和可培养的基因组中是众所周知的,但我们对它们在复杂的微生物群落中的多样性和丰富性的理解中存在空白。在这里,我们对从土壤,海洋和人类肠道的7759个高质量细菌种群基因组进行了大规模的深度分析。我们观察到大型门的防御频率和性质有很大变化,这与生活方式,基因组大小,栖息地和地理背景有关。防御者的遗传迁移率,其在防御岛上的聚类以及遗传变异性是系统的,并由细菌环境塑造。因此,我们的结果提供了环境不同细菌群落中存在的多种免疫屏障的详细图片,并为随后鉴定出未经文化的微生物中多元化的新颖和巧妙的策略奠定了基础。