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World File Search SystemddPCR
批准的练习设置
▪人口/预期用户； - 肿瘤学，传染病，遗传疾病，个性化医学和移植患者。▪将由医疗保健专业人员使用以下操作。▪通过临床环境： - 医院和专业诊所。▪使用条件： - 被怀疑或诊断患有特定疾病或疾病的患者，可以使用DDPCR系统上的目标测定法检测或监测。▪包含标准： - 具有特定遗传突变，生物标志物或遗传性遗传变异的患者已知与被诊断或监测的疾病或状况相关的患者。这些目标应具有临床相关性和确定的证据，以支持其用于诊断或预后目的的使用。▪排除标准： - 可能不足以测试的样品材料不足的患者。- 诊断环境或预期使用DDPCR的患者在临床上无关或适当。- 没有DDPCR分析靶向的特定遗传突变，生物标志物或遗传变异的患者。- 使用DDPCR的患者在其特定的诊断或治疗环境中不提供临床上有显着的好处或有助于决策。
液滴数字PCR（DDPCR）的初学者指南
液滴数字PCR（DDPCR）已成为分子诊断中的一种变革性技术，在核酸定量中具有无与伦比的灵敏度和精度。通过将样品划分为数千滴，DDPCR可以实现数字方法进行DNA和RNA分析，克服传统PCR方法的局限性。这种微型审查强调了DDPCR在肿瘤学中的关键进步和应用，包括其在检测循环肿瘤DNA（CTDNA），拷贝数变化（CNV）和表观遗传生物标志物方面的效用。该技术鉴定罕见的遗传事件和Moni Tor肿瘤异质性的能力对癌症的诊断，治疗和监测产生了重大影响。此外，DDPCR在非侵入性液体活检中的作用及其在新兴领域的应用，例如CAR-T治疗监测和肿瘤微生物组分析，证明了其广泛的临床潜力。尽管诸如标准化和成本等挑战，但多重和自动化方面的持续进步有望扩大DDPCR的范围，从而进一步增强了其对个性化医学和分子肿瘤学的贡献。
通过 ddPCR 快速、精确地定量大片段 DNA 切除和倒位
重新混合或改编本材料用于任何目的，无需注明原作者。预印本（未经同行评审认证）在公共领域。它不再受版权限制。任何人都可以合法共享、重复使用，版权所有者已将此版本发布于 2020 年 4 月 14 日。；https://doi.org/10.1101/2020.04.13.039297 doi：bioRxiv 预印本
开发用于定量纯化样品中AAV病毒基因组的DDPCR方案
这项研究的目的是开发纯化样品中AAV病毒基因组的DDPCR方案。未包装的污染物DNA，以及其他来自生产质粒和/或细胞系中的DNA，需要在准确量化病毒基因组之前被消除。我们测试了几个方案，以便它们去除未包装的DNA的能力，同时保持准确的包装病毒基因组滴度。为此，我们将质粒DNA刺激到纯化的AAV2载体中，并评估了以下样品处理条件：（a）仅与DNasei孵育； （b）DNAsei孵育，然后再灭活，72°C热灭活，蛋白酶K处理，最后95°C热灭活； （c）与条件B相同，但在72°C而不是95°C（d）无样品预处理时进行最终热灭活。质粒和AAV基因组拷贝通过双链DDPCR（QX200液滴数字PCR系统，Bio-Rad）量化。与条件D相反，在未进行样品处理的情况下，与条件A和C条件A和C相比，在条件B和条件B中观察到较低的AAV2 VG滴度的趋势在条件A，B和C中未检测到质粒DNA（图1）。有趣的是，在条件A和C中都会发现可比较的VG滴度。在重复使用纯化的AAV9实验时，进行了类似的观察结果。
ddPCR 策略检测携带单个变异点的基因编辑植物：技术可行性和解释问题
在欧洲市场上销售的基因编辑生物及其衍生食品和饲料产品属于 2001/18/EC 指令的范围。因此，专门检测和量化它们的可能性已成为优先事项。为此，基于 PCR 的方法（例如实时 PCR 和数字液滴 PCR）有望适用于基因编辑生物携带的单个变异点，即使在技术层面上可能具有挑战性。但是，还可能遇到与结果解释相关的其他问题。事实上，考虑到它可能通过自然或育种计划传播，这种单一变异的存在并不能自动证明基因编辑生物的存在。为了克服这一关键问题，我们提出了一个通用工作流程来开发和验证一种针对基因编辑生物的 PCR 方法，以针对其单个变异点。首先，基于计算机模拟分析，评估技术设计基于 PCR 的方法以及使用其单个变异点区分基因编辑生物的可能性。如果确认了这些参数，则将根据转基因检测的最低性能要求测试所开发的 PCR 方法的性能。通过开发一种专门针对携带单核苷酸插入的基因编辑大米的 2 重数字液滴 PCR 方法，成功地说明了所提出的一般工作流程的使用。因此，所提出的工作流程被视为支持主管部门进行食品和饲料可追溯性的关键工具。
Bio-Rad QXDX AUTODG DDPCR系统脊柱肌肉萎缩指南
图2-诊断算法：在患者中对SMA的临床怀疑后，使用MLPA或QPCR对SMN1缺失进行诊断测试，以及同时对SMN2进行同时测试，可以迅速，准确地分类SMA并选择治疗。如果未检测到SMN1的副本，它确认了SMA的诊断。如果找到了一个SMN1的副本，则需要对SMN1基因进行进一步的测序，以确定检测到的副本是否包含突变。单个SMN1副本中的一个突变证实了SMA的诊断，而没有突变表示其他形式的SMA或NMD的可能性。在检测到两个或更多份SMN1的情况下，研究了患者的血缘家族病史。如果存在血父，则进行进一步的测序以评估潜在突变。相反，缺乏血缘关系表明其他SMA或NMD疾病的可能性。3.4.7。如果临床
Droplet Digital™ PCR 应用指南 - Bio-Rad
第 1 章 Droplet Digital™ PCR .......................。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。.1 简介 .。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。.......1 QX100/QX200 工作流程 ...............。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。..2 液滴生成 ......................。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。.............3 PCR 扩增 ...........。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。..4 液滴读数 .....................。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。.4 ddPCR数据分析 .......................。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。.........5 液滴数字 PCR 的新兴应用 ..............。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。..7 ddPCR 用于绝对定量和实验考虑 ....................。。。.7
用“定量聚合酶链”检测环境DNA ...
可以对环境DNA的摘要检测（英语：“环境DNA”，缩写：'edna'）可以用qPCR和DDPCR进行，其中通过在人类病理学研究中检测到病毒或细菌的DNA通过QPCR基于QPCR基于QPCR的检测而更精确。在这项研究中，目标是阐明这种提高的精度是否适用于从海洋非居民物种中检测Edna。可以得出结论，对于具有DDPCR平台的稀有海洋NIS物种，有更有可能检测到非常低水平的EDNA的机会。在DDPCR平台上测试的19个物种特异性检测系统中，有17个，如果水样中存在足够高的EDNA，则EDNA的准确检测与QPCR平台一样。对于低水平的EDNA，DDPCR平台比qPCR评估EDNA浓度的不确定性更好。与QPCR相比，由于减少了设置DDPCR的工作时间，建议使用DDPCR将来对海洋入侵物种的EDNA进行未来监测，以实现更好的精度并减少工作时间。
通过农杆菌介导的基因转移获得的编辑植物的分子表征综合方法
摘要 农杆菌介导的基因转移——实际上是基因改造植物最常用的方法——可能导致植物基因组中整合多个 T-DNA 拷贝，以及形成由改造细胞和野生型细胞组成的嵌合组织。因此，对转化株系进行分子表征是一种很好的做法，可以选出最好的株系进行进一步研究。如今，有几种定量和半定量技术可用于估计转基因植物中 T-DNA 的拷贝数 (CN)。在本研究中，我们比较了基于 (1) 实时聚合酶链式反应 (qPCR)、(2) 液滴数字 PCR (ddPCR) 和 (3) 下一代测序 (NGS) 的三种方法，对葡萄编辑株系进行分子表征。这些株系含有通过 CRISPR/Cas9 技术获得的敲除突变，该突变与植物对两种重要的葡萄霉菌病的易感性有关。根据我们的结果，qPCR 和 ddPCR 的输出在准确性方面基本一致，尤其是对于低 CN 值，而 ddPCR 的结果比 qPCR 更精确。关于 NGS 分析，用这种方法检测到的 CN 通常与 qPCR 和 ddPCR 计算的 CN 不一致，并且 NGS 无法区分十个品系中的三个的整合点。尽管如此，NGS 方法可以肯定地识别 T-DNA 截断或串联/倒置重复的存在，从而提供有关转基因整合资产的独特和相关信息。此外，Cas9 和单向导 RNA (sgRNA) 的表达分析以及靶位点的测序增加了与 CN 数据相关的新信息。这项工作通过报告葡萄编辑品系的实际案例研究，探讨了最先进的诊断技术在早期选择合适的转基因材料方面的优缺点。结果可能对开发新转基因品系的科学家和负责转基因控制的实验室都感兴趣。
比较固体器官移植受者的血浆中供体衍生的无细胞DNA定量的方法
在同种异体器官移植受体的同种异体移植监测中，使用供体衍生的无细胞无细胞DNA（DD-CFDNA）在等离子体中的液体活检已成为一种新型方法。尽管对技术进行了早期临床实施和分析验证，但仍缺乏对DD-CFDNA定量方法的直接比较。此外，关于尿液中DD-CFDNA的数据是稀缺的，到目前为止，基于高通量测序的方法尚未利用独特的分子识别剂（UMIS）来实现绝对DDDNNA量化。在肾脏和肝脏受体的尿液和血浆中比较了不同的DD-CFDNA定量方法：a）使用等位基因特异性检测的液滴数字PCR（DDPCR），可检测七个常见的HLA-DRB1等位基因和Y染色体； b）使用定制的QIASEQ DNA面板的高通量测序（HTS），该面板的靶向121个常见多态性； c）商业DD-CFDNA定量方法（Alloseq®CFDNA，Caredx）。dd-cfDNA定量为％dd-cfDNA，用于DDPCR和HTS，并使用UMIS作为供体副本。此外，在临床稳定的受体中比较了尿液和血浆中的相对和绝对DD-CFDNA水平。此处介绍的HTS方法表明，％dd-cfDNA与ddpcr（r 2 = 0.98）和Alloseq®CfDNA（R 2 = 0.99）之间的相关性很强，仅显示最小的比例偏见。绝对DD-CFDNA拷贝也与UMI和DDPCR之间的HTS之间也有很强的相关性（τ= 0.78），尽管具有相当比例的偏置（斜率：0.25; 95％-CI：0.19 - 0.26）。在30个稳定的肾脏移植受者中，尿液中的中值％dd-cfDNA为39.5％（四分位数，IQR：21.8 - 58.5％），含36.6份/μmol尿肌氨酸（IQR：18.4 - 109）和0.19％（IQR：0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01-01）： 12.9）在体液之间没有任何相关性的等离子体中。来自八个稳定肝脏受体的血浆中的中位数％DD-CFDNA为2.2％（IQR：0.72 - 4.1％），使用120份/ml（IQR：85.0 - 138），中位DDDNNA拷贝/ml低于0.1，尿液中低于0.1。尿液和等离子体中DD-CFDNA绝对和相对定量的方法的第一个正面比较，支持与方法无关的％DD-CFDNA截止