包括 IL-25、IL-33 和胸腺基质淋巴细胞生成素 (TSLP) 在内的警报素细胞因子可作为危险信号触发宿主免疫,以应对寄生虫感染等致病因素引起的组织损伤。寄生虫病也为研究其功能和机制提供了极好的背景。许多研究表明,非免疫细胞(如上皮细胞和基质细胞)释放的警报素细胞因子会诱导宿主启动 2 型免疫,从而驱除寄生虫,但也会导致宿主病理,如组织损伤和纤维化。相比之下,来自免疫细胞(如树突状细胞)的警报素细胞因子(尤其是 IL-33)可能会引发免疫抑制环境,从而促进宿主对寄生虫的耐受性。此外,据报道,警报素细胞因子在寄生虫感染中的作用取决于寄生虫种类、警报素细胞因子的细胞来源和免疫微环境,所有这些都与寄生部位或器官有关。本叙述性综述旨在提供有关警报素细胞因子在涉及不同器官(包括肠、肺、肝和脑)的寄生虫感染中的关键和多样化作用的信息。
扩展数据图 1. 使用 RFdiffusion 设计 β 链配对支架。为了充分利用 RFdiffusion 的多样化生成潜力,同时鼓励在设计输出中使用 β 链界面,我们实现了一种界面调节算法,该算法可根据简单的用户输入生成 SS/ADJ 调节张量。该模型以张量的形式理解折叠调节,这些张量标记每个残基(a,顶部和左侧)的二级结构(蓝色)以及这些二级结构块的邻接关系(a,黄色中心)。用户指定的参数指定了以下信息:结合剂界面二级结构块(在本例中为 β 链)、该块的长度(b,结合剂张量 L 中的青色块)以及结合剂块相邻的靶位残基(b,靶位张量 T 中的青色块)。根据这些预定义参数,该算法随机采样结合剂界面二级结构块在残基索引空间中的位置,同时保持与指定靶位残基的确定邻接关系(绿色)。该用户定义的调节张量将扩散输出导向β链配对的结合物-靶标界面 (c)。此前,RFdiffusion 界面设计计算可以针对指定为靶标“热点”的特定残基,以指定要结合的靶标残基。而这种新的链间 SS/ADJ 调节功能,使用户能够在结合物支架生成过程中指定“β链热点”或“ɑ-螺旋热点”。基于扩展的结合物-靶标 SS/ADJ 张量调节的结合物支架输出,支持用户指定 β 链界面类型的设计。
海洋生物膜是全球无处不在的表面相关微生物群落,由于其独特的结构和功能,引起了人们的关注。The aim of this study is to provide a comprehensive overview of the current scienti fi c understanding, with a speci fi c focus on naturally occurring bio fi lms that develop on diverse marine abiotic surfaces, including microplastics, sea fl oor sediments, subsurface particles, and submerged arti fi cial structures susceptible to biocorrosion and biofouling induced by marine bio fi LMS。本文介绍了有关海洋环境中这些表面相关微生物群落的多样性,结构,功能和动态的最新进展和发现,突出了它们的生态和生物地球化学维度,同时也是为了进一步研究海洋生物生物LMS的灵感。
病毒调节微生物群落的多样性和活性。然而,对它们在流细菌生物膜群落结构中的作用知之甚少。在这里,我们介绍了有关瑞士三种横向冰山的各种流病毒群落多样性和组成的见解。冰期流的特征是极端的环境条件,包括近冻结温度和超寡聚营养。这些条件选择了几个但适应良好的细菌进化枝,这些进化枝在生物膜群落中占主导地位,并通过微生物菌株占据了壁ni。我们使用元基因组测序揭示了这些流中各种生物膜病毒组合。在不同的流量和流中,病毒群落组成与细菌宿主的组成紧密结合,细菌宿主的宿主是由一般高的宿主特定城市强调的。将噬菌体相互作用的预测与辅助代谢基因(AMG)相结合,我们确定了通过感染微生变化枝成员的噬菌体共享的特定AMG。我们的工作为更好地理解细菌之间的复杂相互作用和噬菌体在一般情况下的噬菌体和噬菌体之间提供了一步。
摘要。图像到图像翻译旨在学习两个视觉域之间的映射。许多范围的主要挑战有两个主要挑战:1)缺乏对齐的训练对和2)来自单个输入图像的多个可能的输出。在这项工作中,我们提出了一种基于分离的表示形式的方法,用于生产带有配对的训练图像的各种输出。为了达到多样性,我们建议将信息嵌入两个空间:一个域 - 不变的内容空间,捕获跨域和域特异性属性空间的共享信息。使用分离的功能作为输入大大降低了模式崩溃。为了处理未配对的培训数据,我们引入了一种新型的跨周期同意损失。定性结果表明,我们的模型可以在各种任务上产生多样化和逼真的图像。我们通过广泛的评估来验证我们方法的有效性。
简介:目前,北极海洋生态系统正在目睹全球最快的身体变化,导致全球和底栖群落和食品网络结构发生转变,这与引入北方物种有关。凝胶状浮游生物或果冻鱼代表了一个特定的一组,其中几种北方物种容易经历显着的极点范围的扩张,并且在持续变化的过程中,北极的种群增加。从历史上看,果冻被认为是一种营养的死胡同,但是使用现代工具的越来越多的研究强调了它们作为海洋食品网中主要猎物的作用。在这项研究中,我们旨在验证果冻和其他后生动物作为北极夜间食品网络中的食物来源的作用,而骨髓资源有限。
东太平洋:东太平洋驱动器上的不同云 - 放射反馈不同,厄尔尼诺尼诺般的变暖大小。这是模型中预计TPSW的不确定性的主要来源,尤其是在远东赤道太平洋中。中太平洋:中部太平洋上的不同负云 - 放射反馈,再加上海洋 - 大气相互作用,包括风蒸发 - SST(WES)(WES)反馈和BJERKNES的反馈,决定了西太平洋的不同变暖。大多数模型低估了这种负面反馈,从而导致西太平洋的预测比多模型平均水平更强。
详细的跟踪数据对于理解动物行为背后的复杂机制至关重要。在这里,我们提供了一个全面的数据集,其中包含来自105个遗传学菌株的30,000多个果蝇Melanogaster个体的行为电影和轨迹,其中包括果蝇基因参考面板的104种野生型菌株以及一个视力障碍的突变体。在15分钟的会议期间收集了由遗传背景,性别和社会环境分类的这些数据,包括五分钟的重复迫在眉睫的刺激,以引起恐惧反应。此外,我们的实验设计将小组实验与随机组合的菌株对结合,以研究小组成员对行为动力学的协同作用。除了对运动,恐惧反应和社交相互作用的遗传因素进行详细分析之外,该数据集提供了一个独特的机会来检查遗传相同果蝇内的个体行为变异性。通过在不同的遗传和环境环境中捕获各种各样的行为,这些数据是促进我们对遗传,个性和群体相互作用如何影响动物行为的理解的宝贵资源。
目前的研究团队通过实验测试了长期以来的假设,即细菌的遗传多样性限制了病毒物种的多样性。这导致人们期望一种噬菌体类型将胜过所有其他噬菌体成为孤独的幸存者。然而,就像多细胞生物在其微生物组中拥有各种细菌物种一样,新的结果表明,单个细菌菌株本身可以拥有多样化的噬菌体群体。
序列功能模型可预测基因组DNA序列的基因表达,已证明对许多生物学任务有价值,包括了解顺式调节语法和解释非编码遗传变异。然而,当前的最新模型已在很大程度上接受了来自健康组织或细胞系的散装表达谱的培训,并且还没有学会在大型单细胞转录组数据集中捕获的精确细胞类型和状态的特性。因此,他们缺乏在各种组织和疾病环境中的特定细胞类型或状态下执行这些任务的能力。为了解决这一差距,我们提出了Decima,该模型可以从其周围的DNA序列中预测基因的细胞类型和条件 - 特异性表达。decima在超过2200万个细胞的单细胞或单核RNA测序数据上进行了训练,并成功地基于其序列成功预测了看不见基因的细胞类型特异性表达。在这里,我们证明了Decima揭示驱动细胞类型特异性基因表达的顺式调节机制及其在疾病中的变化,以预测细胞类型分辨率下的非编码变异效应,并使用精确调谐的,情境特异性功能设计调节性DNA元件。