研究文章 分子对接和模拟研究预测乳酰辅酶 A 是 p300 定向乳酸化的底物 Rushikesh Patel 1、Ajay Kumar 1#、Kiran Bharat Lokhande 2#、KV Swamy 2,3、Jayanta K. Pal 1、Nilesh Kumar Sharma 1 * 1 癌症和转化研究实验室,Dr. DY Patil 生物技术与生物信息学研究所,Dr. DY Patil Vidyapeeth,浦那,马哈拉施特拉邦,印度,411033。 2 生物信息学实验室,Dr. DY Patil 生物技术与生物信息学研究所,Dr. DY Patil Vidyapeeth,浦那,马哈拉施特拉邦,印度,411033。 3 生物信息学研究组,麻省理工学院生物工程科学与研究学院,麻省理工学院-ADT 大学 Pun,马哈拉施特拉邦,印度,412201。# 贡献相同,并列第二作者 *通讯作者:Nilesh Kumar Sharma 博士 癌症和转化研究实验室教授 生物技术系 Dr. DY Patil 生物技术与生物信息学研究所,浦那 Dr. D. Y Patil Vidyapeeth 浦那,浦那,MH,411033 电子邮件:nilesh.sharma@dpu.edu.in 电话:+91-7219269540 ORCID ID:Nilesh Kumar Sharma 博士 https://orcid.org/0000-0002-8774-3020 致谢:作者感谢印度政府新德里 DST-SERB(SERB/LS-1028/2013)和印度浦那 Dr. DY Patil Vidyapeeth(DPU/05/01/2016)的资金支持。本稿件已在“bioRxiv”上作为预印本发布。利益冲突 作者声明他们没有利益冲突。 道德声明:本研究不涉及任何道德问题。
摘要。– 目的:目前,冠状病毒 COVID-19 正在全球范围内迅速传播,由于市场上没有有效的疫苗或药物,其控制非常困难。这种病毒可以感染动物和人,并引起呼吸道疾病。世卫组织已宣布冠状病毒为大流行病,全世界都在与冠状病毒作斗争。全球已有超过 199,478 人确诊感染 COVID-19。截至 2020 年 3 月 18 日,已有 167 多个国家受到影响,报告死亡人数超过 8000 人。受影响的主要国家是中国,其次是意大利、伊朗、西班牙、法国和美国。材料和方法:由于目前尚无针对冠状病毒的有效药物,我们对植物化学物质进行了虚拟筛选,以寻找针对这种病毒的新型化合物。因此,我们创建了一个植物化学库,其中包含来自 11 种植物的 318 种植物化学成分,这些成分已被报道具有抗病毒、抗菌和抗真菌活性。对植物化学库进行了虚拟筛选,筛选的分子靶点包括主蛋白酶 (Mpro) 和血管紧张素转换酶 2 (ACE2)。结果:从每个靶点中选出前 10 种化合物,这些化合物与参考分子相比具有更好的结合能,并且结合能明显更低。结论:根据结合能得分,我们建议对这些化合物进行抗冠状病毒测试,并用于开发有效的抗病毒药物。
许多配体的灵活性使得这些计算变得困难,需要开发和使用特殊方法。以下两个例子说明了对此类工具的需求:蛋白酶抑制剂的设计和与特定 MHC 受体结合的肽抗原的分析和设计。我们回顾了从刚体对接扩展到柔性对接的计算概念,以及以下重要的柔性对接和设计策略:(a) 蒙特卡洛/分子动力学对接,(b) 现场组合搜索,(c) 配体构建,以及 (d) 位点映射和片段组装。讨论了使用经验自由能作为目标函数。由于方法学的快速发展,大多数新方法仅在有限数量的应用上进行了测试,并且可能会改进更传统的计算或图形工具获得的结果。
建筑物 / 停车场接送点缩写 AI RSO 前的 AI 马蹄形停车位 A&I 校友游客中心 Canyon Crest Dr. 上的建筑物前面 AVC 艺术大楼 艺术大楼楼梯旁的装卸码头 ARTS Bannockburn South BB South 停车场中途 BBS Bannockburn North Bannockburn RSO 前面的 60 分钟停车位 BBN Batchelor Hall 停车场 11 号装卸码头 BACHL 书店 Pedals Bike Shop 旁边的停车场 19 号 BOOKSTR Bourns Hall Winston Chung Hall 前面的切口 BRNHL Boyce Hall SOM 教育装卸码头在最近的 SOM Scotty's 停车位 BOYCHL 校园健康中心 校园健康中心附近的残疾人停车位 CHC CHASS 跨学科停车场 19 号停车位 PE 大楼和 CHASS 大楼旁边的角落 INTN Chung Hall Winston Chung Hall 前面的切口 CHUNG Costo Hall Costo Hall 和学生服务大楼之间 COSTHL 计算与通信 C&C 前面建筑物内 9 号地块 C&C 昆虫学 11A 号地块内,位于 SOM 和昆虫学之间 ENTOM 昆虫学研究博物馆 11A 号地块内,位于 SOM 和昆虫学之间 ENTM MUS 法尔柯克学生公寓 峡谷顶入口处的停车位 法尔柯克基因组学 11A 号地块在通往建筑物的右侧人行道处 GENOME 地质学 Winston Chung 大厅前的切口 地质学 Glen Mor I Pentland Way 环路 Scotty's GLENM Glen Mor II Glen Mor II RSO 前面的服务车辆停车位 GLENM2 温室 11 号地块装卸码头 GRNHSE 总务处(温室)8 号地块 - 停车场内,靠近 HDHSE Hinderaker Hall 标志处 Hinderaker Hall 装卸码头 HINDHL 人力资源部 UV 剧院前面 HR 人文学科 通过 Sproul 门臂的服务车辆停车位 HMNSS 国际村(位于 Everton Pl.)国际村停车场的残疾人专用停车位 INTER VILL 演讲厅19 号停车场,位于残疾人专用停车位旁 UNLH 生命科学学院 Rivera 装卸码头,位于第二个门臂旁 LS 1500 Lothian 14 号停车场,位于 RSO LOTHIAN 材料科学与工程学院 Aberdeen 门前,位于 MSE 岔道旁 MSE 医学院 SOM 教育装卸码头,位于最靠近 SOM Scottys MED SCH Oban 学生公寓车道,靠近 Canyon Crest 的住房服务车辆停车位 OBAN Olmsted Hall 经过 Rivera 门,位于 Olmstead 和 Rivera 图书馆之间的黄色上锁大门旁 OLMHL Orbach 科学图书馆 位于 Campus Dr. 人行横道旁 SCI LIB 停车场 01 位于售货亭旁边的装卸区 LOT 01
担保 项目担保 承包商(Safegate 集团或子公司)在此担保下列产品或系统不会发生重大故障或性能大幅下降,其性能标准已在项目合同中规定。本担保应根据项目合同于特定日期开始,并于特定日期结束。 承包商向委托人(客户、代理或分包商)担保,承包商根据上述项目合同所进行的所有工作和供应的所有货物将: • 至少达到合同所要求的质量和标准;并且 • 工艺精良、全新且具有适销品质;并且 • 适用于所需的用途。 根据项目合同,所有材料和工艺均保证在成功完成现场验收测试 (SAT) 之日起十二 (12) 个月内或自发货之日起十八 (18) 个月内(以先到者为准)不会出现缺陷和故障。项目经理 Safegate Group 子公司成员 产品/系统保修 Safegate Group 保证,由 Safegate Group 或其授权代表出售的 Safegate Group 产品/系统的性能符合以下标准要求: • ICAO:附件 14 第 I 卷第 5.3.16、5.3.19 段,适用于 CAT I、II、III。 • FAA:L-852C/K AC
