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果蝇中转录起始位点的注释
引入尽管居住在具有高重复密度的域中，但果蝇Melanogaster muller f元素基因还是在与正念基因相同的定量范围内表达（Riddle等人。2012）。比较Muller F和D元素基因的转录起始位点（TSS）附近的基序的类型和分布可以帮助阐明使Muller F元素基因在异性域中起作用的因素。主题分析的第一步是产生TSS的高质量注释，以定义搜索保守基序的区域。TSS的比较注释比编码区域的注释更具挑战性，因为5'和3'未翻译区域（UTR）的发展比编码区域更快，并且提供了支持注释的外部证据较少。例如，大多数基因查找器仅预测编码区域，而RNA-seq读取覆盖率数据通常没有提供足够的证据来推断TSS的精确位置。因此，与编码区域的注释相比，TSS的注释具有更高的不确定性程度。在某些情况下，我们可能只能定义一个可以找到TSS的基因组区域。本演练将说明使用D. biarmipes muller f element Project contig35 [8月。 2013（GEP/DOT）组件]。
果蝇睾丸生态裂干细胞
图2：果蝇睾丸中的干细胞生态位。褐色：轮毂细胞HC。蓝色：种系干细胞GSC。绿色：囊肿干细胞CYSC。红色：区分生殖细胞。棕色：囊肿。利基位于睾丸管的远端。种系干细胞和囊肿干细胞已连接并增殖，并由几个组成“轮毂”的细胞锚定。区分时，一组一组分化的种系细胞与两个囊肿细胞形成复合物。囊肿充当区分生殖细胞的容器，该容器经历了细胞分裂，构成了囊肿中包含的精子祖细胞的包装。这种发展由持续细胞分裂的箭头指示（续）。
没有证据表明果蝇中跨代免疫启动
大多数生物都在病原体恒定和反复接触，从而导致持久的自然选择，以实现更有效的抗击感染方法。这可能包括基于内存的免疫的演变，以增加几代人内部和几代人反复遇到的病原体的保护。有不同的证据表明在非魔力脑中缺乏抗体介导的脊椎动物的抗体特征的非魔力。在这项工作中，我们在孕产妇挑战10种不同细菌病原体的果蝇果蝇（Drosophila Melanogaster）的成人后代进行了跨代免疫释放。我们专注于索菲拉（Sophila）的自然机会性病原体，涉及从10％到100％的宿主死亡率范围。我们通过化粪池损伤感染了飞蛾，并测试了成年后代对感染的耐药性增强，以抑制细菌增殖和存活感染的能力。我们将母亲纳入了每个测试的细菌的四个类别：那些幸存的感染，那些屈服于感染的人，无菌伤害的控制和无受伤的控制。我们没有发现任何一类母亲响应任何细菌的跨代启动的证据。
最先进的 CRISPR 技术用于果蝇体内和细胞研究
一百多年来，果蝇（Drosophila melanogaster）一直是生物和生物医学研究的有力模型生物，因为它与人类有许多遗传和生理相似之处，并且可以使用复杂的技术来操纵其基因组和基因。果蝇研究界迅速采用了 CRISPR 技术，自首次在果蝇中发表成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 以来的 8 年里，他们探索并创新了诱变、精确基因组工程等方法。此外，由于寿命短和遗传学的便利性，果蝇成为体内应用和改进快速发展的 CRISPR 相关 (CRISPR-Cas) 工具的理想试验场。在这里，我们回顾了 CRISPR 试剂输送方面的创新、切割和同源定向修复 (HDR) 效率的提高以及标准 Cas9 方法的替代方案。虽然重点主要放在体内系统上，但我们也描述了果蝇培养细胞的作用，它既是评估新 CRISPR 技术过程中不可或缺的第一步，也是全基因组 CRISPR 池筛选的平台。
果蝇先天免疫中的效应子特异性和功能
过去五年来，我们对果蝇先天免疫的理解取得了重大进展，这得益于两项变革性技术——基因组编辑和全基因组关联研究——以及从感染后病原体生长和宿主存活的平行研究中获得的见解。因此，研究人员已经鉴定出新的和必要的效应物，改写了抗菌肽的个体和集体作用，并确定了随机变异和持续感染是微生物感染的共同特征。我们在此重点关注果蝇对细菌或真菌病原体的可诱导无细胞反应。鼓励对其他昆虫的先天免疫、肠道和其他器官的防御、细胞免疫或抗病毒机制感兴趣的读者查阅有关这些主题的最新评论 [ 1 – 6 ]。
成年果蝇中央大脑的连接组和分析
Louis K. Scheffer 1* , C. Shan Xu 1 , Michal Januszewski 2 , Zhiyuan Lu 1,3 , Shin-ya 1 Takemura 1 , Kenneth J. Hayworth 1 , Gary B. Huang 1 , Kazunori Shinomiya 1 , Jeremy 4 Maitin-Shepard 2 , Stuart Berg 1 , Jody Clements. 1, Philip Hubbard 1, William Katz 1, 5 Lowell Umayam 1, Ting Zhao 1, David Ackerman 1, Tim Blakely 2, John Bogovic 1, Tom 6 Dolafi 1, Dagmar Kainmueller 1¶, Takashi Kawase 1, Khaled A. Khairy 1**, Laramie 7 Leavitt , Peter H. Li 2 , Larry Lindsey 2 , Nicole Neubarth 1†† , Donald J. Olbris 1 , Hideo 8 Otsuna 1 , Eric T. Trautman 1 , Masayoshi Ito 1,4 , Jens Goldammer 1,5 , Tanya Wolff 1 , 9 Robert Svirskas 1 , Philipp Schlegel 9 , Erika R Neace 1 , Christopher J. Knecht, Jr. . 1 , 10 chelsea x. alvarado 1 , Dennis A. Bailey 1 , Samantha Ballinger 1 , Jolanta Borycz 3 , 11 Brandon S. Caninino 1 , Natasha Cheatham 1 , Bry 1 Kelli fairbanks 1 , saantha finley 1 , Nora Forknall 1 , 13 Audrey Francis 1 , Gary Patrick Hopkins 1 , Emily M. Joyce 1 , Sungjin Kim 1 , Nicole A. 1 , Charli Maldonado 1 , 15 Emily A. Manley 1 , Sari mclin 3 , Caroline Morone 1 , Miatta ndama 1 1 1 , Omotara 16 Ogundeyi 1 , nneoma christoph Ler Paterson 1 , Elliott E. Phillips 1 , Emily M. Phillips 1 , neha 18 Rambally 1 , Caitlin Ribeiro 1 , Madelaine k Robertson 3 , Jon Thomson rymer 1 , sean 19 M. Sc. , Shinomya 1 , 20 Claire Smith 1 , Ketsey Smith 1 , Natalie L. Smith 1 , Margaret A. Sobeski 1 , alia 21 Suleiman 1 , Jackie Sweft Mour Tokhi 1 , John J. Walsh 1 , tansy yang 1 , Jane Anne Horne 3 , 23 Feng Li 1 , Ruchi Parekh 1 , Patricia K. Rivlin 1 , Vek Jayaraman 1 , kei itto 1,4,5 1,3 , Gerald M. Rubin 1 , Harald F. 25 Hess 1 , Viren Jain 2 , Stephen M. Plaza 1
果蝇的效用作为真菌感染模型
机会性真菌感染的全球影响很长一段时间（1）。然而，随着慢性和免疫抑制健康状况的增加，包括艾滋病毒/艾滋病，癌症，囊性纤维化和糖尿病，抗菌治疗和侵入性程序，使个人容易受到机会性感染的影响，这些感染的影响变得更加明显（1，2）。真菌通过直接感染宿主或通过其继发代谢产物，霉菌毒素，可能污染环境，食品和空气的颜料引起疾病（3）。这种疾病负担从超级到侵入性真菌感染范围，估计每年为100亿患者，每年死亡> 150万人死亡（2，4）。这些感染是由长期识别的病原体（如曲霉和白色念珠菌）（5-7）引起的，如Eumyycetoma（8、9）等被忽视的热带疾病以及新出现的病原体，例如念珠菌（10，11）。随着晚期分子和细胞生物学技术的发展，正在更详细地研究真菌致病性和毒力因子（12-14）。然而，随着新颖有效的抗真菌疗法的发展仍然不足，真菌威胁继续增长（15、16）。在2022年，世卫组织发布了WHO
从果蝇Melanogaster制备基因组DNA
从果蝇中的基因组DNA制备该方案可以从40-100 mg的成年蝇（蝇重约1 mg）中分离出高度纯的基因组DNA。首先，在核保持完整的条件下，蝇是在缓冲液中磨碎的，然后使用SDS将DNA从断裂的组织中释放出来。接下来，进行常规的苯酚提取（去除蛋白质）和氯仿提取（去除苯酚），并用乙醇沉淀核酸。离心后（去除脂质和小细胞分子），将核酸沉淀溶解并用rnasea（降解RNA）和蛋白酶K（降解rNASEA和其他蛋白质）串行消化。其他苯酚/氯仿沉淀和乙醇沉淀产生高度纯化的基因组DNA。我们的目标是完整的基因组DNA - 避免通过过度的移液和涡旋剪切DNA。1。将50个成年果蝇放入装有微型植物的1.5 mL微管中，并在500 µl的缓冲液中彻底磨碎A。用500 µl的缓冲液B冲洗杵，将冲洗液加入匀浆中；通过反转微管轻轻混合。在37°C下孵育1小时2。切断P1000微量移动尖端的尖端，然后使用它将匀浆（500 µL）的一半转移到第二个微管中。苯酚通过在每个管，帽和混合物中添加相等的体积（500 µL）Te饱和苯酚来提取样品。离心5分钟。3。使用截止P200尖端将透明顶层（水相）绘制为两个新的微管（每个微管）。避免绘制接口材料。离心5分钟。4。5。通过在每个管，帽和混合物中添加等体积（500 µl）苯酚的苯酚来重新提取样品。使用截止P200尖端将透明顶层（水相）绘制为两个新的微管（每个微管）。避免绘制接口材料。氯仿通过在每个管，帽和混合物中添加等体积（500 µl）的氯仿提取样品。离心1分钟。使用截止尖端将透明顶层（水相）绘制为两个新的微管（每个微管）。将NaCl添加到0.1m的最终浓度。乙醇通过在每个微管中添加2卷（〜850 µl）的EtOH来沉淀您的样品；轻轻混合。观察核酸的沉淀。将微管放在-20°C过夜以鼓励沉淀。6。离心10分钟。丢弃上清液；短暂地干燥SpeedVac中的颗粒（将显示使用）。7。如下，将样品组合到单个微管中。然后，使用截止P200尖端将500 µl TE缓冲液加到一个管中
虚拟苍蝇大脑——果蝇的交互式图谱......
作为一种模型生物，果蝇在帮助我们理解大脑如何控制复杂行为方面具有独特的贡献。它不仅具有复杂的适应性行为，而且还具有独特强大的遗传工具包、日益完整的中枢神经系统密集连接组图谱和快速增长的细胞类型转录组谱。但这也带来了一个挑战：鉴于可用数据量巨大，研究人员如何查找、访问、整合和再利用 (FAIR) 相关数据，以便开发电路的综合解剖和分子图像、为假设生成提供信息并找到用于测试这些假设的实验试剂？虚拟蝇脑 (virtual fly brain.org) 网络应用程序和 API 为这个问题提供了解决方案，它使用 FAIR 原理整合神经元和大脑区域的 3D 图像、连接组学、转录组学和试剂表达数据，涵盖幼虫和成虫的整个中枢神经系统。用户可以通过文本搜索、单击 3D 图像、按图像搜索和按类型（例如多巴胺能神经元）或属性（例如触角叶中的突触输入）查询，按名称、位置或连接性搜索神经元、神经解剖学和试剂。返回的结果包括可在链接的 2D 和 3D 浏览器中浏览或根据开放许可下载的交叉注册 3D 图像，以及从文献中整理的细胞类型和区域的详细描述。这些解决方案具有可扩展性，可以涵盖脊椎动物中类似的图谱和数据集成挑战。