虚拟苍蝇大脑——果蝇的交互式图谱......
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作为一种模型生物,果蝇在帮助我们理解大脑如何控制复杂行为方面具有独特的贡献。它不仅具有复杂的适应性行为,而且还具有独特强大的遗传工具包、日益完整的中枢神经系统密集连接组图谱和快速增长的细胞类型转录组谱。但这也带来了一个挑战:鉴于可用数据量巨大,研究人员如何查找、访问、整合和再利用 (FAIR) 相关数据,以便开发电路的综合解剖和分子图像、为假设生成提供信息并找到用于测试这些假设的实验试剂?虚拟蝇脑 (virtual fly brain.org) 网络应用程序和 API 为这个问题提供了解决方案,它使用 FAIR 原理整合神经元和大脑区域的 3D 图像、连接组学、转录组学和试剂表达数据,涵盖幼虫和成虫的整个中枢神经系统。用户可以通过文本搜索、单击 3D 图像、按图像搜索和按类型(例如多巴胺能神经元)或属性(例如触角叶中的突触输入)查询,按名称、位置或连接性搜索神经元、神经解剖学和试剂。返回的结果包括可在链接的 2D 和 3D 浏览器中浏览或根据开放许可下载的交叉注册 3D 图像,以及从文献中整理的细胞类型和区域的详细描述。这些解决方案具有可扩展性,可以涵盖脊椎动物中类似的图谱和数据集成挑战。

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