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案例报告：一种与妊娠糖尿病，先天性高胰岛素和二氮氧化物超敏反应相关的新型HNF1A变体
植物病原体代表着对农作物生产的持续威胁，并且对全球粮食安全造成了重大障碍。在感染过程中，这些病原体时空将大量效应子部署到破坏宿主防御机制和/或操纵细胞途径，从而促进定植和感染。然而，除了它们在发病机理中的关键作用外，某些效应子（称为气相（AVR）效应子）可以直接或通过植物耐药性（R）蛋白直接或间接感知，从而导致种族特异性抗性。对复杂的AVR-R相互作用的深入了解对作物的遗传改善和保护它们免受疾病的影响至关重要。agnaporthe oryzae（m。oryzae）是水稻爆炸疾病的病因，是一种异常毒性和毁灭性的真菌病原体，可引起50多种单子叶植物物种的爆炸疾病，包括经济上重要的农作物。rice-M。Oryzae病态系统是AVR效应子功能解剖及其与R蛋白和水稻中其他靶蛋白相互作用的主要模型，这是由于其科学的优势和经济意义。在阐明AVR效应子在大米和Oryzae之间相互作用中的潜在作用方面取得了显着进步。本综述全面讨论了Oryzae AVR效应子的最新进步，并通过与感染过程中水稻中相应的R/靶标蛋白的相互作用进行了特定的重点。此外，我们通过利用M. Oryzae AVR效应子获得的结构见解来审议工程R蛋白的新兴策略。
Rho GTPases及其效应蛋白
使用的缩写：ACK，激活的CDC42相关酪氨酸激酶； GEF，鸟苷核苷酸交换因子； PH，Pleckstrin同源性； DH，DBL同源性； PIP 2，磷脂酰肌醇4,5-双磷酸；间隙，GTPase激活蛋白； GDI，鸟苷核苷酸解离抑制剂； SRF，血清反应因子； NF-κB，核因子κB； Jnk，c-jun n末端激酶；婴儿床，cdc42/rac-Interactive结合； REM，Rho ectector同源性； RKH，ROK – Kinectin同源性； MLC，肌球蛋白轻链； PI-4-P5K，磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶； GTP [s]，鸟嘌呤5« - [γ -thio]三磷酸； MAP激酶，有丝分裂原激活的蛋白激酶； MLK，混合细胞激酶； ACC，反平行线圈； BTK，布鲁顿的酪氨酸激酶； MBS，肌球蛋白结合亚基； ERM，Ezrin/radixin/Moesin; FH，形态学；黄蜂，Wiskott-Aldrich-Syndrome蛋白；波浪，黄蜂样的垂直蛋白质蛋白； lim激酶； EGF，表皮生长因子； TNFα，肿瘤坏死因子α； Mekk，地图激酶激酶激酶； PAK，P21激活的激酶； PKN，蛋白激酶N； MRCK，肌发育症激酶相关的CDC42结合激酶。1应向谁致辞（电子邮件Anne.bishop！ucl.ac.uk）。
通过一种创新的效应方法方法鉴定了针对小菜的抗leptosposphaeria maculans涉及的主要基因。
L. maculans是一种植物致病的真菌，负责菜籽（甘蓝纳普斯）上的茎溃疡。其感染周期正在经历叶片感染的“早期”阶段，以及茎的无症状定植的“晚期”阶段，最终导致茎溃疡。遗传抗性是控制这种疾病的主要方法，几种质量抗性基因识别了在感染的“早期”阶段表达的空白基因。我们选择关注在茎定植期间表达的“晚”效应子，因为我们假设这些效应子可以触发茎中的定量抗性，这将对病原体施加较小的选择压力，并且更耐用。
合成的III-E CRISPR-CAS效应子用于可编程RNA靶向
摘要III-E型CRISPR-CAS效应子类的最新发现重塑了我们对CRISPR-CAS进化和分类的基本理解。III-E型效应子由几个类似CAS7的结构域和一个类似CAS11的域自然融合在一起的单个多肽组成，能够编程靶向和降解RNA。在这里，我们确定了由III-e型效应子组成的新颖组成，该效应子由Cas7样和类似Cas1的域组成，可以设计成具有活性的嵌合RNA靶向CAS效应器，并在RNA靶向中呈现Cas1的新功能。此外，我们通过有条不射的III-E型蛋白质之间的域来证明III-E型效应子的独特模块化，以设计紧凑的合成CAS效应子。我们完善了为哺乳动物细胞中可编程RNA靶向的几个紧凑效应子的方法。cas7-s代表了对III-E型结构和模块化的一种新理解，并为来自自然的蓝图提供了工程基因组工程技术的平台。
通过裂解 CRISPR RNA 编程的 V 型 Cas12a 效应子进行有效的靶向切割
1 斯科尔科沃科学技术学院生命科学中心，莫斯科 143026，俄罗斯，2 UMR7156 - 分子遗传学、基因组学、微生物学，斯特拉斯堡大学和法国国家科学研究中心 (CNRS)，斯特拉斯堡 67000，法国，3 罗格斯新泽西州立大学瓦克斯曼微生物研究所，皮斯卡塔韦 08854，美国，4 白俄罗斯国家科学院物理有机化学研究所生物共轭化学实验室，明斯克 220072，白俄罗斯，5 库尔恰托夫基因组学中心，国家研究中心“库尔恰托夫研究所”，莫斯科 123098，俄罗斯，6 莫斯科罗蒙诺索夫国立大学生物学院，莫斯科 119991，俄罗斯和 7 俄罗斯科学院基因生物学研究所精准基因组编辑和生物医学遗传技术中心科学院，莫斯科 119334，俄罗斯
Hippo 通路末端效应物 TAZ/WWTR1 介导 p53 功能正常的结肠癌细胞对奥沙利铂的敏感性
© 作者 2024。开放存取本文根据知识共享署名 4.0 国际许可进行授权，允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您给予原作者和来源适当的信任，提供知识共享许可的链接，并指明是否做了更改。本文中的图片或其他第三方资料包含在文章的知识共享许可中，除非资料的致谢中另有说明。如果资料未包含在文章的知识共享许可中，且您的预期用途不被法定规定允许或超出允许用途，则需要直接从版权所有者处获得许可。要查看此许可证的副本，请访问 http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。知识共享公共领域贡献豁免（http://creativecom‑mons.org/publicdomain/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非数据来源中另有说明。
爆炸效应子PWL2是一种毒力因子，可修饰宿主蛋白HIPP43的细胞定位以抑制免疫
。cc-by-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2025年1月9日。 https://doi.org/10.1101/2024.01.20.576406 doi：Biorxiv Preprint
染色质构象的原发性骨关节炎软骨细胞图揭示了新型候选效应基因
抽象目标骨关节炎是一种复杂的疾病，具有巨大的公共卫生负担。基因组广泛的关联研究（GWAS）已经鉴定出数百个骨关节炎相关的序列变体，但是这些信号支撑的效应基因在很大程度上仍然难以捉摸。了解三维（3D）空间中的染色体组织对于以组织方式（例如，基因和调节元件之间的遥远基因组特征（例如，基因和调节元素之间）之间的长距离接触至关重要。在这里，我们生成了原发性骨关节炎软骨细胞的第一个整个基因组染色体构象分析（HI-C）图，并确定了该疾病的新型候选效应基因。方法从8例膝关节骨关节炎患者收集的原发软骨细胞进行了HI-C分析，以将染色体结构与基因组序列联系起来。然后将鉴定的环与骨关节炎GWAS结果和来自原发性膝关节骨关节炎软骨细胞的表观基因组数据结合在一起，以通过增强子启动子相互作用来鉴定与基因调节有关的变异。结果，我们确定了与77个骨关节炎GWAS信号相关的染色质环锚固中的345种遗传变异。例如，PAPPA与胰岛素类似生长因子1（IGF-1）蛋白的周转直接相关，而IGF-1是修复受损软骨细胞受损的重要因素。结论我们构建了第一张原代人软骨细胞的高图，并将其作为科学界的资源提供。Ten of these variants reside directly in enhancer regions of 10 newly described active enhancer- promoter loops, identified with multiomics analysis of publicly available chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP- seq) and assay for transposase- accessible chromatin using sequencing (ATAC- seq) data from primary knee chondrocyte cells, pointing to two new candidate effector genes SPRY4 and PAPPA（妊娠与血浆蛋白A）以及对已知参与骨关节炎的基因SLC44A2的进一步支持。通过将3D基因组学与大规模的遗传关联和表观遗传学数据相结合，我们确定了骨关节炎的新型候选效应基因，从而增强了我们对疾病的理解，并可以作为假定的高价值新型药物靶标。
多种果蝇幼虫造血器官表现出效应胱天蛋白酶活性和DNA损伤反应
1882 年，埃利·梅契尼科夫 (Élie Metchnikoff) 在海星幼虫中发现了巨噬细胞，这种细胞通过吞噬外来物质来破坏外来物质。他将这一过程描述为吞噬作用 (Underhill 等人，2016)。后续研究表明，巨噬细胞在整个后生动物中都得到了保留，在调节发育、组织修复、体内平衡和先天免疫方面表现出额外的功能 (Lazarov 等人，2023；Park 等人，2022)。在三胚层动物中，吞噬细胞由于开放的循环系统而穿过体腔并清除细胞碎片或病原体 (Maheshwari，2022；Banerjee 等人，2019)。在哺乳动物中，常驻组织巨噬细胞在早期胚胎阶段从卵黄囊和红细胞-髓系前体细胞发育而来，并在整个生命过程中具有自我更新能力。单核细胞衍生的巨噬细胞也与快速补充的组织有关，例如肠道（Lazarov 等人，2023；Lee & Ginhoux，2022；Park 等人，2022）。在从单细胞生物进化到高度复杂的脊椎动物的过程中，巨噬细胞的作用和吞噬过程在很大程度上保持了下来（Yutin 等人，2009）。然而，吞噬巨噬细胞分化的潜在机制仍不清楚。