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巨型基因很少见，但与细胞壁降解有关掠食性细菌
在整个生命之树中，基因长度各不相同，但大多数的长度不超过几千个碱基对。最大的蛋白质经常报告是约40,000个AA真核生物滴定。甚至更大的蛋白质可能发生在快速扩展的元基因组衍生序列中，但是它们的存在可能会因组装碎片而掩盖。在这里，我们利用基因组策展来完成元基因组衍生的序列，该序列编码了高达85,804 AA的预测蛋白质。总体而言，这些发现阐明了与巨型蛋白质有关的巨大知识差距。尽管预测的蛋白质> 30,000 aa的蛋白质发生在细菌的门中，例如坚硬和静脉细菌，但它们在CA中最常见。全硝基，超小细菌，采用掠夺性生活方式。所有全长巨型基因编码众多跨膜区域，大多数编码不同的SECA死解旋酶结构域。需要在蛋白质子区域的计算机结构预测中识别未经注释的蛋白质段中的结构域，并揭示了与附着和碳水化合物降解有关的推定域。在新的完整和接近完全完整的全硝基化基因组中，许多巨型基因都与与II型分泌系统同源的基因以及碳水化合物进口系统非常接近。这与域含量结合使用，建议
宏基因组和病毒编码的CRISPR系统组件中的Bathyarchaeia病毒多样性
Bathyarchaeia代表了一类古细菌常见，并且在沉积生态系统中丰富。在这里，我们报告了56个在不同环境的宏基因组中鉴定出的谷胱甘肽病毒的元基因组组装基因组。基因共享网络和系统基因组学分析导致了四个病毒家族的提议，包括Realms Duplodnaviria和Adnaviria的病毒，以及古细菌特异性的纺锤形病毒。基因组分析这些病毒中发现了各种CRISPR元素。拟建家族“ Fuxiviridae”的病毒带有非典型类型IV-B CRISPR-CAS系统和Cas4蛋白，可能会干扰宿主免疫。Viruses of the family “ Chiyouviridae ”encode a Cas2-like endonuclease and two mini-CRISPR arrays, one with a repeat identical to that in the host CRISPR array, potentially allowing the virus to recruit the host CRISPR adaptation machinery to acquire spacers that could contribute to competition with other mobile genetic elements or to inhibit host defenses.这些发现提出了Bathyarchaeia Virome的轮廓，并瞥见了其反防卫机制。
病毒学的年度审查多样化的抗疾病防御能力是预言和移动遗传因素的普遍评论
被称为噬菌体的细菌病毒依靠其宿主进行复制，因此在进化时期建立了亲密的伙伴关系。温带噬菌体的表面可以建立一种慢性感染，其中其基因组保持在被称为预言的静止状态下，与细菌宿主的存活紧密结合。因此，预言编码了一种多样化的反舞蹈防御武器库，以保护它们和它们的细菌宿主，使它们免受进一步的噬菌体感染。同样，与预言相关元件（例如噬菌体诱导的染色体岛屿）的生存和成功直接与细菌宿主的表面和成功息息相关，并且还显示它们编码了许多反舞蹈防御。在这里，我们描述了由预言和与预言有关的移动遗传元素编码的反义辩护的当前知识。
使用物理系统的能量状态编码双量子比特逻辑状态和量子运算
摘要：本文介绍了一种新颖的编码方案，该方案允许单个量子系统对多量子比特寄存器进行编码。这可以更有效地利用资源，并在设计量子系统时节省成本。该方案基于使用通过在半导体材料中引入杂质形成的离散能谱的电荷自由度来编码逻辑量子态的概念。我们提出了一种执行单量子比特操作和受控双量子比特操作的机制，提供了一种使用由 Rabi 振荡产生的适当脉冲来实现这些操作的机制。使用 IBM 的 Armonk 单量子比特量子计算机模拟上述架构，将两个逻辑量子态编码为 Armonk 量子比特的能量态，并使用自定义脉冲执行一量子比特和两量子比特量子操作。
![arXiv:2210.06661v5 [quant-ph] 2025 年 1 月 14 日](/simg/g:\will\search\icon\source\2\2e27e4da944a3e3fc6c4a296a0aab0fdf74e1449.webp)
arXiv:2210.06661v5 [quant-ph] 2025 年 1 月 14 日
在各种量子纠错码 (QECC) 中，非稳定器码具有丰富的特性，具有理论和实际意义。然而，解码非稳定器码是一项非常艰巨的任务。在本文中，我们表明，Calderbank-Shor-Steane (CSS) 码的解码电路可以直接扩展以处理一般的 QECC。扩展的关键在于使用与要解码的 QECC 相关的一对经典量子 (CQ) 码。所提出的解码电路的解码误差取决于 CQ 码的经典解码误差及其互补程度。我们在黑洞信息悖论的玩具模型中展示了解码电路的强大功能，与之前的结果相比，解码误差有所改善。此外，我们揭示了黑洞动力学可能以最佳方式编码量子信息，但对经典信息的编码效果很差。
符号和心理程序：关于人类奇点的假设
自然语言通常被视为解释人类认知奇点的唯一因素。相反，我们认为人类拥有多种内部思维语言，类似于计算机语言，它们对各个领域（数学、音乐、形状……）的结构进行编码和压缩。这些语言依赖于不同于传统语言区域的皮质回路。每种语言都有以下特点：（i）使用一小组符号对某个领域进行离散化，（ii）将它们递归组合成对具有变化的嵌套重复进行编码的心理程序。在各种基本形状或序列感知任务中，所提出的语言中的最小描述长度可以捕捉人类行为和大脑活动，而非人类灵长类动物数据则由更简单的非符号模型捕捉。我们的研究支持人类思维的离散符号模型。