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文章 带稳定性增强器的无尾飞机增量反步滑模轨迹控制
摘要：本文提出了一种增量反步滑模 (IBS) 控制器，用于无尾飞机的轨迹控制，该飞机具有未知的干扰和模型不确定性。所提出的控制器基于无尾飞机的非线性动力学模型。提出了一种稳定性增强器 (SE)，它限制了虚拟控制输入的速率和幅度。稳定性增强器由两层组成。当虚拟控制输入接近边缘时，第一层 SE 将被激活以修改轨迹跟踪误差；当虚拟控制输入超过边缘时，第二层 SE 将降低控制增益以确保虚拟控制输入尽快落在边缘内。借助 SE，增量控制方法可以扩展到外环控制，而无需考虑内环系统的动态特性。此外，提出了一种状态导数的自适应估计器，与 IBS 一起，使控制器表现出出色的鲁棒性。最后，给出了两个仿真结果。第一次仿真表明系统对外界干扰和模型不确定性不敏感，第二次仿真证明了SE的有效性。
鉴定免疫相关增强子RNA SATB1-AS1是胸腺癌预后的新型生物标志物
。CC-BY 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以显示预印本（未通过PEER REVIVE的认证）Preprint Preprint the版权所有此版本，该版本于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.13.25322204 doi：medrxiv preprint
使用机器学习将跨哺乳动物的增强子遗传变异与复杂表型相关联
*通讯作者。ikaplow@cs.cmu.edu（i.m.k.）; apfenning@cmu.edu（a.r.p.）。†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。•目前的地址：美国马萨诸塞州剑桥市史丹利精神病学研究中心。§§地址：美国华盛顿州西雅图的艾伦脑科学研究所。¶刊登地址：美国马萨诸塞州剑桥大学的癌症计划。#Present地址：美国爱荷华州爱荷华州法学院，美国爱荷华州，美国。**动物联盟合作者和分支机构在本文的结尾列出。作者贡献：I.M.K.，A.J.L。和D.E.S.以姓氏为单位的顺序被列为联合第一作者，因为它们对手稿也同样贡献。概念化：I.M.K。和A.R.P.数据策划：I.M.K.，C.S.，B.N.P.，A.J.L.，W.K.M.，K.F。和D.P.G.正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P. 资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P. 方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P. 监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F. 可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P.资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P.方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P.监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F.可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P.手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S.手稿评论和编辑：所有作者。
对基于 CRISPR 的转录激活因子进行系统比较，揭示增强子-启动子相互作用的基因调控特征
基于核酸酶失活 CRISPR/Cas (dCas) 的系统已成为一种强大的技术，可以综合重塑人类表观基因组和基因表达。尽管这些平台的采用越来越多，但它们的相对效力和机制差异尚未完全表征，特别是在人类增强子-启动子对中。在这里，我们系统地比较了最广泛采用的基于 dCas9 的转录激活因子，以及由与人类 CBP 蛋白催化核心融合的 dCas9 组成的激活因子，以及人类增强子-启动子对。我们发现这些平台在不同人类细胞类型中显示出不同的相对表达水平，并且它们的转录激活效率因效应域、效应子募集结构、靶位点和细胞类型而异。我们还表明，每种基于 dCas9 的激活剂都可以诱导增强子 RNA (eRNA) 的产生，并且这种 eRNA 诱导与同源启动子的下游 mRNA 表达呈正相关。此外，我们使用基于 dCas9 的激活剂来证明人类增强子和启动子之间可以存在内在的转录和表观遗传互惠性，并且可以通过将基于 dCas9 的转录激活剂靶向增强子来合成驱动增强子介导的下游启动子的追踪和参与。总之，我们的研究为增强子介导的人类基因表达控制和基于 dCas9 的激活剂的使用提供了新的见解。
一套增强子 AAV 和转基因小鼠系，用于 1 基因访问皮质细胞类型 2
Yoav Ben-Simon, 1,4 Marcus Hooper, 1,4 Sujatha Narayan, 1,4 Tanya Daigle, 1,4 Deepanjali Dwivedi, 1 Sharon W. 4 Way, 1 Aaron Oster, 1 David A. Stafford, 2 John K. Mich, 1 Michael J. Taormina, 1 A. Refugio, 1 A. Martina-Jamena. R. Roth, 1 Shona Allen, 2 Angela Ayala, 1 Trygve E. Bakken, 1 Tyler Barcelli, 1 Stuard Barta, 1 6 Jacqueline Bendrick, 1 Darren Bertagnolli, 1 Jessica Bowlus, 1 Gabriella Boyer, 1 Krissy Brouner, 1 Brittny Casian, 1 7 Chara Chair, Chara Rush, 1 Chara Rush. barty, 1 Rebecca K. Chance, 2 Sakshi Chavan, 1 Maxwell 8 Departee, 1 Nicholas Donadio, 1 Nadezhda Dotson, 1 Tom Egdorf, 1 Mariano Gabitto, 1 Jazmin Garcia, 1 Amanda 9 Gary, 1 Molly Gasperini, 1 Jeffry Goldy, 1 1 Blanche, 1 Lucas Gregory, No. . 1 Francoise Haeseleer, 1 10 Carliana Halterman, 1 Olivia Helback, 1 Dirk Hockemeyer, 2 Cindy Huang, 1 Sydney Huff, 1 Avery Hunker, 1 Nelson 11 Johansen, 1 Zoe Juneau, 1 Brian Kalmbach, 1 Shannon Khem, 1 Emily Kuckel, 1 Lar Rasen, 1 12 Changkyu Lee, 1 Angus Y. Lee, 2 Madison Leibly, 1 Garreck H. Lenz, 1 Elizabeth Liang, 1 Nicholas Lusk, 1 Jocelin 13 Malone, 1 Tyler Mollenkopf, 1 Elyse Morin, 1 Dakota Newman, 1 Lydia Ng, 1 Kiet Ngoste, 1 1 Victoria Oman, 14 h Pham, 1 Christina A. Pom, 1 Lydia Potekhina, 1 Shea Ransford, 1 Dean Rette, 1 Christine 15 Rimorin, 1 Dana Rocha, 1 Augustin Ruiz, 1 Raymond EA Sanchez, 1 Adriana Sedeno-Cortes, 1 Joshua P. Sevigny, 1 Nadi Lava, 16 Lyvalomi Ana R. Sigler, 1 La' Akea Siverts, 1 Saroja Somasundaram, 1 Kaiya 17 Stewart, 1 Eric Szelenyi, 1 Michael Tieu, 1 Cameron Trader, 1 Cindy TJ van Velthoven, 1 Miranda Walker, 1 Natalie 18 Weed, 1 Morgan Wirlin, 1 Toren Wood, 1 Toren Wood, 1 Zilda o, 1 Thomas Zhou, 1 Jeanelle Ariza, 1 Nick 19 Dee, 1 Melissa Reding, 1 Kara Ronellenfitch, 1 Shoaib Mufti, 1 Susan M. Sunkin, 1 Kimberly A. Smith, 1 Luke 20 Esposito, 1 Jack Waters, 1 Bargavi Thyagarajan, 1 Yaqin , 1 Shenq , 1 Sheng Leng . Boaz P. Levi, 1 John 21 Listen, 2,3 Jonathan Ting, 1 Bosiljka Tasic 1,5,* 22
增强子网络的复杂性可预测单细胞多组学分析揭示的细胞身份和疾病基因
洪丹妮是厦门大学生命科学学院的博士生。林红丽是厦门大学生命科学学院的研究生。刘丽芳是厦门大学生命科学学院的研究生。舒木雅是中国科学院遗传与发育生物学研究所的博士后研究员。戴建武是中国科学院遗传与发育生物学研究所的教授。卢发龙是中国科学院遗传与发育生物学研究所的教授。佟梦莎是厦门大学生命科学学院的助理教授。黄嘉良是厦门大学生命科学学院的教授。收稿日期：2022 年 8 月 17 日。修订日期：2022 年 10 月 21 日。接受日期：2022 年 10 月 24 日 © 作者 2022。牛津大学出版社出版。保留所有权利。如需许可，请发送电子邮件至：journals.permissions@oup.com
增强子侵染推动了爱泼斯坦 - 巴尔病毒阳性鼻癌中非活性B室的致瘤激活
chiba千叶大学医学院分子肿瘤学系，260-8670，日本b，b耳鼻喉科和颈部外科，卡纳泽大学医学科学研究生院，卡纳泽大学，卡纳泽瓦，伊希卡瓦，伊希卡瓦，伊西卡瓦，日本920-8640，日本c奇巴，chiba c chibib and chiba，chiba chiba，chiba chiba，260-2600000000于期。 Nanyang Technological University生物科学，新加坡Nanyang Drive 60号，637551，新加坡E E. Otorhinolaryngology/Head and Neck手术，Hamamatsu大学医学研究生院，Shizuoka Hamamatsu大学医学院研究生院 Chiba, 260-8670, Japan g Cancer Science Institute of Singapore, National University of Singapore, 14 Medical Drive, Singapore, 117599, Singapore h Department of Haematology-Oncology, National University Cancer Institute, Singapore, 5 Lower Kent Ridge Road, Singapore, 119074, Singapore i Department of Pharmacology, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Blk MD3, 16 Medical Drive, Singapore, 117600, Singapore j Cancer and Stem Cell Biology Program, Duke-NUS Medical School, Singapore, 169857, Singapore k Cancer Science Institute of Singapore, Centre for Translational Medicine, National University of Singapore, Singapore, 117599, Singapore l Institute of Molecular and Cell Biology, Agency for Science, Technology and Research (A*STAR), 61 Biopolis Drive, Proteos，新加坡，138673，新加坡
一个共享的古老增强子元件差异地调节果蝇腿部发育过程中的 bric-a-brac 串联基因重复
基因复制和转录增强子的出现/修饰被认为对动物进化过程中表型创新做出了巨大贡献。尽管如此，人们对基因复制后增强子如何进化以及调控信息如何在复制基因之间重新连接知之甚少。果蝇 bric-a-brac (bab) 复合体由串联旁系同源基因 bab1 和 bab2 组成，为解决这些问题提供了范例。我们之前描述了一种调节发育足中 bab2 表达的基因间增强子 (名为 LAE)。我们在此显示直接与 LAE 结合的 bab2 调节子也控制跗骨细胞中的 bab1 表达。通过 CRISPR/Cas9 介导的基因组编辑切除 LAE 表明，这种增强子似乎参与了 bab1 和 bab2 在腿部组织中共表达，但并不是严格必需的。相反，LAE 增强子对于沿近端-远端足轴的旁系同源物特异性 bab2 表达至关重要。染色质特征和表型挽救实验表明，LAE 功能部分冗余，腿特异性调控信息与 bab1 转录单元重叠。系统基因组学分析表明 (i) bab 复合体起源于 Cyclorrhapha dipteran 亚系早期祖先单基因的复制，以及 (ii) LAE 序列在 Brachycera 亚目中很早就已进化固定，因此早于基因复制事件。这项工作为增强子提供了新的见解，特别是关于它们的出现、维持和进化过程中的功能多样化。
快速肌球蛋白超级增强子通过与肌球蛋白基因的竞争性相互作用决定肌纤维表型
成年肌纤维的收缩特性由其肌球蛋白重链异构体含量决定。在这里，我们通过 snATAC-seq 鉴定出重组快速肌球蛋白基因的位点上有一个 42 kb 的超级增强子。通过 4C-seq，我们发现活性快速肌球蛋白启动子通过 DNA 环路与该超级增强子相互作用，导致每个细胞核中单个启动子的激活。包括超级增强子的位点彩虹小鼠转基因模型重现了成年快速肌球蛋白基因的内源性时空表达。通过 CRISPR/Cas9 编辑原位删除超级增强子表明其在控制相关快速肌球蛋白基因方面发挥了重要作用，而删除位点上的两个快速肌球蛋白基因表明启动子对共享超级增强子存在积极竞争。最后，通过破坏快速肌球蛋白的组织，我们发现肢体骨骼肌内的位置异质性，这可能是某些肌病中选择性肌肉易受损伤的原因。