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单元类型的合成增强剂的定向设计
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糖皮质激素诱导增强剂的通量筛选......
压力暴露与多种精神疾病风险增加有关。压力对个体的长期影响可能受到遗传变异的影响。使用大规模并行增强子分析，我们确定了位于基因调控元件中的遗传变异，这些元件调节对糖皮质激素（一种主要应激激素）的转录组反应。这些变异富含与精神疾病和神经行为特征相关的变异，并影响精神疾病患者死后大脑中发生改变的转录本。此外，这些遗传变异与生理应激反应的变化有关。总之，这表明这些功能性遗传变异可能与精神病理学有因果关系，可能是通过影响生理应激反应和应激反应性大脑转录来实现的。
心脏再生需要的损伤响应性MMP14B增强子
哺乳动物的心脏再生能力有限，而斑马鱼具有非凡的再生。在斑马鱼心脏再生期间，内皮细胞可促进心肌细胞周期再入和肌肌的修复，但是负责促进损伤微环境有助于再生的机制仍未完全定义。在这里，我们将基质金属蛋白酶MMP14B识别为心脏再生的主管调节剂。我们确定了斑马鱼和小鼠心脏损伤引起的TEAD依赖性MMP14B内皮增强子，我们表明增强子是再生所必需的，这支持了MMP14B上游的河马信号的作用。最后，我们表明，小鼠中的MMP-14功能对于Agrin的积累很重要，Agrin是新生小鼠心脏再生的基本调节剂。这些发现揭示了促进心脏再生的细胞外基质重塑的机制。
使用深度学习的建模胰岛增强剂可以确定与T2D和血糖性状相关的基因座的候选因果变异。
遗传关联研究已经确定了数百个与2型糖尿病（T2D）和相关性状相关的独立信号。尽管取得了这些成功，但鉴定遗传关联信号基础的特定因果变异仍然具有挑战性。在这项研究中，我们描述了一种深度学习（DL）方法，以分析序列变体对增强子的影响。专注于胰岛（T2D相关组织），我们表明我们的模型学习了胰岛特异性转录因子（TF）调节模式，可用于优先考虑候选因果变体。在与T2D和相关血糖性状相关的101个遗传信号中，在链接不平衡中发生多种变体，我们的方法提名每个关联信号的单个因果变体，包括先前显示的三种变体在胰岛含量与含量的细胞类型中改变了报告基因的活性。对于与血糖水平相关的另一个信号，我们使用胰岛β细胞系中的统计细胞映射测试所有候选因果变异，并显示出对模型定位变体TF结合的等位基因影响的生化证据。为了帮助未来的研究，我们公开分发了约6700万个遗传变异的模型和胰岛增强子扰动分数。我们预计，本研究中提出的DL方法将增强候选因果变异的优先级，用于功能研究。
使用机器学习将跨哺乳动物的增强子遗传变异与复杂表型相关联
*通讯作者。ikaplow@cs.cmu.edu（i.m.k.）; apfenning@cmu.edu（a.r.p.）。†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。•目前的地址：美国马萨诸塞州剑桥市史丹利精神病学研究中心。§§地址：美国华盛顿州西雅图的艾伦脑科学研究所。¶刊登地址：美国马萨诸塞州剑桥大学的癌症计划。#Present地址：美国爱荷华州爱荷华州法学院，美国爱荷华州，美国。**动物联盟合作者和分支机构在本文的结尾列出。作者贡献：I.M.K.，A.J.L。和D.E.S.以姓氏为单位的顺序被列为联合第一作者，因为它们对手稿也同样贡献。概念化：I.M.K。和A.R.P.数据策划：I.M.K.，C.S.，B.N.P.，A.J.L.，W.K.M.，K.F。和D.P.G.正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P. 资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P. 方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P. 监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F. 可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P.资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P.方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P.监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F.可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P.手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S.手稿评论和编辑：所有作者。
识别和表征增强子元素，这些元素控制造血期间细胞类型特异性和依赖性染色质编程
已显示出发生在称为拓扑相关的域（TADS）的定义的染色体位置中[在（1）中进行了综述]，其中TF复合物将基因组内大距离的控制元素汇集在一起[（2）]。在发育中的胚胎中，调节转录复合物和基因表达的组装/拆卸的TFS是由复杂的外部信号传导过程指导的，这些信号传导过程将多细胞生物体中的所有细胞连接到其环境中。细胞对细胞信号传导是由特定的配体诱导的，例如激活其同源受体分子的生长因子。在结合其各自的配体和激活后，诱发了细胞内信号传导级联反应，通常会诱发噬菌体，最终在诱导的TFS处终止并调节其活性。因此，细胞生长和分化的调节涉及细胞外部和内在过程的精确和协调的相互作用。数十年来，造血系统的发展已被用作研究细胞命运决策和基因调控的分子基础的模型，因此，它是最佳理解的发育途径之一。在脊椎动物中，胚胎造血是产生造血干细胞（HSC）的过程。这些细胞位于造血等级的顶部，具有自我更新并产生成人生物体中所有成熟的血细胞类型的能力（3）。此外，HSC可以维持生命并补充血液系统的组成部分（4）。ESC源自胚泡的内部细胞质量（ICM）（8-10）。在操作上，HSC被定义为可提供辐照成人受体的整个造血系统的长期重构的细胞（5）。一种实验模型，对造血规范的分子细节产生了重要的见解是将胚胎干细胞（ESC）分化为血液（6,7）。然而，到目前为止，在这种系统中产生的血液祖细胞无法产生长期的造血重建。控制这些细胞形成及其正确基因表达模式的精确信号在很大程度上难以捉摸。了解信号传导和细胞环境如何指导ESC与HSC的分化非常重要，因为能够产生能够引起体外血液成分的大量HSC的能力将具有显着的治疗和生物技术值[（11,12 evey in（11,12）]]。要实现这一目标，我们需要知道HSC
线粒体DNA中氧化链的命运
增强子在基因调节中起着至关重要的作用，对于介导与复杂性状相关的非编码遗传变异的影响至关重要。增强子活性是由转录因子（TFS），表观遗传学机构和遗传变异的细胞类型特异性术。尽管TFS和增强剂之间存在牢固的机械联系，但我们目前缺乏在细胞类型的基因调节网（GRN）中共同分析它们的框架。同样重要的是，我们缺乏一种公正的方法来讲述推断GRN的生物学意义，因为没有完整的地面真理。为了解决这些差距，我们提出了Granie（基因调节网络推断，包括增强剂）和Granpa（基因调节网络绩效分析）。granie（https://git.embl.de/grp-zaugg/granie）基于跨样品的染色质可及性和RNA-Seq的协变（例如个体），而Granpa（https：//git.embl。de/grp-Zaugg/granpa）评估了GRNS的性能，以预测细胞类型的特异性差异表达。我们通过研究巨噬细胞对感染，癌症和包括自身免疫性疾病（自身免疫性疾病的常见遗传特征的反应的基因调节机制）的基因调节机制来揭示其能力。最后，我们的方法将TF PURA识别为炎性巨噬细胞极化的推定调节剂。
CHD 相关增强子塑造人类心肌细胞...
摘要增强子协调基因表达程序，驱动多细胞发育和谱系承诺。因此，增强子的遗传变异被认为通过改变细胞命运承诺而导致发育疾病。然而，虽然已经鉴定出许多含有变异的增强子，但内源性测试这些增强子对谱系承诺的影响的研究却很少。我们进行了单细胞 CRISPRi 筛选，以评估与先天性心脏缺陷 (CHD) 遗传研究有关的 25 种增强子和假定的心脏靶基因的内源性作用。我们鉴定出 16 种增强子，它们的抑制会导致人类心肌细胞 (CM) 分化缺陷。重点 CRISPRi 验证筛选显示，抑制 TBX5 增强子会延迟从中期到晚期 CM 状态的转录转换。两个 TBX5 增强子的内源性遗传缺失表型复制表观遗传扰动。总之，这些结果确定了心脏发育的关键增强子，并表明这些增强子的错误调节可能导致人类患者出现心脏缺陷。
人类获得的心脏增强剂与物种特异性的心脏属性有关
心脏是发育最先的重要器官，它已经调整了其大小、结构和功能，以适应各种动物的循环需求。尽管心脏发育由相对保守的转录/染色质调节器网络控制，但人类心脏如何进化出物种特异性特征以维持足够的心输出量和功能仍有待确定。在这里，我们通过比较表观基因组分析展示了在心脏发生过程中在人类中获得活性的增强子和启动子的识别。这些顺式调节元件 (CRE) 与参与心脏发育和功能的基因相关，可能解释了人类和小鼠心脏之间的物种特异性差异。支持这些发现的是，与人类心脏表型/疾病特征相关的遗传变异，特别是人类和小鼠之间的差异，
2023; 19（4）：1036-1048。 doi：10.7150/ijbs.78535回顾超增强剂作为消化系统肿瘤中治疗靶标的新兴作用
1。中国北部大学Xiangya医院药房，PR CHINE PR SHA 410007。2。国家临床研究中心，中国北部大学江西医院国家临床研究中心，理性和安全药物实践研究所，中国公关410007。3。中央南大学第二木医院药房；临床药学研究所，中国南部大学，中国公关410011。4。匈奴新型药物制剂研究和开发的主要实验室，长沙医科大学，长沙，410219，公关中国。5。病理学系，第二千叶医院，中央南大学，公关410011，中国。6。中国南部大学Xiangya医院的肝胆管和肠道外科手术系，Changsha 410007，PR中国。