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植物病原体重编程主机替代mRNA剪接
替代剪接（AS）是真核生物中进化保守的细胞过程，其中从单个基因中产生了多个Messenger RNA（mRNA）转录本。随着增加转录组复杂性和蛋白质组多样性的概念，它引入了一种新的观点，以理解植物病诱导的宿主变化作为原因疾病。最近，人们已经认识到，在寄生，共同和符号相互作用期间代表了植物免疫系统的组成部分。在这里，我提供了最近的进展概述，详细介绍了植物病的重编程以及疾病表型的功能性影响。此外，我讨论了免疫受体在调节植物免疫中的重要功能，以及phy-topathogen如何使用效应子蛋白来靶向剪接机械的关键成分，并利用免疫调节剂的交替剪接变体来否定防御反应。最后，在植物 - 病原体界面的背景下，AS和废话介导的mRNA衰变之间的功能关联被概括。
剪切流下的超螺旋环聚合物
自由度必须适应外部应力。除了材料的透视外，非平衡超螺旋DNA聚合物的特性涉及另外两个高度活跃的研究领域。首先，圆形DNA是自然发现的，以（通常是超涂层的）细菌质量，10个真核生物的10个外肌体DNA，11个锥虫型锥虫DNA 12,13的锥虫DNA 12,13和超级涂层的段和超级涂层的段也已被悬挂在不同的建筑和功能范围内。14超串联本身可以通过调节对不同区域的访问来影响基因表达15或DNA代谢16。在生物学环境中，DNA分子通常也不受平衡，受到通过分子电机的作用而产生的流量和应力，并诱导非平衡构象17和动力学18，而动力学18又会影响生物学功能。19
一个高质量的基因组和两个针对新的梅托纳斯种类的转录组数据集，这是一个深部的真核生物
mantamonads被认为代表了真核生物树中的“孤儿”谱系，可能在真核生物根部最常假定的位置附近分支。最近的系统基因分析将它们与“ crums”超组的一部分以及胶状果糖和核纤维相同。这个超组似乎是在氨甲基底部分支的，这对于理解真核生物的深层进化历史至关重要。但是，缺乏代表性物种和与之相关的完整基因组数据阻碍了其生物学和进化的研究。在这里，我们隔离并描述了两种新的Mantamonads，Mantamonas vickermani sp。nov。和mantamonas sphyraenae sp。nov。，对于我们生成的转录组序列数据以及后者的高质量基因组。Sphyraenae基因组的估计尺寸为25 MB；我们的从头组装似乎是高度连续的，并具有9,416个预测的蛋白质编码基因。这个近染色体规模的基因组组装是CRUMS超级组的第一个描述。
病原体诱导的mA动态影响植物免疫力
由腺嘌呤 N 6 位甲基化 (N 6 -甲基腺苷 [m 6 A]) 介导的 mRNA 转录后调控对植物的转录组调控具有重大影响。针对真核生物的重点研究让我们得以一窥 m 6 A 在发育和疾病状态下所控制的过程。然而，我们缺乏对植物生物胁迫期间 m 6 A 的动态和调控潜力的了解。在这里，我们全面研究了 m 6 A 对拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 病原体信号传导的短期和长期反应的影响。我们证明缺乏 m 6 A 的植物对细菌和真菌病原体感染的抵抗力更强，并且免疫反应发生了改变。此外，在病原体信号鞭毛蛋白之前和之后，m 6 A 沉积在参与防御和免疫的转录本上是特异性协调的。因此，m 6 A 对特定应激反应转录本的动态调节与这些转录本的丰度和裂解变化相关。总体而言，我们表明 m 6 A 甲基化组在模拟和活性病原体应激之前和期间受到调节，并在正常生长和病原体反应的协调和平衡中发挥作用。
真核SMC蛋白在每个DNA处诱导-0.6的扭曲...
真核生物携带三种类型的结构性维持（SMC）蛋白复合物，冷凝蛋白，粘着素和SMC5/6，它们是ATP依赖性运动蛋白，通过DNA环挤出重塑基因组。SMCS调制DNA超螺旋，但仍未完全了解如何实现这一目标。在这里，我们提出了一个单分子磁性镊子测定法，该测定法直接测量每个回路 - 分解步骤中单个SMC诱导的扭曲程度。我们证明，所有三个SMC复合物都将相同的较大的负扭曲（即，链接数变化δk k k k占-0.6在每个回路 - 排除步骤中）中的挤压循环，与步长大小无关。使用ATP-Hydrolsyssys突变体和不可用的ATP类似物，我们发现ATP结合是ATPase循环期间的扭曲诱导事件，它与产生力的环路 - 分解步骤相吻合。所有三种真核SMC蛋白诱导相同数量的扭曲表明这些SMC复合物中常见的DNA环境解开机制这一事实。
DNA 损伤和修复的原因和后果
摘要：无法修复受损的 DNA 会严重损害任何生物体的完整性。在真核生物中，DNA 损伤反应 (DDR) 在细胞核内以非随机方式在染色质（一种紧密组织的 DNA-组蛋白复合物）中起作用。因此，染色质会协调各种细胞过程，包括修复。在这里，我们检查 DNA 损伤之前、期间和之后的染色质状况，重点关注双链断裂 (DSB)。我们研究染色质在修复过程中是如何被修改的，不仅在受损区域周围（顺式），而且在全基因组范围内（反式）。最近的证据突出了一个复杂的状况，其中不同的染色质参数（硬度、压缩度、环）被暂时修改，为 DDR 的每个特定阶段定义“代码”。我们说明了 DDR 的一个新颖的方面，其中染色质修饰有助于 DSB 损伤染色质以及未损伤染色质的移动，从而确保 DSB 的动员、聚集和修复过程。
埃尔卡米诺学院课程记录大纲
比较和对比真核生物和原核生物中的 DNA 复制。Bio 110- 描述 DNA 的结构及其复制过程。Bio 110H 讨论转录和翻译的起始、延长和终止。提供综合概述并解释从 DNA 到 RNA 再到蛋白质的信息流的重要性。Bio 110- 详细解释细胞中的转录和翻译过程。Bio 110H- 详细解释细胞中的转录和翻译过程。比较和对比 DNA 和 RNA 的结构和功能。Bio 120- 识别和描述动物结构并将它们与功能联系起来。Bio 120H- 识别和描述动物结构并将它们与功能联系起来。描述蛋白质的基本组成部分——氨基酸。Chem 7A- 对于所有主要类别的有机化合物，学生将识别特定化合物所属的功能团和类别，并为给定类别制定具体示例。化学 7A-对于任何给定的有机化合物，学生将通过绘制和标记分子内的分子几何形状来描述和说明其结构和键合。
R2逆转座子N末端结构域的保守和不同的DNA识别特异性和功能
R2非长末端重复（非LTR）逆转录子是多细胞真核生物中分布最广泛的移动遗传元件之一，并且对在人类基因组的转基因补充中的应用显示出希望。他们以精致的特异性将新基因插入28S核糖体DNA中的保守位点。r2进化枝是由逆转录子编码的蛋白的N末端的锌指（ZF）数量定义的，该蛋白被认为是为添加赋予DNA位点特异性的。在这里，我们阐明了进化枝之间的R2 N末端结构域的DNA识别的一般原则，并具有广泛的，具体的识别，仅需要一个或两个紧凑型域。DNA结合和保护测定法证明了广泛共享以及进化枝特异性的DNA相互作用。基因插入测定识别足以用于目标位点插入的N末端结构域，并揭示了进化枝特异性ZFS中第二链裂解或合成中的作用。我们的结果对理解非LTR逆转录座插入机制的进化多样化以及基于逆转录座子的基因疗法的设计具有意义。
crispr：基于基因编辑的医学的旅程
Abstract CRISPR（群集定期间隔短的短质体重复）是生物工具的标志之一，被认为是基因组编辑的有效且充满希望的替代方法。基于CRISPR的技术的进步已经通过编辑套件来授权专业人士，从而使他们能够利用自己的知识来删除，更换和最近的“基因手术”，并在广泛的物种中对基因进行了独特的控制，并且大概是在人类中。这些快速增长的技术具有高强度和灵活性，并且正在成为一种适应性的工具，该工具具有改变有机体的基因组并容易用于染色质操纵的实现。除了CRISPR在基因组工程和现代生物学中的普及外，该主要工具还授权了科学的突破性发现和方法论进步。随着科学家正在开发新的实验类型，一些应用程序正在提出有关CRISPR可以实现的问题的问题。基于证据的研究的结果强烈表明，CRISPR正在成为基因组工程的实用工具，并创建了转基因的真核生物，这是建立有关科学社区新的监管问题的准则所需的。
NTA 入学考试大纲 (1).pdf
1. 进化及其机制 2. 生物分子的结构和功能、原核和真核细胞结构、细胞周期、细胞信号传导和信号转导 3. 生化原理：pH、缓冲液、生物能学、糖酵解、氧化磷酸化、偶联反应、基团转移、生物能量转换器、酶学、碳水化合物、脂质、氨基酸核苷酸和维生素的代谢。 4. 孟德尔遗传、核酸的结构和功能、原核生物和真核生物的复制、转录、翻译及其调控机制 5. 免疫学：先天、体液和细胞介导免疫；抗原；抗体的结构和功能、免疫学原理的应用、疫苗、诊断学。 6. 应用生物学：重组 DNA 技术：限制和修饰酶；载体；质粒、cDNA和基因组DNA文库、聚合酶链反应、转基因动物和植物、分子诊断和菌株鉴定方法7.生态学及其原理：环境、生态系统生态学保护生物学、污染8.基本技术的原理和应用：显微镜、离心、电泳、色谱法