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CRISPR-CAS9编辑和转录组的联合单细胞分析揭示了广泛的脱靶事件及其对基因表达的影响
具有CRISPR-CAS9的基因组工程中的长期障碍一直无法衡量Cas9编辑结果及其在单细胞分辨率下的功能效应。在这里，我们提出了Superb-Seq，这是一种利用T7原位转录和单细胞RNA测序的新技术，以共同测量靶向靶标Cas9编辑及其对基因表达的影响。我们在10,000 k562细胞上进行了高级seq，靶向了四个用七个引导RNA的染色质重塑基因。Superb-Seq在所有七个目标站点和其他36个非目标位点上确定了11,891个编辑事件。尽管选择了七个指南的高特异性，但其中有六个导致靶向脱靶编辑，频率从0.03％到18.6％的细胞范围不等。在USP9X的第一个内含子中，明显的脱靶编辑破坏了该基因的表达和超过150个下游基因。总而言之，由于罕见和常见的编辑事件的结合，CAS9非目标是普遍存在的，主要发生在靶向基因的内含子内，并且可以对基因表达产生广泛的影响。Superb-Seq使用现成的套件，标准设备，并且不需要病毒，这将使全基因组CRISPR屏幕能够在不同的细胞类型中以及与临床相关的指南的功能表征。
使用优化的yarrowia脂溶液表达系统
yarrowia lipolytica是异源蛋白质产生的替代酵母。Based on auto-cloning vectors, a set of 18 chromogenic cloning v ectors w as dev eloped, each containing one of the excisa b le auxotr ophic selecti v e markers URA3 e x, LYS5 e x, and LEU2 e x, and one of six different promoters: the constitutive pTEF, the phase dependent hybrid pHp4d, and the来自PEYK1和PEYL1 deri v ati v es的红氨酸诱导启动子。这些V eTor允许提高感兴趣基因的克隆速度。同时，通过废除细丝并引入了赖氨酸（LYS-）的合理性，开发了一种新的RPROT受体菌株JMY8647，这是基因工程的附加标记。使用此克隆str at gy，这是根茎的最佳靶向序列，如确定。与用野生型ROL信号序列相比，在八个靶向序列中，SP6信号序列在脂肪酶活性中提高了23％。使用杂种Ythritol-inducib le pr opters phu8eyk和peyl1-5ab（1.9和2.2次）与constituti v e ptef pr emoter进行比较时，使用YTHRITOL-Inducib le premoters phu8eyk和Peyl1-5ab（Peyl1-5ab）进行。 两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。。两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。
1个标题LRP2在黑色素瘤中的表达与...
Anders Etzerodt 1，Jakob S. Pedersen 3,4,6，Russell W. Jenkins 7.8.9，SørenE. Degn 1，SørenK. Moestrup 1，Anders Etzerodt 1，Jakob S. Pedersen 3,4,6，Russell W. Jenkins 7.8.9，SørenE. Degn 1，SørenK. Moestrup 1，
鉴定合适的QPCR参考基因，用于在Duchenne肌肉营养不良的BL10-MDX和D2-MDX小鼠模型中归一化基因表达
Duchenne肌肉营养不良（DMD）是一种X连锁疾病，是由DMD基因突变引起的，导致逐渐浪费肌肉和无力。目前无法治愈DMD。BL10-MDX小鼠是临床前DMD研究中最常用的模型，但与DMD患者相比，它表现出温和的疾病表型，从而限制了研究的可转换性。较新的D2-MDX小鼠在很小的时候就具有更严重的表型，并且可以更好地概括人类疾病。将这些小鼠模型与定量RT-PCR，稳定且可靠的参考基因进行比较是必不可少的。We aimed to evaluate the stability and reliability of a panel of nine candidate reference genes ( Actb, Ap3d1, Gapdh, Hmbs, Htatsf1, Pak1ip1, Rpl13a, Sdha and Zfp91 ) in the gastrocnemius, diaphragm and heart of mice from both strains and their corresponding wild types aged 4 to 52 weeks.使用Genorm，最佳门将，三角肌和Normfinder分析数据。我们发现HTATSF1，PAK1IP1和ZFP91是合适的参考基因，用于在营养不良和健康小鼠中基因表达的标准化，无论组织类型或年龄如何。在我们的手中，ACTB，GAPDH和RPL13A不适合作为参考基因，表现出组织，年龄或疾病特定的表达变化。这项研究强调了选择合适的参考基因的重要性，因为它们的稳定性在特定的实验设置之间可能有所不同。
探索生物活性化合物起源：分析基因簇标记与埃塞俄比亚sof umer洞穴中的生物合成有关
EBI2受体的内源配体，氧化酚7α，25OHC，至关重要的免疫反应，受CH25H，CYP7B1和HSD3B7酶的细节调节。淋巴样细胞和T细胞卵泡中的卵泡树突状细胞保持7α，25OHC的梯度，基质细胞增加，树突状细胞降低了其浓度。该梯度对于淋巴组织中适当的B细胞定位至关重要。在多发性硬化症的动物模型中，实验性自身免疫性脑脊髓炎，7α的水平，25OHC迅速增加了中枢神经系统的迅速增加，驱动EBI2通过血脑屏障（BBB）表达免疫细胞的迁移。要探索脑中的血管细胞是否表达这些酶，我们检查了正常的小鼠脑微孔塞尔，并研究了它们在炎症过程中表达的变化。EBI2在内皮细胞，周细胞/平滑肌细胞和星形胶质细胞端层中大量表达。CH25H，CYP7B1和HSD3B7在每种细胞类型中都被多样检测，这表明它们在氧化酚7α，25OHC合成和在不同条件下的梯度维持和梯度维持。在EBI2中出现了明显的物种特异性差异以及小鼠和人类BBB形成细胞之间的酶水平。在急性炎症条件下，EBI2和合成酶调节下发生在大脑中，基于酶的大小和方向。最后，在体外星形胶质细胞迁移模型中，CYP7B1抑制剂氯吡唑以及EBI2拮抗剂NIBR189抑制了脂多糖诱导的细胞迁移，表明EBI2及其在炎症下脑细胞迁移的脑细胞迁移中的配体受到了侵略。
人乳头瘤病毒DNA和p16在年轻法国患者的头部和颈部鳞状细胞癌中的表达
抽象目标：人乳头瘤病毒（HPV）是头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的危险因素，该癌症目前正在全球范围内增加。与45岁患者相比，HNSCC患者的HPV DNA和P16表达的患病率<45岁。方法：自2005年以来在贝斯卡孙大学医院出席的39名患者在这项回顾性研究中包括了HNSCC。HPV DNA，并使用石蜡嵌入的组织通过免疫组织化学确定p16表达。包括来自贝斯卡恩大学医院的38名45岁患者的匹配组。结果：HPV感染的总体患病率为11.7％。HPV16是4/39和5/38例患者中唯一检测到的基因型，而P16分别在6/39和4/38岁的患者中表达了<45岁和45岁。HPV16是4/39和5/38例患者中唯一检测到的基因型，而P16分别在6/39和4/38岁的患者中表达了<45岁和45岁。
非生物胁迫如何影响植物中的基因表达 -
当前的环境和气候变化对植物 - 病因相互作用的结果有明显的影响，进一步强调了非生物应力强烈影响各级生物相互作用。例如，生理参数（例如植物结构和组织组织）以及原发性和专业的代谢受环境限制的影响，并且这些结合使单个植物成为给定病原体的或多或少适合的宿主。此外，非生物应力会影响植物防御和病原体毒力的及时表达。的确，几项研究表明，温度的变化以及水和矿物营养物的可用性会影响植物防御基因的表达。毒力基因的表达（已知对于疾病爆发至关重要）也受环境条件的影响，可能会修饰现有的病原体，并为新兴的病原体铺平道路。在这篇综述中，我们总结了我们当前对植物和相互作用病原体一侧转录水平上生物相互作用的影响的知识。我们还对非生物和生物胁迫的四种不同组合进行了元数据分析，该组合鉴定了197个常见的调制基因，其基因本体论术语中具有强烈富集的基因。我们还描述了选定的防御相关基因的多元素特定响应。
胰腺癌中 ANGPTL4 过表达的转录组学和功能分析提名逆转化学耐药性的靶点
摘要 胰腺导管腺癌 (PDAC) 是根据五年生存率得出的最致命癌症之一。了解化学耐药性可以制定新的治疗策略来改善患者的预后。肿瘤中高水平的 ANGPTL4 与胰腺癌的不良预后相关。我们发现 ANGPTL4 过表达会导致体外对吉西他滨产生耐药性并缩短患者的生存时间。ANGPTL4 的过表达会诱导肿瘤侵袭和转移、增殖和分化以及抑制细胞凋亡的转录特征。为了更好地了解 ANGPTL4 如何导致耐药性并探索它是否可能成为有用的治疗靶点，我们测量了 ANGPTL4 过表达或敲低的细胞的转录反应。我们还测量了吉西他滨治疗对这些细胞的影响。这些分析揭示了与 ANGPTL4 激活和吉西他滨反应相关的基因的重叠特征。患者 PDAC 组织中该标记基因表达增加与患者生存期缩短显著相关。我们确定了 42 个与 ANGPTL4 共同调控且对吉西他滨治疗有反应的基因。ITGB4 和 APOL1 就是其中之一。在过表达 ANGPTL4 的细胞系中敲低这两个基因可逆转观察到的吉西他滨耐药性并抑制与上皮间质转化 (EMT) 和 ANGPTL4 过表达相关的细胞迁移。这些数据表明 ANGPTL4 促进 EMT 并调节基因 APOL1 和 ITGB4。重要的是，我们表明抑制这两个靶标可逆转化学耐药性并降低迁移潜力。我们的研究结果揭示了调节肿瘤对治疗反应的新途径，并提出了胰腺癌的相关治疗靶点。
优先考虑多囊肾病药物靶点，并从囊前和囊性小鼠模型基因表达逆转中重新利用候选药物
1. 美国阿拉巴马州伯明翰市阿拉巴马大学赫尔辛克医学院细胞、发育和整合生物学系 2. 美国佐治亚州梅肯市默瑟大学生物医学科学系 3. 美国肯塔基州列克星敦市肯塔基大学医学院 4. 美国阿拉巴马州伯明翰市阿拉巴马大学赫尔辛克医学院外科系 5. 美国阿拉巴马州伯明翰市阿拉巴马大学赫尔辛克医学院医学系 * 通讯作者：bnp0001@uab.edu
基因表达式 - 诊断和...
基因表达分析已彻底改变了癌症诊断和治疗领域，从而更深入地了解驱动肿瘤发生的分子机制。这些测定法同时测量了数千个基因的活性，从而提供了对单个肿瘤分子特征的见解。在个性化医学中，基因表达测定对于根据其癌症的独特遗传特征来调整治疗疗法至关重要。本文探讨了基因表达测定在癌症诊断，其在个性化医学中的应用以及这些技术的挑战和未来前景[1]。