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基于DSA的增强现实引导的大脑动脉旋转...
摘要增强现实（AR）已成为各个医学领域的宣传技术。1 2在大脑动脉畸形（BAVM）手术的背景下，AR提供了增强手术可视化并改善程序性准确性的潜力。3 4 5 6本报告旨在探索在神经外科混合动力室中AR引导的BAVMS切除BAVMS中IV对比度注射（IV-DSA）的数字减法血管造影（DSA）的应用。基于IV-DSA的AR指导手术的工作流程是切除BAVM的四个主要组成部分：（1）通过i-Flow量身定制或多相扫描（德国西门子）获取源图像； （2）使用SmartBrush软件（Brainlab，Westchester，Illinois，USA）在工作站中标记目标； （3）使用Brainlab曲线导航系统； （4）使用Zeiss Kinevo（AG，德国）合并微观AR融合。在视频1中，我们显示了整个工作流程，并在混合动力手术室中介绍了I-Flow量身定制的IV-DSA数据采集。总而言之，基于IV-DSA的增强现实是BAVM手术的创新技术。
关于 microRNA 引导基因调控特异性的新视角及其对转录因子和 RNA 结合蛋白的潜在推广
过去 20 年来，我们对基因调控特异性的认识发生了深刻变化。以前，人们认为调控因子控制着少数基因，通过“钥匙和锁”机制以精确的特异性识别。但最近，对调控因子结合位点占有率（无论是在 DNA 还是 RNA 靶标上）的全基因组探索揭示了每个研究调控因子的大量分子靶标列表。如此差的生化特异性表明每个调控因子控制许多基因，共同影响生物表型。在这里，我提出了第三种模型，即调控因子的生物特异性仅部分归因于“钥匙和锁”生物化学。相反，调控因子在微观尺度上影响许多基因，但大多数相互作用的生物学后果在中观尺度上被减弱：只有少数调控事件从微观传播到宏观尺度，其他调控事件因稳态机制而变得无关紧要。该模型得到了 microRNA 文献的充分支持，数据表明它扩展到其他调控因子。它一方面调和了来自生物化学和比较基因组学的矛盾观察结果，另一方面又调和了来自体内遗传学的矛盾观察结果，但这种概念上的统一却被常见的误解和违反直觉的图形显示模式所掩盖。要深刻理解基因调控，需要澄清概念，以及更适合的统计分析和图形表示。
CTCF：癌细胞中被误导的万事通
癌症的出现和发展伴随着转录程序的失调。人类基因组的三维 (3D) 组织已成为基因转录和调控的重要多级介质。在癌细胞中，这种组织可以重组，为基因活性的失调提供框架。CTCF 蛋白最初被确定为肿瘤抑制基因的产物，是正常细胞中 3D 基因组组织形成的万能工具。在这里，我们总结了 CTCF 如何参与人类基因组的多级组织，并讨论了有关 CTCF 功能和 DNA 结合紊乱如何导致癌细胞中致癌基因激活的新见解，主要是通过增强子劫持的过程。此外，我们重点介绍了 CTCF 的非规范功能，这些功能也可能与癌症的出现有关。最后，我们为计算识别癌细胞中紊乱的 CTCF 结合和重组的 3D 基因组结构提供了指导。 2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章（http://creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。
基于VIRIP的HIV-1进入抑制剂的reaxff引导优化
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月11日发布的此版本中显示在版权所有的此版本中。 https://doi.org/10.1101/2025.02.11.637598 doi：Biorxiv Preprint
对具有生成AI和密度引导的替代状态中的冷冻EM结构进行建模
建模原子坐标为目标冷冻电子显微镜图是结构确定的关键步骤。尽管最近进步，但具有多个功能状态的蛋白质仍然是一个挑战 - 尤其是当某些状态无法使用合适的分子模板时，地图分辨率不足以构建从头模型。这是一种常见的情况，例如，在药理学相关的膜结合受体和转运蛋白中。在这里，我们介绍了一种改进方法，其中i）几个初始模型是通过Alphafold2中多个序列比对（MSA）空间的随机次采样生成的，ii）将对基于结构的聚类进行基于结构的群集，iii）密度引导的分子动力学模拟从中心结构和IV中进行了模型，并在模型中进行了模型。与三种膜蛋白（降钙素受体样受体，L型氨基酸转运蛋白和丙氨酸 - 二孢菌碱转运蛋白）相比，这种方法提高了拟合精度。我们的结果表明，使用生成AI和基于模拟的精炼结合使用的集合结构有助于在几种膜蛋白家族中建立替代状态。
对具有生成AI和密度引导的替代状态中的冷冻EM结构进行建模
建模原子坐标为目标冷冻电子显微镜图是结构确定的关键步骤。尽管最近进步，但具有多个功能状态的蛋白质仍然是一个挑战 - 尤其是当某些状态无法使用合适的分子模板时，地图分辨率不足以构建从头模型。这是一种常见的情况，例如，在药理学相关的膜结合受体和转运蛋白中。在这里，我们介绍了一种改进方法，其中i）几个初始模型是通过Alphafold2中多个序列比对（MSA）空间的随机次采样生成的，ii）将对基于结构的聚类进行基于结构的群集，iii）密度引导的分子动力学模拟从中心结构和IV中进行了模型，并在模型中进行了模型。与三种膜蛋白（降钙素受体样受体，L型氨基酸转运蛋白和丙氨酸 - 二孢菌碱转运蛋白）相比，这种方法提高了拟合精度。我们的结果表明，使用生成AI和基于模拟的精炼结合使用的集合结构有助于在几种膜蛋白家族中建立替代状态。
用扩散桥从头指导的从头制药设计
在药物发现过程中，具有治疗所需生物学靶标的潜力的生物活性药物分子的从头设计是一项艰巨的任务。iSting方法倾向于利用靶蛋白的口袋结构来调节分子的产生。但是，即使是目标蛋白的口袋区域也可能包含冗余信息，因为口袋中的所有原子都构成与配体相互作用的原因。在这项工作中，我们提出了Pharmacobridge，这是一种通过扩散桥产生诱导所需的生物产生性的候选药物设计方法。我们的方法适应了扩散桥，可在SE（3）含量转化的方式下有效地将空间空间中的小麦克层布置转化为分子结构，从而提供了对生成分子上最佳生物化学特征布置的复杂控制。phar-macobridge被证明可以产生与蛋白质靶标具有高结合亲和力的命中率。
MPMRI/TRUS软件融合引导的经透明前列腺活检
抽象背景：为了增强前列腺癌的诊断，多参数磁共振成像（mpMRI）结合了转直肠超声（TRUS）融合引导的活检，已成为一种有希望的技术。这项研究旨在评估其比传统TRUS引导活检的临床益处。方法：在2022年1月至2024年4月之间对83例诊断的患者进行了回顾性分析。患者分为两组：41例进行了mpmri/trus融合引导的活检，而42例进行了传统的TRUS引导活检。两组的基线特征相似，促进了诊断功效和并发症率的直接比较。结果：融合引导组显示出明显更高的临床前列腺癌检测率（21/41 vs. 12/42，p = 0.035）。它还检测到更重要的临床意义病例（20/41 vs. 11/42，p = 0.033）。值得注意的是，融合组的并发症较少，包括没有hematochezia（p = 0.003）或感染的实例（P = 0.012），术后疼痛水平较低（视觉模拟量表得分1.8±0.78 vs. 2.33±1.07，P = 0.012）。结论：在融合引导活检中将mpMRI与TRU的整合提高了检测临床上明显的前列腺癌，减少程序并发症并最大程度地减少患者不适的准确性。这种方法代表了前列腺癌管理的重大进步，从而提高了诊断结果和患者的安全性。
通过弯月面引导涂层方法制备共轭材料
Melissa Richard、Abdulelah Al-Ajaji、Shiwei Ren、Antonino Foti、Jacqueline Tran 等人。通过弯月面引导涂层方法对 π 共轭材料进行大规模图案化。胶体与界面科学进展，2020，275，第102080页。 10.1016/j.cis.2019.102080。 hal-0
自动导向车辆（AGV）和主控件之间通信的接口
描述AGV和主控制器之间通信的标准，因此是将运输系统整合到使用合作运输车辆的连续过程自动化中的基础。通过提高车辆自主权，过程模块和界面以及优选的事件控制命令链的刚性序列，提高了灵活性。根据需要的信息（例如，订单信息），缩短了由于高“插头和播放”功能而导致的实施时间，通常是由中央服务提供的，通常是有效的。车辆应能够与制造商独立于制造商进行实施，并考虑到职业安全的要求。通过使用统一的，总体的协调与所有运输车辆，车辆型号和制造商的相应逻辑，通过使用统一的，总体的协调来降低和增加系统的“插头”功能。使用车辆控制和协调水平之间的共同接口提高制造商的独立性。通过在专有主控制和上级主控制之间实施垂直通信的专有DTS库存系统的集成（参见图1）。