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World File Search SystemlncRNA
使用新的稀疏监督自动编码器神经网络
基于CRISPR的单细胞转录组筛选是有效的遗传工具，可同时评估由一组指南RNA（GRNA）靶向的细胞的表达式，并从观察到的扰动中推断靶基因函数。然而，由于各种局限性，这种方法在检测弱扰动方面缺乏灵敏度，并且在研究主调节器（例如转录因子）时基本上是可靠的。为了克服检测微妙的GRNA诱导的转录组扰动和对响应最快的细胞进行分类的挑战，我们开发了一种新的监督自动编码器神经网络方法。我们稀疏的监督自动编码器（SSAE）神经网络提供相关特征（基因）和实际扰动细胞的选择。我们将此方法应用于基于基于缺氧的长期非编码RNA（LNCRNA）的子集的基于内部单细胞CRISPR干扰（CRISPRI）转录组筛查（CROCPRI）转录组筛选（CROP-SEQ），该子集受缺氧调节的疾病，该疾病在肺腺癌（Lung adenacoarcinoma）（LUAD）的背景下促进了肿瘤的侵略性和耐药性。针对LNCRNA的子集进行了经过验证的GRNA的农作物序列库，并且作为阳性对照，HIF1A和HIF2A（低氧反应的2个主要转录因子）在3、6或24 h期间在正态氧中培养的A549 LUAD细胞中转导的2个主要转录因子。我们首先通过确定在低氧反应的时间开关期间确定其敲低的特定效应，从而验证了HIF1A和HIF2上的SSAE方法。接下来，SSAE方法能够检测出稳定的短缺氧依赖性转录组特征，该特征是由某些LNCRNA候选者的敲低诱导的，表现优于先前发表的
lncRNA测序揭示神经变性 - ...
1在美国德克萨斯州休斯敦休斯敦市卫理公会研究所神经外科中心神经病室中心内的DNA维修研究部； vprovasek@houstonmethodist.org（v.e.p。 ）; mkodavati@houstonmethodist.org（M.K。 ）; whb.bio@gmail.com（H.W.） 2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org1在美国德克萨斯州休斯敦休斯敦市卫理公会研究所神经外科中心神经病室中心内的DNA维修研究部； vprovasek@houstonmethodist.org（v.e.p。）; mkodavati@houstonmethodist.org（M.K。）; whb.bio@gmail.com（H.W.）2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org2，德克萨斯农工大学，德克萨斯州大学站，德克萨斯大学77843，美国3 INSERM，UMR-S1118，MéCanismesCentraux etpériquesde laneuroodégénénénénénénénénénénénénénénénénénénénénedede de strasbourg，crbs，crbs，crbs，crbs，67000 strasberg，frances，弗朗斯，弗朗斯，弗朗西斯; woting.guo@inserm.fr 4 VIB，大脑与疾病研究中心，比利时3000卢文5卢文5卢文脑研究所（LBI），比利时3000卢文6干细胞研究所，开发与再生部，Ku Leuven，3000 Leuven，Belgium，Belgium; ludo.vandenbosch@kuleuven.be Be 7微生物学和免疫学系，德克萨斯大学医学分公司，加尔维斯顿，德克萨斯州77555，美国； sboldogh@utmb.edu 8美国德克萨斯州休斯敦休斯顿卫理公会研究所神经外科部； gbritz@houstonmethodist.org 9美国纽约市威尔康奈尔医学院神经外科部，美国10065，美国 *通信：mlhegde@houstonmethodist.org
FGF/FGFR改动的景观...
背景：门静脉肿瘤血栓形成（PVTT）是晚期肝细胞癌（HCC）的频繁而严重的并发症，通常会导致预后不良。尽管PVTT具有显着的临床相关性，但驱动其形成的分子机制尚不清楚。长的非编码RNA（LNCRNA）已成为PVTT进展的潜在贡献者，促使这项研究探索LNCRNA作为PVTT的潜在生物标志物。方法：我们分析了来自基因表达综合的公开可用数据集，以识别三个比较的差异表达的LNCRNA和mRNA：正常与HCC，正常与PVTT和HCC与PVTT。转录曲线，并使用在线数据库筛选了与HCC和PVTT特异性LNCRNA相互作用的蛋白质，表明所有相互作用的蛋白质都是转录因子（TFS）。我们通过从每次比较中与TF靶基因与差异表达的基因（DEG）相交的LNCRNA – TF – TF -TARGAT基因调节网络。蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析以识别关键簇和集线器基因，并突出显示了AR和ESR1之类的TF。进行了基因本体分析，以了解调节网络的生物学功能。结果：该研究确定了正常，HCC和PVTT样品的不同转录曲线。构建了涉及LNCRNA，TFS和靶基因的关键调节网络，并将包括AR和ESR1在内的重要集线器基因确定为潜在的治疗靶标。PPI网络分析揭示了与PVTT进展相关的重要集群，而基因本体分析则提供了对相关生物学功能的见解。结论：本研究提出了一个新的理解LNCRNA – TF介导的基因调节的框架。它确定了潜在的治疗靶标和预后生物标志物，这些靶标可以促进PVTT的靶向疗法的开发，从而提供新的机会来改善临床结果。
lncRNA 44s2 研究对 45-设计的适用性......
1 SU，INSERM UMRS974，AIM，肌肉学研究中心，Piti é -Salp ê tri è re 医院，75013 巴黎，法国； s.falcone@institut-myologie.org（旧金山）; s.ziyyat@institut-myologie.org (SB-Z.)； laura.julien003@gmail.com （左翼）； france.pietri-rouxel@upmc.fr (FP-R.) 2 神经肌肉疾病 AOC 参考中心，波尔多大学医院神经儿科，法国波尔多 33000； guilhem.sole@chu-bordeaux.fr 3 神经肌肉疾病参考中心 AOC，CHU Angers，49933 Angers，法国； JuDurigneux@chu-angers.fr 4 法国巴黎 Pitié-Salpêtrière 医院肌肉学研究所，75013； ja.urtizberea@free.fr 5 北部/东部/法国岛神经肌肉疾病参考中心，物理医学和康复系，CHRU de Lille，59000 Lille，法国； jm-cuisset@chru-lille.fr 6 CEA，巴黎萨克雷大学国家人类基因组学研究中心，91057 埃夫里，法国； boland@cng.fr（AB）; sandron@cng.fr（FS）； meyer@cng.fr（虚拟机）; deleuze@cng.fr (JFD) 7 INSERM，马赛医学遗传学，艾克斯马赛大学，13005 马赛，法国； david.salgado@univ-amu.fr （DS）; jean-pierre.desvignes@univ-amu.fr（J.-PD）; christophe.beroud@inserm.fr （CB）； martin.krahn@univ-amu.fr（MK）; nicolas.levy@univ-amu.fr (NL) 8 法国马赛拉蒂莫内儿童医院 APHM 医学遗传学系，13005 9 法国巴黎综合理工学院 CNRS、INSERM、巴黎综合理工学院、综合理工学院光学与生物科学实验室 (LOB)，91120 Palaiseau； anatole.chessel@polytechnique.edu 10 IRIS，施维雅国际研究所，92150 Suresnes，法国； alexia.blesius@servier.com 11 AP-HP，遗传学和分子生物学实验室，科钦医院，巴黎笛卡尔-索邦大学，巴黎城市大学，75014 巴黎，法国； France.leturcq@inserm.fr * 通讯地址：elena_gargaun@hotmail.com
研究论文 lncRNA MNX1-AS1下调促进非小细胞肺癌铁死亡和细胞凋亡
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要组织学类型，对人类健康构成严重威胁。越来越多的证据表明，长链非编码RNA（lncRNA）MNX1-AS1参与了癌症（包括肺癌）的发生发展。细胞凋亡和铁死亡是两种受调控的细胞死亡形式，可由抗癌药物诱导。然而，MNX1-AS1在细胞凋亡和铁死亡中的作用尚不清楚。本文我们发现，敲低MNX1-AS1可促进RSL3诱导的NSCLC细胞铁死亡，导致细胞活力下降，活性氧（ROS）和丙二醛（MDA）水平升高。吖啶橙/溴化乙锭(AO/EB)双染、末端脱氧核苷酸转移酶介导的dUTP缺口末端标记(TUNEL)实验及Annexin V/PI双染实验均显示敲低MNX1-AS1可促进紫杉醇诱导的NSCLC细胞凋亡。此外，敲低MNX1-AS1还导致促凋亡蛋白BAX、cleaved caspase-3及PARP1表达增加，抗凋亡蛋白Bcl-2表达减少。RNA测序及实时荧光定量PCR检测发现，敲低MNX1-AS1后，ACSL4表达增加，而ABCG2表达减少。挽救实验显示，ACSL4和ABCG2分别参与了MNX1-AS1介导的铁死亡和细胞凋亡。此外，敲低 MNX1-AS1 可增加 NSCLC 细胞对 RSL3 和紫杉醇组合的敏感性。总之，我们的数据表明 MNX1-AS1 可能是肺癌的潜在治疗靶点，尤其是与铁死亡和/或凋亡诱导药物组合使用时。
LncFusion 鉴定出儿童神经母细胞瘤中常见的 lncRNA 衍生融合：潜在的生物标志物和治疗意义
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.16.25320696 doi：medRxiv preprint
具有超越X染色体的功能的新型Xact lncRNA转录本
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月3日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.03.631201 doi：Biorxiv Preprint
lncRNA-PART1-PHB2轴的阻塞赋予对PARP抑制剂的抗性，并促进卵巢癌的细胞衰老 场景设置和强迫数据进行影响模型评估和影响归因于部门间影响模型的第三轮 5：2饮食会影响有或没有2型糖尿病的受试者的胰岛素分泌和灵敏度的标记 - 非随机对照试验 在地下地雷管理电池电动汽车（BEV）的消防安全 由大量元素制成的钠离子电池的前瞻性生命周期评估 基于属性的遥测数据共享 - 适应欧盟项目的国际业务模型：跨国协作中Uppsala模型的宏观和微观创建 福利技术的想象力和政治 用于多功能应用的基于物理壳聚糖的可持续涂料中的博士学位论文 进一步开发瑞典可持续林业指标 机器人技术和自主系统 使用终身自我适应性来处理基于学习的自适应系统中适应空间的漂移
parpi目前是几十年来治疗卵巢癌的最重要突破，并且已融入了卵巢癌的初始维持疗法中。然而，导致PARPI耐药性的机制仍然没有核定。我们的研究旨在筛选新的目标，以更好地预测对PARPI的耐药性并探索潜在机制。在这里，我们对TCGA卵巢癌队列中的铂敏感和抗铂抗性基团之间的差异表达基因进行了比较分析。分析表明，与TCGA-ov队列中抗铂的个体相比，LNCRNA Part1在铂敏感的患者中得到了高度表达，并在GEO数据集和Qilu医院队列中进一步验证。此外，部分1的上调与卵巢癌的有利预后正相关。此外，体外和体内实验表明，部分1抑制对顺铂和PARP抑制剂的耐药性并促进了细胞衰老。衰老细胞对化学疗法更具耐药性。RNA反义纯化和RNA免疫沉淀测定法显示了Part1和PHB2（一种至关重要的线粒体受体）之间的相互作用。敲低部分可以促进PHB2的降解，损害线粒体并导致细胞衰老。 救援分析表明，PHB2的过表达明显降低了对PARPI的耐药性和由部分1敲低引起的细胞衰老。 PDX模型被用于进一步确认发现。敲低部分可以促进PHB2的降解，损害线粒体并导致细胞衰老。救援分析表明，PHB2的过表达明显降低了对PARPI的耐药性和由部分1敲低引起的细胞衰老。PDX模型被用于进一步确认发现。总的来说，我们的研究表明，lncRNA Part1有可能成为逆转parpi抗性并改善卵巢癌预后的新颖目标。
象牙lncrna调节七叶树蝴蝶中的季节性颜色模式
The ivory lncRNA regulates seasonal color patterns in buckeye butterflies Richard A. Fandino a1 , Noah K. Brady a , Martik Chatterjee a , Jeanne M. C. McDonald a , Luca Livraghi b , Karin R. L. van der Burg a,c , Anyi Mazo-Vargas a,b , Eirene Markenscoff-Papadimitriou d ，以及康奈尔大学的生态与进化生物学系Robert D. Reed A1；伊萨卡，纽约，美国。B乔治华盛顿大学生物科学系；华盛顿特区，美利坚合众国。 c克莱姆森大学生物科学系；克莱姆森，南卡罗来纳州，美国。 d分子生物学和遗传学系，康奈尔大学；伊萨卡，纽约，美国。 1可以解决通讯：Richard A. Fandino，Robert D. Reed电子邮件：raf272@cornell.edu，robertreed@cornell.edu作者贡献：R.A.F. 和R.D.R. 设计的研究。 R.A.F.，N.K.B.，M.C.，J.M.C.M.，L.L.，K.R.L.VDB。和A.M.-V.收集和/或分析的数据。 R.A.F. 和R.D.R. 写了手稿。 E.M.-P。和R.D.R. 提供了设施，资源和资金。 竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。 分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：B乔治华盛顿大学生物科学系；华盛顿特区，美利坚合众国。c克莱姆森大学生物科学系；克莱姆森，南卡罗来纳州，美国。d分子生物学和遗传学系，康奈尔大学；伊萨卡，纽约，美国。 1可以解决通讯：Richard A. Fandino，Robert D. Reed电子邮件：raf272@cornell.edu，robertreed@cornell.edu作者贡献：R.A.F. 和R.D.R. 设计的研究。 R.A.F.，N.K.B.，M.C.，J.M.C.M.，L.L.，K.R.L.VDB。和A.M.-V.收集和/或分析的数据。 R.A.F. 和R.D.R. 写了手稿。 E.M.-P。和R.D.R. 提供了设施，资源和资金。 竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。 分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：d分子生物学和遗传学系，康奈尔大学；伊萨卡，纽约，美国。1可以解决通讯：Richard A. Fandino，Robert D. Reed电子邮件：raf272@cornell.edu，robertreed@cornell.edu作者贡献：R.A.F.和R.D.R.设计的研究。R.A.F.，N.K.B.，M.C.，J.M.C.M.，L.L.，K.R.L.VDB。和A.M.-V.收集和/或分析的数据。 R.A.F. 和R.D.R. 写了手稿。 E.M.-P。和R.D.R. 提供了设施，资源和资金。 竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。 分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：R.A.F.，N.K.B.，M.C.，J.M.C.M.，L.L.，K.R.L.VDB。和A.M.-V.收集和/或分析的数据。R.A.F. 和R.D.R. 写了手稿。 E.M.-P。和R.D.R. 提供了设施，资源和资金。 竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。 分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：R.A.F.和R.D.R.写了手稿。E.M.-P。和R.D.R. 提供了设施，资源和资金。 竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。 分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：E.M.-P。和R.D.R.提供了设施，资源和资金。竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。分类：生物科学：进化；遗传学；发育生物学关键词：蝴蝶翼图案，EVO-DEVO，长的非编码RNA，皮层，可塑性此PDF文件包括：