XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemlncRNA
回顾DARS-AS1：具有癌症预后和治疗潜力的重要致癌LNCRNA调节剂
dars-as1，是Aspartyl-tRNA合成酶反义RNA 1的缩写，已成为癌症中的关键玩家。该lncRNA的上调是在各种癌症类型中观察到的一种复发现象，主要假定肿瘤作用，对肿瘤细胞生物学的多个方面发挥影响。DARS-AS1的这种异常表达引发了广泛的研究研究，旨在揭示其在癌症中的作用和临床价值。在这篇综述中，我们阐明了癌症患者失调的DARS-AS1表达和不良存活预后之间的显着相关性，从现有文献中汲取了癌症基因组图集（TCGA）的泛滥作用分析。此外，我们还提供了对DARS-AS1在各种癌症中各种功能的各种功能的全面见解。我们的评论涵盖了分子机制，CERNA网络，功能介质和信号传导途径的阐明，及其参与治疗耐药性，再加上DARS-AS1与DARS-AS1相关癌症研究的最新进步。这些最近的更新丰富了我们对DARS-AS1在癌症中扮演的关键作用的全面理解，从而为未来的DARS-AS1靶向策略在肿瘤预后评估和治疗干预措施中的应用铺平了道路。本评论提供了有价值的见解，以促进有效地打击癌症的持续努力。
通过生成变压器学习人类疾病的自然史
大多数患者在寻求治疗时失去了最好的手术机会[3，4]。因此，确定结肠癌的新型诊断和治疗靶标对于增强其诊断和治疗以及改善患者预后至关重要。衰老代表对各种应力信号的细胞反应，可保护细胞免受不必要的伤害。在癌症的背景下，衰老具有双重功能：它通过抑制受损细胞的增殖而充当肿瘤抑制因子，同时通过促进炎症环境来促进癌症。此外，癌细胞也可以表现出衰老反应。这既提出了癌症顺序治疗的挑战和机会，然后利用衰老疗法进行了鼻溶疗法[5]。长的非编码RNA（LNCRNA）是一种超过200个核苷酸的非编码RNA。它通过调节基因表达而在生物学上发挥作用，并且对癌症的发展和进展至关重要[6]。lncRNA在调节结肠癌中的各种过程中发挥了重要作用，包括细胞增殖凋亡和细胞死亡，以及影响细胞周期迁移，能力，艾symal转变（T），癌症干细胞行为以及对结肠癌疗法的耐药性[7]。E2F1反应LncRNA LIMP27与P27 mRNA竞争与细胞质HNRNP0结合，选择性下调P27表达。这种相互作用会导致G0/G1相细胞周期，并促进缺乏p53的结肠腺癌细胞的增殖，肿瘤性和治疗性[8]。研究结肠腺癌中与衰老相关的LincrNA可以增强我们对这种癌症发作和进展的分子机制的理解，同时也为发展新的潜在干预策略铺平了道路。
指甲：在结肠炎中p38和NFκB的授权p38和NFκB的许可
抽象目标NFκB是炎症性疾病中的关键调节剂。然而，在炎症条件下激活，微调或关闭NFκB活性的关键调节剂知之甚少。在这项研究中，我们旨在研究NFκB特异性长的非编码RNA（LNCRNA）在调节炎症网络中发挥作用的作用。使用第一个遗传屏幕识别NFκB特异性LNCRNA的设计，我们从p65 - / - 和IKKβ-/ - 小鼠胚胎成纤维细胞中进行了RNA-Seq，并报告了进化保守的LNCRNA指定的Mnail（MICE）或HNAIL（人）的识别。Hnail在包括UC在内的人类炎症性疾病中被上调。我们产生了MnailΔNFκB小鼠，其中Mnail近端启动子中两个NFκB位点的缺失废除了其诱导，以研究其在结肠炎中的功能。结果指甲通过隔离和灭活WIP1调节炎症，WIP1是促炎性p38激酶和NFκB亚基p65的已知负调节剂。WIP1失活导致p38的协调激活和NFκB的共价修改，这对于其在特定靶标上的全基因组占用至关重要。指甲可以对P38和NFκB共同激活进行精心策划的反应，从而导致前体细胞分化为骨髓中未成熟的髓样细胞，巨噬细胞募集到炎症区域以及结肠炎中炎症基因的表达。结论指甲直接调节结肠炎的起始和进展，其表达高度与NFκB活性高度相关，这使其成为IBD和其他与炎症相关疾病的生物标志物和治疗靶标的理想候选者。
研究论文 lncRNA MNX1-AS1下调促进非小细胞肺癌铁死亡和细胞凋亡
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要组织学类型，对人类健康构成严重威胁。越来越多的证据表明，长链非编码RNA（lncRNA）MNX1-AS1参与了癌症（包括肺癌）的发生发展。细胞凋亡和铁死亡是两种受调控的细胞死亡形式，可由抗癌药物诱导。然而，MNX1-AS1在细胞凋亡和铁死亡中的作用尚不清楚。本文我们发现，敲低MNX1-AS1可促进RSL3诱导的NSCLC细胞铁死亡，导致细胞活力下降，活性氧（ROS）和丙二醛（MDA）水平升高。吖啶橙/溴化乙锭(AO/EB)双染、末端脱氧核苷酸转移酶介导的dUTP缺口末端标记(TUNEL)实验及Annexin V/PI双染实验均显示敲低MNX1-AS1可促进紫杉醇诱导的NSCLC细胞凋亡。此外，敲低MNX1-AS1还导致促凋亡蛋白BAX、cleaved caspase-3及PARP1表达增加，抗凋亡蛋白Bcl-2表达减少。RNA测序及实时荧光定量PCR检测发现，敲低MNX1-AS1后，ACSL4表达增加，而ABCG2表达减少。挽救实验显示，ACSL4和ABCG2分别参与了MNX1-AS1介导的铁死亡和细胞凋亡。此外，敲低 MNX1-AS1 可增加 NSCLC 细胞对 RSL3 和紫杉醇组合的敏感性。总之，我们的数据表明 MNX1-AS1 可能是肺癌的潜在治疗靶点，尤其是与铁死亡和/或凋亡诱导药物组合使用时。
从垃圾到奢侈品：植物 LncRNA 在非生物胁迫期间对 DNA 甲基化的潜在作用
在阐明植物非编码 RNA 的重要作用方面取得了显著进展。在这些 RNA 中，长链非编码 RNA (lncRNA) 引起了广泛关注，尤其是它们在植物环境胁迫反应中的作用。LncRNA 在不同水平上调控基因表达，其中一种机制是通过募集 DNA 甲基转移酶或去甲基化酶来调节靶基因转录。在这篇小型综述中，我们重点介绍了 lncRNA 的功能，包括它们在 RNA 指导的 DNA 甲基化 (RdDM) 沉默途径中的潜在作用及其在非生物胁迫条件下的潜在功能。此外，我们还介绍并讨论了作物中 lncRNA 的研究。最后，我们提出了对植物育种可能重要的未来研究的路径展望。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
肺癌是全球最常见的癌症之一，也是癌症死亡的主要原因（1）。大约10年前，在没有靶向药物的情况下，晚期肺癌的总生存期（OS）仅为10-12个月。随着越来越多靶向药物的不断应用，接受靶向治疗的晚期肺癌患者的OS延长至3年以上（2,3）。在EGFR突变的早期肺癌患者中，使用EGFR TKI作为辅助化疗也出现了同样的趋势（4,5）。靶向治疗的前提是发现更有针对性的驱动基因。长链非编码RNA（lncRNA）是一类RNA分子。它们不会翻译成蛋白质，通常长度超过200个核苷酸。LncRNA与癌症的发展密切相关（6-9）。异常表达的lncRNA已被发现是多种癌症的致癌基因（10-12）。然而，大多数 lncRNA 的功能仍不清楚。阐明它们在致癌作用中的功能和机制可能提供新的治疗靶点（13）。Li 等人分析了 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库中肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以识别关键 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被发现是一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC- AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC- AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证NFYC-AS1的功能。到目前为止，还没有关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。以下分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET / c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。有报道称，癌症中的自噬既是肿瘤抑制因子，也是肿瘤促进因子（16）。针对自噬相关途径可能是癌症治疗的一种有前途的策略。众所周知，细胞凋亡在癌症中起着关键作用
lncRNA MEG3通过通过miR-21-5p/p53途径调节抗肿瘤免疫来促进骨肉瘤的化学敏感性，并自噬
摘要这项研究旨在研究长期非编码RNA的母体外向基因3（LNCRNA MEG3）在骨肉瘤（OS）化学敏感性中的作用，并揭示可能的潜在机制。在这项研究中，我们发现在OS组织和细胞系中LNCRNA MEG3的表达显着降低。此外，通过抑制细胞增殖，迁移，自噬和促进抗肿瘤免疫力，LNCRNA MEG3过表达通过抑制细胞增殖，迁移，自噬来增强OS的化学敏度。lncRNA MEG3用作miR-21-5海绵，以调节OS中的p53表达。机械地，LNCRNA MEG3通过通过miR-21-5p/p53途径和自噬来调节抗肿瘤免疫来促进OS化学敏度。总体而言，这项研究提供了一个证据，表明LNCRNA MEG3可能是OS化学含量的有前途的治疗靶标。ª2021作者。Elsevier B.V.的发布服务代表KEAI Communications Co.，Ltd.这是CC BY-NC-ND许可证（http：// creativecommons。org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
Li 等人分析了来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以鉴定关键的 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被揭示为一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC-AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC-AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证 NFYC-AS1 的功能。目前，尚无关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。后续分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET/c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。
LncRNA HBL1 是人类多能干细胞心脏发生过程中全基因组 PRC2 占据和功能所必需的 - PMC
在人类心脏发生中如何相互作用仍然难以捉摸。在这里，我们发现人类特异性心脏制动 lncRNA 1 (HBL1) 与人类多能干细胞 (hPSC) 中的两个 PRC2 亚基 JARID2 和 EED 相互作用。JARID2、EED 或 HBL1 的缺失显著增强了心脏从 hPSC 的分化。HBL1 耗竭破坏了全基因组的 PRC2 占据和必需心脏发生基因上的 H3K27me3 染色质修饰，并广泛增强了未分化 hPSC 和后来分化中的心脏发生基因转录。此外，ChIP-seq 显示在 HBL1 和 JARID2 hPSC 中 62 个重叠心脏发生基因上的 EED 占据率降低，表明心脏发生基因的表观遗传状态由多能性阶段的 HBL1 和 JARID2 决定。此外，在心脏发育后，HBL1 的细胞质和细胞核部分可以通过保守的“microRNA-1-JARID2”轴进行串扰，从而调节心脏发生基因转录。总体而言，我们的研究结果阐明了 HBL1 在引导 PRC2 功能在人类早期心脏发生过程中的不可或缺的作用，并扩展了 HBL1 的细胞质和细胞核部分可以协调人类心脏发生的 lncRNA 的机制范围。
基于图神经网络预测 lncRNA 与药物的关联
LncRNA 是一类重要的非编码 RNA，据报道与多种人类病理状况有关。越来越多的证据表明药物可以调节 lncRNA 的表达，这使得将 lncRNA 开发为治疗靶点成为可能。因此，开发预测 lncRNA-药物关联 (LDA) 的计算机方法是开发基于 lncRNA 的疗法的关键步骤。在本研究中，我们使用基于 lncRNA 和药物相似性网络的图卷积网络 (GCN) 和图注意力网络 (GAT) 来预测 LDA。结果表明，我们提出的方法在五个数据集上取得了良好的性能（平均 AUC > 0.92）。此外，案例研究和 KEGG 功能富集分析进一步证明该模型可以有效识别新型 LDA。总体而言，本研究提供了一个基于深度学习的预测新型 LDA 的框架，这将加速针对 lncRNA 的药物开发进程。