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小鼠基因组重写和三个重要疾病基因座的定制
基因工程小鼠模型 (GEMM) 有助于我们了解人类病理并开发新疗法，但在小鼠身上忠实地重现人类疾病却具有挑战性。基因组学的进展凸显了非编码调控基因组序列的重要性，这些序列控制着许多人类疾病的时空基因表达模式和剪接 1,2 。包括需要大规模基因组工程的调控大范围基因组区域应该可以提高疾病建模的质量。现有方法限制了 DNA 传递的大小和效率，阻碍了我们称之为基因组重写和定制 GEMM（GREAT-GEMM）的高度信息模型的常规创建。在这里，我们描述了 8 哺乳动物逐步切换抗生素抗性标记以进行整合 9 (mSwAP-In)，这是一种在小鼠胚胎干细胞中进行高效基因组重写的方法。我们展示了使用 mSwAP-In 对定制的 Trp53 基因座进行多达 115)kb 的迭代基因组重写，以及使用 116)kb 和 180)kb 人类 ACE2 基因座对小鼠进行人源化。ACE2 模型重现了人类 ACE2 的表达模式和剪接，值得注意的是，与现有的 K18-hACE2 模型相比，在受到 SARS-CoV-2 攻击时表现出的症状较轻，因此代表了一种更像人类的感染模型。最后，我们通过在 ACE2 GREAT-GEMM 中对小鼠 Tmprss2 进行双等位基因人源化，展示了连续基因组写入，突出了 mSwAP-In 在基因组写入方面的多功能性。
linkAgeMapView：图链接组映射与定量性状基因座
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对四种glossina
微卫星基因座仍然代表着研究非模型或Ganism的人口生物学的宝贵资源。发现或适应感兴趣的物种中的新合适的微卫星标记仍然是一项有用的任务，尤其是对于非模型生物作为采集果蝇（Glossina属），这仍然是对撒哈拉以南非洲人类和动物健康的严重威胁。在本文中，我们介绍了四种Glossina种类的新微卫星基因座的开发：来自摩西丹组的两个，来自津巴布韦的G. Morsitans Morsitans（GMM），G。Pallidipes（Gpalli），来自坦桑尼亚；还有来自帕尔帕里斯集团的其他两个，来自乍得的G. fuscipes fuscipes（GFF），以及几内亚的G. palpalis gambiensis（gpg）。我们发现频繁的短等位基因优势和无效等位基因。也可以在可能的情况下找到并修改。神秘的物种似乎在所有分类单元中都发生了频率。这解释了为什么很难找到普遍的引物，因此需要根据每个分类学和地理环境进行适应。放大问题在已发表的旧标记中更常见，而GMM和GPG受到影响最大（杂合差较强）。三核苷酸标记在某些情况下显示选择签名（GMM）。最后，迄今为止研究的采集蝇的非Y DNA量和染色体结构来解释了X连锁标记的高比例（约30％）。将旧基因座组合起来，对于GMM，可以安全地使用八个基因座（对无效等位基因进行校正）；五个似乎特别有希望。对于GPALLI，只有五到三个基因座效果很好，具体取决于进化枝，这意味着使用其他物种的基因座（四个Morsitans loci似乎效果很好），或者需要使用其他新的引物；对于GFF来说，14个基因座表现良好，但是有无效的等位基因，其中7个效果很好。对于G. palpalis SL来说，只有四个基因座，需要无效的等位基因和口吃校正，似乎需要效果很好，因此需要其他文献中的其他基因座，包括X连锁标记，其中五个似乎效果很好（仅在女性中），但是新标记可能需要新的标记。
花生中映射定量性状基因座的概述（Arachis hypogaea L.）
1植物生物学和生理学系，科学系，Yaunde I大学，Yaunde P.O. 盒337，喀麦隆2植物科学系，农业学院，沃利塔·索多大学，索多P.O. Box 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O. 盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr1植物生物学和生理学系，科学系，Yaunde I大学，Yaunde P.O.盒337，喀麦隆2植物科学系，农业学院，沃利塔·索多大学，索多P.O.Box 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O. 盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.frBox 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O.盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O.框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr
定量性状基因座，G×E和G×G的血糖特质
竞争利益这项研究的赞助商在指导委员会中代表，并在研究设计，研究方式和出版中发挥了作用。尽管指导委员会的所有成员都对报告的内容投入了，但资助机构并未在写作小组中代表。写作组中的所有作者都可以访问所有数据。表达的意见是调查人员的意见，不一定反映了资金机构的观点。资助者在研究设计，数据收集，分析，发布或准备手稿中没有作用。在出版时，KJM是Eli Lilly and Company的雇员。数据收集是在此工作之前发生的，数据分析和手稿准备工作独立于Eli Lilly and Company进行。其他作者声明没有利益冲突。
与病原体感染期间与苹果内生菌相关的定量性状基因座
植物植物层由微生物群落定植，这些群落可能会影响其宿主的舒适性和生长，包括宿主对植物病原体的韧性。在塑造细菌和真菌内生菌的组合中，有多个因素，包括宿主遗传学和环境，包括宿主遗传学和环境。在这项工作中，宿主遗传学在植物 - 微生物组装组装中的作用是在感染了真菌病原体Neonectria ditissima的苹果（Malus X Forefla）树中的全同胞家族中研究的。定量性状基因座（QTL）分析表明，有多个基因座影响了单个内生类群的丰富性，而大多数QTL对内生细长的丰度具有中度到大作用（20-40％）。QTL区域在LG 1、3、4、5、10、12、13、14和15上被证明会影响多个分类单元。只有一小部分总体分类组合物的变化受宿主基因型的影响，主要成分的QTL命中显着，分别解释了细菌和真菌组成的总方差<8％和<7.4％。识别的QTL中有四个与对新生儿ditissima的耐受性相关的先前识别区域共定位。这些结果表明，构成苹果内生菌组成的遗传基础，并且可以通过育种来定制苹果中的微生物 - 宿主相关性。
研究批处理系统和Xed床中的吸附动力学...
（Broccanello等人2015; Reeves等。2007）。 值得注意的是，内含子中BV_22330_orky的SNP变化（SNP183）与螺栓耐受性有关（Broccanello等人。 2015）。 有趣的是，当QB6附近的基因座被SNP183基因型取代时，观察到基因型和螺栓固定速率之间存在显着关联，这意味着QB6和SNP183之间的链接相对较近（表A1）。 SNP183处的“ T”的测序变化比“ C”更宽容（Broccanello等人。 2015）。 在本研究中，具有强螺栓耐受性的“ NK-219mm-O”表现为“ T”，而“ NK-323mm-O”具有弱螺栓耐受性的“ C.”。这种趋势与在后代线中观察到的螺栓耐受性一致。 关于基因功能，bv_22330_orky编码基质金属蛋白酶，该酶在植物生长，发育和压力反应中分泌，播放2007）。值得注意的是，内含子中BV_22330_orky的SNP变化（SNP183）与螺栓耐受性有关（Broccanello等人。2015）。有趣的是，当QB6附近的基因座被SNP183基因型取代时，观察到基因型和螺栓固定速率之间存在显着关联，这意味着QB6和SNP183之间的链接相对较近（表A1）。SNP183处的“ T”的测序变化比“ C”更宽容（Broccanello等人。2015）。在本研究中，具有强螺栓耐受性的“ NK-219mm-O”表现为“ T”，而“ NK-323mm-O”具有弱螺栓耐受性的“ C.”。这种趋势与在后代线中观察到的螺栓耐受性一致。关于基因功能，bv_22330_orky编码基质金属蛋白酶，该酶在植物生长，发育和压力反应中分泌，播放
Cas9 切口酶介导的多个疾病位点上的 CAG/CTG 重复序列收缩
图 1. Cas9D10A 切口酶诱导 HD 和 DM1 iPSC 衍生细胞收缩。A) 顶部：用 S100β 和 DAPI 染色的 HD iPSC 衍生星形胶质细胞的代表性共聚焦图像。底部：实验时间线。B) 代表性小池 PCR 印迹显示 HD iPSC 衍生星形胶质细胞的收缩，这些星形胶质细胞仅用 Cas9D10A 转导，或者用 Cas9D10A 切口酶和 sgCTG 转导 6 周。C) 对 HD iPSC 衍生星形胶质细胞的小池 PCR 印迹进行量化。D) 顶部：用 β-Tubulin III 和 DAPI 染色的 HD iPSC 衍生皮质神经元的代表性共聚焦图像。底部：实验时间线。 E) 代表性小池 PCR 印迹显示 HD iPSC 衍生的皮质神经元收缩，这些神经元仅用 Cas9D10A 转导或用 Cas9D10A 和 sgCTG 转导 6 周。F) 对 HD iPSC 衍生的皮质神经元的小池 PCR 印迹进行量化。G) 顶部：用 β-Tubulin III 和 DAPI 染色的 DM1 iPSC 衍生的皮质神经元的代表性共聚焦图像。底部：实验时间线。H) 代表性小池 PCR 印迹显示 HD iPSC 衍生的皮质神经元收缩
定量性状基因座的分子映射，以抵抗西红柿早期疫病
早期疫病（EB），由linariae（Neerg。）（SYN。A。tomatophila）Simmons是一种影响世界各地的西红柿（Solanum lycopersicum L.）的疾病，具有巨大的经济影响。本研究的目的是绘制与西红柿中EB耐药性相关的定量性状基因座（QTL）。F 2和F 2：3的映射种群由174条线组成，这些群体在2011年的自然条件下评估了NC 1celbr（抗性）×Fla。7775（易感性），并通过人工接种在2015年的温室中进行了自然条件评估。总共使用了375个具有特定PCR（KASP）测定法的基因分型父母和F 2种群的分析。表型数据的广泛遗传力估计为2011年和2015年的疾病评估分别为28.3％和25.3％。QTL分析显示，六个QTL与染色体2、8和11（LOD 4.0至9.1）上的EB抗性相关，解释了3.8至21.0％的表型变异。这些结果表明，NC 1celbr中EB耐药性的遗传控制是多基因的。这项研究可能有助于将EB抗性QTL和标记辅助选择（MAS）进一步绘制，以将EB耐药基因转移到精英番茄品种中，包括扩大番茄中EB耐药性的遗传多样性。