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使用重组CAS9核酸酶评估基因组编辑实验中的基因座修饰
用Cas9核糖核蛋白（Cas9核酸酶）在体外消化PCR扩增子是检测indectels的敏感测定法。与不匹配检测分析不同，CAS9具有确定靶向效率超过50％的额外优势。这是有价值的，因为在基因组编辑实验中的靶向效率增加并用于检测分离的细胞菌落或组织中的双重编辑，并且以前仅使用专用PCR或Amplicon测序方法才能实现。
有鳞爬行动物可能通过重复 TRB 基因座来弥补 gd TCR 的缺乏
有鳞目爬行动物是陆地脊椎动物谱系中最成功的，遍布广泛的生态系统，有超过 10,000 个物种。尽管有鳞目动物取得了成功，但它们在免疫学方面也是研究最少的谱系之一。最近，发现有鳞目动物普遍缺乏 gd T 细胞，这是由于编码 T 细胞受体 (TCR) g 和 d 链的基因缺失所致。在这里，我们开始探讨 gd T 细胞的缺失可能如何影响有鳞目动物免疫系统的进化。使用石龙子 Tiliqua rugosa，我们发现与现存的最近亲属喙头蜥、Sphenodon punctatus 或其他羊膜动物相比，有鳞目动物并没有显著增加常规 T 细胞受体 β (TCR b 或 TRB ) 链 V 区的复杂性。我们的分析包括一个推定的新 TCR 基因座。这种新基因座包含可进行 V(D)J 重组的 V、D 和 J 基因片段，尽管在大多数有鳞目物种中基因片段数量有限。基于保守残基，预测的蛋白质链预计会与 TCR a 形成异二聚体。这种新的 TCR 基因座似乎源自 TRB 基因座的古老重复，与最近描述的 T 细胞受体 epsilon (TRE) 同源。TRE 在喙头蜥和所有经检测的祖龙的基因组中均不存在，并且似乎是鳞目特有的。
频率特异性遗传刺激的基因座二核诱导运动皮层中与任务相关的可塑性
ceruleus（LC）是新皮质去甲肾上腺素的主要来源，已知它参与了包括感觉知觉，注意力和学习在内的各种大脑功能。先前的研究表明，LC刺激与感觉经验配对可以诱导感觉新皮层和海马中的任务依赖性可塑性。然而，LC激活是否同样影响负责运动计划和生产的机动运动皮质区域中的神经表示。在这项研究中，我们测试了对LC与运动性能配对的光遗传学刺激是否足以诱导与体型皮质运动图中的任务相关的可塑性。男性和女性Th-cre +大鼠接受了一项熟练的杠杆压榨任务的训练，该任务强调了使用近端前肢肌肉的使用，并使用病毒方法在去甲肾上腺素能LC神经元中选择性地表达CHR2。一旦动物达到了标准的行为表现，他们就接受了五次训练课程，其中正确的任务性能与在3、10或30 Hz时交付的LC的光遗传学刺激配对。上次刺激会议后，使用皮质内微刺激进行运动皮质图。我们的结果表明，在10 Hz时与LC刺激搭配的杠杆螺栓在3或30 Hz时且不伸出运动图的扩展，代表了与任务相关的近端FL肌肉的代替。这些发现表明，LC的阶段性训练对激活具有足够的能力，可诱导Agranular运动皮层中的经验依赖性可塑性，并且该LC驱动的可塑性高度依赖于LC激活的时间动力学。
朱红色基因座的基因组编辑为 Oncopeltus fasciatus 生成了可见的眼睛颜色标记
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.20.521233 doi：bioRxiv preprint
STARD10 基因座的染色质 3D 相互作用分析揭示 FCHSD2 是胰岛素分泌的调节剂
Ming Hu,1 In ^ es Cebola,2 Gaelle Carrat,1 Shuying Jiang,1 Sameena Nawaz,3 Amna Khamis,4 Mickae¨ l Canouil,4 Philippe Froguel,4 Anke Schulte,5 Michele Solimena,6 Mark Ibberson,7 Piero Marchetti,8 Fabian L. Cardenas-Diaz,9,10 Paul J. Gadue,9,10 Benoit Hastoy,3 Leonardo Almeida-Souza,11 Harvey McMahon,12 和 Guy A. Rutter 1,13,14,* 1 英国伦敦帝国理工学院医学系细胞生物学和功能基因组学科，汉默史密斯医院，杜凯恩路，伦敦 W12 0NN，英国 2 英国伦敦帝国理工学院代谢、消化和生殖系遗传学和基因组学科，汉默史密斯医院，杜凯恩路，伦敦 W12 0NN，英国英国伦敦 Cane Road W12 0NN 3 牛津大学糖尿病内分泌与代谢中心，牛津大学丘吉尔医院，牛津海丁顿 OX3 7LE，英国 4 里尔大学，法国国立科学研究院，里尔 CHU，里尔巴斯德研究所，UMR 8199 - EGID，59000 里尔，法国 5 赛诺菲-安万特德国有限公司，65926 法兰克福，德国 6 德累斯顿工业大学医学院慕尼黑亥姆霍兹中心保罗兰格汉斯研究所，01307 德累斯顿，德国 7 Vital-IT 集团，SIB 瑞士生物信息学研究所，1015 洛桑，瑞士 8 比萨大学内分泌与代谢系，56126 比萨，意大利 9 宾夕法尼亚大学病理学与实验室医学系，费城，宾夕法尼亚州，美国10 美国宾夕法尼亚州费城费城儿童医院细胞与分子治疗中心 11 芬兰赫尔辛基赫尔辛基大学 HiLIFE 生物技术研究所和生物与环境科学学院 12 英国剑桥弗朗西斯克里克大道 MRC 分子生物学实验室 CB2 0QH 13 新加坡南洋理工大学李光前医学院 14 主要联系人 *通信地址：g.rutter@imperial.ac.uk https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108703
朱红基因座的基因组编辑产生可见的眼睛颜色标记，用于for fasciatus fasciatus
昆虫显示出各种各样的眼睛和身体颜色。编码涉及生物合成和颜料沉积的基因是理想的遗传标记物，例如促进果蝇遗传学的力量。oncopeltus fasciatus是一个新兴昆虫的新兴模型，昆虫是刺穿的喂食顺序的成员，其中包括害虫和疾病媒介。为了鉴定O. fasciatus的候选可见标记，我们使用了父母和若虫RNAi来识别改变眼睛或身体颜色的基因，而在没有有害的生存力上没有有害的e ects。我们选择了Vermilion进行CRISPR/CAS9基因组编辑，产生了三个独立的功能突变线。这些研究映射到X染色体，将基因的第一个分配给该物种的染色体。纯种合物具有鲜红色，而不是黑色的眼睛，并且完全可行且肥沃。我们使用这些突变体来验证果蝇玫瑰色的直系同源物的作用，在使用RNAi促进红色色素沉着中。而不是野生型红色的身体，而缺乏朱红色和XDH1的虫子具有明亮的黄色身体，这表明豆粒和翼龙有助于O. fasciatus的身体颜色。我们的研究生成了O. fasciatus的第一个基因可见标记，并扩展了该模型系统的遗传工具包。
通过聚合酶链式反应生成单链 DNA 及其在 HLA-DQA 基因座直接测序中的应用
摘要 通过聚合酶链式反应，可以从基因组 DNA 中酶促扩增单拷贝序列。通过使用两种不同摩尔量的扩增引物，只需一个步骤即可扩增单拷贝基因并产生所选链的过量单链 DNA，用于直接测序或用作杂交探针。此外，可以使用等位基因特异性寡核苷酸在扩增反应中或作为测序引物直接测序杂合子中的单个等位基因。通过使用这些方法，我们研究了 HLA-DQA 基因座的等位基因多样性及其与血清学定义的 HLA-DR 和 -DQ 类型的关联。该分析揭示了总共八个等位基因和三个额外的单倍型。该方法在筛查人类基因突变方面具有广泛的应用，并有助于将基因的酶促扩增与自动测序联系起来。
神经电路选择性，多路复用的药理学靶向前额叶皮层预测基因座神经元驱动抗伤害感受
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2024年8月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.06.08.598059 doi：biorxiv preprint
使用 TrueDesign 基因组编辑器中的长插入工作流程将 GFP 序列插入 TRAC 基因座
8. TrueDesign 基因组编辑器将显示优先设计为最接近预期编辑位置（最多 40 bp 距离）的 gRNA 和供体 DNA。gRNA 距离编辑位置越远，敲入效率越低。所有设计的供体 DNA 序列（现在包括同源臂）都将接受 GeneArt 基因合成制造可行性检查。如果供体 DNA 未通过检查，您将无法选择该 gRNA，并且该行将变灰。在这种情况下，请选择不同的 gRNA 或 TALEN 对（如果可用），或更改插入位置或同源臂长度。对于每个 CRISPR-Cas9 gRNA 和 TALEN 对，可以通过单击供体 DNA 列中的眼睛图标来查看供体 DNA 序列。要在您选择的克隆软件中查看和注释供体 DNA 序列，请单击供体 DNA 列中的下载图标下载 FASTA 文件。确保供体 DNA 位于框架内以实现 GFP 的最佳表达。
一个定量性状基因座，用于减少与脑淀粉样血管病减少的小胶质细胞APOE表达
CAA风险（序数）Shade等。2024 -ROSMAP+NACC+ACT‡7,381 70.6％-0.81 [0.76，0.86] 8.00E -12 CAA风险（ordinal）Rosmap（重叠的Shade Shade et al.2024）847 46.5％50.1％0.67 [0.54，0.83] 2.57E-04 CAA风险（ORDINAL）NACC（重叠的Shade Shade Shade et al.2024）4,126 84.1％49.0％0.85 [0.78，0.92] 1.07E-04 CAA风险（ORDINAL）MCSA（独立于Shade等人2024）801 33.5％47.3％0.87 [0.73，1.05] 0.151